AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons036_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253310
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	flgI	185	FLAGELLAR P-RING PROTEIN
#1	thl_jhp0639	264	thl: ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE, jhp0639: putative

Motif 1
TTTGGATAAATCAACTTAAAGGCAAAGAC 	1	245	1
TAGCCTTTTATCAGCTTAAAGTTTCAAATT	0	37	0
AGTTTCAAATTAAAATTAAATTGAGGTATG	0	18	0
TAATCGCGCTTAAAATTAAAAGAACGCTTT	1	51	1
GATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGATT	0	55	1
ATAAAAACTTTAAACTTAATTGAGCGCATT	0	118	0
AATCCAAAACAAAACCTAAAACAGAATAAA	1	176	1
ATTTTTGTGAAAAAAATAAACGGATCGCCC	1	144	1
AAAAATCTTATAAACTTTAAATCAAAGATT	0	74	0
ATTTTTGAGTATAGCATAAAAATGCGCTCA	0	98	1
AAAACCTAAAACAGAATAAAACTTATTAGG	1	186	1
CCCTTTATTGAAAGCATAATGTCCCTAATT	1	15	1
TAGGGTTTCAATCACTTAAAAGTGATACCA	1	212	1
AAATTAAAAGAACGCTTTAAATGAGTCCCC	1	63	1
          **********
MAP Score: 15.9543

Motif 2
GAGATTCATACCTCAATTTAATTTTAATTTGA	0	12	1
TAATTTGAAACTTTAAGCTGATAAAAGGCTAA	0	36	1
CTGATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGATT	0	53	1
ATCTTATAAACTTTAAATCAAAGATTTTAATT	0	68	0
GCATTTTTATGCTATACTCAAAAATCTTATAA	0	91	0
TTTATAAAAACTTTAAACTTAATTGAGCGCAT	0	119	0
TTAGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACT	0	132	0
    AAACACCCTTTATTGAAAGCATAATGTC	1	6	1
CATAATCGCGCTTAAAATTAAAAGAACGCTTT	1	49	1
AAATGAGTCCCCTTTAATGGAATGATAAAAGA	1	81	1
ATCATTGAATGCTAAAATAATATTTTTGTGAA	1	123	1
AACGGATCGCCCTTAATCCAAAACAAAACCTA	1	162	1
CAAAACAAAACCTAAAACAGAATAAAACTTAT	1	180	1
  GTCTTTGCCTTTAAGTTGATTTATCCAAAT	1	244	0
          ****** * ***
MAP Score: 15.0012

Motif 3
GGAGATTCATACCTCAATTTAATTTTAATTTGAAACT	0	11	1
AAATCAAAGATTTTAATTTTAGCCTTTTATCAGCTTA	0	49	0
AAATTAAAATCTTTGATTTAAAGTTTATAAGATTTTT	0	67	1
TTTATAAGATTTTTGAGTATAGCATAAAAATGCGCTC	0	90	1
CATAAAAATGCGCTCAATTAAGTTTAAAGTTTTTATA	0	112	1
TTTATTTACCCCATCATTTTAGCATAAGCCTTTTATA	0	145	0
GGACATTATGCTTTCAATAAAGGGTGTTT        	1	2	0
AGCATAATGTCCCTAATTGTAGCATAATCGCGCTTAA	1	27	1
TCATTTAAAGCGTTCTTTTAATTTTAAGCGCGATTAT	1	50	0
GATCTTTTATCATTCCATTAAAGGGGACTCATTTAAA	1	78	0
GATCGTGCAATAATCATTGAATGCTAAAATAATATTT	1	111	1
GGATTAAGGGCGATCCGTTTATTTTTTTCACAAAAAT	1	144	0
ATTAGGGTTTCAATCACTTAAAAGTGATACCATGATT	1	210	1
        GTCTTTGCCTTTAAGTTGATTTATCCAAA	1	245	0
          *  *** ****   * *
MAP Score: 14.7719

Motif 4
AGCTTAAAGTTTCAAATTAAAATTAAATTGA	0	24	0
TTAGCCTTTTATCAGCTTAAAGTTTCAAATT	0	37	0
TTAAGCTGATAAAAGGCTAAAATTAAAATCT	0	48	1
ACTTTAAATCAAAGATTTTAATTTTAGCCTT	0	60	0
AAAAATCTTATAAACTTTAAATCAAAGATTT	0	73	0
ATTTTTGAGTATAGCATAAAAATGCGCTCAA	0	98	1
ATGCGCTCAATTAAGTTTAAAGTTTTTATAA	0	119	1
TTGTAGCATAATCGCGCTTAAAATTAAAAGA	1	43	1
AAATTAAAAGAACGCTTTAAATGAGTCCCCT	1	63	1
AAATATTATTTTAGCATTCAATGATTATTGC	1	117	0
AAATAAACGGATCGCCCTTAATCCAAAACAA	1	157	1
AATCCAAAACAAAACCTAAAACAGAATAAAA	1	176	1
TGAAACCCTAATAAGTTTTATTCTGTTTTAG	1	191	0
TAGGGTTTCAATCACTTAAAAGTGATACCAT	1	212	1
ATTTGGATAAATCAACTTAAAGGCAAAGAC 	1	244	1
          ***** *****
MAP Score: 9.17071