AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons028_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253064
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0088	72	putative keto-acid dehydrogenase
#1	metB	24	putative CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
#2	cysK	118	CYSTEINE SYNTHASE
#3	jhp0974	103	putative S/N-oxide reductase
#4	jhp0975	25	putative
#5	jhp0977_pheS	81	jhp0977: HIT FAMILY PROTEIN, pheS: PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN
#6	rpsA	121	30S RIBOSOMAL PROTEIN S1
#7	jhp0983	28	putative
#8	jhp0986	22	putative
#9	cysE	299	O-SERINE ACETYLTRANSFERASE

Motif 1
TAAGCCAACATTTTACACTAAATCTTACTCCAT	2	33	1
TTTAAAATAATTTTATTCCAAATAAATGCCAAA	9	49	1
AATTGTTAATTTTTAAACGATTTTGTAAGTCAA	6	43	1
TCTATTAATTTTTTACTCCATTTAAAGGAGCGT	9	166	1
TTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCAAAATG	6	12	0
TTGCATCAAGTTTTATTGGAATAGATGAGAAAA	9	226	1
GTTTTTCCTTTTTTATTGAATTT          	1	0	0
ATTAGCGGGTTTTTAAGCCTTTTTAAAGGATTG	9	92	1
AGAGAGAGCGTTTTACTCTATTAATTTTTTACT	9	150	1
CTAAAACTATTTTTAAGGAAAAAT         	4	11	1
CCAGATTTAATTTTAAAGTTATATAATTAAACC	0	39	0
TTTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAA	5	53	0
TTAAAGGATTGTTTAAGCGAATTTGAAGGAATT	9	114	1
CCCTAAGGAATTTTATATTTATTTTATAGTAAG	6	91	1
TTAGCGATAATTTTAGGTGAATACATGTTAGAA	3	40	1
GATAACTCAATTTTAGCGATTATGCCTAAACTC	2	71	0
AATAAAATTATTTTAAATGAAAAAGATAAAAAG	9	33	0
GATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAAT	5	14	1
TGATGCAAATTTTTCTTGCTATTATACCCAAAC	9	201	0
CAAAATCCTTTTTTAAAAGAAAATAAGC     	0	5	0
          *****  * ****
MAP Score: 28.7189

Motif 2
AAAAAGGATTTTGTGGTTTAATTATATAACTTTAAA	0	25	1
TTTACACTAAATCTTACTCCATTTAACGAGTTTAGG	2	44	1
AAATCCCACTATTGAGATTAATTTGAAA        	3	2	0
ACATGTTAGAATTTGGGGTGTTTTAACAGAATGCAA	3	62	1
 TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATA	5	9	1
CCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTAT	5	42	0
     GCTCTTTTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTT	5	60	0
AAATTAACAATTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTT	6	19	0
CTTAGGGGGATTGTATCCTTTTTTGACTTACAAAAT	6	62	0
CCCTAAGGAATTTTATATTTATTTTATAGTAAGGCA	6	91	1
      GCCATTCTCATGCTTTTAAAATCACTCT  	7	8	0
        TAATAGTAATCTTTTTCAATCTGCTTTT	9	2	1
TCTGCTTTTTATCTTTTTCATTTAAAATAATTTTAT	9	29	1
TATCATTAATTTGGCATTTATTTGGAATAAAATTAT	9	55	0
GATTAGCGGGTTTTTAAGCCTTTTTAAAGGATTGTT	9	91	1
CTCTATTAATTTTTTACTCCATTTAAAGGAGCGTGA	9	165	1
TGATGCAAATTTTTCTTGCTATTATACCCAAACTCA	9	198	0
AAATCTCCAATTGGAATGTATTTGGATCAACATAAC	9	269	0
          ** *   ** **** *
MAP Score: 20.6301

Motif 3
     GCTTATTTTCTTTTAAAAAAGGATT	0	5	1
TACTCCCAGATTTAATTTTAAAGTTATATA	0	47	0
      AGTTTTTCCTTTTTTATTGAATTT	1	10	0
TGAGTTATCGTTATCTTTATTATAGGAGAA	2	95	1
 TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAA	5	9	1
CTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGT	5	47	0
ATTTTGAAAATTTTCTTTAAAAAAACCGCT	6	13	1
CCGCTAATTGTTAATTTTTAAACGATTTTG	6	38	1
AGGGGGATTGTATCCTTTTTTGACTTACAA	6	65	0
CTAAGGAATTTTATATTTATTTTATAGTAA	6	93	1
    TAATAGTAATCTTTTTCAATCTGCTT	9	6	1
AATCTGCTTTTTATCTTTTTCATTTAAAAT	9	27	1
TTTACTCTATTAATTTTTTACTCCATTTAA	9	161	1
          **********
MAP Score: 12.1787

Motif 4
     GCTTATTTTCTTTTAAAAAAGGATTTTG	0	5	1
GATTTTGTGGTTTAATTATATAACTTTAAAATT	0	31	1
ATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATA	5	15	1
CTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATT	5	44	0
CATTTTGAAAATTTTCTTTAAAAAAACCGCTAA	6	12	1
CCGCTAATTGTTAATTTTTAAACGATTTTGTAA	6	38	1
CTTTTTATCTTTTTCATTTAAAATAATTTTATT	9	33	1
AGAGAGAGCGTTTTACTCTATTAATTTTTTACT	9	150	1
GGAGCGTGAGTTTGGGTATAATAGCAAGAAAAA	9	192	1
          ***   *******
MAP Score: 4.30384