AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons031_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253129
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	accA	21	ACETYL-COENZYME A CARBOXYLASE SUBUNIT A
#1	fabB	102	BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE I
#2	jhp0875	65	putative AMINO ACID ABC TRANSPORTER, BINDING PROTEIN PRECURSOR
#3	jhp0877	40	putative SODIUM/ALANINE SYMPORTER
#4	dadA	22	D-Amino acid dehydrogenase
#5	jhp0879	300	putative
#6	accD	80	ACETYL-COENZYME A CARBOXYLASE SUBUNIT B
#7	jhp1096	207	AMINO ACID ABC TRANSPORTER, PERMEASE PROTEIN
#8	jhp1099	48	AMINO ACID ABC TRANSPORTER, BINDING PROTEIN PRECURSOR

Motif 1
        TTTTAATTTAGGATTTTGTGA      	0	2	1
TTTCATTCAATAAAACTAGATTTTAGCTTAAGCTA	1	55	0
AAAATAAAAATTTTACATGATTTTATT        	2	2	0
CATGTAAAATTTTTATTTTGTGTTAGAATGCTTGA	2	18	1
AAACCCTAGTTTATTGAGGAGTTTTT         	3	24	1
        TCTTATTAAAGGGGTTATCAGC     	4	2	1
CCCTTGACTTTTATTATTGAGTTTAGATACAATAA	5	20	0
TTTTGATTGGTTTTAAAATCAGTTTTGAAATTTTT	5	61	0
TTCATTTTTTAAATAAAAGGGGTTTTGGCTGTTTT	5	92	0
AAATGAACAATAATGTTTTGAGTTTCCATTCAAAC	5	120	1
AATAAGATGAAAATTCATGGCGTTTTGCGCTCATT	5	207	1
TTGCGCTCATTTTTTATTTCTTTTTAATTTGATTG	5	231	1
ACATAACACATAATCATAGGAGTTTCAATC     	5	280	1
  GTTTTTCCTTAATTTTGCAGTTTTATTAGGATT	6	57	0
AATGATTGTTTAATCATTGTTGTTAATTTCAGCCA	7	23	1
ACCCAAGCCTTTATGCGGGAAGTTTATGAGCCGTT	7	99	0
CATTTGCCCCAATTGTTAGAAGTTTGGAAACCCAA	7	128	0
CAATTGGGGCAAATGAGAGCTGTTTTTTAATGTGG	7	148	1
AGCTGTTTTTTAATGTGGTGCGTTAAGCGCCATCA	7	165	1
TTTTTAAAATTAAAACTATCTTTTTAGCAAACTTT	8	12	0
TTTTAATTTTAAAAAAAGGTGGTTTT         	8	32	1
          ****  * *  ****
MAP Score: 16.9105

Motif 2
TATTTTGTGTTAGAATGCTTGAAAAAATTAGGATTG	2	31	1
CAAATTTTCTTTGAATAGTGGCAAAACGGCTCATAA	7	75	1
TACAATACCCTATAATAAGATGAAAATTCATGGCGT	5	194	1
GCTATTATTATACAATCAAATTAAAAAGAAATAAAA	5	242	0
AAAACTTGGATACAATCCTAATAAAACTGCAAAATT	6	44	1
AAAAGATAGTTTTAATTTTAAAAAAAGGTGGTTTT 	8	23	1
AATAAAACTGCAAAATTAAGGAAAAAC         	6	63	1
TTAAGAATTTCTAAATATGGTTAAAAAATATACAAT	5	164	1
AAAAGAAATAAAAAATGAGCGCAAAACGCCATGAAT	5	219	0
CAAAGAAAATTTGGATTATAATAAAAAAACTGGCTG	7	52	0
GATAATTTGGTTTATTATAAGCAAAACTTGGATACA	6	22	1
TTTGGCTGTTTTGATTGGTTTTAAAATCAGTTTTGA	5	68	0
ATTATTGAGTTTAGATACAATAACAATTGTCTT   	5	7	0
         ATAAAGTTTGCTAAAAAGATAGTTTTA	8	1	1
TGTTTTGAGTTTCCATTCAAACAAAACCCGTTTAAG	5	133	1
         AATAAAATCATGTAAAATTTTTATTTT	2	1	1
ACCCCTTTTATTTAAAAAATGAACAATAATGTTTTG	5	104	1
TCAAGGGCTTATGAAAAATTTCAAAACTGATTTTAA	5	48	1
TGAAATTAACAACAATGATTAAACAATCATTAAATG	7	18	0
CGTTTGTCTCCAGGTTTTAGTCAAAAATTTAGCTTA	1	26	1
AGTTTTATTGAATGAAAGTTTTAAAATGAGGAGCTA	1	73	1
          ** ***    * ****
MAP Score: 16.0253

Motif 3
          TCTTTTTAACTTGGAGCGTTTGT	1	0	1
ATAGCTCCTCATTTTAAAACTTTCATTCAATAA	1	77	0
   AATAAAATCATGTAAAATTTTTATTTTGTG	2	7	1
AACCCTAGTTTATTGAGGAGTTTTT        	3	25	1
CCTTGACTTTTATTATTGAGTTTAGATACAATA	5	21	0
AGTCAAGGGCTTATGAAAAATTTCAAAACTGAT	5	46	1
GTTTTGGCTGTTTTGATTGGTTTTAAAATCAGT	5	73	0
CTCAAAACATTATTGTTCATTTTTTAAATAAAA	5	109	0
ATGAACAATAATGTTTTGAGTTTCCATTCAAAC	5	122	1
AAACAAAACCCGTTTAAGAATTTCTAAATATGG	5	151	1
TATTATAGGGTATTGTATATTTTTTAACCATAT	5	178	0
ATTTTTTATTTCTTTTTAATTTGATTGTATAAT	5	239	1
GTTTTTCCTTAATTTTGCAGTTTTATTAGGATT	6	57	0
TGTTTAATCATTGTTGTTAATTTCAGCCAGTTT	7	29	1
TTTGCCCCAATTGTTAGAAGTTTGGAAACCCAA	7	128	0
AAATGAGAGCTGTTTTTTAATGTGGTGCGTTAA	7	158	1
GCTAAAAAGATAGTTTTAATTTTAAAAAAAGGT	8	19	1
          * ***** * ***
MAP Score: 4.45942