AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons035_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944253285 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 pyrB 72 ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN #1 jhp0342 256 putative Outer membrane protein #2 msbA 90 multi-drug resistance protein #3 jhp0547 166 putative secretion/efflux abc transporter, ATP-binding protein #4 jhp0582 61 putative #5 jhp0713 41 putative #6 pyrH 90 URIDYLATE KINASE #7 jhp0715 130 putative #8 jhp0823 181 putative #9 jhp1129 300 abc transporter, ATP-binding protein Motif 1 TTGTAAGAAACTTTAGCTACCATGCGATGCAAA 7 95 1 CCCCTACCATTTTTAGCTAAAATAAAACCGATA 0 28 1 AAAACCCCCTTTTAGTTATAATATCGGTTTTA 0 50 0 ATGGTTAAAATTTTAGCTATAATCTAGCTCAAT 9 220 1 ATGCTTAACCTTTGGATTTGATTGAACTCTTA 2 68 0 AACTCAACTATTTTAGATTATAACGAAATTTTT 1 133 0 AACGAAATTTTTTTAGTTTCATTATAAAATGAG 1 112 0 CTCTTTTTACTTTTAGTTAAGTTGTAAGAAACT 7 74 1 TAAAAAGCGTTTTTAAATTTGATAA 1 2 0 GCAAGGATGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGGA 3 19 0 CTTTTGGCTTTCTTTTTTCTCTTC 8 167 0 CATTTCTCCTCTTTAAATAGCATTATTTGCTAA 7 10 1 GATCCTTTTATTTTGAGTTCTATCCAATTTTAA 5 15 0 GGCATCCTTGCTTTTGGTTGGAACTATTATCGG 3 41 1 ATTAATAAAGCTTTTGATTGTAACCTAATCTTG 6 51 0 TAAAAACGCTTTTTAGCATTTTTTAAAAAAAAT 1 20 1 TATTATATCTTTTTAGAATTTTTAAGGAATTTT 4 37 1 ATGGTAGGGGTTTTAGCAAGGAATGGGC 0 5 0 ATTGTATAGTCTTTAAGATGTATTGGCTATTAA 1 223 1 TATTACTTAATTTTTACTAATATATAGTTCTTG 8 63 0 TGATTATGCTTTTTTGTTTTTTAGATCAGTTAA 1 188 1 AAAAACCCCACTTTGATTAAATTTTGATTTACT 1 75 1 TTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAACATTCCAAGA 8 35 1 AATCCCAAGTCTTTGATTATTTAATTTAGTCGC 9 118 0 TAATTTTATTTTTTAAAAATAAAGCCCTTTAAA 3 88 0 TCCATAAATTCTTTTATATGTAATAAGTTTGAG 9 267 0 ****** ** ** MAP Score: 24.6406 Motif 2 TTATCAAATTTAAAAACGCTTTTTAGCATTTTT 1 9 1 AAAATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAAC 8 25 1 TATAGTGTTTTTATTAGGGGATTTTTAACGCTTT 2 33 0 GATTGAACTCTTATTATAGTGTTTTTATTAGGGG 2 47 0 TCTTAATCCATTAATAAAGCTTTTGATTGTAACC 6 59 0 AACTTATTACATATAAAAGAATTTATGGACACTT 9 271 1 CCAGCTCCAGTTAAAATGTTATTTTGCAAAGTTT 9 19 0 ATTTTCTTTATTATAACCCATTTTCATGCCCCTA 3 119 0 TTAAAATCCTTTTTTGCATCGCAT 7 116 0 AAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAA 3 77 1 