AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons037_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253334
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0126	28	putative
#1	jhp0127_lldP_1	221	jhp0127: putative, lldP_1: L-lactate permease
#2	lldP_2	48	L-lactate permease
#3	jhp0599	298	putative
#4	jhp0600	82	putative Outer membrane protein
#5	jhp0609	36	putative

Motif 1
AAAAAACTAATTTTAAGTAGCATTTAATATTAAG	1	57	1
TAATTTGGAATTTTAAGGAGCATTCT        	1	205	1
TTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGTTATAATA	4	13	1
TAAAGAATTGTTTTAAGGAATAATC         	0	13	1
AGAGAATATTTTTTAAGGGGATTTTTA       	2	31	1
ACTTTTAATTATTCAAGGAAAATTT         	1	1	0
  TTGTATCCTTTTTAAGCTGATTGTATCCAATT	5	14	0
TAGTTTTTTCTTTTAAGTAAGATAAAAAAATACT	1	32	0
TAGCATTTAATATTAAGTCAAATTTAACGGGTTT	1	74	1
AAATTAAGAGTTTCAAACACAATTATAATACTCA	1	177	0
TTAAATAGATTTTTATGATAAAATCTAAGCTTTA	3	138	0
TTTGTGGTTTATTTTAGTAACAATATTTGAGCGA	1	105	1
GCATTTTTAGATTTAAGAATGCTTTTTATATATT	3	236	0
TTTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCA	3	76	0
ATAAAAATCTATTTAATGAGAATTATGTACAAAA	3	156	1
TTTCATTATCATTTATGCTATAATTATGGGACAA	3	35	0
TGCCCTTTCGTTTTAAAGATAAACATTGTAGCAT	3	266	0
AAGGGGATATTTTTATATAATATATAAAAAGCAT	3	218	1
          *******    ***
MAP Score: 21.1617

Motif 2
     CATTAAAGAATTGTTTTAAGGAATAATC        	0	5	1
          AAATTTTCCTTGAATAATTAAAAGTATTTTT	1	0	1
AATTAAAAGTATTTTTTTATCTTACTTAAAAGAAAAAACTA	1	25	1
AATTTGACTTAATATTAAATGCTACTTAAAATTAGTTTTTT	1	57	0
CCACTCGCTCAAATATTGTTACTAAAATAAACCACAAACCC	1	102	0
TGAGTATTATAATTGTGTTTGAAACTCTTAATTTGGAATTT	1	177	1
        AGAATGCTCCTTAAAATTCCAAATTAAGAGTTT	1	198	0
ATTATAGCATAAATGATAATGAAAAAGTAAATGAGAGTATG	3	45	1
TGAGAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAAATGAGAAA	3	76	1
TAGCTTGATAAAGCTTAGATTTTATCATAAAAATCTATTTA	3	130	1
TTAAAAGGGGATATTTTTATATAATATATAAAAAGCATTCT	3	214	1
TAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATGCTACAAT	3	235	1
AAATGCTACAATGTTTATCTTTAAAACGAAAGGGCAATTTA	3	264	1
TATTATAACTAATCATTCTTAAAAACGCTAAAAATTA    	4	6	0
          **   **  *  **    ***
MAP Score: 16.2415

Motif 3
      CATTAAAGAATTGTTTTAAGGAATAATC	0	4	1
AAGTAAGATAAAAAAATACTTTTAATTATTCAAG	1	18	0
AAATGCTACTTAAAATTAGTTTTTTCTTTTAAGT	1	48	0
CATTTAATATTAAGTCAAATTTAACGGGTTTGTG	1	77	1
TTTAGGGGAGTAAGAGAATATTTTTTAAGGGGAT	2	19	1
GAATATTTTTTAAGGGGATTTTTA          	2	34	1
TAAATGAGAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACA	3	72	1
ATAGCTTGATAAAGCTTAGATTTTATCATAAAAA	3	129	1
TAATTCTCATTAAATAGATTTTTATGATAAAATC	3	147	0
TAGGGGGTTAAAAGGGGATATTTTTATATAATAT	3	207	1
TTTTTAGATTTAAGAATGCTTTTTATATATTATA	3	233	0
CTTTAAAACGAAAGGGCAATTTAACC        	3	282	1
GTATCCTTTTTAAGCTGATTGTATCCAATTTCGT	5	10	0
          ****   * *****
MAP Score: 11.8548

Motif 4
     CATTAAAGAATTGTTTTAAGGAATAATC 	0	5	1
AGTAAGATAAAAAAATACTTTTAATTATTCAAGG	1	17	0
CTTAAAAGAAAAAACTAATTTTAAGTAGCATTTA	1	49	1
CATTTAATATTAAGTCAAATTTAACGGGTTTGTG	1	77	1
GGGGAGTAAGAGAATATTTTTTAAGGGGATTTTT	2	23	1
AATGAGAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAA	3	74	1
ATTTTATCATAAAAATCTATTTAATGAGAATTAT	3	148	1
GGGGGTTAAAAGGGGATATTTTTATATAATATAT	3	209	1
ATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAAT	3	234	1
          ****    ******
MAP Score: 3.90595

Motif 5
AGAATTGTTTTAAGGAATAATC         	0	16	1
CCTTGAATAATTAAAAGTATTTTTTTATCTT	1	17	1
TTTATCTTACTTAAAAGAAAAAACTAATTTT	1	40	1
AAACTAATTTTAAGTAGCATTTAATATTAAG	1	60	1
TTTGGAATTTTAAGGAGCATTCT        	1	208	1
GTTTAGGGGAGTAAGAGAATATTTTTTAAGG	2	18	1
AGAATATTTTTTAAGGGGATTTTTA      	2	33	1
AAATGATAATGAAAAAGTAAATGAGAGTATG	3	55	1
TAATTCTCATTAAATAGATTTTTATGATAAA	3	150	0
ATATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTA	3	232	1
TCTTTAAAACGAAAGGGCAATTTAACC    	3	281	1
TTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGTTATAATA	4	16	1
ACAATCAGCTTAAAAAGGATACAA       	5	22	1
          ******* ***
MAP Score: 3.87273