AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons031_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253147
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	accA	21	ACETYL-COENZYME A CARBOXYLASE SUBUNIT A
#1	fabB	102	BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE I
#2	acpP	52	ACYL CARRIER PROTEIN
#3	jhp0507	97	putative
#4	fabG	38	ACETYL-COENZYME A CARBOXYLASE SUBUNIT A
#5	rpsU	100	30S RIBOSOMAL PROTEIN S21
#6	jhp0510	173	putative
#7	jhp0875	65	putative AMINO ACID ABC TRANSPORTER, BINDING PROTEIN PRECURSOR
#8	jhp0877	40	putative SODIUM/ALANINE SYMPORTER
#9	dadA	22	D-Amino acid dehydrogenase
#10	jhp0879	300	putative
#11	accD	80	ACETYL-COENZYME A CARBOXYLASE SUBUNIT B
#12	jhp1096	207	AMINO ACID ABC TRANSPORTER, PERMEASE PROTEIN
#13	jhp1099	48	AMINO ACID ABC TRANSPORTER, BINDING PROTEIN PRECURSOR

Motif 1
TACCTATTGGTTACAAGATAAGCTTTTTTATCAAAAATA	6	123	1
TTGTTCATTTTTTAAATAAAAGGGGTTTTGGCTGTTTTG	10	91	0
          TCCTAAACAAAGGGTTCTTTTAGCGATAA	3	0	1
ATGAGGTTATTCTAAAACAAAGAGGTTATTATCAA    	3	72	1
GTTAGAAGTTTGGAAACCCAAGCCTTTATGCGGGAAGTT	12	110	0
ATTTAATTTTTACAAAACAAGGGAGTTTTAATC      	2	29	1
TAGTTTTAATTTTAAAAAAAGGTGGTTTT          	13	29	1
TAATATTAAATCTAAAGAAAAATATTTTTAGATGTGCTA	6	81	1
GTTTTGCTTATAATAAACCAAATTATCTTAAGAGTAGCG	11	10	0
AGTTTTTTTATTATAATCCAAATTTTCTTTGAATAGTGG	12	57	1
TTGAACGAATTTAAAATTTAAGGATTATTGAATG     	4	14	1
AAACTCAATAATAAAAGTCAAGGGCTTATGAAAAATTTC	10	31	1
TTTGTTTGAATGGAAACTCAAAACATTATTGTTCATTTT	10	119	0
ACAACATACTAACTAAAAAAGGAAATTTTA         	6	1	0
TATAATAAGATGAAAATTCATGGCGTTTTGCGCTCATTT	10	204	1
GAATGAAAGTTTTAAAATGAGGAGCTATTG         	1	82	1
          TTTTAATTTAGGATTTTGTGA        	0	0	1
AACGCACCACATTAAAAAACAGCTCTCATTTGCCCCAAT	12	150	0
TTGAGTTTAGATACAATAACAATTGTCTT          	10	0	0
TAATCATTGTTGTTAATTTCAGCCAGTTTTTTTATTATA	12	33	1
GTTTTGTAAAAATTAAATCCAATCATCATTGGAGCGT  	2	8	0
          *   **   ***   ****
MAP Score: 25.9018

Motif 2
CTTCTAACAATTGGGGCAAATGAGAGCTGTTTTTTAATGTGGTGCGT	12	141	1
    ATAAAGTTTGCTAAAAAGATAGTTTTAATTTTAAAAAAAGGTG	13	6	1
TGTGTTAGAATGCTTGAAAAAATTAGGATTGATTAAAGA        	7	36	1
TAGTCAAAAATTTAGCTTAAGCTAAAATCTAGTTTTATTGAATGAAA	1	43	1
AGCCAGTTTTTTTATTATAATCCAAATTTTCTTTGAATAGTGGCAAA	12	53	1
TATTTTAATATTAAATCTAAAGAAAAATATTTTTAGATGTGCTAGAA	6	76	1
AGTCAAGGGCTTATGAAAAATTTCAAAACTGATTTTAAAACCAATCA	10	46	1
ACTCCTATGATTATGTGTTATGTCAGCTATTATTATACAATCAAATT	10	256	0
ATTGTATATTTTTTAACCATATTTAGAAATTCTTAAACGGGTTTTGT	10	153	0
ACCCCTTTTATTTAAAAAATGAACAATAATGTTTTGAGTTTCCATTC	10	104	1
CATTATGAGGTTATTCTAAAACAAAGAGGTTATTATCAA        	3	68	1
CCTTGTTTTGTAAAAATTAAATCCAATCATCATTGGAGCGT      	2	4	0
GCAGTTTTATTAGGATTGTATCCAAGTTTTGCTTATAATAAACCAAA	11	27	0
ATAAAAAAACTGGCTGAAATTAACAACAATGATTAAACAATCATTAA	12	21	0
CTATTTCATTTGTAGCCATTGTTAAGCAATGATTTTAAGCTATGGAA	5	47	1
AGAATACCTATTGGTTACAAGATAAGCTTTTTTATCAAAAATAATGA	6	119	1
 GAACTTGAACGAATTTAAAATTTAAGGATTATTGAATG        	4	9	1
CTTACAAACTTTTATCGCTAAAAGAACCCTTTGTTTAGGA       	3	3	0
          **      **    **   *  **  *
MAP Score: 23.4982

