AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons033_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253196
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0599	298	putative
#1	jhp0600	82	putative Outer membrane protein
#2	dcuA_ansB	129	dcuA: ANAEROBIC C4-DICARBOXYLATE MEMBRANE TRANSPORTER, ansB: L-asparaginase II
#3	jhp0757	295	putative osmoprotection binding protein
#4	jhp0759	174	putative
#5	trxA	91	THIOREDOXIN
#6	jhp0766	300	putative
#7	gatA	58	GLU-TRNA AMIDOTRANSFERASE, SUBUNIT A
#8	speE	92	putative spermidine synthase
#9	jhp0772	76	putative

Motif 1
TTTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTC	0	77	0
TTTGGCTTTGTTTTAAAAAAGTTTGCGCTTATT	3	203	1
CCCCCTATCCTTTTAAAAGCTTTACCATGAAGC	6	26	0
CAATACCCAATTTTAATAGCTTTTATAATTTTT	6	147	1
TTAAAATAAATTTAAAAAGGGTTA         	2	115	1
AAGCGGTAATTTTAAAAAGCGTTATTAAAGGAT	6	84	0
TTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGTTATAAT	1	13	1
TTTAAATTTATTTTAACAACGATTCACTATACT	2	98	0
ACTATGAGCCTTTTAGCAAAATTGCACCATTCT	3	10	1
TGTGTTTGGGTTTTAGAAGTGTTACTTCTTTAT	6	222	1
GAATCAAAAATTTCAAAAACATTCTCATTATAG	2	36	1
TTATTTAAGCTTTAAATAACTATAATATTGTAA	9	43	0
ATCGCTTCAATTTAATCAAAATTAGATTACAAT	9	17	1
TAAAAATCTATTTAATGAGAATTATGTACAAAA	0	157	1
TTATATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTA	0	230	1
ACTTATTTGATATAAAAAGGTTTTTCTTAATTG	3	263	0
AGGATTATATTTTTACAAATTTTTCACAAAAAT	3	78	1
TTTATAATTTTTTAAGCAATCATTAGATAAAAT	6	168	1
        ATTTTTATCAAAAATCAATGCGTTT	5	2	1
TTAGCTTGCTTTTTAACAATATCCATGCCTTTG	8	59	0
ATCAATGCGTTTTCATTAACATTCTTAAGCTAA	5	23	1
CTTAATTGGGTTTAAATCAAATTTTTATCATTA	3	238	0
ACCTTTTGAAATTTAAAAGATTTTATAGTATAG	2	72	1
TCGCTACAAGTATTAAAAAGCATGTTAAGATCG	4	147	1
          TATAACCAAACTTATTTGATATA	3	282	0
          ****** **  **
MAP Score: 30.3355

Motif 2
    TAACCCTTTTTAAATTTATTTTAACAAC	2	111	0
TTAATAACGCTTTTTAAAATTACCGCTTGCGC	6	89	1
CTTAGCTTGCTTTTTAACAATATCCATGCCTT	8	61	0
AGCGCAAACTTTTTTAAAACAAAGCCAAAAAC	3	200	0
GTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAAATGA	0	81	1
          TTTTTAAGGCTGATTTAAAAAT	4	0	1
ATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGTTATA	1	12	1
TTAAATCAAATTTTTATCATTAACAATAAGCG	3	228	0
ATTAAATAGATTTTTATGATAAAATCTAAGCT	0	141	0
TTTTTGCGATTTTTTATGCGAAAACCAGCCGC	3	110	1
AAGAAAAACCTTTTTATATCAAATAAGTTTGG	3	268	1
CTTTTATAATTTTTTAAGCAATCATTAGATAA	6	166	1
TTAAGAATGCTTTTTATATATTATATAAAAAT	0	226	0
ATAGACTACCTTTTGAAATTTAAAAGATTTTA	2	65	1
ATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATGCTAC	0	241	1
TGCCCTTTCGTTTTAAAGATAAACATTGTAGC	0	268	0
         ATTTTTATCAAAAATCAATGCGT	5	1	1
        CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATC	9	2	1
CCCCCTATCCTTTTAAAAGCTTTACCATGAAG	6	27	0
CATTAAATTTTTTGTAAGGCTAAACAC     	7	41	1
ATGAGAATGTTTTTGAAATTTTTGATTCTCTT	2	32	0
TTGTGAAAAATTTGTAAAAATATAATCCTACC	3	75	0
TTCATTAACATTCTTAAGCTAATATAATTCTC	5	34	1
CTTTTTCATATTCTTATGGGTATGTTGTCATT	6	257	1
CAATACCCAATTTTAATAGCTTTTATAATTTT	6	147	1
     TGGTGTTTTAAACTTTGCTTCATGGTA	6	5	1
AGGGGGGTGATTTTGAAACCATGCTCCCCTTA	6	53	1
TTAACATGCTTTTTAATACTTGTAGCGATAAC	4	143	0
TATCCATGCCTTTGAAACGCTAACATGCTACC	8	41	0
          ********  **
MAP Score: 27.3131

