AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons034_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253217
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	amiE	127	ALIPHATIC AMIDASE
#1	jhp0290	265	putative
#2	jhp0294	83	putative
#3	jhp0682	133	putative
#4	jhp0688	96	putative FLAGELLIN PROTEIN
#5	fliS	41	putative FLAGELLAR PROTEIN
#6	jhp0692	52	putative
#7	gpsA	276	GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE (NAD+)
#8	jhp1159	168	ALIPHATIC AMIDASE

Motif 1
  TAGAACCCCTTTAAAAATGATTTGAGCC	3	8	1
TGAAAAAGCGCTTTAAAAATAGATTTAAAT	8	38	1
TTGTATCGTAGTTTAAAAAAT         	6	1	0
AAATAGGGTAGTTTAAAAAATTTTAAGCTT	7	165	0
GAATAATGGTTTTTAAAAATGCAAAAAAGA	3	107	1
CGCTGTCTTTGATTAAAAATAGGGTAGTTT	7	181	0
ATAGGTGTTGTTTTAAAAACCC        	8	2	0
AGGGGGAATGGTTTCAAAATACCCCCCTAT	7	43	1
TTTTTAATTTTTTTCAAAAATGGGATTTTG	7	106	0
TTCCTTTATCCTTTAAAATTGATGACTCTC	5	17	0
CTTTAGCCTTCAATAAAAATAGTGCTTTTA	6	31	0
TCATGCACTCCAATAAAAATATTTTTTTTA	1	61	1
TACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTG	1	125	1
ACAATAATAAGTTTAAAATAGCCCTTACAT	7	217	0
GTGCAAATGATTATCAAAATGAATCATTTT	1	176	1
TTAAATCTTTTTATCAAAAAAATCTCGCAT	8	62	1
CAATCCTATACAATAAAAACAAAAATGGGA	2	56	1
TACTCAAAACCTTAAAAAAATCCTATTTCA	3	77	0
ATAGCCCTTACATTCAAAACGCTGTCTTTG	7	200	0
TAATTATAATGATTAAAATTTTCACATTCA	0	23	1
TCTATTGGATTTATAAAATACTTGTGTAAA	0	64	0
GATTATAGCGTATTAAAATAATGAAATAGG	3	56	1
TTCTCAATCAGTAAAAAAAATATTTTTATT	1	72	0
GTCAGCATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAA	1	113	1
GAACTCTCATCAAAAAAAAATAAGGAACAT	0	104	1
          **********
MAP Score: 26.3529

Motif 2
 CACAAACGCATAAGGATTTTAACCCCTTTAAC	2	9	1
TCCCCTTAAGAGAATGAGTTTAAAGTAAAGTAA	7	72	1
CATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCA	1	118	1
AAAGGTTGAAAAAGCGCTTTAAAAATAGATTTA	8	32	1
TTTTTTTGATAAAAAGATTTAAATCTATTTTTA	8	51	0
TTGAAAATTAAAAGAGGGTTAAAGGGGTTAAAA	2	26	0
TTCAATAAAAATAGTGCTTTTATTGTATCGTAG	6	20	0
TTAATCAAAGACAGCGTTTTGAATGTAAGGGCT	7	195	1
TTTGAGTAGAATAATGGTTTTTAAAAATGCAAA	3	99	1
TCGGAGCGTGAAAGGGTTTTTAGTTGTAGGGGG	7	16	1
TAAATCCAATAGAGGGTTTTTAGGAACTCTCAT	0	81	1
CCATTTTACAATAATAAGTTTAAAATAGCCCTT	7	221	0
CATAATAATTATAATGATTAAAATTTTCACATT	0	18	1
TTTGATGAGAACAAAGCTTAAAATTTTTTAAAC	7	152	1
TAAAAATGCAAAAAAGAGTTTGA          	3	120	1
ATCAGTAAAAAAAATATTTTTATTGGAGTGCAT	1	63	0
AACCCCTTTAAAAATGATTTGAGCCACAAAATG	3	13	1
CGCACCGATTATAGCGTATTAAAATAATGAAAT	3	50	1
TGTTATTGCGACAAAACTTTTTAGAAGGAGTTA	8	143	1
CCCATTTTTGAAAAAAATTAAAAAGTTCTAAGC	7	112	1
          * ** * ******
MAP Score: 22.4254

