AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons026_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252970
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0462	137	putative
#1	rplI	62	50S RIBOSOMAL PROTEIN L9
#2	tig	112	TRIGGER FACTOR
#3	jhp0732	21	putative Outer membrane protein
#4	hpaA	118	NEURAMINYLLACTOSE-BINDING HEMAGGLUTININ PRECURSOR
#5	moaD	48	putative MOLYBDOPTERIN CONVERTING FACTOR, SUBUNIT 1
#6	ribA	89	GTP CYCLOHYDROLASE II
#7	jhp0739	86	putative
#8	ribBA	97	GTP CYCLOHYDROLASE II/3,4-DIHYDROXY-2-BUTANONE 4- PHOSPHATE SYNTHASE
#9	jhp0741	48	putative lipopolysaccharide biosynthesis protein
#10	fabZ	181	HYDROXYMYRISTOYL-ACYL CARRIER PROTEIN DEHYDRATASE
#11	jhp1291_jhp1292	402	jhp1291: putative, jhp1292: putative
#12	lon	42	ATP-DEPENDENT PROTEASE LA

Motif 1
    AAACTCTTTTAAAATAAGCTTTAAAAGGCGCAATAT	5	6	1
CGCCACCCGTTACTAAAATTAGACTTATTAGGATTATTTT	11	127	1
    GGATACTCCTAAAATTAGTTTTAAAAACGCGTCTTT	6	63	0
TATTTCTTTTTTTTATAATCTAAATTAAGTTTTAATTTGA	8	31	1
GGTTTTCTTATGGTATAATAGCGGTTATTTTTTAGGATAA	10	100	1
TAAAGAGTTTTGATAGAATACCTTTTTTTAAAAGACGCGT	6	33	1
CAAAATTGTTTGATATAATACAGATTTTTAGTTTAGAAAT	11	292	1
ATGCGTATTTTACTAAAATTTGCGCTAGAATGTAAGGCTG	9	11	1
ACCCCATAAATGCTATAATCACCCCTATCAATCAAACTCA	0	34	0
CAAACAATTTTGGTAAAATCAATTTTTGCTAGTTTTGGGT	11	264	0
AAACCCAACTTGTTAAAATAAAGAGTATAATTACAAATTA	1	10	1
CCACCTGTCTTATAAAAATTAAATTTTTGAACCACTCATG	11	11	1
TCCTTAATGGTTAAAAAATTAAAGTTTTATAGTCATTATA	2	77	0
TAATTCCGGTTGATAAAAAGCGGTTTTAATTCTAGTTTTC	2	24	0
AAGTCTGAAATATTACAATCAAGGATAGAACG        	4	96	1
TAATCAAACTTGATACAAATTTTACTTTTTTACCCCATAA	0	65	0
CAACCGGAATTAAAACAAATTAAGCTATAATGACTATAAA	2	52	1
AACTGAATAATTATAAAATGTAACTAAGGAGTGAGAGATG	11	192	0
          *  ** ***     ***  *
MAP Score: 21.6209

Motif 2
TATGGGGTAAAAAAGTAAAATTTGTATCAAGTTTGA	0	66	1
AAAATCCGCTAAATCAAGGAGTGTTATTT       	0	118	1
CCAACTTGTTAAAATAAAGAGTATAATTACAAATTA	1	14	1
TAAATTTTTGAAAACTAGAATTAAAACCGCTTTTTA	2	15	1
AACCGGAATTAAAACAAATTAAGCTATAATGACTAT	2	53	1
AATGGTTAAAAAATTAAAGTTTTATAGTCATTATAG	2	76	0
       AAAAAAACTAATAATCTAAAGATGTTAGG	4	3	1
AAACTCTTTTAAAATAAGCTTTAAAAGGCGCAATAT	5	10	1
   GAATTTAAAATTTAAGAAAATTATAAAGAGTTT	6	7	1
CGCGTCTTTTAAAAAAAGGTATTCTATCAAAACTCT	6	36	0
GGATACTCCTAAAATTAGTTTTAAAAACGCGTCTTT	6	63	0
TTTAGATTATAAAAAAAAGAAATATAGCATGTTTAA	8	19	0
TTTATAATCTAAATTAAGTTTTAATTTGAATTAGAC	8	42	1
GTATTTTACTAAAATTTGCGCTAGAATGTAAGGCTG	9	15	1
GTTATCCTAAAAAATAACCGCTATTATACCATAAGA	10	105	0
AGTTGAATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT       	10	162	1
AGTGGTTCAAAAATTTAATTTTTATAAGACAGGTGG	11	11	0
ACCCGTTACTAAAATTAGACTTATTAGGATTATTTT	11	131	1
AGAGATGAGTAAAATAAAACCACAAATCAAGAAAAA	11	163	0
AATTATACCCAAAACTAGCAAAAATTGATTTTACCA	11	258	1
          **** ***   *  **
MAP Score: 20.2455

Motif 3
TTCATAACAATTAAAGGTGGTTA         	0	1	0
AATCCGCTAAATCAAGGAGTGTTATTT     	0	120	1
AACTTGTTAAAATAAAGAGTATAATTACAAAT	1	16	1
TTCCGGTTGATAAAAAGCGGTTTTAATTCTAG	2	29	0
AAACTAATAATCTAAAGATGTTAGGGTAAAAT	4	14	1
CATTTTGACAACAAAAGCGTGTTGGTTGCTTC	4	48	1
AAAGCTTATTTTAAAAGAGTTT          	5	0	0
TATTGCGCCTTTTAAAGCTTATTTTAAAAGAG	5	13	0
TTAAGAAAATTATAAAGAGTTTTGATAGAATA	6	21	1
TCGCTTGACTTAAAAAGAGTTTATTATACCTT	7	48	0
TGCGCTAGAATGTAAGGCTGTTTAACA     	9	31	1
GTGGTGTCTGTGTAAAGCGTTTCTTTAAACTT	10	28	1
TTCTTATGGTATAATAGCGGTTATTTTTTAGG	10	104	1
TTGAATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT     	10	164	1
GAGCGCTGGTTTTAAGGCGGTCTTTTATTCTT	11	336	1
          *  *********
MAP Score: 15.4658

