AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons039_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944253388 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 uvrA 173 EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT A. #1 jhp0879 300 putative #2 jhp0996 200 putative #3 uvrB 48 EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT B #4 jhp1043 143 putative #5 jhp1044 300 putative #6 recG 76 ATP-DEPENDENT DNA HELICASE #7 pcrA 248 putative ATP-DEPENDENT HELICASE #8 nhaA 23 NA(+)/H(+) ANTIPORTER 1 #9 jhp1448 47 putative Motif 1 ATCTTTAAAATTGTCTCATAGAATAATAGCATGTTTATCC 0 33 1 CTCTTATGAATAAGAAATGATAATAAAACCATTCTTTTTT 0 95 1 AAAATCAGTTTTGAAATTTTTCATAAGCCCTTGACTTTTA 1 42 0 AAAACTGATTTTAAAACCAATCAAAACAGCCAAAACCCCT 1 70 1 CGGGTTTTGTTTGAATGGAAACTCAAAACATTATTGTTCA 1 123 0 TCTAAATATGGTTAAAAAATATACAATACCCTATAATAAG 1 173 1 TTCTTTTTAATTTGATTGTATAATAATAGCTGACATAACA 1 248 1 ATCAAAGCTATTAAATTATCGCAAAATACCCCTATCCCCT 2 136 0 ATAGCTTTGATATAATAACTTTTAAAAACCATAGAAAGGC 2 165 1 GGCTTGTTAAAAACCACTATAATACCCCTAAAAAAT 3 6 1 CAAGTTTTTGTTTTATAGTTTCAAAATACATTAGCTTTAT 4 44 0 AGTCAAGGAGTAAAAAATGAAATCAATACCAGTGAAACCA 4 88 1 TGGGGGAGCATTTAAGACAAGGTAAACAGAGCAAAGTTAT 5 49 0 CCCCTAGACTTACAAACTCCAAACAATAGCGAGCGGTTTT 5 102 1 GGCGTCGTTTTTAAAAAGCTTATGAAAACCGCTCGCTATT 5 126 0 CATTTGATTCTTAAATTTCTTAAGAACACCTAAATACAAG 7 53 1 CCTATAAATCATAGAGAAAATGACAAAACCCTACGATTAT 7 134 1 AAAAGCCTTTTTTACTTAAGCTAAAAAACCTTAATCTTTT 7 177 0 GCTTTTAGGTTATAATAAAGACAAAACAGAATTTTAGGAT 7 211 1 TGAAAAATGCTATAATTTGAGATTAAAACATCTTTTAAGG 9 10 1 ** ** * ** *** MAP Score: 25.7377 Motif 2 ACTTTCTTATTTTAAGGAAACTC 0 160 1 AAGTCAAGGGCTTATGAAAAATTTCAAAAC 1 45 1 ATCTTATTGCTTTATGGTAATCAAAAATAC 2 34 1 AAATCCTATTTTTAAGCAATTCTTATGGCG 2 71 0 GCTACTTGATTTTATGGTAAAAGTCATTAC 2 102 1 CCCCTATCCCCTTAAGGTAATGACTTTTAC 2 118 0 TGGGGGAGCATTTAAGACAAGGTAAACAGA 5 59 0 TTTTAAAAAGCTTATGAAAACCGCTCGCTA 5 128 0 CAACGAAAAATTTAAGCCAAGGTTTAGCGA 5 194 1 TATACATTGACTTAAGGAAATTTAATTG 6 8 0 CTTAATCGTTTTTATGATAAAATAAACAAA 6 39 0 CCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC 7 6 0 TTTAGGTGTTCTTAAGAAATTTAAGAATCA 7 57 0 GCCTTTTTTACTTAAGCTAAAAAACCTTAA 7 183 0 TAAAACATCTTTTAAGGAAATTTA 9 33 1 ********** MAP Score: 