AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons027_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252998
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0368	150	putative
#1	jhp0374	21	putative
#2	thrB	53	HOMOSERINE KINASE
#3	pyrD	38	DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
#4	ppk	300	polyphosphate kinase
#5	jhp0456	214	putative Outer membrane protein
#6	dapB	22	DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE
#7	jhp0759	174	putative
#8	hisS	61	HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE
#9	mutT	160	putative DGTP PYROPHOSPHOHYDROLASE
#10	jhp1351	55	putative THIOREDOXIN
#11	dnaE	148	DNA POLYMERASE III, ALPHA CHAIN

Motif 1
TTTAACCCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTTTCAGC	4	33	0
GGGTATCAACAATAGGGGTTTAAAAT         	2	37	1
AAATAATTAAAATGACCGGTTAAAAATGGAGTAAA	0	74	0
TGTATGCTAAAATTTTAGCTTAAAATCTTTAAAAA	8	20	0
ATGAACTCCTAAAATAGTATTAAAAATAAGACAAA	11	11	1
     TGTATAATGCTAGTTTTAAAAATGAAAGGG	2	5	1
AATTATTTTAAAATGGTGGTTATAATAAGAAAGTT	11	45	0
CACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGATGATT	4	262	1
ACGATCCGATAAAGAGTTTTTTAAAGAGCGATAGG	11	89	1
AGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAA	4	71	1
AAATCCCTTGAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCA	0	118	0
AAATCAACCCAAAAAACGCTGAAAAAATTTTAAGC	4	16	1
CAGAATTTTTAAATCAGCCTTAAAAA         	7	1	0
CATTCAATGAAAAACCCGCTAAAAAAACTTCAAAC	7	79	0
TTTTAGGGTTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTT	4	55	1
CTTTTTTCTTAATTTTTGATTTTAATGGCGTTCTT	9	64	1
ACAAGTATTAAAAAGCATGTTAAGATCGGTTT   	7	152	1
CTACTCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAAT	4	205	1
          ***    * ******
MAP Score: 23.2319

Motif 2
AAAAATCCTAAGTGTTAAATATAGTGGCATT	0	12	1
GTATAATGCTAGTTTTAAAAATGAAAGGGTA	2	11	1
GGTTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTT	4	61	1
CGCCATACTCCGCAATCAAAAAGGGGTATTG	4	120	0
CCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAATT	4	210	1
TTAAATCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGTT	4	269	0
AACGATACGAATTGTTAAAAAGAGAATGAAT	5	12	1
ATAACCATGCATCAATAAAAACGCGCTTCAT	5	88	1
CGCTTCATAAAGCTATAAAAACAAGGCTAGG	5	111	1
TTTTTAAATCAGCCTTAAAAA          	7	0	0
ATGAAAAACCCGCTAAAAAAACTTCAAACAG	7	77	0
TATCGCTACAAGTATTAAAAAGCATGTTAAG	7	145	1
TTAGCTTAAAATCTTTAAAAAAGGGCTATTG	8	10	0
GTTATTTGGGCGCTATTAAAATTAGTCTCAA	9	30	1
GGGTTAAGAACGCCATTAAAATCAAAAATTA	9	73	0
CTCCTAAAATAGTATTAAAAATAAGACAAAA	11	16	1
ATACCTATCGCTCTTTAAAAAACTCTTTATC	11	96	0
          *** *******
MAP Score: 22.2114

Motif 3
AAAATCTTTAAAAAAGGGCTATTG       	8	3	0
AATAGCGCCCAAATAACGCTACTAAAATTAA	9	16	0
AAAGCTATAAAAACAAGGCTAGGCTTTAAAC	5	119	1
TGCATCAATAAAAACGCGCTTCATAAAGCTA	5	95	1
CGTTAAATCCAAATAGGGGTTAGACA     	11	132	1
CTCCGCAATCAAAAAGGGGTATTGTAGCGCG	4	113	0
AAAAATTAAGAAAAAAGGGTTTGAGACTAAT	9	50	0
AGAGTTTTTTAAAGAGCGATAGGTATAATGG	11	101	1
AAATCAACCCAAAAAACGCTGAAAAAATTTT	4	16	1
AAAAAACTTCAAACAGCTCTAATTCTTCTAT	7	62	0
TTTAACCCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTTT	4	37	0
     TCTTGAATTAGGGCTTATTTT     	1	5	1
GGGAAATAAAAAATAAGGATTATC       	10	41	1
CATTCAATGAAAAACCCGCTAAAAAAACTTC	7	83	0
CAACTAAGCAAACTCGCGCTACAATACCCCT	4	99	1
AGGGTATCAACAATAGGGGTTTAAAAT    	2	36	1
ATCGCTCTTTAAAAAACTCTTTATCGGATCG	11	90	0
AAATAATTAAAATGACCGGTTAAAAATGGAG	0	78	0
          *** *******
MAP Score: 19.3954

