AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons038_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253346
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0549	117	ENDONUCLEASE III
#1	hemE	68	UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE
#2	glyS	116	GLYCYL-TRNA SYNTHETASE BETA CHAIN
#3	jhp1246	174	putative

Motif 1
ACCTTCTACTTAAAAACCTTAATTTTTTAA	3	65	1
CTATAGAGTATAAAAACCATAATTAGACAA	1	31	1
CTTAATTTTTTAAAAACCATTTCCACAATT	3	82	1
AAATTTGATTTTAAAACCTTAAAAAAATAG	3	22	1
ACCATAATTAGACAAACCTTTAAGGATTTA	1	46	1
AAGATAACAAGAAAATCCTTGTTGCGAACG	3	136	0
CAATCCTCCCTAAAAAACAAAATCACTCTT	2	91	0
AAATTAAAGCGAAAAGCCAACGCTTAAAGC	0	40	0
          **********
MAP Score: 12.2641

Motif 2
TCGCTTTAATTTTTGCTTCTTTTTTAATAAAATACT	0	58	1
AATAAAATACTCTTTTTTATTTCTTTTTATTACAGG	0	83	1
TTTTATACTCTATAGTTGTTTTCTAAAATGAATATT	1	10	0
AAGGTTTGTCTAATTATGGTTTTTATACTCTATAGT	1	30	0
TATTCCTAGTTTAATTTATTTCTTAATACAAAAGGT	2	17	0
AGAATTATACTTGAATTTATTCCTAGTTTAATTTAT	2	34	0
TCTAGCATGATTTAGCTTATTCTTAAGAGTGATTTT	2	67	1
ATTCTTAAGAGTGATTTTGTTTTTTAGGGAGGATTG	2	85	1
GCTAATCCTTTGAAATTTGATTTTAAAACCTTAAAA	3	10	1
GTATAAGAGTTTATGCTATTTTTTTAAGGTTTTAAA	3	31	0
CATAAACTCTTATACCTTCTACTTAAAAACCTTAAT	3	52	1
GTAAAAATTGTGGAAATGGTTTTTAAAAAATTAAGG	3	81	0
GCAACAAGGATTTTCTTGTTATCTTAATTTAAAGGT	3	141	1
          *  *  *  *******
MAP Score: 11.829

Motif 3
AGCCCCATACAAACACCTTTCTTAAAA   	0	7	0
TTTGTATGGGGCTAACGCTTTAAGCGTTGG	0	24	1
AAAGCGAAAAGCCAACGCTTAAAGCGTTAG	0	35	0
TTTTTTAATAAAATACTCTTTTTTATTTCT	0	77	1
TATAGAGTATAAAAACCATAATTAGACAAA	1	32	1
CCATAATTAGACAAACCTTTAAGGATTTAT	1	47	1
         CATAAATCCTTAAAGGTTTGT	1	57	0
       AACGCTCACCTTTTGTATTAAGA	2	3	1
TAAAAAACAAAATCACTCTTAAGAATAAGC	2	81	0
          GCTAATCCTTTGAAATTTGA	3	0	1
AAAAAATAGCATAAACTCTTATACCTTCTA	3	43	1
CCTTCTACTTAAAAACCTTAATTTTTTAAA	3	66	1
TTAATTTTTTAAAAACCATTTCCACAATTT	3	83	1
GCGAACGAATGATAACCCTCTTTTGTGTAA	3	113	0
AAGATAACAAGAAAATCCTTGTTGCGAACG	3	136	0
          **********
MAP Score: 10.8245

Motif 4
GTATTTTATTAAAAAAGAAGCAAAAATTAAAGCGAAAA	0	55	0
AATAAAAAGAAATAAAAAAGAGTATTTTATTAAAAAAG	0	76	0
TATTCATTTTAGAAAACAACTATAGAGTATAAAAACCA	1	12	1
AGTATAAAAACCATAATTAGACAAACCTTTAAGGATTT	1	37	1
TTTATTTCTTAATACAAAAGGTGAGCGTT         	2	1	0
AATCCTCCCTAAAAAACAAAATCACTCTTAAGAATAAG	2	82	0
TTAAAACCTTAAAAAAATAGCATAAACTCTTATACCTT	3	32	1
TATACCTTCTACTTAAAAACCTTAATTTTTTAAAAACC	3	62	1
TTAATTTTTTAAAAACCATTTCCACAATTTTTACACAA	3	83	1
CTTTAAATTAAGATAACAAGAAAATCCTTGTTGCGAAC	3	137	0
          ****** **    *   *
MAP Score: 2.16661