AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons026_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252956
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0462	137	putative
#1	rplI	62	50S RIBOSOMAL PROTEIN L9
#2	tig	112	TRIGGER FACTOR
#3	fabZ	181	HYDROXYMYRISTOYL-ACYL CARRIER PROTEIN DEHYDRATASE
#4	jhp1292	300	putative
#5	lon	42	ATP-DEPENDENT PROTEASE LA

Motif 1
TTTAATTGTTATGAATTGAGTTTGATTGATAGG	0	18	1
CAAACTTGATACAAATTTTACTTTTTTACCCCA	0	68	0
CGCTAAATCAAGGAGTGTTATTT          	0	124	1
CTTTATTTTAACAAGTTGGGTTT          	1	0	0
TAATGACTATAAAACTTTAATTTTTTAACCATT	2	79	1
TGAGCGGCACATGAGTGGTGTCTGTGTAAAGCG	3	14	1
AACCAACGCTAAAAATGGCGCTTTAGTTGAATC	3	138	1
ATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT          	3	168	1
CAAAACTAGCAAAAATTGATTTTACCAAAATTG	4	20	0
AATAATCCTAATAAGTCTAATTTTAGTAACGGG	4	155	1
GCATGATTGGAGAAATGGTGCTTACGCTATTGG	4	210	1
TGAGTGGTTCAAAAATTTAATTTTTATAAGACA	4	271	1
          * ******  ***
MAP Score: 11.9648

Motif 2
AACTCAATTCATAACAATTAAAGGTGGTTA     	0	5	0
ATTTATGGGGTAAAAAAGTAAAATTTGTATCAAGT	0	63	1
ACTTGTTAAAATAAAGAGTATAATTACAAATTACT	1	17	1
AACCGGAATTAAAACAAATTAAGCTATAATGACTA	2	53	1
TTAAGCTATAATGACTATAAAACTTTAATTTTTTA	2	71	1
AATTATACCCAAAACTAGCAAAAATTGATTTTACC	4	27	0
CAATGACTGAATAACGATGAAAGTTTAACTGAATA	4	62	1
GTTTAACTGAATAATTATAAAATGTAACTAAGGAG	4	84	1
GGGTGGGGCTAAGAATAAGAAAAATAACCATGAGT	4	241	1
CACCTGTCTTATAAAAATTAAATTTTTGAACCACT	4	273	0
  GATATTTCAAAACCATACAAATTTATAACAGAG	5	8	1
          ***** *  ***  *
MAP Score: 10.6233

Motif 3
AAAATCCGCTAAATCAAGGAGTGTTATTT       	0	118	1
CCAACTTGTTAAAATAAAGAGTATAATTACAAATTA	1	14	1
TAAATTTTTGAAAACTAGAATTAAAACCGCTTTTTA	2	15	1
AACCGGAATTAAAACAAATTAAGCTATAATGACTAT	2	53	1
AATGGTTAAAAAATTAAAGTTTTATAGTCATTATAG	2	76	0
GTTATCCTAAAAAATAACCGCTATTATACCATAAGA	3	105	0
AGTTGAATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT       	3	162	1
AATTTTGGTAAAATCAATTTTTGCTAGTTTTGGGTA	4	21	1
AGAGATGAGTAAAATAAAACCACAAATCAAGAAAAA	4	121	1
CAAATCAAGAAAAATAATCCTAATAAGTCTAATTTT	4	143	1
GGTGGGGCTAAGAATAAGAAAAATAACCATGAGTGG	4	242	1
TGTCTTATAAAAATTAAATTTTTGAACCACTCATGG	4	268	0
          *******    *  **
MAP Score: 9.95562

Motif 4
TTTGATTGATAGGGGTGATTATAGCATTTATG	0	38	1
CGCTAAATCAAGGAGTGTTATTT         	0	124	1
GTTGATAAAAAGCGGTTTTAATTCTAGTTTTC	2	24	0
GTCTGTGTAAAGCGTTTCTTTAAACTTATGGC	3	33	1
GGCGCAATGCATCGGCGTTTTTGCAAATGCAA	3	62	1
AATGCAAGCGAGCGGTTTTCTTATGGTATAAT	3	87	1
ATGGTATAATAGCGGTTATTTTTTAGGATAAC	3	109	1
CGCCATTTTTAGCGTTGGTTATCCTAAAAAAT	3	126	0
ATTCAACTAAAGCGCCATTTTTAGCGTTGGTT	3	138	0
ATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT         	3	168	1
TAGACTTATTAGGATTATTTTTCTTGATTTGT	4	142	0
TGAACCACTCATGGTTATTTTTCTTATTCTTA	4	250	0
          ******  ****
MAP Score: 9.68285

Motif 5
CCCCATAAATGCTATAATCACCCCTATCAA	0	43	0
GCATTTATGGGGTAAAAAAGTAAAATTTGT	0	61	1
AGACGCATGCGGTAAAATCCGCTAAATCAA	0	105	1
AACCCAACTTGTTAAAATAAAGAGTATAAT	1	11	1
TAAAATAAAGAGTATAATTACAAATTACTT	1	23	1
AACAAATTAAGCTATAATGACTATAAAACT	2	65	1
GTTTTCTTATGGTATAATAGCGGTTATTTT	3	101	1
GATAACCAACGCTAAAAATGGCGCTTTAGT	3	135	1
AAACAATTTTGGTAAAATCAATTTTTGCTA	4	17	1
GCTAGTTTTGGGTATAATTCAATGACTGAA	4	43	1
GTGAGAGATGAGTAAAATAAAACCACAAAT	4	118	1
CCACAAATCAAGAAAAATAATCCTAATAAG	4	140	1
GCCACCCGTTACTAAAATTAGACTTATTAG	4	162	0
GCTAAGAATAAGAAAAATAACCATGAGTGG	4	248	1
          **********
MAP Score: 9.45637

Motif 6
TAGGGGTGATTATAGCATTTATGGGGTAAAAAAGTAAAATT	0	47	1
 AAATAACACTCCTTGATTTAGCGGATTTTACCGCATGCGT	0	107	0
 AAACCCAACTTGTTAAAATAAAGAGTATAATTACAAATTA	1	9	1
ATAGCTTAATTTGTTTTAATTCCGGTTGATAAAAAGCGGTT	2	39	0
          TTCTTTCCTTAATGGTTAAAAAATTAAAGTT	2	91	0
TAAAATCAATTTTTGCTAGTTTTGGGTATAATTCAATGACT	4	29	1
AATAATTATAAAATGTAACTAAGGAGTGAGAGATGAGTAAA	4	93	1
CTAATAAGTCTAATTTTAGTAACGGGTGGCGCATTTTTGGC	4	162	1
GGAGAAATGGTGCTTACGCTATTGGGTGGGGCTAAGAATAA	4	218	1
          *  **    **  ****   *
MAP Score: 2.9207