AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons028_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253054
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0088	72	putative keto-acid dehydrogenase
#1	metB	24	putative CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
#2	cysK	118	CYSTEINE SYNTHASE
#3	jhp0974	103	putative S/N-oxide reductase
#4	rpsA	121	30S RIBOSOMAL PROTEIN S1
#5	jhp0983	28	putative
#6	jhp0986	22	putative
#7	cysE	299	O-SERINE ACETYLTRANSFERASE

Motif 1
CAAAATCCTTTTTTAAAAGAAAATAAGC    	0	6	0
CCCAGATTTAATTTTAAAGTTATATAATTAAA	0	41	0
AGTTTTTCCTTTTTTATTGAATTT        	1	2	0
ATAAGCCAACATTTTACACTAAATCTTACTCC	2	32	1
CGATAACTCAATTTTAGCGATTATGCCTAAAC	2	73	0
TTAGCGATAATTTTAGGTGAATACATGTTAGA	3	40	1
ATTTGGGGTGTTTTAACAGAATGCAAGTTTGA	3	72	1
ATTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCAAAA	4	14	0
TAATTGTTAATTTTTAAACGATTTTGTAAGTC	4	42	1
TTTTATATTTATTTTATAGTAAGGCAGTCA  	4	101	1
   AGAGTGATTTTAAAAGCATGAGAATGGC 	5	7	1
AATAAAATTATTTTAAATGAAAAAGATAAAAA	7	34	0
ATTTAAAATAATTTTATTCCAAATAAATGCCA	7	48	1
TTTTTAAGCCTTTTTAAAGGATTGTTTAAGCG	7	101	1
TTAAAGGATTGTTTAAGCGAATTTGAAGGAAT	7	114	1
ACGCTCTCTCTTTTAATTCCTTCAAATTCGCT	7	129	0
AAGAGAGAGCGTTTTACTCTATTAATTTTTTA	7	149	1
CTCTATTAATTTTTTACTCCATTTAAAGGAGC	7	165	1
TTTGCATCAAGTTTTATTGGAATAGATGAGAA	7	225	1
          ****** ** **
MAP Score: 26.7517

Motif 2
TTGTGGTTTAATTATATAACTTTAAAATTAAATCTG	0	35	1
      CTCTATACTCCCAGATTTAATTTTAAAGTT	0	52	0
ATCAATCTTAATAAGCCAACATTTTACACTAAATCT	2	22	1
TTTACACTAAATCTTACTCCATTTAACGAGTTTAGG	2	44	1
AAATCCCACTATTGAGATTAATTTGAAA        	3	2	0
GTGGGATTTTATTAGCGATAATTTTAGGTGAATACA	3	29	1
ACATGTTAGAATTTGGGGTGTTTTAACAGAATGCAA	3	62	1
AAAATTAACAATTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTT	4	20	0
TAATTGTTAATTTTTAAACGATTTTGTAAGTCAAAA	4	42	1
CCTTAGGGGGATTGTATCCTTTTTTGACTTACAAAA	4	63	0
       GCCATTCTCATGCTTTTAAAATCACTCT 	5	9	0
        TAATAGTAATCTTTTTCAATCTGCTTTT	7	2	1
TATCTTTTTCATTTAAAATAATTTTATTCCAAATAA	7	38	1
CTATCATTAATTTGGCATTTATTTGGAATAAAATTA	7	56	0
TTAATGATAGATTAGCGGGTTTTTAAGCCTTTTTAA	7	82	1
GTTTAAGCGAATTTGAAGGAATTAAAAGAGAGAGCG	7	124	1
CTCTATTAATTTTTTACTCCATTTAAAGGAGCGTGA	7	165	1
AAAATCTCCAATTGGAATGTATTTGGATCAACATAA	7	270	0
          *** **    **** *
MAP Score: 18.1518

