AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons025_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252915
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	rpsO	135	30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
#1	pyrD	38	DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
#2	ppk	300	polyphosphate kinase
#3	jhp0599	298	putative
#4	jhp0600	82	putative Outer membrane protein
#5	greA	40	TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR (TRANSCRIPT CLEAVAGE FACTOR)
#6	hypA	58	Hydrogenase expression/formation protein
#7	flgE	208	FLAGELLAR HOOK PROTEIN
#8	rpsA	121	30S RIBOSOMAL PROTEIN S1
#9	jhp1139	48	putative
#10	purD	300	GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE

Motif 1
ATAGTAATTGGAGCTTTTTTAAAAAGTCATGGT	2	213	0
TTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAA	2	73	1
CACCCCCCATAACGCTTTTTAAAGCTTATCGCT	7	32	0
TGAGAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAA	3	76	1
TGCATAGATTGAATTTCTTTAAATTAAAGGATA	7	182	1
TTTTTGCATGGAATTTCTTTAAAATTTAAGTAT	10	59	1
ACATTTTGAAAATTTTCTTTAAAAAAACCGCTA	8	11	1
AATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATG	3	236	1
TATTATAACTAATCATTCTTAAAAACGCTAAAA	4	14	0
TTTGTGTGATGGCATTTTTTAAATCTGCCCCTA	10	176	1
CCTAAAATGTGGTTGTTTTTAAACCCAGATGAC	10	271	0
GCTATAATGCGATCTTTATTAAATTACCAATTA	0	102	1
TTTTGTACATAATTCTCATTAAATAGATTTTTA	3	157	0
ACCGCTAATTGTTAATTTTTAAACGATTTTGTA	8	37	1
ATGCTACAATGTTTATCTTTAAAACGAAAGGGC	3	266	1
         TAAAAATCCTTTAAATCATCATGT	2	286	0
CACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGATGATT	2	264	1
CGATGCTTACAATTATACTTAAATTTTAAAGAA	10	73	0
          AGTTATCCTTTAATTTAAAGAAA	7	195	0
CTTTTTTGTAAAACTTCATTTAACCCTAAAAGA	2	53	0
ATCCGCAACCAATCATTCTAAAAAGCCATTTAG	7	129	1
          **   ********
MAP Score: 27.5226

Motif 2
TCTATTTAATGAGAATTATGTACAAAAAAGGGGTTGGCAT	3	163	1
ATTTTTAAACGATTTTGTAAGTCAAAAAAGGATACAATCC	8	51	1
CAGGCTGCGCCATACTCCGCAATCAAAAAGGGGTATTGTA	2	118	0
TTAAAATCCGCAACCAATCATTCTAAAAAGCCATTTAGGA	7	124	1
CTCTAAATTTGAGCGATAAGCTTTAAAAAGCGTTATGGGG	7	21	1
ATAATTATAGCATAAATGATAATGAAAAAGTAAATGAGAG	3	42	1
TATAAAGTTTAAAAGTATGGCGCAAAAAAGCTTATTTTAC	0	62	1
GCGGATTTTAAAGTTTTGTCAATAAAAAAGATCAGTCAAA	7	95	0
TTTAGGGTTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAA	2	56	1
CCGCTACTCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAATTA	2	202	1
  CACATTTTGAAAATTTTCTTTAAAAAAACCGCTAATTG	8	8	1
        TAGAATAAATCAACCCAAAAAACGCTGAAAAA	2	2	1
AAAAATGCTACAATGTTTATCTTTAAAACGAAAGGGCAAT	3	262	1
ATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATGCTACAATGTT	3	239	1
GAAAGAACACCAGCTAATAGCTTGATAAAGCTTAGATTTT	3	113	1
GCATAAGTTCAACAAACCTACACTAATAAGGCTAGGAGGA	10	215	0
TAAAAAAGATCAGTCAAATTCACAAATAAATAGGGGGTTT	7	73	0
          **   *      * ******
MAP Score: 15.6581

Motif 3
AAGTATGGCGCAAAAAAGCTTATTTTACGCTA	0	74	1
ACTCCGCAATCAAAAAGGGGTATTGTAGCGCG	2	113	0
TTTTGTAAGTCAAAAAAGGATACAATCCCCCT	8	63	1
AACACTCAAGCTAAAATCCATTAAGGAAATCA	4	58	1
TGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAAC	2	68	1
TGCCATCACACAAAAACCACTACCTTAACCTA	10	158	0
TAAATCAACCCAAAAAACGCTGAAAAAATTTT	2	15	1
CCAATCATTCTAAAAAGCCATTTAGGAACAAC	7	137	1
          TAAAAATCCTTTAAATCATCAT	2	288	0
AATTATGTACAAAAAAGGGGTTGGCATCAATT	3	176	1
CGATAAGCTTTAAAAAGCGTTATGGGGGGTGG	7	34	1
ATTTTCTTTAAAAAAACCGCTAATTGTTAATT	8	22	1
TATATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTA	3	231	1
CTAATCATTCTTAAAAACGCTAAAAATTA   	4	7	0
GGTGGTGTTACAAAACCCCCTATTTATTTGTG	7	61	1
TCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGTTTGGTGT	2	263	0
TTAAAATTTACAAAAATGAGAAAGAACACCAG	3	94	1
       AATCTAAAATCAATGCCTTAATGTT	0	3	1
GGGCAGATTTAAAAAATGCCATCACACAAAAA	10	174	0
          ****** ** **
MAP Score: 15.0644