Motif 4
 TAACCACCTTTAATTGTTATGAATTGAGT	0	9	1
GATACAAATTTTACTTTTTTACCCCATAAA	0	64	0
CATATCCCCTTTAAGTTGTAAGTAATTTGT	1	42	0
      TTTTTTAAATTTTTGAAAACTAGA	2	4	1
TCATTATAGCTTAATTTGTTTTAATTCCGG	2	55	0
CTATAAAACTTTAATTTTTTAACCATTAAG	2	85	1
CGTTCTTTTCTTATTTGTTT          	3	0	0
CTTTAGATTATTAGTTTTTTT         	4	1	0
TATAATTTTCTTAAATTTTAAATTC     	6	5	0
ACATGCTATATTTCTTTTTTTTATAATCTA	8	23	1
ATAATCTAAATTAAGTTTTAATTTGAATTA	8	45	1
ATAATAGCGGTTATTTTTTAGGATAACCAA	10	114	1
GTTCAAAAATTTAATTTTTATAAGACAGGT	11	13	0
CCACTCATGGTTATTTTTCTTATTCTTAGC	11	42	1
CTTATTAGGATTATTTTTCTTGATTTGTGG	11	150	1
CACTCCTTAGTTACATTTTATAATTATTCA	11	199	1
AGGCGGTCTTTTATTCTTTAAGGAGAAGAT	11	350	1
          **********
MAP Score: 12.8974

Motif 5
TAATTATACTCTTTATTTTAACAAGTTGGGTTT 	1	9	0
        TTCTTTCCTTAATGGTTAAAAAATTA	2	96	0
       AAACTCTTTTAAAATAAGCTTTAAAAG	5	3	1
GATAGAATACCTTTTTTTAAAAGACGCGTTTTTA	6	44	1
TTAAAAGACGCGTTTTTAAAACTAATTTTAGGAG	6	60	1
GTATAATAAACTCTTTTTAAGTCAAGCGATAAAG	7	51	1
      TAATCGTTATTAAACATGCTATATTTCT	8	4	1
TGCTATATTTCTTTTTTTTATAATCTAAATTAAG	8	26	1
CTGTGTAAAGCGTTTCTTTAAACTTATGGCGCAA	10	35	1
AAAAAATAACCGCTATTATACCATAAGAAAACCG	10	99	0
     GCCACCTGTCTTATAAAAATTAAATTTTT	11	5	1
ATGCGCCACCCGTTACTAAAATTAGACTTATTAG	11	124	1
AACTAAAAATCTGTATTATATCAAACAATTTTGG	11	291	0
GGTTTTAAGGCGGTCTTTTATTCTTTAAGGAGAA	11	343	1
AGATCTTGTGCTTTTTTAAAGGGAATGCAATCGC	11	376	1
 TTTTCATCTCTCTGTTATAAATTTGTATGGTTT	12	19	0
          **** *****   *
MAP Score: 12.4843

Motif 6
ATACTCTTTATTTTAACAAGTTGGGTTT    	1	6	0
        TTTTTTAAATTTTTGAAAACTAGA	2	2	1
CTATAATGACTATAAAACTTTAATTTTTTAAC	2	76	1
AACTTTAATTTTTTAACCATTAAGGAAAGAA 	2	91	1
TAAAGCTTATTTTAAAAGAGTTT         	5	1	0
ATATTGCGCCTTTTAAAGCTTATTTTAAAAGA	5	14	0
       GAATTTAAAATTTAAGAAAATTATA	6	3	1
TTTAAGAAAATTATAAAGAGTTTTGATAGAAT	6	20	1
ACGCGTCTTTTAAAAAAAGGTATTCTATCAAA	6	41	0
AAAGACGCGTTTTTAAAACTAATTTTAGGAGT	6	63	1
TTATTATACCTTAAAAACATTACAACACATTC	7	28	0
ATCGCTTGACTTAAAAAGAGTTTATTATACCT	7	49	0
ATAGCATGTTTAATAACGATTA          	8	0	0
ATTTAGATTATAAAAAAAAGAAATATAGCATG	8	24	0
GCCACCTGTCTTATAAAAATTAAATTTTTGAA	11	10	1
AACTGAATAATTATAAAATGTAACTAAGGAGT	11	200	0
TCTTGTGCTTTTTTAAAGGGAATGCAATCGCC	11	379	1
          *******  ***
MAP Score: 11.1607

Motif 7
AGAGTATAATTACAAATTACTTACAACTTAAAGGGGAT	1	31	1
       TTTTTTAAATTTTTGAAAACTAGAATTAAAA	2	3	1
ACTATAAAACTTTAATTTTTTAACCATTAAGGAAAGAA	2	84	1
      GAATTTAAAATTTAAGAAAATTATAAAGAGTT	6	4	1
TAAAACTTAATTTAGATTATAAAAAAAAGAAATATAGC	8	27	0
AAGCGTTTCTTTAAACTTATGGCGCAATGCATCGGCGT	10	42	1
CTTATAAAAATTAAATTTTTGAACCACTCATGGTTATT	11	19	1
AATACAGATTTTTAGTTTAGAAATCATTGAGCGCTGGT	11	308	1
          ** ** **    * ** *
MAP Score: 1.25652