AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons027_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944253019 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 jhp0368 150 putative #1 jhp0374 21 putative #2 thrB 53 HOMOSERINE KINASE #3 pyrD 38 DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE #4 ppk 300 polyphosphate kinase #5 jhp0449 231 putative transporter #6 dnaN 57 DNA POLYMERASE III, BETA CHAIN #7 jhp0456 214 putative Outer membrane protein #8 dapB 22 DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE #9 jhp0757 295 putative osmoprotection binding protein #10 jhp0759 174 putative #11 hisS 61 HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE #12 jhp1148 95 PERIPLASMIC CYTOCHROME C-553 #13 mutT 160 putative DGTP PYROPHOSPHOHYDROLASE #14 jhp1351 55 putative THIOREDOXIN #15 dnaE 148 DNA POLYMERASE III, ALPHA CHAIN Motif 1 GTGGGTAAAAATTTTACTCCATTTTTAACCGGTCATTT 0 62 1 TTGCTTTATAATTTTTAGGTACTTTTGAAAGTGGGTTT 5 88 1 AATCCTACCTATTTTTTCTACATTTTAAATATTTATAT 9 46 0 GTAGGATTATATTTTTACAAATTTTTCACAAAAATTTT 9 76 1 TAATTGTATCATTTTAGGATCATTTTGATAAGTAAGGA 12 59 1 ATTTGATTGGTTTTTGGCTTTGTTTTAAAAAAGTTTGC 9 191 1 GTTTGAAGTTTTTTTAGCGGGTTTTTCATTGAATGGGG 10 79 1 TCTCAAACCCTTTTTTCTTAATTTTTGATTTTAATGGC 13 55 1 ATCGCTTAAAATTTTTTCAGCGTTTTTTGGGTTGATTT 4 16 0 TTTCACAAAAATTTTTGCGATTTTTTATGCGAAAACCA 9 99 1 TATTTCTCCCATTTTCATTTCATTTTTTAAGCAAAGCT 12 13 1 GTTTTGTCTTATTTTTAATACTATTTTAGGAGTTCATC 15 10 0 AAACCGATCTTAACATGCTTTTTAATACTTGTAG 10 150 0 TGAAAGTGGGTTTTTTCTTAAATCTTAAGATCTTTAGG 5 113 1 GTAGCGTTGGATATTCATTCTCTTTTTAACAATTCGTA 7 17 0 TTTTTAAGGCTGATTTAAAAATTCTGGC 10 0 1 AGGTCTTTATTTTAGCTCTTTCTTGTTTGATTAAGA 13 134 0 ATATTGTATAATTTTAAGAAAATTTCATTATTTAAGTA 5 20 0 ACTCCCTTAATTTTAGTAGCGTTATTTGGGCGCTATT 13 9 1 CAATAGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTT 11 8 1 ATTTTAAACCCCTATTGTTGATACCCTT 2 35 0 ***** **** * MAP Score: 31.9579 Motif 2 ACTATGAGCCTTTTAGCAAAATTGCACCATT 9 10 1 TATTGTATAATTTTAAGAAAATTTCATTATT 5 26 0 TCATTTCATTTTTTAAGCAAAGCTTAAACTT 12 27 1 GATCTTAAGATTTAAGAAAAAACCCACTTTC 5 114 0 CGCAAACTTTTTTAAAACAAAGCCAAAAACC 9 199 0 CTTAATTGGGTTTAAATCAAATTTTTATCAT 9 240 0 ATTTTAATTATTTTAGTATAATTGAAAGAAA 0 96 1 ATAACCACCATTTTAAAATAATTCACCACTA 15 57 1 TTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTTTAGCA 11 20 1 TGAAAGAAACTTTTAACAAACAATTCAAGGG 0 118 1 