Motif 4
TGACTTTTTAAAAAAGCTCCAATTACTATCAT	2	217	1
ATTCCATGCAAAAATATTCCAACAATCTGTGA	10	41	0
CTTAAATCTAAAAATGCTACAATGTTTATCTT	3	253	1
TTTTTTAAAGAAAATTTTCAAAATGTG     	8	5	0
TGCCCCTAAGAAAATCCTCCTAGCCTTATTAG	10	201	1
ATCATTCTTAAAAACGCTAAAAATTA      	4	4	0
AAAATTTTTTAAAATTTACAAAAATGAGAAAG	3	86	1
ATCAACCCAAAAAACGCTGAAAAAATTTTAAG	2	18	1
TTTTATTGACAAAACTTTAAAATCCGCAACCA	7	108	1
AAAATCGTTTAAAAATTAACAATTAGCGGTTT	8	35	0
TAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCATTTA	3	72	0
TGTAAGTCAAAAAAGGATACAATCCCCCTAAG	8	66	1
AAAGATCAGTCAAATTCACAAATAAATAGGGG	7	77	0
TAATAAGAGACAAACACACCTACCAACATTAA	0	27	0
GGCTATCGTTCAAATCATCAAATATTAAGGAT	1	12	1
CAATCTATGCAAAATAAAGCAAAAGTTGTTCC	7	161	0
         TCAAAACAAACAAGACAAACCCC	9	35	0
          ****  ******
MAP Score: 13.3627

Motif 5
AACTCTTTTTTGTAAAACTTCATTTAACCCTAAAAGA	2	53	0
AAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGCAAACTCGC	2	79	1
ACCATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAATTACTATCATT	2	213	1
ATCATTTCATTATATAATCACACCAAACAAACTGATT	2	244	1
ATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAAATGAGAAAGAA	3	83	1
CATTCTTAAATCTAAAAATGCTACAATGTTTATCTTT	3	249	1
AATGATTAGTTATAATATCGCTACTAACAACACTCAA	4	30	1
AACCTTAATCTCTAAATTAGCCCCTATTATATTGTAT	6	27	0
TGACAAAACTTTAAAATCCGCAACCAATCATTCTAAA	7	114	1
GAAAATTTTCTTTAAAAAAACCGCTAATTGTTAATTT	8	18	1
ATTTTGTAAGTCAAAAAAGGATACAATCCCCCTAAGG	8	62	1
GATGGCATTTTTTAAATCTGCCCCTAAGAAAATCCTC	10	183	1
GTCATCTGGGTTTAAAAACAACCACATTTTAGGGAAG	10	271	1
          * *****   *  * **
MAP Score: 7.62832

Motif 6
TTGTCTCTTATTATAATATAAAGTTTAAAAG	0	46	1
AAAGCTTATTTTACGCTATAATGCGATCTTT	0	88	1
         TTTAATCCTTAATATTTGATGA	1	26	0
TCATTATCATTTATGCTATAATTATGGGACA	3	36	0
TCTCATTTACTTTTTCATTATCATTTATGCT	3	50	0
ATATTTTTATATAATATATAAAAAGCATTCT	3	224	1
TTGTAGCATTTTTAGATTTAAGAATGCTTTT	3	244	0
TGCTACAATGTTTATCTTTAAAACGAAAGGG	3	267	1
         TTTTTACTATAATCTCTACTGA	5	1	1
         GCTAAACCTTAATCTCTAAATT	6	46	0
    AGCGAGTTAAACTCTAAATTTGAGCGA	7	6	1
AATTTGAGCGATAAGCTTTAAAAAGCGTTAT	7	26	1
TAGGAACAACTTTTGCTTTATTTTGCATAGA	7	159	1
        AGTTATCCTTTAATTTAAAGAAA	7	195	0
ACAAAATCGTTTAAAAATTAACAATTAGCGG	8	38	0
CCTAAGGAATTTTATATTTATTTTATAGTAA	8	92	1
TTCATTTGTCTTAAACTTTAACCT       	9	3	0
TGGAATTTCTTTAAAATTTAAGTATAATTGT	10	67	1
          **** ******
MAP Score: 6.89011

Motif 7
AAAAACTCTTTTTTGTAAAACTTCATTTAACCCT	2	59	0
TGCTTAGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTGTAA	2	75	0
TAATTGGAGCTTTTTTAAAAAGTCATGGTCGGAG	2	208	0
AGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAAATGAG	3	80	1
AAGGGGATATTTTTATATAATATATAAAAAGCAT	3	218	1
        TTTTTACTATAATCTCTACTGAATAA	5	2	1
ATTTTGAAAATTTTCTTTAAAAAAACCGCTAATT	8	13	1
TGCATGGAATTTCTTTAAAATTTAAGTATAATTG	10	63	1
          ** * *****  **
MAP Score: 1.719