AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons039_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944253361 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 uvrA 173 EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT A. #1 jhp0879 300 putative #2 jhp0996 200 putative #3 uvrB 48 EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT B #4 jhp1043 143 putative #5 recG 76 ATP-DEPENDENT DNA HELICASE #6 pcrA 248 putative ATP-DEPENDENT HELICASE #7 nhaA 23 NA(+)/H(+) ANTIPORTER 1 #8 jhp1448 47 putative Motif 1 TGAAAAATGCTATAATTTGAGATTA 8 0 1 TTAAAACCAATCAAAACAGCCAAAACCCCTTTTAT 1 80 1 CAAGGGCTTATGAAAAATTTCAAAACTGATTTTAA 1 49 1 CATTTCTTATTCATAAGAGTTAAAAATATTTGCTT 0 79 0 CTAAATATGGTTAAAAAATATACAATACCCTATAA 1 174 1 CCCCTTTTATTTAAAAAATGAACAATAATGTTTTG 1 105 1 AGCTTTGATATAATAACTTTTAAAAACCATAGAAA 2 167 1 GATTGTATAATAATAGCTGACATAACACATAATCA 1 261 1 ATCGTTTTTATGATAAAATAAACAAATTATACATT 5 30 0 TAGGTGTTCTTAAGAAATTTAAGAATCAAATGAGC 6 50 0 ACAATCAAATTAAAAAGAAATAAAAAATGAGCGCA 1 232 0 CAATACCCTATAATAAGATGAAAATTCATGGCGTT 1 196 1 AAAACCCGTTTAAGAATTTCTAAATATGGTTAAAA 1 155 1 TAAATTTCCTTAAAAGATGTTTTAATCTCAAATTA 8 22 0 AGTTTTTGTTTTATAGTTTCAAAATACATTAGCTT 4 47 0 ATTCCTATCTTTAAAATTGTCTCATAGAATAATAG 0 27 1 AATACCGCCATAAGAATTGCTTAAAAATAGGATTT 2 66 1 TTTATGGTAATCAAAAATACCAAATACCGCCATAA 2 44 1 GGCTTTTAGGTTATAATAAAGACAAAACAGAATTT 6 210 1 ATAATACCCCTAAAAAATGCGAGTTTAAAG 3 28 1 CTCTTATGAATAAGAAATGATAATAAAACCATTCT 0 95 1 GAAAGTGGATTAAAAGGAGCTATTATACTTCAAAA 0 131 0 TAACACATAATCATAGGAGTTTCAATC 1 283 1 AGTTATTATATCAAAGCTATTAAATTATCGCAAAA 2 150 0 AGACAACCTTAAAATTTTTATTT 7 0 0 TCTCATAGAATAATAGCATGTTTATCCTTAATCAA 0 46 1 AGTCAAGGAGTAAAAAATGAAATCAATACCAGTGA 4 88 1 * **** ** * ** MAP Score: 21.1902 Motif 2 TCAGCTATTATTATACAATCAAATTAAAAAGAAATAAAAA 1 241 0 CCTAAAAGCCTTTTTTACTTAAGCTAAAAAACCTTAATCT 6 180 0 CAAAACATTATTGTTCATTTTTTAAATAAAAGGGGTTTTG 1 100 0 TTTTGATTGGTTTTAAAATCAGTTTTGAAATTTTTCATAA 1 56 0 AATGTATAATTTGTTTATTTTATCATAAAAACGATTAAGG 5 30 1 TTAATAGCTTTGATATAATAACTTTTAAAAACCATAGAAA 2 162 1 TGAAAAATGCTATAATTTGAGATTAAAACATCTTTTA 