21.2998 Motif 3 AGAAATGATAATAAAACCATTCTTTTTTGAA 0 107 1 GAGTTTAGATACAATAACAATTGTCTT 1 6 0 AAAACTGATTTTAAAACCAATCAAAACAGCC 1 70 1 ATCAAAACAGCCAAAACCCCTTTTATTTAAA 1 89 1 TTCCATTCAAACAAAACCCGTTTAAGAATTT 1 143 1 TAAAAAATATACAATACCCTATAATAAGATG 1 185 1 ATGGTAATCAAAAATACCAAATACCGCCATA 2 47 1 AAATTATCGCAAAATACCCCTATCCCCTTAA 2 133 0 TAATAACTTTTAAAAACCATAGAAAGGCTTA 2 177 1 GGCTTGTTAAAAACCACTATAATACCCC 3 7 1 AAAAACCACTATAATACCCCTAAAAAATGCG 3 18 1 AAAAATGAAATCAATACCAGTGAAACCATTT 4 100 1 CCCAATCTTAACAAAACCCCCTAGACTTACA 5 85 1 GCGGAGCGTTAAAATACCAATGGACTAAATT 5 233 1 AGAGAAAATGACAAAACCCTACGATTATAGC 7 146 1 TTACTTAAGCTAAAAAACCTTAATCTTTTGC 7 175 0 ********* * MAP Score: 20.3902 Motif 4 TCCTATCTTTAAAATTGTCTCATAGAATAATAGCATGTTTATCCT 0 29 1 GAGTTTCCTTAAAATAAGAAAGTGGATTAAAAGGAGCTATTATAC 0 138 0 AGGGCTTATGAAAAATTTCAAAACTGATTTTAAAACCAATCAAAA 1 51 1 CATTCAAACAAAACCCGTTTAAGAATTTCTAAATATGGTTAAAAA 1 146 1 AAATATGGTTAAAAAATATACAATACCCTATAATAAGATGAAAAT 1 176 1 ATCAAATTAAAAAGAAATAAAAAATGAGCGCAAAACGCCATGAAT 1 219 0 TATGGTAATCAAAAATACCAAATACCGCCATAAGAATTGCTTAAA 2 46 1 TTATTATATCAAAGCTATTAAATTATCGCAAAATACCCCTATCCC 2 138 0 GGCTTGTTAAAAACCACTATAATACCCCTAAAAAATGCGAGTTTA 3 10 1 ACTATAAAACAAAAACTTGAAAAAGTCAAGGAGTAAAAAATGAAA 4 65 1 AAGACAAGGTAAACAGAGCAAAGTTATAGCAAACAATATTTTTTG 5 31 0 CGGTTTTCATAAGCTTTTTAAAAACGACGCCAAGATCGCCGAGAG 5 135 1 ATTTTATCATAAAAACGATTAAGGATTGACTAAGAACAAA 6 46 1 AGCATGGAGGAAGAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC 7 8 0 AGGTGTTCTTAAGAAATTTAAGAATCAAATGAGCATGGAGGAAGA 7 39 0 AATCATAGAGAAAATGACAAAACCCTACGATTATAGCAAAAGATT 7 140 1 GCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGG 7 175 1 TGAAAAATGCTATAATTTGAGATTAAAACATCTTTTAA 9 3 1 **** *** ** * MAP Score: 15.7899 Motif 5 TGAAAAATGCTATAATTTGAGATTA 9 0 1 CCCCTTTTATTTAAAAAATGAACAATAATGTTTTG 1 105 1 CAAGGGCTTATGAAAAATTTCAAAACTGATTTTAA 1 49 1 CTAAATATGGTTAAAAAATATACAATACCCTATAA 1 174 1 ATAATAACTTTTAAAAACCATAGAAAGGCTTATG 2 176 1 AACAAAAACTTGAAAAAGTCAAGGAGTAAAAAATG 4 72 1 TAGGTGTTCTTAAGAAATTTAAGAATCAAATGAGC 7 50 0 CTCTTATGAATAAGAAATGATAATAAAACCATTCT 0 95 1 GGCGTCGTTTTTAAAAAGCTTATGAAAACCGCTCG 5 131 0 AGTCAAGGAGTAAAAAATGAAATCAATACCAGTGA 4 88 1 TTAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATA 7 193 1 TTCCTTAAAATAAGAAAGTGGATTAAAAGGAGCTA 0 144 0 TTAACCATATTTAGAAATTCTTAAACGGGTTTTGT 1 153 0 TTAAAACCAATCAAAACAGCCAAAACCCCTTTTAT 1 80 1 ATAATACCCCTAAAAAATGCGAGTTTAAAG 3 28 1 GGCTTGTTAAAAACCACTATAATACCCCTAA 3 6 1 TACAATCAAATTAAAAAGAAATAAAAAATGAGCGC 1 233 0 ATCGTTTTTATGATAAAATAAACAAATTATACATT 6 30 0 TTTATGGTAATCAAAAATACCAAATACCGCCATAA 2 44 1 CTATTATACTTCAAAAAAGAATGGTTTTATTATCA 0 112 0 TAAGAATTGCTTAAAAATAGGATTTAGCTACTTGA 2 76 1 TAATTTGAGATTAAAACATCTTTTAAGGAAATTTA 9 22 1 * ***** * * ** MAP Score: 15.1022 Motif 6 ACAATTTTAAAGATAGGAATGTAAAGGAATGGAATTT 0 10 0 CTTTTAATCCACTTTCTTATTTTAAGGAAACTC 0 150 1 ATCTAAACTCAATAATAAAAGTCAAGGGCTTATGAAA 1 27 1 ATTATTGTTCATTTTTTAAATAAAAGGGGTTTTGGCT 1 97 0 ACCCTATAATAAGATGAAAATTCATGGCGTTTTGCGC 1 200 1 CTATTATTATACAATCAAATTAAAAAGAAATAAAAAA 1 240 0 AAATACCCCTATCCCCTTAAGGTAATGACTTTTACCA 2 116 0 TGCTAGACATATTTGATAAAGCTAATGTATTTTGAAA 4 29 1 TAAAACAAAAACTTGAAAAAGTCAAGGAGTAAAAAAT 4 69 1 GACAAGGTAAACAGAGCAAAGTTATAGCAAACAATAT 5 37 0 AAGATTGGGGGAGCATTTAAGACAAGGTAAACAGAGC 5 57 0 CGCTACAACGAAAAATTTAAGCCAAGGTTTAGCGACC 5 189 1 CAATTAAATTTCCTTAAGTCAATGTATAATTTGT 6 7 1 ATTTCTTAAGAACACCTAAATACAAGGATTAGCATGT 7 67 1 TATGATTTATAGGGATCAAAGGCAAAGACAGCGTCAA 7 110 0 AAATAAAAATTTTAAGGTTGTCT 8 0 1 * **** ***** MAP Score: 14.0384 Motif 7 TTTTGGCTGTTTTGATTGGTTTTAAAATCAGTTT 1 71 0 TTCATGGCGTTTTGCGCTCATTTTTTATTTCTTT 1 220 1 ATAGGGGTATTTTGCGATAATTTAATAGCTTTGA 2 141 1 CATAAGCCTTTCTATGGTTTTTAAAAGTTAT 2 179 0 TTTAGGGGTATTATAGTGGTTTTTAACAAGCC 3 8 0 ACAATATTTTTTGGCTAAAGTTTTTGGTAGAAAG 5 10 0 AAAAATATTGTTTGCTATAACTTTGCTCTGTTTA 5 33 1 CTCGGCGATCTTGGCGTCGTTTTTAAAAAGCTTA 5 144 0 AAATTTTTCGTTGTAGCGGGCTTTAAACTCTCGG 5 173 0 TCGCTAAACCTTGGCTTAAATTTTTCGTTGTAGC 5 190 0 AAGCCAAGGTTTAGCGACCACTTTAAGCGGAGCG 5 207 1 TATAGCGTTCCTAGCGTGAATTTAGTCCATTGGT 5 248 0 GAATTTGACGCTGTCTTTGCCTTTGATCCCTATA 7 106 1 TTTTGTCATTTTCTCTATGATTTATAGGGATCAA 7 128 0 ** *** * **** MAP Score: 7.79004 Motif 8 TTTCTTATTCATAAGAGTTAAAAATATTTGCTTG 0 78 0 TATGAATAAGAAATGATAATAAAACCATTCTTTT 0 99 1 AAAAGGAGCTATTATACTTCAAAAAAGAATGGTT 0 121 0 TTGTTATTGTATCTAAACTCAATAATAAAAGTCA 1 17 1 AAAATTTCAAAACTGATTTTAAAACCAATCAAAA 1 62 1 AGCCAAAACCCCTTTTATTTAAAAAATGAACAAT 1 97 1 AAGAATTTCTAAATATGGTTAAAAAATATACAAT 