Motif 3
AATACTTGTGTAAATGGATTTATAATGAATGTGAA	0	43	0
ATCCATTTACACAAGTATTTTATAAATCCAATAGA	0	59	1
TATAAATCCAATAGAGGGTTTTTAGGAACTCTCAT	0	79	1
ATCAGTAAAAAAAATATTTTTATTGGAGTGCATGA	1	61	0
CATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAAT	1	118	1
TAAAAGAGGGTTAAAGGGGTTAAAATCCTTATGCG	2	16	0
         TAGAACCCCTTTAAAAATGATTTGAG	3	1	1
ATTATTCTACTCAAAACCTTAAAAAAATCCTATTT	3	79	0
TTTGAGTAGAATAATGGTTTTTAAAAATGCAAAAA	3	99	1
          TCAAACTCTTTTTTGCATTTTTAAA	3	118	0
AAACAGAGAGTCATCAATTTTAAAGGATAAAGGAA	5	12	1
GATCGGAGCGTGAAAGGGTTTTTAGTTGTAGGGGG	7	14	1
TCCCCTTAAGAGAATGAGTTTAAAGTAAAGTAACC	7	72	1
TTAGAACTTTTTAATTTTTTTCAAAAATGGGATTT	7	108	0
ATAGGGTAGTTTAAAAAATTTTAAGCTTTGTTCTC	7	158	0
CCATTTTACAATAATAAGTTTAAAATAGCCCTTAC	7	219	0
GGTTTTTAAAACAACACCTATAAAGGTTGAAAAAG	8	11	1
TAAAGGTTGAAAAAGCGCTTTAAAAATAGATTTAA	8	31	1
ATTTTTTTGATAAAAAGATTTAAATCTATTTTTAA	8	50	0
CTATTGCAAGAGAACTAATTTAGAGTAAATGCGAG	8	85	0
          * **    *******
MAP Score: 13.7509

Motif 4
TTTACACAAGTATTTTATAAATCCAATAGAG	0	64	1
ATAATAGGCGTTATTGATAAGACCACATTAA	1	234	1
GTGGCTCAAATCATTTTTAAAGGGGTTCTA 	3	9	0
ATGAAATAGGATTTTTTTAAGGTTTTGAGTA	3	76	1
AGTAGAATAATGGTTTTTAAAAATGCAAAAA	3	103	1
GCAAAAAGACGATTTGTTAAATC        	4	2	0
ACTATTTCTTTGTTTGTTAAATTCTTTAGCT	4	40	0
TATTGTATCGTAGTTTAAAAAAT        	6	2	0
CAAAATCCCATTTTTGAAAAAAATTAAAAAG	7	106	1
CAAAGCTTAAAATTTTTTAAACTACCCTATT	7	163	1
CAAAACGCTGTCTTTGATTAAAAATAGGGTA	7	185	0
TTTAAACTTATTATTGTAAAATGGTGAGTTT	7	230	1
CTAATCTCATTGATTGTAAAACTCACCATTT	7	248	0
          GGGTTTTTAAAACAACACCTA	8	0	1
ACACCTATAAAGGTTGAAAAAGCGCTTTAAA	8	24	1
GATTTAAATCTATTTTTAAAGCGCTTTTTCA	8	38	0
ATGCGAGATTTTTTTGATAAAAAGATTTAAA	8	61	0
          * *********
MAP Score: 11.4873

Motif 5
TGTAAATGGATTTATAATGAATGTGAAAATTTTAAT	0	34	0
ACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTGTATCTTT	1	126	1
 TAGAACCCCTTTAAAAATGATTTGAGCCACAAAAT	3	9	1
GATTATAGCGTATTAAAATAATGAAATAGGATTTTT	3	56	1
        ATTTTTTAAACTACGATACAATAAAAGC	6	2	1
AAGAGAATGAGTTTAAAGTAAAGTAACCAAAATCCC	7	79	1
AAAATCCCATTTTTGAAAAAAATTAAAAAGTTCTAA	7	107	1
AACTACCCTATTTTTAATCAAAGACAGCGTTTTGAA	7	182	1
GTAAGGGCTATTTTAAACTTATTATTGTAAAATGGT	7	219	1
AATGGTGAGTTTTACAATCAATGAGATTAGGAATTT	7	249	1
GAAAAAGCGCTTTAAAAATAGATTTAAATCTTTTTA	8	39	1
          **** **  ** *  *
MAP Score: 5.15884