AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons035_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253261
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0342	256	putative Outer membrane protein
#1	msbA	90	multi-drug resistance protein
#2	jhp0547	166	putative secretion/efflux abc transporter, ATP-binding protein
#3	jhp0582	61	putative
#4	jhp0713	41	putative
#5	pyrH	90	URIDYLATE KINASE
#6	jhp0715	130	putative
#7	jhp0823	181	putative
#8	jhp1129	300	abc transporter, ATP-binding protein

Motif 1
TTATAATGAAACTAAAAAAATTTCGTTATAATC	0	118	1
TCATTCGCCAAGTAAAAAATTTTAGAAAGGGTG	5	10	1
AGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAA	2	78	1
TAACTAAAAGTAAAAAGAGTTTTGTTATCATGG	6	60	0
CATTTTTTAAAAAAAATGGGTTTGGTTGTAAAA	0	36	1
ATTTCTCCTCTTTAAATAGCATTATTTGCTAAT	6	11	1
ACTTATTACATATAAAAGAATTTATGGACACTT	8	272	1
TTTTAGAATTTTTAAGGAATTTTG         	3	47	1
TTAGTTAAGTTGTAAGAAACTTTAGCTACCATG	6	86	1
AATGGGTTATAATAAAGAAAATTTTATTATTGA	2	131	1
CATGCGATGCAAAAAAGGATTTTAA        	6	115	1
AAATGTTTTTTGTAAAAAACATTCCAAGAACTA	7	39	1
ATATAATAACACAAAGAAATTTTAAGAGTAAAA	3	12	0
CTTTATTTTTAAAAAATAAAATTAGGGGCATGA	2	97	1
ATTAGTAAAAATTAAGTAATATTAAGTGAATAT	7	75	1
AAAGGGTGTTTTTAAGCAAGATTAGGTTACAAT	5	35	1
TTAACGCTTTAATAAACAGCTTAAAGCGATTGA	1	10	0
AAAATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAA	7	25	1
TTAGAAAAATAATAAGAGGGTTAGCGTTAAATA	7	116	1
ATTAGGGGCATGAAAATGGGTTATAATAAAGAA	2	117	1
GATCTAAAAAACAAAAAAGCATAATCAAGCTAT	0	182	0
TTGTATAGTCTTTAAGATGTATTGGCTATTAAA	0	224	1
TAAAAAATGCTAAAAAGCGTTTTTAAATTTGAT	0	12	0
TAGTTTCATTATAAAATGAGATAGAGTAAATCA	0	99	0
AAATGATGACAGAAAGCTAAATTATTCGTATGG	8	179	1
TAAGCCAGCGACTAAATTAAATAATCAAAGACT	8	111	1
     GCCCTTTAAAATTGGATAGAACTCAAAA	4	5	1
GTTGAGTTAATTAAAAGTAAATAAATAGCTTGA	0	158	1
          * **** ** ***
MAP Score: 20.9481

Motif 2
CAAAACTCTTTTTACTTTTAGTTAAGTTGTAAGAAACTTT	6	69	1
       TTATCAAATTTAAAAACGCTTTTTAGCATTTTT	0	3	1
    CATTTCTCCTCTTTAAATAGCATTATTTGCTAATGC	6	6	1
TTGATTGAACTCTTATTATAGTGTTTTTATTAGGGGATTT	1	43	0
ATCAAAGACTTGGGATTATAGCAGTTTTATACTTAATTTG	8	134	1
CTTAGCCAGCTCCAGTTAAAATGTTATTTTGCAAAGTTTT	8	18	0
     GCTTTTACTCTTAAAATTTCTTTGTGTTATTATAT	3	5	1
CTCAACTATTTTAGATTATAACGAAATTTTTTTAGTTTCA	0	124	0
TAATTAAAATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAACA	7	20	1
TGTGTTATTATATCTTTTTAGAATTTTTAAGGAATTTTG 	3	32	1
TTATGCTTTTTTGTTTTTTAGATCAGTTAAGAATTGTATA	0	191	1
GGTTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAA	2	72	1
AGATTATAGCTAAAATTTTAACCATGCTCTGTGCCATACG	8	205	0
AAGAATTGTATAGTCTTTAAGATGTATTGGCTATTAAAAG	0	219	1
TTACTCTATCTCATTTTATAATGAAACTAAAAAAATTTCG	0	103	1
TTAATCAAAGTGGGGTTTTTGCACTGTTTTACAACCAAAC	0	55	0
CTCAAACTTATTACATATAAAAGAATTTATGGACACTTAA	8	267	1
TATATATTAGTAAAAATTAAGTAATATTAAGTGAATATTA	7	70	1
TGAAAATGGGTTATAATAAAGAAAATTTTATTATTGAATA	2	127	1
CCCTTCTTAATCCATTAATAAAGCTTTTGATTGTAACCTA	5	57	0
          *    ******     ** *
MAP Score: 17.1364