Motif 3
          TTTTAATTTAGGATTTTGTGA 	0	0	1
GAGAGCTGTTTTTTAATGTGGTGCGTTAAGCG	12	162	1
GCGCCATCAATTTTAAGGTAAGCGTT      	12	191	1
TTTTATTTCTTTTTAATTTGATTGTATAATAA	10	242	1
TTTTGATTGGTTTTAAAATCAGTTTTGAAATT	10	64	0
TGAATGAAAGTTTTAAAATGAGGAGCTATTG 	1	81	1
AATCCTTAAATTTTAAATTCGTTCAAGTTC  	4	8	0
TCATGTAAAATTTTTATTTTGTGTTAGAATGC	7	17	1
        TCTTTTTAACTTGGAGCGTTTGTC	1	2	1
ATAAGCACTATTTTAATATTAAATCTAAAGAA	6	68	1
AAAAAGATAGTTTTAATTTTAAAAAAAGGTGG	13	22	1
AAAATTTCCTTTTTTAGTTAGTATGTTGTAGC	6	11	1
TAAGCAATGATTTTAAGCTATGGAAAAGAGGT	5	69	1
AAGAAAAATATTTTTAGATGTGCTAGAATACC	6	95	1
TATTGTTCATTTTTTAAATAAAAGGGGTTTTG	10	100	0
ACGCCATGAATTTTCATCTTATTATAGGGTAT	10	198	0
CAGCCAGTTTTTTTATTATAATCCAAATTTTC	12	52	1
AGCCCTTGACTTTTATTATTGAGTTTAGATAC	10	25	0
TAATCATTGTTGTTAATTTCAGCCAGTTTTTT	12	33	1
          ******* * **
MAP Score: 18.2693

Motif 4
AGCTTAAGCTAAAATCTAGTTTTATTGAATGAAAGTTTTAAAA	1	56	1
  TCCTAAACAAAGGGTTCTTTTAGCGATAAAAGTTTGTAAGT	3	8	1
TATTCAAAGAAAATTTGGATTATAATAAAAAAACTGGCTGAAA	12	49	0
         AAAACCACCTTTTTTTAAAATTAAAACTATCTTT	13	24	0
AGCACATCTAAAAATATTTTTCTTTAGATTTAATATTAAAATA	6	76	0
AGAAATTCTTAAACGGGTTTTGTTTGAATGGAAACTCAAAACA	10	133	0
      GATTAAAACTCCCTTGTTTTGTAAAAATTAAATCCAA	2	25	0
AAAAATTTCAAAACTGATTTTAAAACCAATCAAAACAGCCAAA	10	61	1
AACAATGATTAAACAATCATTAAATGGAGAGAAC         	12	1	0
         AAGACAATTGTTATTGTATCTAAACTCAATAATA	10	1	1
        TAAAATTTCCTTTTTTAGTTAGTATGTTGTAGCAT	6	2	1
TCAAAACAGCCAAAACCCCTTTTATTTAAAAAATGAACAATAA	10	90	1
ACTCCTCAATAAACTAGGGTTTAAAAAAGAAATTCC       	8	3	0
TTTAATATTAAAATAGTGCTTATTTCATGTTAGAATAGCCACT	6	48	0
ATTGGTTACAAGATAAGCTTTTTTATCAAAAATAATGATGACA	6	128	1
CTATTATTATACAATCAAATTAAAAAGAAATAAAAAATGAGCG	10	234	0
AAAATCATGTAAAATTTTTATTTTGTGTTAGAATGCTTGAAAA	7	13	1
GATTGTATCCAAGTTTTGCTTATAATAAACCAAATTATCTTAA	11	18	0
          ***      ** **   *   **
MAP Score: 15.725

Motif 5
TTCATTCAATAAAACTAGATTTTAGCTTAAG	1	58	0
      GATTAAAACTCCCTTGTTTTGTAAA	2	37	0
    TTGATAATAACCTCTTTGTTTTAGAAT	3	80	0
    ACTGCTATCACCTCTTTTCCATAGCTT	5	83	0
         TAAAATTTCCTTTTTTAGTTAG	6	1	1
      GCTGATAACCCCTTTAATAAGA   	9	7	0
GAAAAATTTCAAAACTGATTTTAAAACCAAT	10	60	1
CAAAACAGCCAAAACCCCTTTTATTTAAAAA	10	91	1
CCATTCAAACAAAACCCGTTTAAGAATTTCT	10	145	1
TTATAATAAAAAAACTGGCTGAAATTAACAA	12	42	0
TTTTAAAATTAAAACTATCTTTTTAGCAAAC	13	15	0
          AAAACCACCTTTTTTTAAAAT	13	37	0
          ****** ****
MAP Score: 12.4312

Motif 6
CAATGATGATTGGATTTAATTTTTACAAAACAAGGGAGTTTTAATC 	2	16	1
GCTAACATTATGAGGTTATTCTAAAACAAAGAGGTTATTATCAA   	3	63	1
TGTTAAGCAATGATTTTAAGCTATGGAAAAGAGGTGATAGCAGT   	5	66	1
TTTTGATAAAAAAGCTTATCTTGTAACCAATAGGTATTCTAGCACAT	6	112	0
CTTTTATTATTGAGTTTAGATACAATAACAATTGTCTT         	10	1	0
ATTTCAAAACTGATTTTAAAACCAATCAAAACAGCCAAAACCCCTTT	10	65	1
CAAAACCCCTTTTATTTAAAAAATGAACAATAATGTTTTGAGTTTCC	10	100	1
TTAAGATAATTTGGTTTATTATAAGCAAAACTTGGATACAATCCTAA	11	18	1
TTTCAGCCAGTTTTTTTATTATAATCCAAATTTTCTTTGAATAGTGG	12	49	1
GCTAAAAAGATAGTTTTAATTTTAAAAAAAGGTGGTTTT        	13	19	1
          *    ***        ****   *  *
MAP Score: 3.09398