AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons030_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253104
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp1054	66	putative Outer membrane protein
#1	exbD_1	51	BIOPOLYMER TRANSPORT PROTEIN
#2	atpD	24	ATP synthase F1, subunit beta
#3	atpA	22	ATP synthase F1, subunit alpha
#4	atpX	104	ATP synthase B'
#5	exbB_2	300	BIOPOLYMER TRANSPORT PROTEIN
#6	ppiA	123	PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE

Motif 1
  AGCTTTAAGGGGATTTTATAAATATCTTAAATAG	1	8	1
        AAATTACATTAATAATAAGGAGCG    	2	2	1
TCAATTTTTAAGCGATTTTTTGTTAAGATAGAGCTA	4	23	1
AGATAGAGCTAATGTTTTTATAACAAGTGCGAGTTT	4	48	1
TGCTAGTATGATTGAATTAATTTAAAATGAACAATT	5	31	1
CAATTATAATACAGATTGGATTTAAATGGTTGGCCA	5	62	1
TGGCCATAAAAGCGTTTGAATTTGATTGTAATTATT	5	92	1
TGTTGATTATATTGTTTTAATAATAACAAGTCAATG	5	139	0
ATAAAGGAATGTTGGTTTGTTGATTATATTGTTTTA	5	156	0
CGTTTATGCGAACGAATGCTTCTTAAAGAGCACATG	5	202	1
TGTATCGCATGTTGCTTTAATCTTAAGGGAATTGTT	5	252	1
CGATAGTGCTGTAGGATGCTTTTGAAATTTAAGCGG	6	21	0
TAAAATACCAATTGTTTTAATTTATTGCTATAATAG	6	59	1
GCTATAATAGAGCATTTGAATGACAAAAGCTTATCG	6	85	1
          *  * *** ** * **
MAP Score: 12.1397

Motif 2
TGTTCATTTTAAATTAATTCAATCATACTAGCAT	5	30	0
TTCTCCAAAAATAAAATTTCAATGAATGTAAATA	0	36	0
TTGCTATAATAGAGCATTTGAATGACAAAAGCTT	6	83	1
CTTTTATGGCCAACCATTTAAATCCAATCTGTAT	5	70	0
TTTCATCCTAAAAATATTTGAAACTCGCACTTGT	4	70	0
TCTATTATAGCAATAAATTAAAACAATTGGTATT	6	62	0
TGTTTTAATAATAACAAGTCAATGATGATTAAGC	5	129	0
TAATAATTACAATCAAATTCAAACGCTTTTATGG	5	95	0
      GGTTAAATTAAGCGAATGTGAGTTAATA	0	4	1
TGTTATTATTAAAACAATATAATCAACAAACCAA	5	147	1
          * *  **** ****
MAP Score: 5.53614