AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons033_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253182
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0599	298	putative
#1	jhp0600	82	putative Outer membrane protein
#2	dcuA_ansB	129	dcuA: ANAEROBIC C4-DICARBOXYLATE MEMBRANE TRANSPORTER, ansB: L-asparaginase II
#3	jhp0759	174	putative
#4	trxA	91	THIOREDOXIN
#5	jhp0766	300	putative
#6	gatA	58	GLU-TRNA AMIDOTRANSFERASE, SUBUNIT A
#7	speE	92	putative spermidine synthase
#8	jhp0772	76	putative

Motif 1
CTTCATGGTAAAGCTTTTAAAAGGATAGGGGGG	5	27	1
GGTAGCATGTTAGCGTTTCAAAGGCATGGATAT	7	41	1
   TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGT	1	7	1
     GTGTTTAGCCTTACAAAAAATTTAATGG	6	40	0
GCGTTTTCATTAACATTCTTAAGCTAATATAAT	4	29	1
TAATTTTAAAAAGCGTTATTAAAGGATAAGGGG	5	78	0
AATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATG	0	236	1
AAGAATATGAAAAAGTTATAAAGAAGTAACACT	5	239	0
GTTGTTAAAATAAATTTAAAAAGGGTTA     	2	111	1
TAAAATCTTTTAAATTTCAAAAGGTAGTCTATA	2	64	0
CACCAGCTAATAGCTTGATAAAGCTTAGATTTT	0	120	1
AAAATTTTTTAAAATTTACAAAAATGAGAAAGA	0	86	1
AAGAGAATCAAAAATTTCAAAAACATTCTCATT	2	32	1
TGATTGCTTAAAAAATTATAAAAGCTATTAAAA	5	157	0
TTATCGCTACAAGTATTAAAAAGCATGTTAAGA	3	144	1
ACCCTTATTTAAGCTTTAAATAACTATAATATT	8	47	0
         ATAACATTCCTTAGCTTGCTTTTT	7	78	0
TAGTATAGTGAATCGTTGTTAAAATAAATTTAA	2	97	1
GATTAAATTGAAGCGATAAAAAAG         	8	1	0
TTTTTTAAGCAATCATTAGATAAAATCAGCCAT	5	175	1
AAGGCATGGATATTGTTAAAAAGCAAGCTAAGG	7	61	1
          **** **  ****
MAP Score: 22.0659

Motif 2
TACATAATTCTCATTAAATAGATTTTTATGATAAAATCT	0	146	0
GTTTGAAGTTTTTTTAGCGGGTTTTTCATTGAATGGGGG	3	79	1
   AAACCGATCTTAACATGCTTTTTAATACTTGTAGCG	3	148	0
TAGTGAATCGTTGTTAAAATAAATTTAAAAAGGGTTA  	2	102	1
          TTTTTAAGGCTGATTTAAAAATTCTGGCG	3	0	1
   ATAACATTCCTTAGCTTGCTTTTTAACAATATCCAT	7	66	0
GAAGTGTTACTTCTTTATAACTTTTTCATATTCTTATGG	5	237	1
ATAATGAGAATGTTTTTGAAATTTTTGATTCTCTTATTT	2	28	0
TCTATGATTTTGATTAACGAGAATTATATTAGCTTAAGA	4	45	0
AGCTTGAGTGTTGTTAGTAGCGATATTATAACTAATCAT	1	31	0
     GGCGTTTATTACGACAATTTAGATTTTTTTGGGT	7	5	1
GTGTTCTTTCTCATTTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCA	0	84	0
          TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAG	1	0	1
TACCTAAGCATGTTAAACTACCATTAAATTTTTTGTAAG	6	20	1
TTTTATAATTTTTTAAGCAATCATTAGATAAAATCAGCC	5	167	1
CAATACCCAATTTTAATAGCTTTTATAATTTTTTAAGCA	5	147	1
AAAGGGGATATTTTTATATAATATATAAAAAGCATTCTT	0	217	1
CGATTCACTATACTATAAAATCTTTTAAATTTCAAAAGG	2	73	0
CAAGCGGTAATTTTAAAAAGCGTTATTAAAGGATAAGGG	5	79	0
GTTGTCATTTTTTTACCGGAGAATTTTATC         	5	280	1
AAATATCCCCTTTTAACCCCCTAATTGATGCCAACCCCT	0	191	0
AGTTGTCCCATAATTATAGCATAAATGATAATGAAAAAG	0	33	1
TATTGTAATCTAATTTTGATTAAATTGAAGCGATAAAAA	8	12	0
          *  ***      **** **
MAP Score: 20.6877