8 7 1 CAAGTTTTTGTTTTATAGTTTCAAAATACATTAGCTTTAT 4 44 0 AAACGGGTTTTGTTTGAATGGAAACTCAAAACATTATTGT 1 126 0 AATAAACAAATTATACATTGACTTAAGGAAATTTAATTG 5 9 0 TAAAAATATTTGCTTGATTAAGGATAAACATGCTATTATT 0 54 0 AGGATTTAGCTACTTGATTTTATGGTAAAAGTCATTACCT 2 94 1 GTTTAAGAATTTCTAAATATGGTTAAAAAATATACAATAC 1 162 1 TTTTTAGGGGTATTATAGTGGTTTTTAACAAGCC 3 4 0 TAAAAGGAGCTATTATACTTCAAAAAAGAATGGTTTTATT 0 116 0 GTATTTGGTATTTTTGATTACCATAAAGCAATAAGATAGA 2 31 0 TTATCATTTCTTATTCATAAGAGTTAAAAATATTTGCTTG 0 78 0 ATGAGCTGAGTGCTAGACATATTTGATAAAGCTAATGTAT 4 19 1 TTGTTATTGTATCTAAACTCAATAATAAAAGTCAAGGGCT 1 17 1 ** ** * * * *** MAP Score: 18.1683 Motif 3 AAATTTTTCATAAGCCCTTGACTTTTATTATTGA 1 35 0 AAATTCCATTCCTTTACATTCCTA 0 0 1 TTTTATGGTAAAAGTCATTACCTTAAGGGGATAG 2 111 1 TATAGTTTCAAAATACATTAGCTTTATCAAATAT 4 37 0 AAAACAGCCAAAACCCCTTTTATTTAAAAAATGA 1 92 1 AATGAGCGCAAAACGCCATGAATTTTCATCTTAT 1 208 0 AGAAAATGACAAAACCCTACGATTATAGCAAAAG 6 148 1 GATTGAAACTCCTATGATTATGTGTTATG 1 281 0 AAATGATAATAAAACCATTCTTTTTTGAAGTATA 0 109 1 CTTAAGCTAAAAAACCTTAATCTTTTGCTATAAT 6 169 0 TTTGAAACTATAAAACAAAAACTTGAAAAAGTCA 4 59 1 ATTTCATTTTTTACTCCTTGACTTTTTCAAGTTT 4 77 0 ATCAAGTAGCTAAATCCTATTTTTAAGCAATTCT 2 78 0 CATAAGAGTTAAAAATATTTGCTTGATTAAGGAT 0 69 0 AATAAACAAATTATACATTGACTTAAGGAAATTT 5 15 0 GTTTGAATGGAAACTCAAAACATTATTGTTCATT 1 121 0 TGAAAAATGCTATAATTTGAGATTAAAA 8 4 1 TATTTTGCGATAATTTAATAGCTTTGATATAATA 2 148 1 TAGCTCCTTTTAATCCACTTTCTTATTTTAAGGA 0 144 1 *** **** *** MAP Score: 17.9622 Motif 4 GATAATAAAACCATTCTTTTTTGAAGTATAATAGCT 0 113 1 TTTGAAGTATAATAGCTCCTTTTAATCCACTTTCTT 0 132 1 CTTTTAATCCACTTTCTTATTTTAAGGAAACTC 0 150 1 TGAAAAATTTCAAAACTGATTTTAAAACCAATCAAA 1 59 1 TCAAAACAGCCAAAACCCCTTTTATTTAAAAAATGA 1 90 1 AAAAAATGAACAATAATGTTTTGAGTTTCCATTCAA 1 117 1 TCCATTCAAACAAAACCCGTTTAAGAATTTCTAAAT 1 144 1 TCAAGTAGCTAAATCCTATTTTTAAGCAATTCTTAT 2 75 0 TACCCCTAAAAAATGCGAGTTTAAAG 3 32 1 ATTTTTTACTCCTTGACTTTTTCAAGTTTTTGTTTT 4 70 0 GGAAGAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC 6 9 0 TTCTCTTCCTCCATGCTCATTTGATTCTTAAATTTC 6 36 1 ATTATAACCTAAAAGCCTTTTTTACTTAAGCTAAAA 6 191 