Motif 3
CTAAAAAGCGTTTTTAAATTTGATAA        	0	2	0
AACCCCACTTTGATTAAATTTTGATTTACTCTAT	0	78	1
TATAACGAAATTTTTTTAGTTTCATTATAAAATG	0	114	0
TTAACTCAACTATTTTAGATTATAACGAAATTTT	0	134	0
ATCAAGCTATTTATTTACTTTTAATTAACTCAAC	0	158	0
ATAAATAGCTTGATTATGCTTTTTTGTTTTTTAG	0	178	1
AATTGTATAGTCTTTAAGATGTATTGGCTATTAA	0	222	1
GATTGAACTCTTATTATAGTGTTTTTATTAGGGG	1	47	0
AAGGCATCCTTGCTTTTGGTTGGAACTATTATCG	2	39	1
GAACTATTATCGGTTAAAGTTTGAAATTTTAAAG	2	61	1
TTCATGCCCCTAATTTTATTTTTTAAAAATAAAG	2	97	0
TCGTATTCAATAATAAAATTTTCTTTATTATAAC	2	136	0
   GCTTTTACTCTTAAAATTTCTTTGTGTTATT	3	7	1
TTATTATATCTTTTTAGAATTTTTAAGGAATTTT	3	36	1
        GCCCTTTAAAATTGGATAGAACTCAA	4	2	1
     AGTGATCCTTTTATTTTGAGTTCTATCCA	4	22	0
AAAAACACCCTTTCTAAAATTTTTTACTTGGCGA	5	14	0
ATAACAAAACTCTTTTTACTTTTAGTTAAGTTGT	6	65	1
CATCGCATGGTAGCTAAAGTTTCTTACAACTTAA	6	90	0
TGCTTCTCCTTAATTAAAATTGGTGTTAAAAATG	7	10	1
TCACTTAATATTACTTAATTTTTACTAATATATA	7	70	0
TAGCCAGCTCCAGTTAAAATGTTATTTTGCAAAG	8	22	0
AAGTCTTTGATTATTTAATTTAGTCGCTGGCTTA	8	111	0
GCCATACGAATAATTTAGCTTTCTGTCATCATTT	8	179	0
GCACAGAGCATGGTTAAAATTTTAGCTATAATCT	8	211	1
          *  ***** *** *
MAP Score: 16.5441

Motif 4
ATAATGAAACTAAAAAAATTTCGTTATAATCTAAA	0	120	1
ACACCCTTTCTAAAATTTTTTACTTGGCGAATGA 	5	9	0
CTTTTACTCTTAAAATTTCTTTGTGTTATTATATC	3	11	1
         TTAAAATCCTTTTTTGCATCGCATGG	6	114	0
AAATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAACAT	7	26	1
TTATCAAATTTAAAAACGCTTTTTAGCATTTTTTA	0	10	1
TAGCATTTTTTAAAAAAAATGGGTTTGGTTGTAAA	0	33	1
CGTTATAATCTAAAATAGTTGAGTTAATTAAAAGT	0	141	1
CAGCTCCAGTTAAAATGTTATTTTGCAAAGTTTTT	8	17	0
TTAAAAATTCTAAAAAGATATAATAACACAAAGAA	3	27	0
ATGTTTTTTGTAAAAAACATTCCAAGAACTATATA	7	41	1
AGTTTCATTATAAAATGAGATAGAGTAAATCAAAA	0	96	0
    GCCCTTTAAAATTGGATAGAACTCAAAATAA	4	6	1
TATATATTAGTAAAAATTAAGTAATATTAAGTGAA	7	70	1
AGAGCATGGTTAAAATTTTAGCTATAATCTAGCTC	8	215	1
TAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACTTTAACCGATAA	2	67	0
AATCCCCTAATAAAAACACTATAATAAGAGTTCAA	1	44	1
TTCTCCTCTTTAAATAGCATTATTTGCTAATGCCC	6	13	1
GCTTTATTTTTAAAAAATAAAATTAGGGGCATGAA	2	96	1
TAACTAAAAGTAAAAAGAGTTTTGTTATCATGGAG	6	58	0
TTAACTGATCTAAAAAACAAAAAAGCATAATCAAG	0	186	0
TAAGTGTCCATAAATTCTTTTATATGTAATAAGTT	8	271	0
TAAAAGTAAATAAATAGCTTGATTATGCTTTTTTG	0	169	1
          ******   **  **
MAP Score: 16.532

