AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons040_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253419
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	pyrG	260	CTP SYNTHASE
#1	apt	60	ADENINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
#2	jhp0520	50	putative
#3	folD	85	METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE/METHENYLTETRAHYDROFOLATE CYCLOHYDROLASE
#4	fliN	81	putative  FLAGELLAR MOTOR SWITCH PROTEIN
#5	jhp0713	41	putative
#6	pyrH	90	URIDYLATE KINASE
#7	jhp0715	130	putative
#8	pcrA	248	putative ATP-DEPENDENT HELICASE
#9	nhaA	23	NA(+)/H(+) ANTIPORTER 1
#10	jhp1448	47	putative

Motif 1
       TATTTAAAACCCTTTTAGTCAGTTC	0	3	1
GTTTAAACGCATAAAAGCTTTTTATTTTAATC	0	100	1
AAAAAAAAAAAAAAAACAATTTCAGTTTCTTA	0	144	0
TTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTT	0	192	1
AATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTA	0	204	0
ATTTTGGTTTATTATAGCGTTT          	1	0	0
    TCTATTAAAATATCCTTTTAGCGAAACG	2	32	0
ATGGAATTAAAAAATTCCCTTTAGCTTG    	3	6	0
TTTTGCTACAATAATAGGATTTTAATGGATAA	3	50	1
ATCTTGCTTAAAAACACCCTTTCTAAAATTTT	6	25	0
TTAATCCATTAATAAAGCTTTTGATTGTAACC	6	59	0
TTCTCCTCTTTAAATAGCATTATTTGCTAATG	7	13	1
TAACTAAAAGTAAAAAGAGTTTTGTTATCATG	7	61	0
CATGCGATGCAAAAAAGGATTTTAA       	7	115	1
GAAGAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTC	8	12	0
TTACTTAAGCTAAAAAACCTTAATCTTTTGCT	8	174	0
TAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAA	8	194	1
TAATAAAGACAAAACAGAATTTTAGGATAGCT	8	223	1
         AAATAAAAATTTTAAGGTTGTCT	9	1	1
TTAATCTCAAATTATAGCATTTTTCA      	10	4	0
ATTTGAGATTAAAACATCTTTTAAGGAAATTT	10	24	1
          **** *** ***
MAP Score: 29.3572

Motif 2
TAAAATATCCTTTTAGCGAAACGATGCAATT	2	24	0
AATCCTATTATTGTAGCAAAAATCATGCGTT	3	40	0
AACCCTACGATTATAGCAAAAGATTAAGGTT	8	160	1
GATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGG	8	181	1
TTAAAACATCTTTTAAGGAAATTTA      	10	32	1
GTTATAAAATTTATAGTAAAATTAAGATTTT	4	21	1
AAGCTTTTTATTTTAATCAAACCTAACTAAT	0	114	1
TTGCATCGCATGGTAGCTAAAGTTTCTTACA	7	96	0
AAGCTTTTGATTGTAACCTAATCTTGCTTAA	6	46	0
CTCTTTTTACTTTTAGTTAAGTTGTAAGAAA	7	74	1
CTTCTTAAAATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAA	0	213	0
GAAAGGGTGTTTTTAAGCAAGATTAGGTTAC	6	34	1
TTTGTCTTTATTATAACCTAAAAGCCTTTTT	8	205	0
AATTAAGATTTTATAATCAAAGTCAAATCAT	4	40	1
CAAAACAGAATTTTAGGATAGCTATC     	8	232	1
ATTTGCTCCATGATAACAAAACTCTTTTTAC	7	53	1
CTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAAGTTTAA	0	75	1
ACTATAAATTTTATAACAAATAAAGCCA   	4	7	0
TTTAGTTAAGTTGTAAGAAACTTTAGCTACC	7	85	1
          ******* ***
MAP Score: 19.5748

