AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons029_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253087
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	gltX_2	28	GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE
#1	aspA	57	ASPARTATE AMMONIA-LYASE
#2	porG	282	Pyruvate ferrodoxin oxidoreductase
#3	purB	107	ADENYLOSUCCINATE LYASE
#4	purD	300	GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE
#5	fumC	174	FUMARASE
#6	sppA	70	putative PROTEASE IV

Motif 1
AAAACCCTTTATGAAAGAAAATGATTT   	0	7	0
TTATGTAATAATTAAAAAATATTCTAGCTA	1	28	0
AATAACAAAGTTTAAAATAAATATTAGTGG	2	79	1
CGCCTATCTTTTTAGAATAAATAGCCATAA	2	122	1
CCCAATATCGTATAAAATAAATTTAGCCTA	2	249	0
TTTAAAGGGGTTTAAAGAATCAAGGGGGAA	3	53	0
TTTAAACCCCTTTAAAGTAACATGATCCCA	3	67	1
ATACTTAAATTTTAAAGAAATTCCATGCAA	4	62	0
GGCAAGTTCGTTGAAAAAATAAGTTAGGTT	4	134	1
TAGGGGCAGATTTAAAAAATGCCATCACAC	4	179	0
GTCATCTGGGTTTAAAAACAACCACATTTT	4	271	1
CGTTTTGACCTTTAAATTAAGATAACAAGA	5	10	1
GGAAATGGTTTTTAAAAAATTAAGGTTTTT	5	88	1
ATTTTAAAACCTTAAAAAAATAGCATAAAC	5	135	0
TTTTTAAGGTTTTAAAATCAAATTTCAAAG	5	147	1
CCTTAAAACATTTAAAGTATAATACACTCT	6	18	1
          **********
MAP Score: 19.8173

Motif 2
TTTCTTTCATAAAGGGTTTTT         	0	17	1
ATTATTACATAAGGAGCTTTT         	1	46	1
AAATAAATATTAGTGGTTTTTATTAAGAAC	2	93	1
AATATCTTTTTAGGAATTTTTATAGGAAAA	2	183	0
TAAGACACATTAATAGTTTTTCTTGTATAA	2	217	1
AATTGAAATCAAGGGGCTTTCTTGCGCCTT	3	16	1
TGTTACTTTAAAGGGGTTTAAAGAATCAAG	3	59	0
AATTGGCGTTTAGGCGCTTTAAGA      	4	4	0
TAGGTTAAGGTAGTGGTTTTTGTGTGATGG	4	158	1
AAAATTGTGGAAATGGTTTTTAAAAAATTA	5	80	1
TTTAAAAAATTAAGGTTTTTAAGTAGAAGG	5	98	1
GTAGAAGGTATAAGAGTTTATGCTATTTTT	5	120	1
GCTATTTTTTTAAGGTTTTAAAATCAAATT	5	141	1
ATTATACTTTAAATGTTTTAAGGATTAAAT	6	11	0
          **********
MAP Score: 16.1214

Motif 3
          AAAAACCCTTTATGAAAGAA	0	18	0
       AACCCAATTCCTTTTGTTATCCT	2	3	1
GCGTTCTTAATAAAAACCACTAATATTTAT	2	95	0
ATAAAATAGCCATAATCCTTGTGGGTATGC	2	148	1
CTTGATTCTTTAAACCCCTTTAAAGTAACA	3	59	1
         CGACAATCCTTAAATCAAAAT	3	96	0
AAATTTTAAAGAAATTCCATGCAAAAATAT	4	56	0
TGCCATCACACAAAAACCACTACCTTAACC	4	160	0
CTGCCCCTAAGAAAATCCTCCTAGCCTTAT	4	200	1
AAGATAACAAGAAAATCCTTGTTGCGAACG	5	28	1
GCGAACGAATGATAACCCTCTTTTGTGTAA	5	51	1
CTTAATTTTTTAAAAACCATTTCCACAATT	5	82	0
ACCTTCTACTTAAAAACCTTAATTTTTTAA	5	99	0
AAATTTGATTTTAAAACCTTAAAAAAATAG	5	142	0
          GCTAATCCTTTGAAATTTGA	5	164	0
        GATTTAATCCTTAAAACATTTA	6	2	1
          **********
MAP Score: 11.9454

Motif 4
CAGATTTAAAAAATGCCATCACACAAAAACC	4	172	0
ATAGCCATAAAATAGCCATAATCCTTGTGGG	2	142	1
TTTTAGAATAAATAGCCATAAAATAGCCATA	2	131	1
TTTTCAACGAACTTGCCATCAAATAAGAAAC	4	120	0
AACCTTAAAAAAATAGCATAAACTCTTATAC	5	127	0
TGATAGTTTTAATTGGCGTTTAGGCGCTTTA	4	13	0
CCTACCCCACACTTGCCCTATACAAACTAAA	2	30	1
CCTTAAATCAAAATGGGATCATGTTACTTTA	3	79	0
TTAATTTTTTAAAAACCATTTCCACAATTTT	5	80	0
          AAAAACCCTTTATGAAAGAAA	0	17	0
CCTTCTACTTAAAAACCTTAATTTTTTAAAA	5	97	0
CGTTCTTAATAAAAACCACTAATATTTATTT	2	93	0
GCCATCACACAAAAACCACTACCTTAACCTA	4	158	0
          ********* *
MAP Score: 3.8383

Motif 5
  AAAAACCCTTTATGAAAGAAAATGATTT       	0	3	0
AACGCCTATCTTTTTAGAATAAATAGCCATAAAATAG	2	120	1
TTTAGGAATTTTTATAGGAAAATGGGGGCATACCCAC	2	168	0
CCTATAAAAATTCCTAAAAAGATATTGTTATAAGACA	2	187	1
ATTAATAGTTTTTCTTGTATAATTTAGGCTAAATTTA	2	225	1
CTAAATTTATTTTATACGATATTGGGGAGACATATTA	2	253	1
CTATCACAGATTGTTGGAATATTTTTGCATGGAATTT	4	38	1
TTGCATGGAATTTCTTTAAAATTTAAGTATAATTGTA	4	62	1
ACCTAACTTATTTTTTCAACGAACTTGCCATCAAATA	4	126	0
TTAGTGTAGGTTTGTTGAACTTATGCGCATGTAAAAG	4	229	1
ATAACCCTCTTTTGTGTAAAAATTGTGGAAATGGTTT	5	62	1
TGTGGAAATGGTTTTTAAAAAATTAAGGTTTTTAAGT	5	85	1
GTTTATGCTATTTTTTTAAGGTTTTAAAATCAAATTT	5	135	1
          *** *  ** ***   *
MAP Score: 3.07297