GTTAGCACCAATTTAGGCAAACGCACCTTTC 9 153 1 AAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGCAA 4 79 1 TTTTACAAATTTTTCACAAAAATTTTTGCGA 9 88 1 TTTAAACCCAATTAAGAAAAACCTTTTTATA 9 255 1 AAAATCAAAAATTAAGAAAAAAGGGTTTGAG 13 56 0 AACATAAGCCATTAAAGAAAAACGATACAAG 7 149 0 TTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTA 4 63 1 CGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAATTA 4 211 1 TAAGCTAAAATTTTAGCATACAAATACAAGG 11 33 1 TAGCGGCTGGTTTTCGCATAAAAAATCGCAA 9 113 0 CTAAAATAGTATTAAAAATAAGACAAAACTT 15 19 1 ATCTTTAGGGATTTCAAAAAACTAATACAGC 5 142 1 GAAAAACCTTTTTATATCAAATAAGTTTGGT 9 270 1 TAAAACTTCATTTAACCCTAAAAGATCGCTT 4 47 0 ****** **** MAP Score: 20.5598 Motif 3 TATAATGCTAGTTTTAAAAATGAAAGGGTA 2 12 1 TTTTGGCTTTGTTTTAAAAAAGTTTGCGCT 9 202 1 CGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAATT 4 211 1 GCTTAGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTG 4 78 0 TAGCTTAAAATCTTTAAAAAAGGGCTATTG 11 10 0 TAAATCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGTT 4 269 0 TACCTATCGCTCTTTAAAAAACTCTTTATC 15 96 0 TTGTGAAAAATTTGTAAAAATATAATCCTA 9 77 0 TCCTAAAATAGTATTAAAAATAAGACAAAA 15 17 1 ATCGCTACAAGTATTAAAAAGCATGTTAAG 10 146 1 ACGATACGAATTGTTAAAAAGAGAATGAAT 7 13 1 GTTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTT 4 62 1 CGCAAAAATTTTTGTGAAAAATTTGTAAAA 9 88 0 TTTTAAGGCTGATTTAAAAATTCTGGCGTG 10 11 1 TTTATTGGGGTGGGTAAAAATTTTACTCCA 0 53 1 TTTTAAATCAGCCTTAAAAA 10 0 0 GTTTAAGCTTTGCTTAAAAAATGAAATGAA 12 26 0 GCTTCATAAAGCTATAAAAACAAGGCTAGG 7 112 1 CAACAATAGGGGTTTAAAAT 2 43 1 ********** MAP Score: 18.3726 Motif 4 ATCCTAAGTGTTAAATATAGTGGCATTGTAGCATGAC 0 16 1 TTCTTAATTTTTGATTTTAATGGCGTTCTTAACCCTA 13 69 1 TTAAAGAGCGATAGGTATAATGGCGTTAAATCCAAAT 15 109 1 ATAAAAAGGTTTTTCTTAATTGGGTTTAAATCAAATT 9 248 0 TAAAATACAGATTTGATTGAAGGCATTAAACGACTGC 7 187 1 CCTTTCAGTTTTAATTTGATTGGTTTTTGGCTTTGTT 9 178 1 GCATGGTTATTTCCCATAAACGGGTTTATCTCGCCTA 7 61 0 AAATCAAAAATTAAGAAAAAAGGGTTTGAGACTAATT 13 49 0 CTGTTTGAAGTTTTTTTAGCGGGTTTTTCATTGAATG 10 77 1 TCTTTCTTGTTTGATTAAGATGGTATTATAGTGTATG 13 117 0 TTTTAGGTACTTTTGAAAGTGGGTTTTTTCTTAAATC 5 100 1 ACTCCCTTAATTTTAGTAGCGTTATTTGGGCGC 13 6 1 CGGGTTTTTCATTGAATGGGGGGGCTTTATAGCCGCA 10 96 1 TACCCTTTCATTTTTAAAACTAGCATTATACA 2 5 0 GATGGTATTATAGTGTATGCTGGCTTTAAGTAGGGTT 13 99 0 CCACGCCAGAATTTTTAAATCAGCCTTAAAAA 10 5 0 ATATTTGATGATTTGAACGATAGCCTT 3 0 0 TCTGGCGTGGTGTTATTGGTGGGCGTTTGCATAGAAG 