0 TAATAAAGACAAAACAGAATTTTAGGATAGCTATC 6 223 1 AAATAAAAATTTTAAGGTTGTCT 7 0 1 ATTTGAGATTAAAACATCTTTTAAGGAAATTTA 8 24 1 **** * *** * * MAP Score: 15.4347 Motif 5 AAATGATAATAAAACCATTCTTTTTTGAAGTAT 0 109 1 AACTGATTTTAAAACCAATCAAAACAGCCAAAA 1 72 1 CAAAACAGCCAAAACCCCTTTTATTTAAAAAAT 1 91 1 CCATTCAAACAAAACCCGTTTAAGAATTTCTAA 1 145 1 AAAAATATACAATACCCTATAATAAGATGAAAA 1 187 1 ATAACTTTTAAAAACCATAGAAAGGCTTATG 2 179 1 GGCTTGTTAAAAACCACTATAATACCCCTAAA 3 9 1 AAACCACTATAATACCCCTAAAAAATGCGAGTT 3 20 1 AAATGAAATCAATACCAGTGAAACCATTTGACA 4 102 1 AGAAAATGACAAAACCCTACGATTATAGCAAAA 6 148 1 ******* * ** MAP Score: 15.0908 Motif 6 TTAATCAAGCAAATATTTTTAACTCTTATGAATAAGAAATGATAA 0 73 1 AAGACAATTGTTATTGTATCTAAACTCAATAATAAAAGTCAA 1 7 1 AATAAAAGTCAAGGGCTTATGAAAAATTTCAAAACTGATTTTAAA 1 40 1 AAAATTTCAAAACTGATTTTAAAACCAATCAAAACAGCCAAAACC 1 62 1 GAAACTCAAAACATTATTGTTCATTTTTTAAATAAAAGGGGTTTT 1 101 0 AAACCCGTTTAAGAATTTCTAAATATGGTTAAAAAATATACAATA 1 156 1 TCTCTATCTTATTGCTTTATGGTAATCAAAAATACCAAATACCGC 2 29 1 TAAGGGGATAGGGGTATTTTGCGATAATTTAATAGCTTTGATATA 2 134 1 GCATTTTTTAGGGGTATTATAGTGGTTTTTAACAAGCC 3 3 0 TGATAAAGCTAATGTATTTTGAAACTATAAAACAAAAACTTGAAA 4 42 1 TGAAAAAGTCAAGGAGTAAAAAATGAAATCAATACCAGTGAAACC 4 82 1 TCAATCCTTAATCGTTTTTATGATAAAATAAACAAATTATACATT 5 30 0 CTCCATGCTCATTTGATTCTTAAATTTCTTAAGAACACCTAAATA 6 44 1 GCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGG 6 175 1 TTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAAGACAAAACAGAAT 6 198 1 TGAAAAATGCTATAATTTGAGATTAAAACATCTTTTAAG 8 4 1 * * ** * * ** ** MAP Score: 14.8605 Motif 7 AAACATGCTATTATTCTATGAGACAATTTTAAA 0 36 0 ATCCACTTTCTTATTTTAAGGAAACTC 0 156 1 AAGACAATTGTTATTGTATCTAAACTCAATAAT 1 10 1 AATTTTCATCTTATTATAGGGTATTGTATATTT 1 189 0 CTTTTTAATTTGATTGTATAATAATAGCTGACA 1 250 1 GAAACTCCTATGATTATGTGTTATGTCAGCTAT 1 273 0 TTTAGCTACTTGATTTTATGGTAAAAGTCATTA 2 98 1 TTTTTAAAAGTTATTATATCAAAGCTATTAAAT 2 160 0 TATAATTTGTTTATTTTATCATAAAAACGATTA 5 34 1 TGTTTTGTCTTTATTATAACCTAAAAGCCTTTT 6 206 0 ***** **** * MAP Score: 12.6009 Motif 8 AATTTCTAAATATGGTTAAAAAATATACAATAC 1 169 1 AATGCTATAATTTGAGATTAAAACATCTTTTAA 