AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons036_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253318
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	flgI	185	FLAGELLAR P-RING PROTEIN
#1	thl_jhp0639	264	thl: ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE, jhp0639: putative

Motif 1
GAGATTCATACCTCAATTTAATTTTAATTTGA	0	12	1
TAATTTGAAACTTTAAGCTGATAAAAGGCTAA	0	36	1
CTGATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGATT	0	53	1
ATCTTATAAACTTTAAATCAAAGATTTTAATT	0	68	0
GCATTTTTATGCTATACTCAAAAATCTTATAA	0	91	0
TTTATAAAAACTTTAAACTTAATTGAGCGCAT	0	119	0
TTAGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACT	0	132	0
    AAACACCCTTTATTGAAAGCATAATGTC	1	6	1
CATAATCGCGCTTAAAATTAAAAGAACGCTTT	1	49	1
AAATGAGTCCCCTTTAATGGAATGATAAAAGA	1	81	1
ATCATTGAATGCTAAAATAATATTTTTGTGAA	1	123	1
AACGGATCGCCCTTAATCCAAAACAAAACCTA	1	162	1
CAAAACAAAACCTAAAACAGAATAAAACTTAT	1	180	1
  GTCTTTGCCTTTAAGTTGATTTATCCAAAT	1	244	0
          ****** * ***
MAP Score: 15.0012

Motif 2
ATTCATACCTCAATTTAATTTTAATTTGAAA	0	15	1
AGCCTTTTATCAGCTTAAAGTTTCAAATTAA	0	35	0
AGCTGATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTG	0	51	1
TTAAAATCTTTGATTTAAAGTTTATAAGATT	0	70	1
GCGCTCAATTAAGTTTAAAGTTTTTATAAAA	0	121	1
TAAAAGGCTTATGCTAAAATGATGGGGTAAA	0	147	1
AGCATAATCGCGCTTAAAATTAAAAGAACGC	1	47	1
ATTAAAAGAACGCTTTAAATGAGTCCCCTTT	1	65	1
TAAATGAGTCCCCTTTAATGGAATGATAAAA	1	80	1
GGGTTTCAATCACTTAAAAGTGATACCATGA	1	214	1
TTGGATAAATCAACTTAAAGGCAAAGAC   	1	246	1
          * *********
MAP Score: 8.62226

Motif 3
GGAGATTCATACCTCAATTTAATTTTAATTTGA	0	11	1
TTTAATTTGAAACTTTAAGCTGATAAAAGGCTA	0	34	1
GCTGATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGATT	0	52	1
AAATCTTATAAACTTTAAATCAAAGATTTTAAT	0	69	0
CATAAAAATGCGCTCAATTAAGTTTAAAGTTTT	0	112	1
     AAACACCCTTTATTGAAAGCATAATGTC	1	5	1
AGCATAATCGCGCTTAAAATTAAAAGAACGCTT	1	47	1
ATTAAAAGAACGCTTTAAATGAGTCCCCTTTAA	1	65	1
AAACGGATCGCCCTTAATCCAAAACAAAACCTA	1	161	1
TCCAAAACAAAACCTAAAACAGAATAAAACTTA	1	178	1
GGGTTTCAATCACTTAAAAGTGATACCATGATT	1	214	1
TGGATAAATCAACTTAAAGGCAAAGAC      	1	247	1
          ********   **
MAP Score: 2.05249

Motif 4
TTTTAATTTTAGCCTTTTATCAGCTTAAAG	0	46	0
AGCATAAAAATGCGCTCAATTAAGTTTAAA	0	110	1
TTTTAGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTTA	0	136	0
TATTTACCCCATCATTTTAGCATAAGCCTT	0	150	0
 TCAAACCCTTTCATTTATTTACCCCATCA	0	166	0
      AAACACCCTTTATTGAAAGCATAA	1	4	1
TAATTTTAAGCGCGATTATGCTACAATTAG	1	39	0
ATTTAAAGCGTTCTTTTAATTTTAAGCGCG	1	55	0
TTAAATGAGTCCCCTTTAATGGAATGATAA	1	79	1
TCGTGCAATAATCATTGAATGCTAAAATAA	1	113	1
TTAAGGGCGATCCGTTTATTTTTTTCACAA	1	148	0
ATAAACGGATCGCCCTTAATCCAAAACAAA	1	159	1
ATCATGGTATCACTTTTAAGTGATTGAAAC	1	216	0
     GTCTTTGCCTTTAAGTTGATTTATC	1	249	0
          **********
MAP Score: 1.41694