AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons025_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252939
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	rpsO	135	30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
#1	pyrD	38	DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
#2	ppk	300	polyphosphate kinase
#3	jhp0599	298	putative
#4	jhp0600	82	putative Outer membrane protein
#5	greA	40	TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR (TRANSCRIPT CLEAVAGE FACTOR)
#6	hypA	58	Hydrogenase expression/formation protein
#7	flgE	208	FLAGELLAR HOOK PROTEIN
#8	cdh	276	CDP-DIACYLGLYCEROL PYROPHOSPHATASE
#9	pheS	81	PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN
#10	rpsA	121	30S RIBOSOMAL PROTEIN S1
#11	jhp1139	48	putative
#12	purD	300	GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE

Motif 1
CACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGATGATT	2	264	1
CACCCCCCATAACGCTTTTTAAAGCTTATCGCT	7	32	0
AAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATAT	9	47	1
CCTAAAATGTGGTTGTTTTTAAACCCAGATGAC	12	271	0
ACGTTTAGTAACCTATTTTTAAAAAAGGGCTTT	8	135	0
ACCGCTAATTGTTAATTTTTAAACGATTTTGTA	10	37	1
TTTGTGTGATGGCATTTTTTAAATCTGCCCCTA	12	176	1
TTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAA	2	73	1
TACTCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAA	2	206	1
TGAGAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAA	3	76	1
ATGCTACAATGTTTATCTTTAAAACGAAAGGGC	3	266	1
TGCATAGATTGAATTTCTTTAAATTAAAGGATA	7	182	1
TTTTTGCATGGAATTTCTTTAAAATTTAAGTAT	12	59	1
ACATTTTGAAAATTTTCTTTAAAAAAACCGCTA	10	11	1
TAGATTTAAGAATGCTTTTTATATATTATATAA	3	230	0
ACCCCTTAAGATCGCTTTTTAAGTTTTTTGTAG	8	91	1
TTTTTAAAAAAGGGCTTTTTGAATACTAACTAC	8	120	0
GGTTAAAAGGGGATATTTTTATATAATATATAA	3	212	1
TTGTTCCTAAATGGCTTTTTAGAATGATTGGTT	7	135	0
GTTTTTTGGTGGGAATTTTTACAAACCCTCTCG	8	239	0
TTCTCATTAAATAGATTTTTATGATAAAATCTA	3	145	0
          *  * ********
MAP Score: 30.992

Motif 2
TATAGCGTAAAATAAGCTTTTTTGCGCCATACT	0	75	0
ATTTTACGCTATAATGCGATCTTTATTAAATTA	0	95	1
ATCAACCCAAAAAACGCTGAAAAAATTTTAAGC	2	18	1
CTCCGCAATCAAAAAGGGGTATTGTAGCGCGAG	2	111	0
TGACTTTTTAAAAAAGCTCCAATTACTATCATT	2	217	1
        TAAAAATCCTTTAAATCATCATGTT	2	285	0
ATTTTATCATAAAAATCTATTTAATGAGAATTA	3	148	1
TTAGGGGGTTAAAAGGGGATATTTTTATATAAT	3	206	1
TTTAGATTTAAGAATGCTTTTTATATATTATAT	3	232	0
CTTAAATCTAAAAATGCTACAATGTTTATCTTT	3	253	1
ATCATTCTTAAAAACGCTAAAAATTA       	4	3	0
CACTCAAGCTAAAATCCATTAAGGAAATCAGT 	4	60	1
GATAAGCTTTAAAAAGCGTTATGGGGGGTGGTG	7	35	1
GTGGTGTTACAAAACCCCCTATTTATTTGTGAA	7	62	1
CAATCATTCTAAAAAGCCATTTAGGAACAACTT	7	138	1
GCAAGGTTATAAAACGCTTTATTTTGATAAGTA	8	55	1
CAAAAAACTTAAAAAGCGATCTTAAGGGGTTGA	8	88	0
GTTAGTATTCAAAAAGCCCTTTTTTAAAAATAG	8	123	1
TTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACTTTAA	9	44	0
TTTTCTTTAAAAAAACCGCTAATTGTTAATTTT	10	23	1
TTTGACTTACAAAATCGTTTAAAAATTAACAAT	10	44	0
          **** **  ****
MAP Score: 14.3274

Motif 3
TTAATGTTGGTAGGTGTGTTTGTCTCTTATTAT	0	27	1
AAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAGGGTTAAATG	2	37	1
TTTTAGGGTTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAG	2	55	1
AGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACT	2	71	1
CGCAATCAAAAAGGGGTATTGTAGCGCGAGTTT	2	108	0
TGATAGTAATTGGAGCTTTTTTAAAAAGTCATG	2	215	0
CACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGATGA	2	262	1
CATGATGATTTAAAGGATTTTTA          	2	287	1
TTATGTACAAAAAAGGGGTTGGCATCAATTAGG	3	178	1
TAGGGGGTTAAAAGGGGATATTTTTATATAATA	3	207	1
TTTAGATTTAAGAATGCTTTTTATATATTATAT	3	232	0
AGATAAACATTGTAGCATTTTTAGATTTAAGAA	3	251	0
CTTTAAAACGAAAGGGCAATTTAACC       	3	282	1
CACAAATAAATAGGGGGTTTTGTAACACCACCC	7	60	0
AGTTGTTCCTAAATGGCTTTTTAGAATGATTGG	7	137	0
CAAGGTTATAAAACGCTTTATTTTGATAAGTAT	8	56	1
TCAACCCCTTAAGATCGCTTTTTAAGTTTTTTG	8	88	1
ATTTTTAAAAAAGGGCTTTTTGAATACTAACTA	8	121	0
GAAAAATAACGAGAGGGTTTGTAAAAATTCCCA	8	230	1
AATTAACAATTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATT	10	21	0
TAAAATTCCTTAGGGGGATTGTATCCTTTTTTG	10	73	0
TAAGACAAATGAAGGGGGTTTGTCTTGTTTGTT	11	21	1
TAGGTTAAGGTAGTGGTTTTTGTGTGATGGCAT	12	158	1
GGTTTTTGTGTGATGGCATTTTTTAAATCTGCC	12	172	1
          *** **  *****
MAP Score: 2.71312