10 32 1 AAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAA 4 65 1 AATTAAGACCAAAAATTCAAGGGGATTATTTTAGCT 6 31 1 CCACTAAACGATCCGATAAAGAGTTTTTTAAAGAGCG 15 82 1 CATACTCCGCAATCAAAAAGGGGTATTGTAGCGCGAG 4 111 0 AAATGGTGGTTATAATAAGAAAGTTTTGTCTTATTTT 15 33 0 CTTGTATCGTTTTTCTTTAATGGCTTATGTTATACTA 7 149 1 GGTTGGGGGAAATAAAAAATAAGGATTATC 14 35 1 TAAAATGTAGAAAAAATAGGTAGGATTATATTTTTAC 9 57 1 TAAAGCTATAAAAACAAGGCTAGGCTTTAAACTTGTA 7 118 1 ** ** * *** ** MAP Score: 18.1699 Motif 5 AACAAACAATTCAAGGGATTTGGCGATT 0 132 1 TCTTGAATTAGGGCTTATTTT 1 6 1 GTTTTAAAAATGAAAGGGTATCAACAATAGG 2 22 1 GGGTATCAACAATAGGGGTTTAAAAT 2 37 1 ATCATCAAATATTAAGGATTAAA 3 25 1 AAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACA 4 70 1 TCCGCAATCAAAAAGGGGTATTGTAGCGCGA 4 112 0 ACATGATGATTTAAAGGATTTTTA 4 286 1 TCTTAAGATCTTTAGGGATTTCAAAAAACTA 5 135 1 TTAATCATTGACAAGGAGTTTGGTAGTTAGG 5 208 1 GACCAAAAATTCAAGGGGATTATTTTAGCT 6 37 1 TTATTTCCCATAAACGGGTTTATCTCGCCTA 7 61 0 TATTTGATATAAAAAGGTTTTTCTTAATTGG 9 262 0 AAATCTTTAAAAAAGGGCTATTG 11 2 0 AAAATTAAGAAAAAAGGGTTTGAGACTAATT 13 49 0 GGAAATAAAAAATAAGGATTATC 14 42 1 AAACGATCCGATAAAGAGTTTTTTAAAGAGC 15 87 1 GTTAAATCCAAATAGGGGTTAGACA 15 133 1 * ********* MAP Score: 14.3468 Motif 6 AGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACA 4 71 1 AACGATCCGATAAAGAGTTTTTTAAAGAGC 15 88 1 GCTTTGTTTTAAAAAAGTTTGCGCTTATTG 9 207 1 AAATTAAGAAAAAAGGGTTTGAGACTAATT 13 49 0 TAATCATTGACAAGGAGTTTGGTAGTTAGG 5 209 1 AGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAAT 11 14 1 ATGATGATTTAAAGGATTTTTA 4 288 1 AAAAACGCTGAAAAAATTTTAAGCGATCTT 4 27 1 TATTTGATATAAAAAGGTTTTTCTTAATTG 9 263 0 TATTTCCCATAAACGGGTTTATCTCGCCTA 7 61 0 GAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCAATTA 0 114 0 TTGGGGTGGGTAAAAATTTTACTCCATTTT 0 57 1 TAAAAAATCGCAAAAATTTTTGTGAAAAAT 9 96 0 GGTATCAACAATAGGGGTTTAAAAT 2 38 1 AAGAAAAACGATACAAGTTTAAAGCCTAGC 7 136 0 TATTTAACACTTAGGATTTTTCA 0 3 0 AATGATACAATTACAAGTTTAAGCTTTGCT 12 42 0 TTTTTATATCAAATAAGTTTGGTTATA 9 278 1 TATTTGTATGCTAAAATTTTAGCTTAAAAT 11 29 0 ********** MAP Score: 13.9621 Motif 7 AGCAAACTCGCGCTACAATACCCCTTTTTG 4 105 1 AACAAGAAAGAGCTAAAATAAAGACCT 13 143 1 AGCTAAAATAATCCCCTTGA 6 47 0 GAATATCCAACGCTACAAGATCTAGGCGAG 7 39 1 ATGAAAAACCCGCTAAAAAAACTTCAAACA 10 78 0 TGTATTTGTATGCTAAAATTTTAGCTTAAA 11 31 0 CTTCATTTAACCCTAAAAGATCGCTTAAAA 4 43 0 GATGAACTCCTAAAATAGTATTAAAAA 