AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons034_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253230
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0267	56	putative
#1	jhp0274	67	putative vacuolating cytotoxin (VacA) paralog
#2	lysA	47	DIAMINOPIMELATE DECARBOXYLASE
#3	amiE	127	ALIPHATIC AMIDASE
#4	dppD	300	DIPEPTIDE TRANSPORT SYSTEM DIPEPTIDE TRANSPORT SYSTEM ATP-BINDING PROTEIN
#5	jhp0289	195	putative
#6	jhp0290	265	putative
#7	jhp0294	83	putative
#8	jhp0682	133	putative
#9	jhp0688	96	putative FLAGELLIN PROTEIN
#10	fliS	41	putative FLAGELLAR PROTEIN
#11	jhp0692	52	putative
#12	gpsA	276	GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE (NAD+)
#13	jhp0896	300	putative
#14	jhp1155	300	putative
#15	jhp1157	78	putative
#16	jhp1159	168	ALIPHATIC AMIDASE

Motif 1
CAGCATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCA	6	115	1
  ATCCATTCTTTAAAAAGCGTTTTATCTAAAAAAC	15	8	1
CTGGATTTGATGCAAAAAGGCTTTGATGATTTTAGC	13	199	1
TTGCCGATATTAGCTAAAGAATTTAACAAACAAAGA	9	29	1
TCCTAGACCCTTTTTAAAGGGTTTGAATGCCACCGT	14	59	0
CTTTTACCCATCAATAAAGATTTTTAGGGTAGTTTA	14	272	0
TTTTAAAAATGCAAAAAAGAGTTTGA          	8	117	1
GAGATTTTTTTGATAAAAAGATTTAAATCTATTTTT	16	52	0
GATTTAATTTTTTTAAAAATTTTTCAAGCGAGTTAA	13	38	0
AATGCCACCGTTAGAAAAACTTTTAATCCGTCGCTT	14	34	0
ATTCAAACGCTACCAAAAGGCTTTGCATTCTGTCAA	13	162	1
ATTCATTCGCTCAAAAAAGAATTTTCTGAGCAAGAG	13	253	1
CTCTAATTAAGGATTAAAGTTTTTAAGCTCTAAACG	14	227	0
CCCTGTTGTATTTGAAAATAGTTTAATCAAGCCAGA	5	12	1
 TAGAACCCCTTTAAAAATGATTTGAGCCACAAAAT	8	9	1
ATAAATCCATTTACACAAGTATTTTATAAATCCAAT	3	55	1
GAAATAGGATTTTTTTAAGGTTTTGAGTAGAATAAT	8	78	1
CCTATAAAGGTTGAAAAAGCGCTTTAAAAATAGATT	16	27	1
AAATAGGGTAGTTTAAAAAATTTTAAGCTTTGTTCT	12	159	0
GTGTTTGGCGTATGAAAAGGCTATTAAGCAAGACGC	13	120	1
     CACAAACGCATAAGGATTTTAACCCCTTTAA	7	5	1
   CCTAATGAGACTAAAAAATTTCAAAAGCGACGG	14	7	1
CTCAATCAGTAAAAAAAATATTTTTATTGGAGTGCA	6	64	0
AACAAAACGAAATTTTAAGCGTTTTATACGGTGTGT	13	86	1
          *   *****  *** *
MAP Score: 32.9085

Motif 2
CTTTTGAAATTTTTTAGTCTCATTAGG       	14	3	0
TTTTTTGCATTTTTAAAAACCATTATTCTACTCA	8	101	0
TTAAATCTATTTTTAAAGCGCTTTTTCAACCTTT	16	32	0
AAAAGCAAAGTTTTTAACTCGCTTGAAAAATTTT	13	25	1
TCCTAGACCCTTTTTAAAGGGTTTGAATGCCACC	14	61	0
GCTCAAATCATTTTTAAAGGGGTTCTA       	8	3	0
TGCTTAGAACTTTTTAATTTTTTTCAAAAATGGG	12	112	0
TGATTTAATTTTTTTAAAAATTTTTCAAGCGAGT	13	41	0
AATTGCGTTTATTTTAAACTCTTTTTGTAAATAA	6	120	0
ACGCATAAGGATTTTAACCCCTTTAACCCTCTTT	7	15	1
TTGTTTATCCATTTTAAGCTCCTTATAGAAATAT	14	133	0
GCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA      	0	38	1
GTTTAAAAAATTTTAAGCTTTGTTCTCATCAAAT	12	151	0
   ATCCATTCTTTAAAAAGCGTTTTATCTAAAA	15	7	1
ATTTCTTTGTTTGTTAAATTCTTTAGCTAATATC	9	34	0
GAAATTTCTGTTGTTAAAAGCGTTGCCCTAAAAC	5	137	1
TGTAAGGGCTATTTTAAACTTATTATTGTAAAAT	12	218	1
ACAAAACGAAATTTTAAGCGTTTTATACGGTGTG	13	87	1
ATAGGGGGGTATTTTGAAACCATTCCCCCTACAA	12	39	0
TTAAAAATAGATTTAAATCTTTTTATCAAAAAAA	16	50	1
TTTTATTTATTTTTAGAGTGTATTTTATCGTTTT	15	39	0
CAAAAATGGGATTTTGGTTACTTTACTTTAAACT	12	88	0
CAATAGAGGGTTTTTAGGAACTCTCATCAAAAAA	3	87	1
GCTTAAAATTTTTTAAACTACCCTATTTTTAATC	12	167	1
CAATAAAGATTTTTAGGGTAGTTTAACCTAAAAT	14	263	0
AATGCAAAGCCTTTTGGTAGCGTTTGAATTTACT	13	157	0
GCAATTGTATCTTTAAGTCGTATTTAGAGTGCAA	6	148	1
ATCATTTTAGTTGTAAGCATGCTTATTTACACTA	6	198	1
GGCTTTGATGATTTTAGCGATGCTACCTTTAATA	13	217	1
          *******   * **
MAP Score: 29.2334