Motif 5
TATTATATCTTTTTAGAATTTTTAAGGAATTTTG 	3	37	1
TAAAAACGCTTTTTAGCATTTTTTAAAAAAAATGG	0	20	1
AAAACACCCTTTCTAAAATTTTTTACTTGGCGAAT	5	12	0
CTTGATTATGCTTTTTTGTTTTTTAGATCAGTTAA	0	186	1
ATTTTGAGTTCTATCCAATTTTAAAGGGC      	4	4	0
GCTAACCCTCTTATTATTTTTCTAATTCCTCTAAT	7	106	0
ATGCCCCTAATTTTATTTTTTAAAAATAAAGCCCT	2	93	0
          TTATCAAATTTAAAAACGCTTTTTA	0	0	1
TTGATTTACTCTATCTCATTTTATAATGAAACTAA	0	98	1
AGTGTTTTTATTAGGGGATTTTTAACGCTTTAATA	1	29	0
         TTTTTCCCTTTTAATAGCCAATACAT	0	240	0
TATATAGTTCTTGGAATGTTTTTTACAAAAAACAT	7	41	0
AAATAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACTTTAACCGA	2	70	0
CAAGGATGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGGAGTT	2	16	0
ATCAAGCTATTTATTTACTTTTAATTAACTCAACT	0	157	0
AAAGTGGGGTTTTTGCACTGTTTTACAACCAAACC	0	54	0
       CATTTCTCCTCTTTAAATAGCATTATTT	6	3	1
          CTTTTGGCTTTCTTTTTTCTCTTCT	7	166	0
ATCCCAAGTCTTTGATTATTTAATTTAGTCGCTGG	8	115	0
TCCATAAATTCTTTTATATGTAATAAGTTTGAGCT	8	265	0
CAGTTAAGAATTGTATAGTCTTTAAGATGTATTGG	0	214	1
   TCAATCGCTTTAAGCTGTTTATTAAAGCGTTA	1	7	1
          ** *    *******
MAP Score: 16.0676

Motif 6
CAAACCCATTTTTTTTAAAAAATGCTAAAAAGCGTTTTT	0	21	0
AAACCCCACTTTGATTAAATTTTGATTTACTCTATCTCA	0	77	1
TTTTTTTAGTTTCATTATAAAATGAGATAGAGTAAATCA	0	99	0
CTAAAAAAATTTCGTTATAATCTAAAATAGTTGAGTTAA	0	129	1
AATAGTTGAGTTAATTAAAAGTAAATAAATAGCTTGATT	0	154	1
AGACTATACAATTCTTAACTGATCTAAAAAACAAAAAAG	0	196	0
CTTTAAGCTGTTTATTAAAGCGTTAAAAATCCCCTAATA	1	17	1
AAAGGGCTTTATTTTTAAAAAATAAAATTAGGGGCATGA	2	91	1
     CAAAATTCCTTAAAAATTCTAAAAAGATATAATA	3	37	0
AATCAAAAGCTTTATTAATGGATTAAGAAGGGATC    	5	65	1
CATGGAGCAAATGATTAGGGCATTAGCAAATAATGCTAT	6	26	0
CTTTTTACTTTTAGTTAAGTTGTAAGAAACTTTAGCTAC	6	76	1
TCACTTAATATTACTTAATTTTTACTAATATATAGTTCT	7	65	0
TAGCAGTTTTATACTTAATTTGTCAAGAAATGATGACAG	8	152	1
GGCACAGAGCATGGTTAAAATTTTAGCTATAATCTAGCT	8	210	1
          **  ****    * *  **
MAP Score: 12.8695

Motif 7
         TTATCAAATTTAAAAACGCTTTTTAG	0	1	1
CATTTTTTTTAAAAAATGCTAAAAAGCGTTTTTAA	0	19	0
CTCATTTTATAATGAAACTAAAAAAATTTCGTTAT	0	112	1
AGTTGAGTTAATTAAAAGTAAATAAATAGCTTGAT	0	157	1
CTTAACTGATCTAAAAAACAAAAAAGCATAATCAA	0	187	0
AAGCTGTTTATTAAAGCGTTAAAAATCCCCTAATA	1	21	1
TTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAAATAAAATTAG	2	87	1
CACAAAGAAATTTTAAGAGTAAAAGC         	3	1	0
CAAAATTCCTTAAAAATTCTAAAAAGATATAATAA	3	36	0
CTTACAACTTAACTAAAAGTAAAAAGAGTTTTGTT	6	67	0
TCCAAGAACTATATATTAGTAAAAATTAAGTAATA	7	61	1
ATTAGAGGAATTAGAAAAATAATAAGAGGGTTAGC	7	106	1
CGTTGGAGAGAAAGAAGAGAAAAAAGAAAGCCAAA	7	154	1
CCATAAATTCTTTTATATGTAATAAGTTTGAGCTG	8	264	0
          **  **   ******
MAP Score: 4.66279