CCTTTTAGTTATAATATCGGTTTTATTTTAGCTA 0 41 0 TTTCTTTGTGTTATTATATCTTTTTAGAATTTTT 4 26 1 CTTTTTAGAATTTTTAAGGAATTTTG 4 45 1 TTTAAGCTGTTTATTAAAGCGTTAAAAATCCCCT 2 18 1 GTATTCAATAATAAAATTTTCTTTATTATAACCC 3 134 0 CTATTTTAGATTATAACGAAATTTTTTTAGTTTC 1 125 0 TATTCACTTAATATTACTTAATTTTTACTAATAT 8 73 0 GCATTTTTTAAAAAAAATGGGTTTGGTTGTAAAA 1 35 1 TAATCTTGCTTAAAAACACCCTTTCTAAAATTTT 6 25 0 TTATAGCAGTTTTATACTTAATTTGTCAAGAAAT 9 149 1 ATTTCTCCTCTTTAAATAGCATTATTTGCTAATG 7 11 1 ATTAGAAAAATAATAAGAGGGTTAGCGTTAAATA 8 115 1 GATATTATAACTAAAAGGGGGTTTT 0 57 1 ****** * *** MAP Score: 24.0614 Motif 3 ATTCCTTGCTAAAACCCCTACCATTTTTAGCTAAAATAA 0 14 1 CTTTTAGTTATAATATCGGTTTTATTTTAGCTAAAAATG 0 35 0 TTATCAAATTTAAAAACGCTTTTTAGCATTTTTTA 1 6 1 TAAATTTTGATTTACTCTATCTCATTTTATAATGAAACT 1 92 1 CTATTTTAGATTATAACGAAATTTTTTTAGTTTCATTAT 1 120 0 ATTTACTTTTAATTAACTCAACTATTTTAGATTATAACG 1 141 0 ATAGCTTGATTATGCTTTTTTGTTTTTTAGATCAGTTAA 1 182 1 ATTATAGTGTTTTTATTAGGGGATTTTTAACGCTTTAAT 2 30 0 CAAAAGCAAGGATGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGGAG 3 18 0 ACTATTATCGGTTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTA 3 63 1 TATAACCCATTTTCATGCCCCTAATTTTATTTTTTAAAA 3 103 0 GAAAATGGGTTATAATAAAGAAAATTTTATTATTGAATA 3 128 1 AAAAGATATAATAACACAAAGAAATTTTAAGAGTAAAAG 4 11 0 TGTGTTATTATATCTTTTTAGAATTTTTAAGGAATTTTG 4 32 1 AGTAAAAAATTTTAGAAAGGGTGTTTTTAAGCAAGATTA 6 20 1 TTTGCTCCATGATAACAAAACTCTTTTTACTTTTAGTTA 7 54 1 GCTACCATGCGATGCAAAAAAGGATTTTAA 7 110 1 TACAAAAAACATTTTTAACACCAATTTTAATTAAGGAGA 8 14 0 CTAATATATAGTTCTTGGAATGTTTTTTACAAAAAACAT 8 41 0 AATATTCACTTAATATTACTTAATTTTTACTAATATATA 8 70 0 CACCAAAAACTTTGCAAAATAACATTTTAACTGGAGCTG 9 13 1 AATTGAGCTAGATTATAGCTAAAATTTTAACCATGCTCT 9 215 0 *** * ****** MAP Score: 23.7462 Motif 4 GCCCATTCCTTGCTAAAACCCCTACCAT 0 6 1 CGTTAAAAATCCCCTAATAAAAACACTATAAT 2 37 1 TTTTTTTAGTTTCATTATAAAATGAGATAGAG 1 106 0 CTTAAAAACACCCTTTCTAAAATTTTTTACTT 6 19 0 CCTTAGCCAGCTCCAGTTAAAATGTTATTTTG 9 27 0 GCTTTTACTCTTAAAATTTCTTTGTG 4 4 1 TTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAAATAAAATTA 3 89 1 TTGGATAGAACTCAAAATAAAAGGATCACT 5 21 1 CTCAAACTTATTACATATAAAAGAATTTATGG 9 267 1 TTGAGCTAGATTATAGCTAAAATTTTAACCAT 9 220 0 AAAACCGATATTATAACTAAAAGGGGGTTTT 0 51 1 GTGTTCGTATTCAATAATAAAATTTTCTTTAT 3 142 