AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons032_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253172
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0112	185	putative
#1	thrS	39	THREONYL-TRNA SYNTHETASE
#2	rplT	94	50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
#3	napA	207	NEUTROPHIL-ACTIVATING PROTEIN A
#4	flgI	185	FLAGELLAR P-RING PROTEIN
#5	pheS	81	PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN

Motif 1
TATTTAATCTTTTTAAAATTTTGTTTTATCGTAAAAC	3	39	0
TTTAAAATTGTTTTAGGCTTTTATTTTCATAAAAACC	3	167	0
AAATCAAAGATTTTAATTTTAGCCTTTTATCAGCTTA	4	49	0
TTTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTT	5	15	1
GGGTGTATTCTTTTTGGTTTATGATTTTATTGTATAA	0	118	1
AAAATTAAAATCTTTGATTTAAAGTTTATAAGATTTT	4	66	1
         TTCTTTACCTTTCTTTTTAAAATATTTT	2	76	0
TGAAAAAAATTTTTTTGTCTTATTTTTGTCAAAAACT	3	100	0
CTCAATTTAATTTTAATTTGAAACTTTAAGCTGATAA	4	23	1
TTTTAAAATATTTTTAGGTGCGTTTTTACAACGACTT	2	53	0
ATGCTATCATTGTTATATTTTTGTTTTAAGAAACTTA	0	32	0
   TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTAT	5	57	0
ACAAAAAAATTTTTTTCATTAACTCTTTTGGTGTAGG	3	119	1
         TCTTTAAAACTTATGTTTCCTTTCTTCA	1	21	0
TACCCCATCATTTTAGCATAAGCCTTTTATAAAAACT	4	139	0
TTTTAGCCAGTTTGTGTTCTAAGCTTTGTTAATAAGG	0	82	1
TTTTGTTTTATCGTAAAACTCATTTTTTAAGGGGGAT	3	21	0
TTTATTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAA	5	40	1
          *****   **    ***
MAP Score: 28.4553

Motif 2
GATTTAAAGTTTATAAGATTTTTGAGTATAGC	4	81	1
TTTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTA	5	15	1
CTCAATTAAGTTTAAAGTTTTTATAAAAGGCT	4	124	1
TTTAAAATTGTTTTAGGCTTTTATTTTCATAA	3	172	0
         ATTTTAAGGTTTGAAGAAAGGAA	1	1	1
CCAGTTTGTGTTCTAAGCTTTGTTAATAAGGG	0	88	1
TAAACTTTAAATCAAAGATTTTAATTTTAGCC	4	62	0
TGAATAGGGTTTATCAGTTTTTGACAAAAATA	3	85	1
TAGGATAGCGATCAAGGTTTTTATGAAAATAA	3	152	1
ACCTTTCTTTTTAAAATATTTTTAGGTGCGTT	2	66	0
TATTTAATCTTTTTAAAATTTTGTTTTATCGT	3	44	0
AAGATTTTAATTTTAGCCTTTTATCAGCTTAA	4	48	0
TAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAA	5	45	1
ATTCTTTTTGGTTTATGATTTTATTGTATAAT	0	124	1
CATGCTATCATTGTTATATTTTTGTTTTAAGA	0	38	0
CCCTATTCAATTTAATGTTATTTAATCTTTTT	3	62	0
TTAATAAGGGGTGTATTCTTTTTGGTTTATGA	0	110	1
AAAAATTTTTTTGTCTTATTTTTGTCAAAAAC	3	101	0
          ** **** ****
MAP Score: 23.3261

Motif 3
AAATGATCATTAAGTTTCTTAAAACAAAAATATAACAA	0	22	1
CTTAGAACACAAACTGGCTAAAACTAAAGCTCTATCAT	0	67	0
CATTATACAATAAAATCATAAACCAAAAAGAATACACC	0	119	0
ACGCACCTAAAAATATTTTAAAAAGAAAGGTAAAGAA 	2	67	1
AAAAAATGAGTTTTACGATAAAACAAAATTTTAAAAAG	3	30	1
AACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAACATTAAATTGAA	3	51	1
TTTATGAAAATAAAAGCCTAAAACAATTTTAAAAAAAG	3	171	1
CAGCTTAAAGTTTCAAATTAAAATTAAATTGAGGTATG	4	18	0
TTTAAGCTGATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGATT	4	47	1
GCTATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAG	5	24	0
AGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGAT	5	48	1
          **      *****  ***
MAP Score: 12.9215

Motif 4
ATTAAGTTTCTTAAAACAAAAATATAACAATG	0	30	1
CAATAAAATCATAAACCAAAAAGAATACACCC	0	118	0
AACCGCTCATTATACAATAAAATCATAAACCA	0	132	0
AACCACCCTTTCTATTCAAAAATACCTAACTA	0	163	0
TTCCTTTCTTCAAACCTTAAAAT         	1	1	0
GAAAGGAAACATAAGTTTTAAAGA        	1	25	1
TTTACAACGACTTTCCCTTAAACAAGGGGATT	2	34	0
CGCACCTAAAAATATTTTAAAAAGAAAGGTAA	2	68	1
AAAAATGAGTTTTACGATAAAACAAAATTTTA	3	31	1
TACGATAAAACAAAATTTTAAAAAGATTAAAT	3	43	1
AAAAAGATTAAATAACATTAAATTGAATAGGG	3	62	1
TTTGTCTTATTTTTGTCAAAAACTGATAAACC	3	92	0
TTTGACAAAAATAAGACAAAAAAATTTTTTTC	3	104	1
CCAAAAGAGTTAATGAAAAAAATTTTTTTGTC	3	118	0
TAGGCTTTTATTTTCATAAAAACCTTGATCGC	3	159	0
TTATGAAAATAAAAGCCTAAAACAATTTTAAA	3	172	1
AAGCCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACTTTT	3	184	1
AAAGTTTCAAATTAAAATTAAATTGAGGTATG	4	18	0
TTAAGCTGATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTT	4	48	1
CTTATAAACTTTAAATCAAAGATTTTAATTTT	4	66	0
CTATACTCAAAAATCTTATAAACTTTAAATCA	4	80	0
GATTTTTGAGTATAGCATAAAAATGCGCTCAA	4	97	1
AATGCGCTCAATTAAGTTTAAAGTTTTTATAA	4	118	1
TAAGTTTAAAGTTTTTATAAAAGGCTTATGCT	4	130	1
TTATAAAAGGCTTATGCTAAAATGATGGGGTA	4	144	1
TAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGTAAAA	5	15	0
TTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTAT	5	27	1
CCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATAC	5	52	0
          ****  ******
MAP Score: 8.7859