Motif 3
TGAGAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAA	0	76	1
TTTATCATAAAAATCTATTTAATGAGAATTAT	0	150	1
ATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATG	0	237	1
  TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGT	1	8	1
CTATACTATAAAATCTTTTAAATTTCAAAAGG	2	73	0
AGTATAGTGAATCGTTGTTAAAATAAATTTAA	2	98	1
        TAACCCTTTTTAAATTTATTTTAA	2	115	0
ACACCACGCCAGAATTTTTAAATCAGCCTTAA	3	13	0
TAGAAGAATTAGAGCTGTTTGAAGTTTTTTTA	3	63	1
CGTTATCGCTACAAGTATTAAAAAGCATGTTA	3	142	1
CGTTTTCATTAACATTCTTAAGCTAATATAAT	4	30	1
GCTTCATGGTAAAGCTTTTAAAAGGATAGGGG	5	26	1
AATTTTAAAAAGCGTTATTAAAGGATAAGGGG	5	78	0
AAAAATTATAAAAGCTATTAAAATTGGGTATT	5	148	0
ATAAAGAAGTAACACTTCTAAAACCCAAACAC	5	223	0
TTACAATATTATAGTTATTTAAAGCTTAAATA	8	43	1
          * **** *****
MAP Score: 15.7583

Motif 4
TTTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCATT	0	74	0
TATATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAA	0	231	1
AATCAAAAATTTCAAAAACATTCTCATTATAGACTA	2	37	1
CCTTTTGAAATTTAAAAGATTTTATAGTATAGTGAA	2	73	1
         TTTTTAAGGCTGATTTAAAAATTCTGG	3	1	1
GCTACAAGTATTAAAAAGCATGTTAAGATCGGTTT 	3	149	1
CCCCTATCCTTTTAAAAGCTTTACCATGAAGCAAAG	5	22	0
AGCGGTAATTTTAAAAAGCGTTATTAAAGGATAAGG	5	80	0
AATACCCAATTTTAATAGCTTTTATAATTTTTTAAG	5	148	1
ATGTTAGCGTTTCAAAGGCATGGATATTGTTAAAAA	7	47	1
ATGGATATTGTTAAAAAGCAAGCTAAGGAATGTTAT	7	66	1
TATTATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTGGC	8	49	1
          ** ****** *    *
MAP Score: 14.7327

Motif 5
AGTATCTCCTTTGTGTTGGTTTAAGTTGTCCCATAATT	0	10	1
TCATTATCATTTATGCTATAATTATGGGACAACTTAAA	0	29	0
AATCTAAGCTTTATCAAGCTATTAGCTGGTGTTCTTTC	0	113	0
ATTAAATAGATTTTTATGATAAAATCTAAGCTTTATCA	0	135	0
TTAATGAGAATTATGTACAAAAAAGGGGTTGGCATCAA	0	168	1
AAAAAAGGGGTTGGCATCAATTAGGGGGTTAAAAGGGG	0	186	1
TTTGATTCTCTTATTTTGTTTGAAGGGGCAAGTC    	2	6	0
TATAAAATCTTTTAAATTTCAAAAGGTAGTCTATAATG	2	61	0
TTAGAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAGCGGGTTTTTCATT	3	71	1
TTTTAGCGGGTTTTTCATTGAATGGGGGGGCTTTATAG	3	90	1
TTAACATGCTTTTTAATACTTGTAGCGATAACGATTCA	3	137	0
ATGGTAAAGCTTTTAAAAGGATAGGGGGGTGATTTTGA	5	31	1
TTAAAAAGCGTTATTAAAGGATAAGGGGAGCATGGTTT	5	68	0
CTTTATAACTTTTTCATATTCTTATGGGTATGTTGTCA	5	249	1
TATGGGTATGTTGTCATTTTTTTACCGGAGAATTTTAT	5	271	1
ATTACGACAATTTAGATTTTTTTGGGTAGCATGTTAGC	7	17	1
GGCATGGATATTGTTAAAAAGCAAGCTAAGGAATGTTA	7	63	1
TAATCTAATTTTGATTAAATTGAAGCGATAAAAAAG  	8	8	0
          ** *  *     ******
MAP Score: 8.32502