Motif 3
       TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAG	1	3	1
AGGATTATATTTTTACAAATTTTTCACAAAAATTTT	3	78	1
TTCACAAAAATTTTTGCGATTTTTTATGCGAAAACC	3	100	1
AATGAGAATGTTTTTGAAATTTTTGATTCTCTTATT	2	29	0
TTTTAATAGCTTTTATAATTTTTTAAGCAATCATTA	6	157	1
TTGAAGTTTTTTTAGCGGGTTTTTCATTGAATGGGG	4	81	1
TCCTACCTATTTTTTCTACATTTTAAATATTTATAT	3	46	0
TTTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCATT	0	74	0
  TAACCCTTTTTAAATTTATTTTAACAACGATTCA	2	105	0
CTTATGGGTATGTTGTCATTTTTTTACCGGAGAATT	6	269	1
CCTTTTGAAATTTAAAAGATTTTATAGTATAGTGAA	2	73	1
TTTGATTGGTTTTTGGCTTTGTTTTAAAAAAGTTTG	3	192	1
 AAACCGATCTTAACATGCTTTTTAATACTTGTAGC	4	149	0
ACTATAATATTGTAATCTAATTTTGATTAAATTGAA	9	22	0
TTACAAAAAATTTAATGGTAGTTTAACATGCTTAGG	7	22	0
TTAATTGGGTTTAAATCAAATTTTTATCATTAACAA	3	234	0
TACTCCTAAATATTCTATGATTTTGATTAACGAGAA	5	61	0
CATAATTCTCATTAAATAGATTTTTATGATAAAATC	0	147	0
          ****     ***** *
MAP Score: 25.7601

Motif 4
TTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCATT	0	74	0
AGCTAATAGCTTGATAAAGCTTAGATTTTATCATA	0	124	1
TTAAGAATGCTTTTTATATATTATATAAAAATATC	0	223	0
CATTGTAGCATTTTTAGATTTAAGAATGCTTTTTA	0	242	0
       TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTA	1	3	1
ATGAGAATGTTTTTGAAATTTTTGATTCTCTTATT	2	29	0
ACCTTTTGAAATTTAAAAGATTTTATAGTATAGTG	2	72	1
  TAACCCTTTTTAAATTTATTTTAACAACGATTC	2	106	0
ACATTTTAAATATTTATATGTTAGAATGGTGCAAT	3	30	0
CTACCTATTTTTTCTACATTTTAAATATTTATATG	3	45	0
GGATTATATTTTTACAAATTTTTCACAAAAATTTT	3	79	1
TTAAATCAAATTTTTATCATTAACAATAAGCGCAA	3	225	0
GCATAGAAGAATTAGAGCTGTTTGAAGTTTTTTTA	4	60	1
CCCCCTATCCTTTTAAAAGCTTTACCATGAAGCAA	6	24	0
CAATACCCAATTTTAATAGCTTTTATAATTTTTTA	6	147	1
GTGTTACTTCTTTATAACTTTTTCATATTCTTATG	6	240	1
TATCCATGCCTTTGAAACGCTAACATGCTACCCAA	8	38	0
        CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAA	9	2	1
AGATTACAATATTATAGTTATTTAAAGCTTAAATA	9	40	1
          ***  * ** *** *
MAP Score: 11.5825

Motif 5
AAATGAGAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTAC	0	73	1
TTTCTCATTTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTC	0	85	0
GAGAATGTTTTTGAAATTTTTGATTCTCTTAT	2	30	0
CTTTTGAAATTTAAAAGATTTTATAGTATAGT	2	74	1
  TAACCCTTTTTAAATTTATTTTAACAACGA	2	109	0
CCATTCTAACATATAAATATTTAAAATGTAGA	3	36	1
GATTATATTTTTACAAATTTTTCACAAAAATT	3	80	1
ACAAAAATTTTTGCGATTTTTTATGCGAAAAC	3	103	1
ATTGGGTTTAAATCAAATTTTTATCATTAACA	3	235	0
TAAGGCTGATTTAAAAATTCTGGCGTGGTGTT	4	14	1
ATTAGAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAGCGGGTT	4	70	1
     TGGTGTTTTAAACTTTGCTTCATGGTA	6	5	1
TTATCCTTTAATAACGCTTTTTAAAATTACCG	6	82	1
TTAATAGCTTTTATAATTTTTTAAGCAATCAT	6	159	1
TGTTACTTCTTTATAACTTTTTCATATTCTTA	6	241	1
TATGGGTATGTTGTCATTTTTTTACCGGAGAA	6	271	1
TTAAACTACCATTAAATTTTTTGTAAGGCTAA	7	32	1
TATTACGACAATTTAGATTTTTTTGGGTAGCA	8	16	1
CAAAATTAGATTACAATATTATAGTTATTTAA	9	33	1
          *** ** *****
MAP Score: 1.39457