Motif 3
        GCTTATTTTCTTTTAAAAAAGGATTTT	0	2	1
AAAAGGATTTTGTGGTTTAATTATATAACTTTAAA	0	26	1
       AGTTTTTCCTTTTTTATTGAATTT    	1	6	0
TTACACTAAATCTTACTCCATTTAACGAGTTTAGG	2	45	1
TTGAGTTATCGTTATCTTTATTATAGGAGAAATA 	2	94	1
CATGTTAGAATTTGGGGTGTTTTAACAGAATGCAA	3	63	1
AAATTAACAATTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTT	4	20	0
CTAAGGAATTTTATATTTATTTTATAGTAAGGCAG	4	93	1
     GCCATTCTCATGCTTTTAAAATCACTCT  	5	8	0
TAGTAATCTTTTTCAATCTGCTTTTTATCTTTTTC	7	13	1
CTGCTTTTTATCTTTTTCATTTAAAATAATTTTAT	7	30	1
ATTAGCGGGTTTTTAAGCCTTTTTAAAGGATTGTT	7	92	1
TTTAATTCCTTCAAATTCGCTTAAACAATCCTTTA	7	115	0
AGAGTAAAACGCTCTCTCTTTTAATTCCTTCAAAT	7	134	0
AGAGAGAGCGTTTTACTCTATTAATTTTTTACTCC	7	150	1
TCTATTAATTTTTTACTCCATTTAAAGGAGCGTGA	7	166	1
GATGCAAATTTTTCTTGCTATTATACCCAAACTCA	7	198	0
CTTAAGCAGATTTTTCTCATCTATTCCAATAAAAC	7	235	0
TTGGAATGTATTTGGATCAACATAACTTAAGCAGA	7	260	0
          ***   **  *****
MAP Score: 7.15948

Motif 4
        GCTTATTTTCTTTTAAAAAAGGATTTTG	0	2	1
GAGTTATCGTTATCTTTATTATAGGAGAAATA    	2	96	1
CACATTTTGAAAATTTTCTTTAAAAAAACCGCTAAT	4	10	1
AGGGGGATTGTATCCTTTTTTGACTTACAAAATCGT	4	59	0
AGGAATTTTATATTTATTTTATAGTAAGGCAGTCA 	4	96	1
    TAATAGTAATCTTTTTCAATCTGCTTTTTATC	7	6	1
AATCTGCTTTTTATCTTTTTCATTTAAAATAATTTT	7	27	1
TCATTTAAAATAATTTTATTCCAAATAAATGCCAAA	7	46	1
GCGGGTTTTTAAGCCTTTTTAAAGGATTGTTTAAGC	7	96	1
AATTTGCATCAAGTTTTATTGGAATAGATGAGAAAA	7	223	1
          ** **** **  *  *
MAP Score: 3.25659

Motif 5
TAAACCACAAAATCCTTTTTTAAAAGAAAA	0	15	0
      AGTTTTTCCTTTTTTATTGAATTT	1	10	0
TTTTACACTAAATCTTACTCCATTTAACGA	2	43	1
GAGTTATCGTTATCTTTATTATAGGAGAAA	2	96	1
TCGCTAATAAAATCCCACTATTGAGATTAA	3	17	0
CACATTTTGAAAATTTTCTTTAAAAAAACC	4	10	1
AGGGGGATTGTATCCTTTTTTGACTTACAA	4	65	0
          AATCCTTCTTTATGGCTATT	6	12	0
   TAATAGTAATCTTTTTCAATCTGCTTT	7	7	1
AATCTTTTTCAATCTGCTTTTTATCTTTTT	7	17	1
ATCTGCTTTTTATCTTTTTCATTTAAAATA	7	28	1
CATTTAAAATAATTTTATTCCAAATAAATG	7	47	1
ACTTGATGCAAATTTTTCTTGCTATTATAC	7	207	0
AGATGAGAAAAATCTGCTTAAGTTATGTTG	7	248	1
          **********
MAP Score: 1.81158

Motif 6
AAATCCTTTTTTAAAAGAAAATAAGC      	0	4	0
GGATTTTGTGGTTTAATTATATAACTTTAAAA	0	30	1
ATTATATAACTTTAAAATTAAATCTGGGAGTA	0	45	1
GTTTTTCCTTTTTTATTGAATTT         	1	1	0
GTTATCTTTATTATAGGAGAAATA        	2	104	1
AATAGTGGGATTTTATTAGCGATAATTTTAGG	3	25	1
TTAGCGATAATTTTAGGTGAATACATGTTAGA	3	40	1
ATTTGGGGTGTTTTAACAGAATGCAAGTTTGA	3	72	1
TAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCAAAATG	4	12	0
AATTGTTAATTTTTAAACGATTTTGTAAGTCA	4	43	1
ACTGCCTTACTATAAAATAAATATAAAATTCC	4	97	0
   AGAGTGATTTTAAAAGCATGAGAATGGC 	5	7	1
ATAAAATTATTTTAAATGAAAAAGATAAAAAG	7	33	0
AAACAATCCTTTAAAAAGGCTTAAAAACCCGC	7	96	0
TTAAAGGATTGTTTAAGCGAATTTGAAGGAAT	7	114	1
TTTGAAGGAATTAAAAGAGAGAGCGTTTTACT	7	135	1
TTTACTCCATTTAAAGGAGCGTGAGTTTGGGT	7	177	1
TTGCATCAAGTTTTATTGGAATAGATGAGAAA	7	226	1
          ******  ****
MAP Score: 0.406208