Motif 4
GTAAAATTTTTACCCACCCCAATAAAGTCATGCTAC	0	43	0
    TAGAATAAATCAACCCAAAAAACGCTGAAAAA	4	6	1
GTAAAACTTCATTTAACCCTAAAAGATCGCTTAAAA	4	43	0
CAACTAAGCAAACTCGCGCTACAATACCCCTTTTTG	4	99	1
GAGAATGAATATCCAACGCTACAAGATCTAGGCGAG	5	33	1
AAAACGCGCTTCATAAAGCTATAAAAACAAGGCTAG	5	105	1
TTATTAGTATAACATAAGCCATTAAAGAAAAACGAT	5	154	0
CCCACCAATAACACCACGCCAGAATTTTTAAATCAG	7	19	0
CATTCAATGAAAAACCCGCTAAAAAAACTTCAAACA	7	78	0
TTTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTTTAGCATACA	8	19	1
AATAGCGCCCAAATAACGCTACTAAAATTAAGGGAG	9	11	0
TAAGTAGGGTTAAGAACGCCATTAAAATCAAAAATT	9	74	0
ACTTAAAGCCAGCATACACTATAATACCATCTTAAT	9	105	1
TAATCAAACAAGAAAGAGCTAAAATAAAGACCT   	9	137	1
CCCTATTTGGATTTAACGCCATTATACCTATCGCTC	11	114	0
          *    ****** ** *
MAP Score: 18.4772

Motif 5
CTTTCATTTTTAAAACTAGCATTATACA         	2	1	0
CATTTAACCCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTTTCAGC	4	33	0
CTCTTTTTTGTAAAACTTCATTTAACCCTAAAAGATC	4	51	0
AAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGCAAACTCGCGC	4	81	1
CATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAATTACTATCATTTC	4	215	1
CATTTCATTATATAATCACACCAAACAAACTGATTTT	4	246	1
          TAAAAATCCTTTAAATCATCATGTTTA	4	283	0
TACGAATTGTTAAAAAGAGAATGAATATCCAACGCTA	5	17	1
CATGCATCAATAAAAACGCGCTTCATAAAGCTATAAA	5	93	1
CCAGAATTTTTAAATCAGCCTTAAAAA          	7	0	0
AAAAACCCGCTAAAAAAACTTCAAACAGCTCTAATTC	7	68	0
CTACAAGTATTAAAAAGCATGTTAAGATCGGTTT   	7	150	1
TGGGCGCTATTAAAATTAGTCTCAAACCCTTTTTTCT	9	36	1
TAAGTAGGGTTAAGAACGCCATTAAAATCAAAAATTA	9	73	0
GATGAACTCCTAAAATAGTATTAAAAATAAGACAAAA	11	10	1
TGAATTATTTTAAAATGGTGGTTATAATAAGAAAGTT	11	45	0
GAGCGATAGGTATAATGGCGTTAAATCCAAATAGGGG	11	114	1
          *****   *  * ** *
MAP Score: 17.483

Motif 6
TAAATATAGTGGCATTGTAGCATGACTTTA	0	27	1
TTTTTAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGT	0	83	1
TTTTAAAACTAGCATTATACA         	2	1	0
GTATAATGCTAGTTTTAAAAATGAAAGGGT	2	11	1
ACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAG	4	77	1
ATCAAAAAGGGGTATTGTAGCGCGAGTTTG	4	107	0
TCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAA	4	209	1
GCTTCATAAAGCTATAAAAACAAGGCTAGG	5	112	1
AACAAGGCTAGGCTTTAAACTTGTATCGTT	5	130	1
TATAACATAAGCCATTAAAGAAAAACGATA	5	153	0
TTTGATTGAAGGCATTAAACGACTGC    	5	198	1
CGCTTTCCTTGCTTTTAAATT         	6	1	0
TTTTAAATCAGCCTTAAAAA          	7	0	0
TGAATGGGGGGGCTTTATAGCCGCAAGCTT	7	108	1
TATCGCTACAAGTATTAAAAAGCATGTTAA	7	145	1
TTAGCTTAAAATCTTTAAAAAAGGGCTATT	8	11	0
TTATTTGGGCGCTATTAAAATTAGTCTCAA	9	31	1
GGTTAAGAACGCCATTAAAATCAAAAATTA	9	73	0
CTCCTAAAATAGTATTAAAAATAAGACAAA	11	16	1
TATTATAACCACCATTTTAAAATAATTCAC	11	53	1
CCGATAAAGAGTTTTTTAAAGAGCGATAGG	11	94	1
TGGATTTAACGCCATTATACCTATCGCTCT	11	113	0
          **********
MAP Score: 8.31822