AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons038_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253353
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	flaA	166	FLAGELLIN A
#1	jhp0549	117	ENDONUCLEASE III
#2	hemE	68	UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE
#3	glyS	116	GLYCYL-TRNA SYNTHETASE BETA CHAIN
#4	jhp1246	174	putative

Motif 1
TTCATGCCCCTAATTTTATTTTTTAAAAATAAAGCCCTTTAA	0	55	1
CAAGGATGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGGAGTTACAACA 	0	135	1
        AATCTCAATCCTCCCTAAAAAACAAAATCACTCT	3	92	0
ATTAGGGGCATGAAAATGGGTTATAATAAAGAAAATTTTATT	0	27	0
GTAAAAATTGTGGAAATGGTTTTTAAAAAATTAAGGTTTTTA	4	75	0
CGCTTTAATTTTTGCTTCTTTTTTAATAAAATACTCTTTTTT	1	59	1
CATAAACTCTTATACCTTCTACTTAAAAACCTTAATTTTTTA	4	52	1
          TGGTGTTCGTATTCAATAATAAAATTTTCTTT	0	0	1
AAAAGAGGGTTATCATTCGTTCGCAACAAGGATTTTCTTGTT	4	119	1
TCTAGCATGATTTAGCTTATTCTTAAGAGTGATTTTGTTTTT	3	67	1
TTTTATACTCTATAGTTGTTTTCTAAAATGAATATT      	2	4	0
     AACGCTCACCTTTTGTATTAAGAAATAAATTAAACTA	3	5	1
GTTTATGCTATTTTTTTAAGGTTTTAAAATCAAATTTCAAAG	4	17	0
        AATAACCGCCTGTAATAAAAAGAAATAAAAAAGA	1	93	0
          *     *  * * *** **  *
MAP Score: 18.4713

Motif 2
TAATAAAGAAAATTTTATTATTGAATACGAAC	0	14	0
TCATGCCCCTAATTTTATTTTTTAAAAATAAA	0	56	1
ATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAAATAAAA	0	68	0
TTGGCTTTTCGCTTTAATTTTTGCTTCTTTTT	1	50	1
TTTAATTTTTGCTTCTTTTTTAATAAAATACT	1	62	1
TTTTTAATAAAATACTCTTTTTTATTTCTTTT	1	78	1
TACTCTTTTTTATTTCTTTTTATTACAGGCGG	1	90	1
          AATATTCATTTTAGAAAACAAC	2	0	1
GTTTTTATACTCTATAGTTGTTTTCTAAAATG	2	16	0
GGTTTGTCTAATTATGGTTTTTATACTCTATA	2	32	0
TTCCTAGTTTAATTTATTTCTTAATACAAAAG	3	19	0
TCTTAAGAGTGATTTTGTTTTTTAGGGAGGAT	3	87	1
AATCCTTTGAAATTTGATTTTAAAACCTTAAA	4	13	1
AAGAGTTTATGCTATTTTTTTAAGGTTTTAAA	4	31	0
CTACTTAAAAACCTTAATTTTTTAAAAACCAT	4	70	1
AAAAATTGTGGAAATGGTTTTTAAAAAATTAA	4	83	0
TCGCAACAAGGATTTTCTTGTTATCTTAATTT	4	139	1
          *****  *****
MAP Score: 14.5288

Motif 3
     TGGTGTTCGTATTCAATAATAAAATTTTCTTTA	0	5	1
TGCCCCTAATTTTATTTTTTAAAAATAAAGCCCTTTAA	0	59	1
ATAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACTTTAACCGATAATA	0	83	1
CTTTAACCGATAATAGTTCCAACCAAAAGCAAGGATGC	0	106	1
CAAGGATGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGGAGTTACA	0	135	1
CTTTAATTTTTGCTTCTTTTTTAATAAAATACTCTTTT	1	61	1
ATACTCTTTTTTATTTCTTTTTATTACAGGCGGTTATT	1	89	1
        AATATTCATTTTAGAAAACAACTATAGAGT	2	2	1
TTTGTCTAATTATGGTTTTTATACTCTATAGTTGTTTT	2	24	0
CTAGTTTAATTTATTTCTTAATACAAAAGGTGAGCGTT	3	10	0
TGCTATTTTTTTAAGGTTTTAAAATCAAATTTCAAAGG	4	16	0
GCATAAACTCTTATACCTTCTACTTAAAAACCTTAATT	4	51	1
CTTAAAAACCTTAATTTTTTAAAAACCATTTCCACAAT	4	73	1
      CGTTTTGACCTTTAAATTAAGATAACAAGAAA	4	152	0
          **    *** * * ** *
MAP Score: 4.82032

Motif 4
TGGTGTTCGTATTCAATAATAAAATTTTCTTTATTAT	0	10	1
AGGGCTTTATTTTTAAAAAATAAAATTAGGGGCATGA	0	56	0
AATTTCAAACTTTAACCGATAATAGTTCCAACCAAAA	0	97	1
TGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGGAGTTACAACA  	0	141	1
          TTTTAAGAAAGGTGTTTGTATGGGGCT	1	0	1
AAAAAGAGTATTTTATTAAAAAAGAAGCAAAAATTAA	1	63	0
TTTTATTTCTTTTTATTACAGGCGGTTATT       	1	97	1
CTATAGTTGTTTTCTAAAATGAATATT          	2	0	0
TCCTTAAAGGTTTGTCTAATTATGGTTTTTATACTCT	2	35	0
TGATTTTGTTTTTTAGGGAGGATTGAGATT       	3	96	1
GGAAATGGTTTTTAAAAAATTAAGGTTTTTAAGTAGA	4	69	0
ATAACCCTCTTTTGTGTAAAAATTGTGGAAATGGTTT	4	95	0
          *** *  **  *  ***
MAP Score: 2.40172