8 15 1 ATTTAATAGCTTTGATATAATAACTTTTAAAAA 2 160 1 TAATCGTTTTTATGATAAAATAAACAAATTATA 5 34 0 TTCTTTTTAATTTGATTGTATAATAATAGCTGA 1 248 1 ATGAATAAGAAATGATAATAAAACCATTCTTTT 0 100 1 CCAAAACCCCTTTTATTTAAAAAATGAACAATA 1 99 1 AGCTACTTGATTTTATGGTAAAAGTCATTACCT 2 101 1 GGCTGTTTTGATTGGTTTTAAAATCAGTTTTGA 1 68 0 TCCATGCTCATTTGATTCTTAAATTTCTTAAGA 6 45 1 AGAAATAAAAAATGAGCGCAAAACGCCATGAAT 1 219 0 TAAGCCTTTCTATGGTTTTTAAAAGTTATTATA 2 175 0 CTTATTGCTTTATGGTAATCAAAAATACCAAAT 2 36 1 TTCTTATTCATAAGAGTTAAAAATATTTGCTTG 0 78 0 AAAGCTATTAAATTATCGCAAAATACCCCTATC 2 140 0 ATTATTGAGTTTAGATACAATAACAATTGTCTT 1 10 0 GTTTTTGTTTTATAGTTTCAAAATACATTAGCT 4 48 0 TAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAAGACAAA 6 203 1 AATACCCTATAATAAGATGAAAATTCATGGCGT 1 197 1 ****** **** MAP Score: 12.4206 Motif 9 TATTTTTAACTCTTATGAATAAGAAATGATAATAAAACCATT 0 86 1 TTATTGTATCTAAACTCAATAATAAAAGTCAAGGGCTTATGA 1 20 1 AAACTGATTTTAAAACCAATCAAAACAGCCAAAACCCCTTTT 1 71 1 GGGTTTTGTTTGAATGGAAACTCAAAACATTATTGTTCATTT 1 120 0 GTATATTTTTTAACCATATTTAGAAATTCTTAAACGGGTTTT 1 155 0 TATTATACAATCAAATTAAAAAGAAATAAAAAATGAGCGCAA 1 231 0 TCTTATTGCTTTATGGTAATCAAAAATACCAAATACCGCCAT 2 35 1 AAGCTAATGTATTTTGAAACTATAAAACAAAAACTTGAAAAA 4 47 1 TTAATCGTTTTTATGATAAAATAAACAAATTATACATTGACT 5 26 0 CTATAAATCATAGAGAAAATGACAAAACCCTACGATTATAGC 6 135 1 AAAGCCTTTTTTACTTAAGCTAAAAAACCTTAATCTTTTGCT 6 174 0 GGCTTTTAGGTTATAATAAAGACAAAACAGAATTTTAGGATA 6 210 1 * ** * **** ** MAP Score: 5.72328 Motif 10 CTTATTCATAAGAGTTAAAAATATTTGCTTGA 0 77 0 GAGTTTAGATACAATAACAATTGTCTT 1 5 0 GGGCTTATGAAAAATTTCAAAACTGATTTTAA 1 52 1 TTTTATTTAAAAAATGAACAATAATGTTTTGA 1 109 1 AACCCGTTTAAGAATTTCTAAATATGGTTAAA 1 157 1 ATATGGTTAAAAAATATACAATACCCTATAAT 1 178 1 AAATTAAAAAGAAATAAAAAATGAGCGCAAAA 1 229 0 TTGCTTTATGGTAATCAAAAATACCAAATACC 2 40 1 TTTTTGTTTTATAGTTTCAAAATACATTAGCT 4 48 0 AAAAAGTCAAGGAGTAAAAAATGAAATCAATA 4 84 1 CTCGCTTAGCGTAATGTCAAATGGTTTCACTG 4 117 0 TTTTTATGATAAAATAAACAAATTATACATTG 5 29 0 AATCATAGAGAAAATGACAAAACCCTACGATT 6 140 1 TTAGGTTATAATAAAGACAAAACAGAATTTTA 6 215 1 AAAAGATGTTTTAATCTCAAATTATAGCATTT 