AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons030_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253116
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp1054	66	putative Outer membrane protein
#1	exbD_1	51	BIOPOLYMER TRANSPORT PROTEIN
#2	atpD	24	ATP synthase F1, subunit beta
#3	atpA	22	ATP synthase F1, subunit alpha
#4	atpX	104	ATP synthase B'
#5	fmt	23	METHIONYL-TRNA FORMYLTRANSFERASE
#6	jhp1070	34	putative
#7	jhp1071	209	putative
#8	exbB_2	300	BIOPOLYMER TRANSPORT PROTEIN
#9	ppiA	123	PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE

Motif 1
   AGCTTTAAGGGGATTTTATAAATATCTTAAATAG	1	7	1
CTCAATTTTTAAGCGATTTTTTGTTAAGATAGAGCTA	4	22	1
AAGATAGAGCTAATGTTTTTATAACAAGTGCGAGTTT	4	47	1
      GACCTATTTCTTTCATCCTAAAAATATTTGA	4	83	0
TCATTTATAATGTAGTTTTTATGCGAAAGGCATTTTT	7	23	1
TTCAGTAAAATAGGGCTTTAATATGAAAGCAAGGACT	7	102	0
ATTTAACTTAAGCAGGTTTTATCCAATAAGTTCAGTA	7	132	0
ACAATTATAATACAGATTGGATTTAAATGGTTGGCCA	8	61	1
TTGGCCATAAAAGCGTTTGAATTTGATTGTAATTATT	8	91	1
TTGTTGATTATATTGTTTTAATAATAACAAGTCAATG	8	139	0
GATAAAGGAATGTTGGTTTGTTGATTATATTGTTTTA	8	156	0
TTTATCATTTTGGAGCGTTTATGCGAACGAATGCTTC	8	187	1
CTGTATCGCATGTTGCTTTAATCTTAAGGGAATTGTT	8	251	1
 TATCCAACTTACCGCTTAAATTTCAAAAGCATCCTA	9	9	1
CTAAAATACCAATTGTTTTAATTTATTGCTATAATAG	9	58	1
          **  * *** **   **
MAP Score: 19.9922

Motif 2
CTTAAGGGAATTGTTTTATCATAGACAAGGAG	8	273	1
CCTTTAAGATTTGATTTTTTATATTTTATAAC	7	181	0
GTTGATTATATTGTTTTAATAATAACAAGTCA	8	142	0
      GGTTTTCCTTTAAGATTTGATTTTTT	7	193	0
ATAATACAGATTGGATTTAAATGGTTGGCCAT	8	67	1
TTTTAATTTATTGCTATAATAGAGCATTTGAA	9	73	1
GAAAAAGTCCTTGCTTTCATATTAAAGCCCTA	7	97	1
TCTCCATTTCTTCATTTATAATGTAGTTTTTA	7	12	1
CAAACCAACATTCCTTTATCATTTTGGAGCGT	8	173	1
AAAATACCAATTGTTTTAATTTATTGCTATAA	9	60	1
GTATCGCATGTTGCTTTAATCTTAAGGGAATT	8	253	1
AAACTCGCACTTGTTATAAAAACATTAGCTCT	4	52	0
          TTGAATTAAAAACAAGGAATAA	5	0	1
TGATCCCATTCTGTTATAAAATATAAAAAATC	7	169	1
ATTATAATTGTTCATTTTAAATTAATTCAATC	8	40	0
TAAATCCAATCTGTATTATAATTGTTCATTTT	8	54	0
TTTACATTCATTGAAATTTTATTTTTGGAGAA	0	38	1
ATTAAAACAATTGGTATTTTAGCCGATAGTGC	9	48	0
TAGGATGCTTTTGAAATTTAAGCGGTAAGTTG	9	14	0
          *** ***** **
MAP Score: 17.651

Motif 3
AACAATTCCCTTAAGATTAAAGCAACATGCGATAC	8	253	0
AAATAGGGCTTTAATATGAAAGCAAGGACTTTTTC	7	97	0
    CGCTCCTTATTATTAATGTAATTT       	2	3	0
  GTTATTCCTTGTTTTTAATTCAA          	5	0	0
AATTGTTCATTTTAAATTAATTCAATCATACTAGC	8	32	0
AAAAATAAAATTTCAATGAATGTAAATATTAACTC	0	29	0
CATTGACTTGTTATTATTAAAACAATATAATCAAC	8	139	1
TCAAATATTTTTAGGATGAAAGAAATAGGTC    	4	83	1
ATTAACTCACATTCGCTTAATTTAACC        	0	2	0
ACAGAATGGGATCAATTTAACTTAAGCAGGTTTTA	7	148	0
TAAAGCCCTATTTTACTGAACTTATTGGATAAAAC	7	119	1
TAAAATACCAATTGTTTTAATTTATTGCTATAATA	9	59	1
          **    **** ****
MAP Score: 12.7315

Motif 4
   GGTTAAATTAAGCGAATGTGAGTTAAT	0	7	1
      AGCTTTAAGGGGATTTTATAAATA	1	4	1
TTCTCAATTTTTAAGCGATTTTTTGTTAAG	4	20	1
AATGTAGTTTTTATGCGAAAGGCATTTTTC	7	31	1
AAATCAAATCTTAAAGGAAAACC       	7	196	1
TCAATGATGATTAAGCTAATAATTACAATC	8	115	0
TTTGGAGCGTTTATGCGAACGAATGCTTCT	8	195	1
TGCTTTAATCTTAAGGGAATTGTTTTATCA	8	264	1
CTTTTGAAATTTAAGCGGTAAGTTGGATA 	9	9	0
          **********
MAP Score: 11.5622