Motif 3
TTTGAATGAACTGACTAAAAGGGTTTTAAATA 	0	9	0
TCATTGTCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTTAA	0	66	0
TTAATCAAACCTAACTAATAAGAAACTGAAATT	0	126	1
TTTAAGAAGTAAAAATCAAAGGAACGCAATAAC	0	235	1
TATAATAAACCAAAATTCTACAACTAATCCGTA	1	16	1
TAATTTTACTATAAATTTTATAACAAATAAAGC	4	12	0
GGATAGAACTCAAAATAAAAGGATCACT     	5	23	1
TCGCCAAGTAAAAAATTTTAGAAAGGGTGTTTT	6	14	1
CAACTTAACTAAAAGTAAAAAGAGTTTTGTTAT	7	65	0
GAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC  	8	8	0
TAAGAAATTTAAGAATCAAATGAGCATGGAGGA	8	42	0
TTAAGAACACCTAAATACAAGGATTAGCATGTG	8	72	1
TTTGATCCCTATAAATCATAGAGAAAATGACAA	8	127	1
GAGAAAATGACAAAACCCTACGATTATAGCAAA	8	147	1
ACGATTATAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCT	8	166	1
AAAGACAAAACAGAATTTTAGGATAGCTATC  	8	227	1
      AAATAAAAATTTTAAGGTTGTCT    	9	4	1
        TGAAAAATGCTATAATTTGAGATTA	10	2	1
          ******  ** **
MAP Score: 16.0039

Motif 4
AATGAACTGACTAAAAGGGTTTTAAATA  	0	8	0
TCAGTTCATTCAAAATGGATATTATACGCC	0	28	1
TTTGATTAAAATAAAAAGCTTTTATGCGTT	0	105	0
AATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTT	0	206	0
TCCGTAATATATTACAGGATATTTAAA   	1	43	1
CATCGTTTCGCTAAAAGGATATTTTAATAG	2	29	1
TTTTGCTACAATAATAGGATTTTAATGGAT	3	50	1
ATAATAGGATTTTAATGGATAAAGGACAAA	3	60	1
   GCCCTTTAAAATTGGATAGAACTCAAA	5	7	1
AGAACTCAAAATAAAAGGATCACT      	5	27	1
CAAAAGCTTTATTAATGGATTAAGAAGGGA	6	68	1
CATGCGATGCAAAAAAGGATTTTAA     	7	115	1
GAACACCTAAATACAAGGATTAGCATGTGT	8	76	1
TAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTAT	8	194	1
  TAAATTTCCTTAAAAGATGTTTTAATCT	10	29	0
          **********
MAP Score: 15.9051

Motif 5
GAAATTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACCGCTTTAAT	0	153	1
AGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTA	8	180	1
CTAAAGGGAATTTTTTAATTCCATTAAACGCATGATTT	3	14	1
ACCGCTTTAATTTTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAAC	0	180	1
CTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAGACTACAATTTT	0	200	1
AACAAAACTCTTTTTACTTTTAGTTAAGTTGTAAGAAA	7	67	1
AGAAAGGGTGTTTTTAAGCAAGATTAGGTTACAATCAA	6	33	1
AAATTAAGATTTTATAATCAAAGTCAAATCATTCTTGA	4	39	1
AATCAAAAGCTTTATTAATGGATTAAGAAGGGATC   	6	65	1
TAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAAGACAAAACAGA	8	203	1
TTAAAAGATGTTTTAATCTCAAATTATAGCATTTTTCA	10	10	0
CGCATAAAAGCTTTTTATTTTAATCAAACCTAACTAAT	0	107	1
GCCAACGAACTTTAAAATTGCTCTTAAAAGTTTTAAGA	0	55	1
GCTCATTTGATTCTTAAATTTCTTAAGAACACCTAAAT	8	50	1
CTTTCTAAAATTTTTTACTTGGCGAATGA         	6	1	0
TTAAAATCCTTTTTTGCATCGCATGGTAGCTAAAGTTT	7	102	0
          TTTAAATATCCTGTAATATATTACGGAT	1	42	0
TAAACGCATGATTTTTGCTACAATAATAGGATTTTAAT	3	38	1
          *****   *    * ***
MAP Score: 13.5279