Motif 3
TTTTTAAAAATTTTTCAAGCGAGTTAAAAAC	13	34	0
TTTAAATCTATTTTTAAAGCGCTTTTTCAAC	16	36	0
         ATTTTTTAAACTACGATACAAT	11	1	1
AAGCTTAAAATTTTTTAAACTACCCTATTTT	12	165	1
       GGGTTTTTAAAACAACACCTATAA	16	3	1
GGGGTGATGATTTTTTTAACGGTCATGAGTT	4	212	1
GGATTAAAAGTTTTTCTAACGGTGGCATTCA	14	41	1
GCTCAAATCATTTTTAAAGGGGTTCTA    	8	6	0
TCCTAGACCCTTTTTAAAGGGTTTGAATGCC	14	64	0
ACACGAATCCTTTTTGAAAATAAACTCCTAG	14	89	0
AGAATAATGGTTTTTAAAAATGCAAAAAAGA	8	106	1
CAGAAAATTCTTTTTTGAGCGAATGAATTTT	13	250	0
GAAATAGGATTTTTTTAAGGTTTTGAGTAGA	8	78	1
CAAAATCCCATTTTTGAAAAAAATTAAAAAG	12	106	1
GCTTGAAAAATTTTTAAAAAAATTAAATCAA	13	45	1
GATAAAACGCTTTTTAAAGAATGGAT     	15	5	0
GCGACAAAACTTTTTAGAAGGAGTTATT   	16	150	1
TTTAAAGCGCTTTTTCAACCTTTATAGGTGT	16	24	0
CAATTGCGTTTATTTTAAACTCTTTTTGTAA	6	124	0
ATGTAAGGGCTATTTTAAACTTATTATTGTA	12	217	1
TTTTAAACTCTTTTTGTAAATAATGCTGACT	6	112	0
TAAAACGCTATTTTTTAATCAATTCAAGCAA	5	165	1
AGCCCTGTTGTATTTGAAAATAGTTTAATCA	5	10	1
GCTTCCACGGTTTTAGAAGCGGCCGCGCTGA	4	77	1
          ***** *****
MAP Score: 24.9483

Motif 4
TGTAAATGGATTTATAATGAATGTGAAAAT	3	40	0
AAAACGCTATTTTTTAATCAATTCAAGCAA	5	166	1
GTCAGCATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAA	6	113	1
TAATGTGGTCTTATCAATAACGCCTATTAT	6	234	0
CCTCTTTTAATTTTCAATCCTATACAATAA	7	42	1
CTTTTTTGCATTTTTAAAAACCATTATTCT	8	106	0
GCTAAAGAATTTAACAAACAAAGAAATAGT	9	41	1
        ATTTTTTAAACTACGATACAAT	11	2	1
TTTTTAATTTTTTTCAAAAATGGGATTTTG	12	106	0
AACTACCCTATTTTTAATCAAAGACAGCGT	12	182	1
AACTCACCATTTTACAATAATAAGTTTAAA	12	230	0
AATGGTGAGTTTTACAATCAATGAGATTAG	12	249	1
GCTTGAAAAATTTTTAAAAAAATTAAATCA	13	45	1
TAGGAGTTTATTTTCAAAAAGGATTCGTGT	14	90	1
TACCATGATTTTATCAATCAATGCAACTTT	14	193	1
GATAAAACGCTTTTTAAAGAATGGAT    	15	6	0
       GGGTTTTTAAAACAACACCTATA	16	3	1
TTAAATCTTTTTATCAAAAAAATCTCGCAT	16	62	1
          **********
MAP Score: 13.4296