AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons029_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253077
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	gltX_2	28	GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE
#1	aspA	57	ASPARTATE AMMONIA-LYASE
#2	purB	107	ADENYLOSUCCINATE LYASE
#3	purD	300	GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE
#4	fumC	174	FUMARASE
#5	sppA	70	putative PROTEASE IV

Motif 1
GTGTGATGGCATTTTTTAAATCTGCCCCTA	3	179	1
AAAAACCTTAATTTTTTAAAAACCATTTCC	4	88	0
AGTTTATGCTATTTTTTTAAGGTTTTAAAA	4	134	1
AAAATGTGGTTGTTTTTAAACCCAGATGAC	3	271	0
TTCCCCCTTGATTCTTTAAACCCCTTTAAA	2	53	1
TTGCATGGAATTTCTTTAAAATTTAAGTAT	3	62	1
ATAGCTAGAATATTTTTTAATTATTACATA	1	27	1
      CGACAATCCTTAAATCAAAATGGG	2	93	0
     GATTTAATCCTTAAAACATTTAAAG	5	5	1
CTTTGAAATTTGATTTTAAAACCTTAAAAA	4	147	0
AGAGTGTATTATACTTTAAATGTTTTAAGG	5	18	0
TGGGATCATGTTACTTTAAAGGGGTTTAAA	2	67	0
TAAAAAATTAAGGTTTTTAAGTAGAAGGTA	4	100	1
     CGTTTTGACCTTTAAATTAAGATAA	4	5	1
    AAATCATTTTCTTTCATAAAGGGTTT	0	6	1
CCATTTCCACAATTTTTACACAAAAGAGGG	4	66	0
TAACCTAACTTATTTTTTCAACGAACTTGC	3	135	0
     GCAGCTTTTCCTAAACTTAATATTT	5	55	0
          **********
MAP Score: 16.5724

Motif 2
TTTCTTTCATAAAGGGTTTTT         	0	17	1
ATTATTACATAAGGAGCTTTT         	1	46	1
AATTGAAATCAAGGGGCTTTCTTGCGCCTT	2	16	1
TGTTACTTTAAAGGGGTTTAAAGAATCAAG	2	59	0
AATTGGCGTTTAGGCGCTTTAAGA      	3	4	0
TAGGTTAAGGTAGTGGTTTTTGTGTGATGG	3	158	1
AAAATTGTGGAAATGGTTTTTAAAAAATTA	4	80	1
TTTAAAAAATTAAGGTTTTTAAGTAGAAGG	4	98	1
GTAGAAGGTATAAGAGTTTATGCTATTTTT	4	120	1
GCTATTTTTTTAAGGTTTTAAAATCAAATT	4	141	1
ATTATACTTTAAATGTTTTAAGGATTAAAT	5	11	0
          **********
MAP Score: 13.7569

Motif 3
TACAATAGCTAGAATATTTTTTAATTATTA	1	23	1
TGAAATCAAGGGGCTTTCTTGCGCCTTGTG	2	19	1
ACAGATTGTTGGAATATTTTTGCATGGAAT	3	43	1
ATTTTTGCATGGAATTTCTTTAAAATTTAA	3	58	1
TTTGTGTGATGGCATTTTTTAAATCTGCCC	3	176	1
AAGGCTAGGAGGATTTTCTTAGGGGCAGAT	3	198	0
TTCGCAACAAGGATTTTCTTGTTATCTTAA	4	26	0
ACACAAAAGAGGGTTATCATTCGTTCGCAA	4	49	0
          **********
MAP Score: 8.54886

Motif 4
GATTTGGTTACAATAGCTAGAATATTTTTTAATTATTA	1	15	1
CCTTGATTCTTTAAACCCCTTTAAAGTAACATGATCCC	2	58	1
TAAACGCCAATTAAAACTATCACAGATTGTTGGAATAT	3	22	1
ACAATTATACTTAAATTTTAAAGAAATTCCATGCAAAA	3	60	0
AAACCACTACCTTAACCTAACTTATTTTTTCAACGAAC	3	139	0
CATCTGGGTTTAAAAACAACCACATTTTAGGGAAGAC 	3	273	1
ACCTTCTACTTAAAAACCTTAATTTTTTAAAAACCATT	4	91	0
AAAAAAATAGCATAAACTCTTATACCTTCTACTTAAAA	4	114	0
AATTTGATTTTAAAACCTTAAAAAAATAGCATAAACTC	4	133	0
        GATTTAATCCTTAAAACATTTAAAGTATAA	5	2	1
          ***** *    * *  **
MAP Score: 2.20334