0 TTATCAAATTTAAAAACGCTTTTTA 1 3 1 ACCAAACCCATTTTTTTTAAAAAATGCTAAAA 1 30 0 GTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAACATTCCAA 8 34 1 TGCTTCTCCTTAATTAAAATTGGTGTTA 8 6 1 CCCCTACCATTTTTAGCTAAAATAAAACCGAT 0 28 1 TACAACTTAACTAAAAGTAAAAAGAGTTTTGT 7 68 0 TGTTGTAACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAA 3 9 1 CATTTCTCCTCTTTAAATAGCATTATT 7 5 1 TTGAGTTCTATCCAATTTTAAAGGGC 5 4 0 TCATTCGCCAAGTAAAAAATTTTAGAA 6 5 1 CCGATAATAGTTCCAACCAAAAGCAAGGATGC 3 42 0 CAAGATTAGGTTACAATCAAAAGCTTTATTAA 6 51 1 ***** ***** MAP Score: 19.9776 Motif 5 ATATTATAACTAAAAGGGGGTTTT 0 58 1 AAAAAATGCTAAAAAGCGTTTTTAAATTTGATA 1 11 0 CATTTTTTAAAAAAAATGGGTTTGGTTGTAAAA 1 36 1 TTATAATGAAACTAAAAAAATTTCGTTATAATC 1 118 1 TTGTATAGTCTTTAAGATGTATTGGCTATTAAA 1 224 1 ATAGTGTTTTTATTAGGGGATTTTTAACGCTTT 2 33 0 AGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAA 3 78 1 CTTTATTTTTAAAAAATAAAATTAGGGGCATGA 3 97 1 ATGGGTTATAATAAAGAAAATTTTATTATTGAA 3 132 1 ATATAATAACACAAAGAAATTTTAAGAGTAAAA 4 12 0 TTTTAGAATTTTTAAGGAATTTTG 4 47 1 TCATTCGCCAAGTAAAAAATTTTAGAAAGGGTG 6 10 1 AAAAAATTTTAGAAAGGGTGTTTTTAAGCAAGA 6 23 1 ATTTCTCCTCTTTAAATAGCATTATTTGCTAAT 7 11 1 TAACTAAAAGTAAAAAGAGTTTTGTTATCATGG 7 60 0 TTAGTTAAGTTGTAAGAAACTTTAGCTACCATG 7 86 1 CATGCGATGCAAAAAAGGATTTTAA 7 115 1 AAAATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAA 8 25 1 AAATGTTTTTTGTAAAAAACATTCCAAGAACTA 8 39 1 ATTAGTAAAAATTAAGTAATATTAAGTGAATAT 8 75 1 CAAAAACTTTGCAAAATAACATTTTAACTGGAG 9 16 1 AGACTTGGGATTATAGCAGTTTTATACTTAATT 9 139 1 ACTTATTACATATAAAAGAATTTATGGACACTT 9 272 1 * **** ** *** MAP Score: 15.6921 Motif 6 TAAATAAATAGCTTGATTATGCTTTTTTGT 1 175 1 TATAATATCGGTTTTATTTTAGCTAAAAAT 0 36 0 ATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAAATAA 3 86 1 AGTAAAAAGAGTTTTGTTATCATGGAGCAA 7 55 0 AATCCCAAGTCTTTGATTATTTAATTTAGT 9 121 0 AATAAAATTTTCTTTATTATAACCCATTTT 3 129 0 AGTGATCCTTTTATTTTGAGTTCTATC 5 24 0 AATTTTTTTAGTTTCATTATAAAATGAGAT 1 110 0 CTTTTGGCTTTCTTTTTTCTCTTCTT 8 165 0 AATAAAGAAAATTTTATTATTGAATACGAA 3 141 1 GCCAAATTGAGCTAGATTATAGCTAAAATT 9 228 0 AAAAAAATGGGTTTGGTTGTAAAACAGTGC 1 45 1 AAATTTCTTTGTGTTATTATATCTTTTTAG 4 23 1 CATGCCCCTAATTTTATTTTTTAAAAATAA 3 99 0 TTAATAAAGCTTTTGATTGTAACCTAATCT 6 53 0 ACAATCAAAAGCTTTATTAATGGATTAAGA 6 63 