AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons032_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253162
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0112	185	putative
#1	thrS	39	THREONYL-TRNA SYNTHETASE
#2	rplT	94	50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
#3	napA	207	NEUTROPHIL-ACTIVATING PROTEIN A
#4	pheS	81	PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN

Motif 1
          AAAACTCCCTTAAAATGATCATTAAGTT	0	0	1
TAAGTTTCTTAAAACAAAAATATAACAATGATAGCATG	0	32	1
AGCTTAGAACACAAACTGGCTAAAACTAAAGCTCTATC	0	69	0
TGAAGAAAGGAAACATAAGTTTTAAAGA          	1	21	1
AGTCGTTGTAAAAACGCACCTAAAAATATTTTAAAAAG	2	54	1
AAAATATTTTAAAAAGAAAGGTAAAGAA          	2	76	1
TATCCCCCTTAAAAAATGAGTTTTACGATAAAACAAAA	3	20	1
GTTTTACGATAAAACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAA	3	39	1
TCAGTTTTTGACAAAAATAAGACAAAAAAATTTTTTTC	3	98	1
TCCTACACCAAAAGAGTTAATGAAAAAAATTTTTTTGT	3	119	0
AATAAAAGCCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACTTTTG	3	179	1
AGAAAAACCTTAAAAGGGAGTAAAAAGAGC        	4	2	0
AAGCTATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAA	4	26	0
ATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA    	4	57	1
          *****     *  ** **
MAP Score: 19.3706

Motif 2
TATATTTTTGTTTTAAGAAACTTAATGATC	0	26	0
CCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACTTTTG	3	187	1
 ATTTTAAGGTTTGAAGAAAGGAAACATAA	1	9	1
CCTAAAAATATTTTAAAAAGAAAGGTAAAG	2	72	1
TATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACA	4	51	0
TAAAACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAAC	3	48	1
TTTATCAGTTTTTGACAAAAATAAGACAAA	3	94	1
CGATCAAGGTTTTTATGAAAATAAAAGCCT	3	160	1
AAAAAATGAGTTTTACGATAAAACAAAATT	3	30	1
AAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTAT	4	29	1
TTAGGTGCGTTTTTACAACGACTTTCCCTT	2	47	0
          **********
MAP Score: 18.119

Motif 3
GCTATCATTGTTATATTTTTGTTTTAAGAAACTTA	0	32	0
TTTAATCTTTTTAAAATTTTGTTTTATCGTAAAAC	3	39	0
TAAAATTGTTTTAGGCTTTTATTTTCATAAAAACC	3	167	0
TTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTT	4	17	1
 TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTAT	4	57	0
       TCTTTAAAACTTATGTTTCCTTTCTTCA	1	21	0
TCTTTTTGGTTTATGATTTTATTGTATAATGAGCG	0	126	1
TGATAGCATGATAGAGCTTTAGTTTTAGCCAGTTT	0	60	1
AAAAAAATTTTTTTGTCTTATTTTTGTCAAAAACT	3	100	0
      TTCTTTACCTTTCTTTTTAAAATATTTTT	2	75	0
TTGTTTTATCGTAAAACTCATTTTTTAAGGGGGAT	3	21	0
GAAAGTGGAGTTAATCCCCTTGTTTAAGGGAAAGT	2	22	1
TTTTTTTCATTAACTCTTTTGGTGTAGGATAGCGA	3	128	1
          ***   ****  ***
MAP Score: 14.4423

Motif 4
GATCATTAAGTTTCTTAAAACAAAAATATAACA	0	26	1
TAGTTAGGTATTTTTGAATAGAAAGGGTGGTT 	0	163	1
ATTTTAAGGTTTGAAGAAAGGAAACATAAGTTT	1	10	1
ACCTAAAAATATTTTAAAAAGAAAGGTAAAGAA	2	71	1
ATAAAACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAACAT	3	47	1
GGTTTATCAGTTTTTGACAAAAATAAGACAAAA	3	92	1
GATCAAGGTTTTTATGAAAATAAAAGCCTAAAA	3	161	1
AGCCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACTTTTG 	3	185	1
ATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAA	4	26	0
GTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGA	4	52	1
          *** * **** **
MAP Score: 12.3197

Motif 5
TCATTGTTATATTTTTGTTTTAAGAAACTTAATGATCA	0	25	0
ATACAATAAAATCATAAACCAAAAAGAATACACCCCTT	0	115	0
TTAGTTAGGTATTTTTGAATAGAAAGGGTGGTT     	0	162	1
    ATTTTAAGGTTTGAAGAAAGGAAACATAAGTTTT	1	6	1
CGCACCTAAAAATATTTTAAAAAGAAAGGTAAAGAA  	2	68	1
TTAAAAAATGAGTTTTACGATAAAACAAAATTTTAAAA	3	28	1
AGGGTTTATCAGTTTTTGACAAAAATAAGACAAAAAAA	3	90	1
CTACACCAAAAGAGTTAATGAAAAAAATTTTTTTGTCT	3	117	0
ATAGCGATCAAGGTTTTTATGAAAATAAAAGCCTAAAA	3	156	1
AAAGCCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACTTTTG    	3	183	1
GCTATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAG	4	24	0
AAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGA	4	47	1
          *   **    ***** **
MAP Score: 7.47627

Motif 6
CATTAAGTTTCTTAAAACAAAAATATAACA	0	29	1
TAAAACAAAAATATAACAATGATAGCATGA	0	41	1
CACAAACTGGCTAAAACTAAAGCTCTATCA	0	68	0
ATACACCCCTTATTAACAAAGCTTAGAACA	0	96	0
CAATAAAATCATAAACCAAAAAGAATACAC	0	120	0
CTAACCGCTCATTATACAATAAAATCATAA	0	136	0
CACCCTTTCTATTCAAAAATACCTAACTAA	0	162	0
ACGACTTTCCCTTAAACAAGGGGATTAACT	2	30	0
ACCTAAAAATATTTTAAAAAGAAAGGTAAA	2	71	1
          TTTTGATAATTATCCCCCTT	3	0	1
AATTATCCCCCTTAAAAAATGAGTTTTACG	3	17	1
GAGTTTTACGATAAAACAAAATTTTAAAAA	3	37	1
ATAAAACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAA	3	47	1
GTTTATCAGTTTTTGACAAAAATAAGACAA	3	93	1
TTTGACAAAAATAAGACAAAAAAATTTTTT	3	104	1
AAAAGAGTTAATGAAAAAAATTTTTTTGTC	3	118	0
ATCAAGGTTTTTATGAAAATAAAAGCCTAA	3	162	1
AAATAAAAGCCTAAAACAATTTTAAAAAAA	3	178	1
CTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACTTTTG 	3	188	1
CAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGG	4	23	0
TATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACA	4	51	0
          **********
MAP Score: 1.19348