8 14 0 * *** ****** MAP Score: 5.23755 Motif 11 TGCTATTATTCTATGAGACAATTTTAAAGATAGGAA 0 28 0 AAGAATGGTTTTATTATCATTTCTTATTCATAAGAG 0 95 0 AAGACAATTGTTATTGTATCTAAACTCAATAAT 1 7 1 GTTTTGGCTGTTTTGATTGGTTTTAAAATCAGTTTT 1 70 0 TTTTTAACCATATTTAGAAATTCTTAAACGGGTTTT 1 155 0 AATTTTCATCTTATTATAGGGTATTGTATATTTTTT 1 186 0 TTGCGCTCATTTTTTATTTCTTTTTAATTTGATTGT 1 231 1 ATGTCAGCTATTATTATACAATCAAATTAAAAAGAA 1 248 0 ATTGAAACTCCTATGATTATGTGTTATGTCAGCTAT 1 273 0 TTATCATTCCCTGTTAAGCTCTCTAT 2 0 1 TAAATCCTATTTTTAAGCAATTCTTATGGCGGTATT 2 66 0 AATAGCTTTGATATAATAACTTTTAAAAACCATAGA 2 164 1 TTTAGGGGTATTATAGTGGTTTTTAACAAGCC 3 6 0 AAAGCTAATGTATTTTGAAACTATAAAACAAAAACT 4 46 1 AGTCAATGTATAATTTGTTTATTTTATCATAAAAAC 5 26 1 CTAATCCTTGTATTTAGGTGTTCTTAAGAAATTTAA 6 63 0 TAAAAAACCTTAATCTTTTGCTATAATCGTAGGGTT 6 160 0 AGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTT 6 180 1 GTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAAGACAAAAC 6 202 1 TTAAAAGATGTTTTAATCTCAAATTATAGCATTTTT 8 12 0 **** ** * *** MAP Score: 3.95883 Motif 12 CATTCCTATCTTTAAAATTGTCTCATAGAATAATAGC 0 26 1 CTCTTATGAATAAGAAATGATAATAAAACCATTCTTT 0 95 1 TAAAAGGAGCTATTATACTTCAAAAAAGAATGGTTTT 0 119 0 TTCCTTAAAATAAGAAAGTGGATTAAAAGGAGCTATT 0 142 0 AGTCAAGGGCTTATGAAAAATTTCAAAACTGATTTTA 1 46 1 TCAAAACTGATTTTAAAACCAATCAAAACAGCCAAAA 1 68 1 ACCCCTTTTATTTAAAAAATGAACAATAATGTTTTGA 1 104 1 CAAAACCCGTTTAAGAATTTCTAAATATGGTTAAAAA 1 154 1 CTAAATATGGTTAAAAAATATACAATACCCTATAATA 1 174 1 TAAAAAGAAATAAAAAATGAGCGCAAAACGCCATGAA 1 220 0 CAGCTATTATTATACAATCAAATTAAAAAGAAATAAA 1 243 0 TGCTTTATGGTAATCAAAAATACCAAATACCGCCATA 2 41 1 ATATCAAAGCTATTAAATTATCGCAAAATACCCCTAT 2 141 0 TTTCTATGGTTTTTAAAAGTTATTATATCAAAGCTAT 2 165 0 GGCTTGTTAAAAACCACTATAATACCCCTAA 3 4 1 GCTAATGTATTTTGAAACTATAAAACAAAAACTTGAA 4 49 1 AGTCAAGGAGTAAAAAATGAAATCAATACCAGTGAAA 4 88 1 ATCGTTTTTATGATAAAATAAACAAATTATACATTGA 5 28 0 TAGGTGTTCTTAAGAAATTTAAGAATCAAATGAGCAT 6 48 0 CTATAAATCATAGAGAAAATGACAAAACCCTACGATT 6 135 1 GGCTTTTAGGTTATAATAAAGACAAAACAGAATTTTA 6 210 1 GATGTTTTAATCTCAAATTATAGCATTTTTCA 8 5 0 * * *** * **** MAP Score: 2.71164