AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons037_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253326
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0126	28	putative
#1	jhp0127_lldP_1	221	jhp0127: putative, lldP_1: L-lactate permease
#2	lldP_2	48	L-lactate permease
#3	jhp0599	298	putative
#4	jhp0600	82	putative Outer membrane protein
#5	jhp0609	36	putative

Motif 1
TAAAGAATTGTTTTAAGGAATAATC         	0	13	1
ACTTTTAATTATTCAAGGAAAATTT         	1	1	0
TAGTTTTTTCTTTTAAGTAAGATAAAAAAATACT	1	32	0
AAAAAACTAATTTTAAGTAGCATTTAATATTAAG	1	57	1
TAGCATTTAATATTAAGTCAAATTTAACGGGTTT	1	74	1
TTTGTGGTTTATTTTAGTAACAATATTTGAGCGA	1	105	1
ATCTTACTAATTTTGAGTATTATAATTGTGTTTG	1	164	1
TAATTTGGAATTTTAAGGAGCATTCT        	1	205	1
AAGAGAATATTTTTTAAGGGGATTTTTA      	2	30	1
CTCATTTACTTTTTCATTATCATTTATGCTATAA	3	46	0
TTTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCA	3	76	0
TAAAGCTTAGATTTTATCATAAAAATCTATTTAA	3	138	1
ATAAAAATCTATTTAATGAGAATTATGTACAAAA	3	156	1
GCATTTTTAGATTTAAGAATGCTTTTTATATATT	3	236	0
TTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGTTATAATA	4	13	1
  TTGTATCCTTTTTAAGCTGATTGTATCCAATT	5	14	0
          **** ** *  ***
MAP Score: 21.4443

Motif 2
     GATTATTCCTTAAAACAATTCTTTAATG 	0	9	0
TTTTCCTTGAATAATTAAAAGTATTTTTTTATCT	1	13	1
ATCTTACTTAAAAGAAAAAACTAATTTTAAGTAG	1	43	1
  TAAAAATCCCCTTAAAAAATATTCTCTTACTC	2	26	0
ATAGATTTTTATGATAAAATCTAAGCTTTATCAA	3	134	0
TTAGATTTTATCATAAAAATCTATTTAATGAGAA	3	144	1
TTTTATATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCT	3	228	1
TATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATGCTACA	3	240	1
TACAATGTTTATCTTTAAAACGAAAGGGCAATTT	3	270	1
TAACTAATCATTCTTAAAAACGCTAAAAATTA  	4	8	0
AACAACACTCAAGCTAAAATCCATTAAGGAAATC	4	55	1
GGATACAATCAGCTTAAAAAGGATACAA      	5	18	1
          *   ******* **
MAP Score: 5.01276

Motif 3
         CATTAAAGAATTGTTTTAAGGAAT	0	1	1
ACTTTTAATTATTCAAGGAAAATTT        	1	2	0
CCTTGAATAATTAAAAGTATTTTTTTATCTTAC	1	17	1
TTTTTTCTTTTAAGTAAGATAAAAAAATACTTT	1	30	0
ATGCTACTTAAAATTAGTTTTTTCTTTTAAGTA	1	47	0
AAACTAATTTTAAGTAGCATTTAATATTAAGTC	1	60	1
CATTTAATATTAAGTCAAATTTAACGGGTTTGT	1	77	1
TCAAATATTGTTACTAAAATAAACCACAAACCC	1	102	0
ATACTCAAAATTAGTAAGATTGTAATCACAAGT	1	151	0
ATCTTACTAATTTTGAGTATTATAATTGTGTTT	1	164	1
TTTGGAATTTTAAGGAGCATTCT          	1	208	1
AAAATCCCCTTAAAAAATATTCTCTTACTCCCC	2	23	0
TTGTCCCATAATTATAGCATAAATGATAATGAA	3	35	1
TTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCA	3	76	0
ATTAAATAGATTTTTATGATAAAATCTAAGCTT	3	140	0
AGGGGATATTTTTATATAATATATAAAAAGCAT	3	219	1
ATATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAA	3	232	1
AAAGATAAACATTGTAGCATTTTTAGATTTAAG	3	253	0
TGCCCTTTCGTTTTAAAGATAAACATTGTAGCA	3	267	0
ACAATCAGCTTAAAAAGGATACAA         	5	22	1
          *** *** *** *
MAP Score: 0.478621

Motif 4
        CATTAAAGAATTGTTTTAAGGAAT	0	2	1
AAGAATTGTTTTAAGGAATAATC         	0	15	1
TTAAGTAAGATAAAAAAATACTTTTAATTATT	1	22	0
TTAAATGCTACTTAAAATTAGTTTTTTCTTTT	1	52	0
TCTTACTAATTTTGAGTATTATAATTGTGTTT	1	165	1
AATTTGGAATTTTAAGGAGCATTCT       	1	206	1
TTTAGGGGAGTAAGAGAATATTTTTTAAGGGG	2	19	1
TAAATGAGAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTA	3	72	1
TTATATATTATATAAAAATATCCCCTTTTAAC	3	213	0
TTATATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCT	3	230	1
CATTCTTAAATCTAAAAATGCTACAATGTTTA	3	249	1
TTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGTTATAAT	4	14	1
ATACAATCAGCTTAAAAAGGATACAA      	5	20	1
          *********  *
MAP Score: 0.45021