1 166 1 AAGAAATAAAAAATGAGCGCAAAACGCCATGAAT 1 219 0 GTCAGCTATTATTATACAATCAAATTAAAAAGAA 1 248 0 ATTTTTGATTACCATAAAGCAATAAGATAGAGAG 2 28 0 TAGCTACTTGATTTTATGGTAAAAGTCATTACCT 2 100 1 CAAAGCTATTAAATTATCGCAAAATACCCCTATC 2 140 0 AAAAACCACTATAATACCCCTAAAAAATGCGAGT 3 18 1 AAAATACATTAGCTTTATCAAATATGTCTAGCAC 4 28 0 GTATTTTGAAACTATAAAACAAAAACTTGAAAAA 4 55 1 AAGGAGTAAAAAATGAAATCAATACCAGTGAAAC 4 92 1 TTCTACCAAAAACTTTAGCCAAAAAATATTGTTT 5 12 1 TAATTTGTTTATTTTATCATAAAAACGATTAAGG 6 36 1 CTCCATGCTCATTTGATTCTTAAATTTCTTAAGA 7 44 1 TAAATCATAGAGAAAATGACAAAACCCTACGATT 7 138 1 CAAAACCCTACGATTATAGCAAAAGATTAAGGTT 7 157 1 AAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAG 7 185 1 TTTTGTCTTTATTATAACCTAAAAGCCTTTTTTA 7 203 0 AAATGCTATAATTTGAGATTAAAACATCTTTTAA 9 14 1 TAAATTTCCTTAAAAGATGTTTTAA 9 32 0 * **** ***** MAP Score: 4.55021 Motif 9 TTGAAGTATAATAGCTCCTTTTAATCCACTTTCTT 0 133 1 CAAAACAGCCAAAACCCCTTTTATTTAAAAAATGA 1 91 1 TCCATTCAAACAAAACCCGTTTAAGAATTTCTAAA 1 144 1 AAATGAGCGCAAAACGCCATGAATTTTCATCTTAT 1 208 0 GGCTTGTTAAAAACCACTATAATACCCCTAAAA 3 8 1 CAATCTTAACAAAACCCCCTAGACTTACAAACTCC 5 87 1 CCTAGACTTACAAACTCCAAACAATAGCGAGCGGT 5 104 1 CGGAGCGTTAAAATACCAATGGACTAAATTCACGC 5 234 1 GAGAATTCTCCTTAAAGTTATTTTGGTT 7 3 1 TCTCTTCCTCCATGCTCATTTGATTCTTAAATTTC 7 37 1 GAGAAAATGACAAAACCCTACGATTATAGCAAAAG 7 147 1 *** **** * * * MAP Score: 2.398 Motif 10 TCAAGGGCTTATGAAAAATTTCAAAACTGATTTTAAAACCA 1 48 1 TTTTTTAAATAAAAGGGGTTTTGGCTGTTTTGATTGGTTTT 1 82 0 AAAAATGAACAATAATGTTTTGAGTTTCCATTCAAACAAAA 1 118 1 CCATTCAAACAAAACCCGTTTAAGAATTTCTAAATATGGTT 1 145 1 TAGCTTTGATATAATAACTTTTAAAAACCATAGAAAGGCTT 2 166 1 GCCCGCTACAACGAAAAATTTAAGCCAAGGTTTAGCGACCA 5 186 1 CAATTAAATTTCCTTAAGTCAATGTATAATTTGTT 6 4 1 ATTTTATCATAAAAACGATTAAGGATTGACTAAGAACAAA 6 46 1 GAAGAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC 7 3 0 CATTTGATTCTTAAATTTCTTAAGAACACCTAAATACAAGG 7 53 1 TAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGGCT 7 173 1 AGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAAGACAAA 7 195 1 AATAAAGACAAAACAGAATTTTAGGATAGCTATC 7 224 1 AAATAAAAATTTTAAGGTTGTCT 8 2 1 TGAAAAATGCTATAATTTGAGATTAAAACATCT 9 2 1 ATTTGAGATTAAAACATCTTTTAAGGAAATTTA 9 24 1 **** *** ** * MAP Score: 1.40598