1 TGATTATGCTTTTTTGTTTTTTAGATCAGT 1 188 1 CCAAAGGCATCCTTGCTTTTGGTTGGAACT 3 36 1 ACTCAACTATTTTAGATTATAACGAAATTT 1 135 0 AAAAACCCCACTTTGATTAAATTTTGATTT 1 75 1 TTTGATTAAATTTTGATTTACTCTATCTCA 1 86 1 ********** MAP Score: 10.5571 Motif 7 CTTTTAGTTATAATATCGGTTTTATTTTAGCT 0 42 0 ATATTATAACTAAAAGGGGGTTTT 0 58 1 TTATCAAATTTAAAAACGCTTTTTAGCATTTT 1 10 1 ATTTTTTAAAAAAAATGGGTTTGGTTGTAAAA 1 37 1 AAATTTAATCAAAGTGGGGTTTTTGCACTGTT 1 67 0 CACTTTGATTAAATTTTGATTTACTCTATCTC 1 83 1 ATGAAACTAAAAAAATTTCGTTATAATCTAAA 1 123 1 TGAACTCTTATTATAGTGTTTTTATTAGGGGA 2 46 0 GTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAA 3 79 1 TAGGGGCATGAAAATGGGTTATAATAAAGAAA 3 119 1 ATTCAATAATAAAATTTTCTTTATTATAACCC 3 134 0 AAAAAATTTTAGAAAGGGTGTTTTTAAGCAAG 6 23 1 AACTAAAAGTAAAAAGAGTTTTGTTATCATGG 7 60 0 CATGCGATGCAAAAAAGGATTTTAA 7 115 1 CTCCTTAATTAAAATTGGTGTTAAAAATGTTT 8 15 1 AATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAAC 8 27 1 TTAGCGTTAAATAATGGGCGTTGGAGAGAAAG 8 136 1 AAAACTTTGCAAAATAACATTTTAACTGGAGC 9 18 1 GCCATACGAATAATTTAGCTTTCTGTCATCAT 9 181 0 ****** * *** MAP Score: 6.45259 Motif 8 CCTACCATTTTTAGCTAAAATAAAACCGATATTATAACTAAAAGG 0 30 1 TTATCAAATTTAAAAACGCTTTTTAGCATTTTTTA 1 0 1 AAACGCTTTTTAGCATTTTTTAAAAAAAATGGGTTTGGTTGTAAA 1 23 1 CATTATAAAATGAGATAGAGTAAATCAAAATTTAATCAAAGTGGG 1 81 0 CATTTTATAATGAAACTAAAAAAATTTCGTTATAATCTAAAATAG 1 114 1 GCTATTTATTTACTTTTAATTAACTCAACTATTTTAGATTATAAC 1 142 0 GCGTTAAAAATCCCCTAATAAAAACACTATAATAAGAGTTCAATC 2 36 1 TCGGTTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAAATA 3 70 1 GGCATGAAAATGGGTTATAATAAAGAAAATTTTATTATTGAATAC 3 123 1 GCTTTTACTCTTAAAATTTCTTTGTGTTATTATATCT 4 2 1 CAAAATTCCTTAAAAATTCTAAAAAGATATAATAACACAAAGAAA 4 26 0 ATTCGCCAAGTAAAAAATTTTAGAAAGGGTGTTTTTAAGCAAGAT 6 12 1 TAAGCAAGATTAGGTTACAATCAAAAGCTTTATTAATGGATTAAG 6 47 1 CATTTCTCCTCTTTAAATAGCATTATTTGCTAATGCCC 7 3 1 TCTTACAACTTAACTAAAAGTAAAAAGAGTTTTGTTATCATGGAG 7 58 0 TGCTTCTCCTTAATTAAAATTGGTGTTAAAAATGTTTTT 8 4 1 GTTCTTGGAATGTTTTTTACAAAAAACATTTTTAACACCAATTTT 8 25 0 CCAAGAACTATATATTAGTAAAAATTAAGTAATATTAAGTGAATA 8 62 1 CCAGTTAAAATGTTATTTTGCAAAGTTTTTGGTGAGA 9 2 0 AACTGAGCTAAGCCAGCGACTAAATTAAATAATCAAAGACTTGGG 9 103 1 CAGCTCAAACTTATTACATATAAAAGAATTTATGGACACTTAAAT 9 264 1 * * * **** * * * MAP Score: 2.64435