15 7 1 AATAAAGTCATGCTACAATGCCACTATATT 0 29 0 GGTGCAATTTTGCTAAAAGGCTCATAGT 9 8 0 GAATCGTTATCGCTACAAGTATTAAAAAGC 10 138 1 ATCAAAATGATCCTAAAATGATACAATTAC 12 58 0 CGTTCTTTTATGCTATAATTAAGACCAAAA 6 15 1 CTTTCAATTATACTAAAATAATTAAAATGA 0 94 0 CGCTTCATAAAGCTATAAAAACAAGGCTAG 7 111 1 AGCCAGCATACACTATAATACCATCTTAAT 13 111 1 CAAATAACGCTACTAAAATTAAGGGAGT 13 8 0 ********** MAP Score: 13.7618 Motif 8 TAAAATCTTTAAAAAAGGGCTATTG 11 4 0 ATTATAGCATAAAAGAACGCTTTT 6 3 0 TAATAGCGCCCAAATAACGCTACTAAAATTA 13 17 0 TAAATCAACCCAAAAAACGCTGAAAAAATTT 4 15 1 TAAAGCTATAAAAACAAGGCTAGGCTTTAAA 7 118 1 ATGCATCAATAAAAACGCGCTTCATAAAGCT 7 94 1 ATTTAACCCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTT 4 38 0 ACTCCGCAATCAAAAAGGGGTATTGTAGCGC 4 114 0 GCGTTAAATCCAAATAGGGGTTAGACA 15 131 1 AAAAAAACTTCAAACAGCTCTAATTCTTCTA 10 63 0 AAAAATTAAGAAAAAAGGGTTTGAGACTAAT 13 50 0 ATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAATTACTATC 4 216 1 CCATTCAATGAAAAACCCGCTAAAAAAACTT 10 84 0 AAACTTTTTTAAAACAAAGCCAAAAACCAAT 9 196 0 TAAAAATTATAAAGCAACGCCCCTAGATTAT 5 74 0 GAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAAC 4 69 1 ACAACTAAGCAAACTCGCGCTACAATACCCC 4 98 1 **** ****** MAP Score: 13.2488 Motif 9 TGAAAAATCCTAAGTGTTAAATATAGTG 0 4 1 CTAGTTTTAAAAATGAAAGGGTATCAACAATAGG 2 19 1 TCAAATCATCAAATATTAAGGATTAAA 3 21 1 AACGCTGAAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAGGGT 4 30 1 GTTGCTTTATAATTTTTAGGTACTTTTGAAAGTG 5 87 1 GTTTTTTCTTAAATCTTAAGATCTTTAGGGATTT 5 122 1 GTCAATGATTAAAATTAAGGAGCTATGTCCTTAA 5 186 0 TTAAGACCAAAAATTCAAGGGGATTATTTTAGCT 6 33 1 CCAACGCTACAAGATCTAGGCGAGATAAACCCGT 7 45 1 ATAAAGCTATAAAAACAAGGCTAGGCTTTAAACT 7 117 1 AATTTAAAAGCAAGGAAAGCGC 8 5 1 TAAAATGTAGAAAAAATAGGTAGGATTATATTTT 9 57 1 ATCAAATTAAAACTGAAAGGTGCGTTTGCCTAAA 9 164 0 TTTAGCATACAAATACAAGGAAATGGA 11 44 1 TAACGCTACTAAAATTAAGGGAGT 13 0 0 ATCAAAAATTAAGAAAAAAGGGTTTGAGACTAAT 13 50 0 ATCTTAATCAAACAAGAAAGAGCTAAAATAAAGA 13 133 1 TGGGGGAAATAAAAAATAAGGATTATC 14 38 1 **** **** * * MAP Score: 12.5562 Motif 10 GTATAATTGAAAGAAACTTTTAACAAACAATTCAA 0 111 1 TGTATAATGCTAGTTTTAAAAATGAAAGGGT 2 6 1 TTAGGGTTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTT 4 57 1 TTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGC 4 73 1 TACTCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAATT 4 206 1 ATTTTTAAACATGATGATTTAAAGGATTTTTA 4 278 1 