Motif 6
AATCTAAGCTTTATCAAGCTATTAGCTGGT	0	121	0
AGATTTTTATGATAAAATCTAAGCTTTATC	0	136	0
AGATTTTATCATAAAAATCTATTTAATGAG	0	146	1
CCTTTTTTGTACATAATTCTCATTAAATAG	0	164	0
TATATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATC	0	231	1
TTCTTAAATCTAAAAATGCTACAATGTTTA	0	251	1
TAATCATTCTTAAAAACGCTAAAAATTA  	1	8	0
AAAAATTTCAAAAACATTCTCATTATAGAC	2	41	1
TTCACTATACTATAAAATCTTTTAAATTTC	2	79	0
  TAACCCTTTTTAAATTTATTTTAACAAC	2	111	0
ACGCCAGAATTTTTAAATCAGCCTTAAAAA	3	10	0
AAAAACCCGCTAAAAAAACTTCAAACAGCT	3	75	0
GCTACAAGTATTAAAAAGCATGTTAAGATC	3	149	1
TGCGTTTTCATTAACATTCTTAAGCTAATA	4	28	1
TCTTAAGCTAATATAATTCTCGTTAATCAA	4	45	1
TGGTTACTCCTAAATATTCTATGATTTTGA	4	71	0
CCCCTATCCTTTTAAAAGCTTTACCATGAA	5	28	0
CCTTATCCTTTAATAACGCTTTTTAAAATT	5	80	1
CTTAAAAAATTATAAAAGCTATTAAAATTG	5	154	0
         GATAAAATTCTCCGGTAAAAA	5	289	0
TAATGGTAGTTTAACATGCTTAGGTATAAA	6	16	0
CATGCTACCCAAAAAAATCTAAATTGTCGT	7	20	0
ATGGATATTGTTAAAAAGCAAGCTAAGGAA	7	66	1
TATTATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGG	8	49	1
          **********
MAP Score: 5.94139

Motif 7
GTCCCATAATTATAGCATAAATGATAATGAA	0	37	1
AACACCAGCTAATAGCTTGATAAAGCTTAGA	0	118	1
AAAGCATTCTTAAATCTAAAAATGCTACAAT	0	245	1
TGCTACAATGTTTATCTTTAAAACGAAAGGG	0	267	1
TTAGTTATAATATCGCTACTAACAACACTCA	1	35	1
ACTATACTATAAAATCTTTTAAATTTCAAAA	2	75	0
CTTGAATCGTTATCGCTACAAGTATTAAAAA	3	135	1
ATTAACATTCTTAAGCTAATATAATTCTCGT	4	37	1
TGCTTCATGGTAAAGCTTTTAAAAGGATAGG	5	25	1
TATCCTTTAATAACGCTTTTTAAAATTACCG	5	83	1
ACCCAATTTTAATAGCTTTTATAATTTTTTA	5	151	1
    CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAA	8	6	1
TATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTG	8	52	1
          ******** **
MAP Score: 3.77639

Motif 8
TTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCATTT	0	73	0
TTATGATAAAATCTAAGCTTTATCAAGCTATTAGCT	0	124	0
CATAATTCTCATTAAATAGATTTTTATGATAAAATC	0	147	0
TTAAGAATGCTTTTTATATATTATATAAAAATATCC	0	222	0
ATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATGCTACAATG	0	241	1
CTAATCATTCTTAAAAACGCTAAAAATTA       	1	3	0
TTGAGTGTTGTTAGTAGCGATATTATAACTAATCAT	1	31	0
ACCTTTTGAAATTTAAAAGATTTTATAGTATAGTGA	2	72	1
TGAATCGTTGTTAAAATAAATTTAAAAAGGGTTA  	2	105	1
CTAAAAAAACTTCAAACAGCTCTAATTCTTCTATGC	3	60	0
CCCTATCCTTTTAAAAGCTTTACCATGAAGCAAAGT	5	21	0
CCCTTATCCTTTAATAACGCTTTTTAAAATTACCGC	5	79	1
TTAAAAAATTATAAAAGCTATTAAAATTGGGTATTG	5	147	0
GTGTTACTTCTTTATAACTTTTTCATATTCTTATGG	5	240	1
GTGTTTAGCCTTACAAAAAATTTAATGGTAGTTTAA	6	32	0
TTTGGGTAGCATGTTAGCGTTTCAAAGGCATGGATA	7	37	1
TTTTGATTAAATTGAAGCGATAAAAAAG        	8	2	0
TTATTTAAGCTTTAAATAACTATAATATTGTAATCT	8	40	0
          **  ** *  *** **
MAP Score: 1.15211

Motif 9
TAAAATTTACAAAAATGAGAAAGAACACCAGCT	0	95	1
ATTATGTACAAAAAAGGGGTTGGCATCAATTAG	0	177	1
ATTAGGGGGTTAAAAGGGGATATTTTTATATAA	0	205	1
ATATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAA	0	232	1
TGTTTATCTTTAAAACGAAAGGGCAATTTAACC	0	275	1
CTACAAGTATTAAAAAGCATGTTAAGATCGGTT	3	150	1
GTAAAGCTTTTAAAAGGATAGGGGGGTGATTTT	5	34	1
GCGGTAATTTTAAAAAGCGTTATTAAAGGATAA	5	82	0
GTATTGATAATAAAATACGAAAGAGCTTACACG	5	120	0
TGGATATTGTTAAAAAGCAAGCTAAGGAATGTT	7	67	1
          ***** * *** *
MAP Score: 0.96308