CTAACGATACGAATTGTTAAAAAGAGAATGAAT 7 8 1 ACTATGAGCCTTTTAGCAAAATTGCACC 9 3 1 TTTTTAAGGCTGATTTAAAAATTCTGGCGTG 10 6 1 CAATAGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCT 11 4 1 GTATCATTTTAGGATCATTTTGATAAGTAAGGAGA 12 64 1 TCTTATTATAACCACCATTTTAAAATAATTCACCA 15 50 1 CGATCCGATAAAGAGTTTTTTAAAGAGCGATAGGT 15 90 1 * ** ****** * MAP Score: 9.92086 Motif 11 GTCATGCTACAATGCCACTATATTTAACACTTAGGA 0 17 0 AGTTTCTTTCAATTATACTAAAATAATTAAAATGAC 0 93 0 GCTATCGTTCAAATCATCAAATATTAAGGATTAAA 3 13 1 CGTGGGTTTGAATCCCGCTACTCCGACCATGACTTT 4 188 1 ACTTTTTAAAAAAGCTCCAATTACTATCATTTCATT 4 219 1 TTCATTATATAATCACACCAAACAAACTGATTTTTA 4 249 1 CCACTTTCAAAAGTACCTAAAAATTATAAAGCAACG 5 86 0 ATGAATATCCAACGCTACAAGATCTAGGCGAGATAA 7 37 1 TATGGGAAATAACCATGCATCAATAAAAACGCGCTT 7 80 1 CGCGCTTCATAAAGCTATAAAAACAAGGCTAGGCTT 7 109 1 ATTAAAGAAAAACGATACAAGTTTAAAGCCTAGCCT 7 134 0 GCAGTCGTTTAATGCCTTCAATCAAATCTGTATTTT 7 188 0 CAAAGCCAAAAACCAATCAAATTAAAACTGAAAGGT 9 177 0 TTCTATGCAAACGCCCACCAATAACACCACGCCAGA 10 32 0 ATTCAATGAAAAACCCGCTAAAAAAACTTCAAACAG 10 77 0 TTGCGGCTATAAAGCCCCCCCATTCAATGAAAAACC 10 98 0 TTGAATCGTTATCGCTACAAGTATTAAAAAGCATGT 10 136 1 ATGATCCTAAAATGATACAATTACAAGTTTAAGCTT 12 46 0 GCGCCCAAATAACGCTACTAAAATTAAGGGAGT 13 7 0 TAGGGTTAAGAACGCCATTAAAATCAAAAATTAAGA 13 70 0 ATACCATCTTAATCAAACAAGAAAGAGCTAAAATAA 13 128 1 GATGAACTCCTAAAATAGTATTAAAAATAA 15 4 1 TTCACCACTAAACGATCCGATAAAGAGTTTTTTAAA 15 78 1 ATTTGGATTTAACGCCATTATACCTATCGCTCTTTA 15 110 0 ** *** * * ** * MAP Score: 5.70104 Motif 12 TTGGGGTGGGTAAAAATTTTACTCCATTTTTAACCGG 0 57 1 CCGGTCATTTTAATTATTTTAGTATAATTGAAAGAAA 0 90 1 TTGATACCCTTTCATTTTTAAAACTAGCATTATACA 2 9 0 TTTAATCCTTAATATTTGATGATTTGAACGATAGC 3 13 0 TTAAGAAAATTTCATTATTTAAGTAAGGGGAATTA 5 8 0 TTACATATTGTATAATTTTAAGAAAATTTCATTATTT 5 25 0 CAAAAGTACCTAAAAATTATAAAGCAACGCCCCTAGA 5 78 0 CCTAAAGATCTTAAGATTTAAGAAAAAACCCACTTTC 5 114 0 ACTAATAAAATACAGATTTGATTGAAGGCATTAAACG 7 182 1 TTCTACATTTTAAATATTTATATGTTAGAATGGTGCA 9 32 0 ATTATATTTTTACAAATTTTTCACAAAAATTTTTGCG 9 81 1 AAACGCACCTTTCAGTTTTAATTTGATTGGTTTTTGG 9 171 1 TTGTTAATGATAAAAATTTGATTTAAACCCAATTAAG 9 234 1 AACACCACGCCAGAATTTTTAAATCAGCCTTAAAAA 10 9 0 AGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTTTAGCA 11 14 1 CCATTTTCATTTCATTTTTTAAGCAAAGCTTAAACTT 12 21 1 CCCTTTTTTCTTAATTTTTGATTTTAATGGCGTTCTT 13 62 1 AAAGTTTTGTCTTATTTTTAATACTATTTTAGGAGTT 15 14 0 ** * **** * ** MAP Score: 2.21092