AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MG/MG_fusions001_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237881 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG014 239 ABC transporter, ATP-binding protein #1 MG015 46 ABC transporter, ATP-binding protein #2 MG064 255 conserved hypothetical protein #3 MG077 233 oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB) #4 MG142 258 translation initiation factor 2 (infB) #5 MG144 24 conserved hypothetical protein #6 MG148 38 conserved hypothetical protein #7 MG149 75 lipoprotein, putative #8 MG149.1 90 conserved hypothetical protein #9 MG150 89 ribosomal protein S10 (rpS10) #10 MG304 176 ABC transporter, ATP binding protein #11 MG412 120 lipoprotein, putative #12 MG468.1 62 ABC transporter, ATP-binding protein #13 MG469 300 chromosomal replication initiator protein (dnaA) Motif 1 CCCAACCTAAAACAAAAATACCAGGAATAGTT 13 129 1 ATTTTTAGTAAAGAAAGACACCTAATTATAAT 7 53 0 ATTTTAATTTAACCAAAATACCCCTCGAATTT 0 185 1 CAGTTTTTATAATCAAAACAGCTAATTTT 0 220 1 GGTAGATAAAAAACAAAAAAGCAGCTGTTGTG 10 49 0 TTAAGTCATCTAAAAAAATACCCTGAGAACAC 12 31 0 TTAAAGCTAGATAAAAAACACCTCAAAGCTGT 4 156 1 CATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCACAACAG 10 25 1 TATTTGATGGTAAAAAGAAAGCGAAAGCCTAA 2 14 1 TTCTCAATTAAATAAAAAAACAGTGTAAGTGT 8 59 0 ACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTTTTT 3 209 0 CAAAAACAAGATTAAAGATAGCAAAGTAAGAA 2 108 0 AGTTTTAAATACCCAAAACACCAAAACAAT 10 156 1 AAAGCTGTAGTTGAAAAACACCTTAAGGTTAG 4 180 1 ACCAAAAAAAGAGAGATATTTTCAAG 13 4 1 TCAGTTCTTTTAAAAAAAGACAATGTTATCTA 2 201 0 CTAAAAAAGATAGTTATTAACTTA 8 2 1 GTTTTTTATCTACCAAAAAACAGATTTTTAGC 10 67 1 CTAGCTTTAAACCAAAAACACTCAAATAATAA 4 134 0 CCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCTGA 3 176 1 ** ***** *** MAP Score: 23.98 Motif 2 TAGATAACATTGTCTTTTTTTAAAAGAACTGATTT 2 201 1 TTTCAGGTTCTCAGTTTTTTGGAAATGGTACTGGT 3 175 0 GTTTAATTTGTTAGCTTATTTAGAAAAATTCAAAA 7 11 1 TGTAGCAAACTAAGCTTATTTATAAATTTTAAAAA 10 108 0 CTAATTATAATTTGCTTATTTTGAATTTTTCTAAA 7 29 0 TGAAGTAATTAATCTCTTTAAAATCTTTCAAGA 1 23 0 TAGAAAAGATTTAATCTGTTTAAAAA 11 104 1 TCCACAGCTTTATTTCTGTTTTCAACTAAAGCTGT 2 161 0 AAGCTGTAGCTAAATTACTTTGCAAACTCAAAAAC 2 133 0 AGATAGTTATTAACTTAATTTAGAATTAACTAATG 8 17 1 TTTTTAGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAAT 10 91 1 GTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGA 3 19 1 ATAACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAACATTT 4 18 1 TATAATTAGGTGTCTTTCTTTACTAAAAAT 7 55 1 AGTTAACTAATTAATTAGTTGCAAAAAGTTTAGA 6 9 0 CACTGTTTTTTTATTTAATTGAGAAAATATTGGG 8 66 1 GAAATGCATTTTTATTAATTGCAAAT 11 1 0 ATCTTTAGTATGATCTTTTTTCTTACTTTGCTATC 2 89 1 TCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGG 3 74 1 ATTATTTGAGTGTTTTTGGTTTAAAGCTAGATAAA 4 136 1 TTGAAAATTTTGTTCCTCTTGAAAATATCTCTCTT 13 18 0 GTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA 3 217 1 AAATCCGTAGTCAATTTATTAACTAACTAGTGAAC 9 55 1 CAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAAAACA 10 54 1 GAATTTTAACTATCATTCTTGACAATGTTATAGAA 13 270 1 * * *** *** ** MAP Score: 23.2857 Motif 3 TGTAAAACCAAGTTCTTGAAAGATTTT 1 2 1 AGTTCTTTTAAAAAAAGACAATGTTATCTACAAGT 2 196 0 GAGACAAATTTAAAAATCAGTTCTTTTAAAAAAAG 2 214 0 GCATGATTACAATAAAGCAGGATTTATAATCCAAC 3 104 0 ACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCTGAAAAAAACA 3 181 1 TGAGAACCTGAAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTT 3 197 1 TTTTCTTGTTAATAAACAAAGTCTTGTTATTAGTT 4 13 0 AACATTTTGTTAAAAGAGAACTTTTACGTCTTGTA 4 46 1 CTAAAAAAGATAGTTATTAACTTAATTT 8 3 1 TGTATCAACTAAAAACTAAAGCGTTATGATTGTAG 9 17 0 GATAAAAAACAAAAAAGCAGCTGTTGTGCTGCTCT 10 42 0 TTTTATCTACCAAAAAACAGATTTTTAGCTCTGAC 10 70 1 TTTGGGTATTTAAAACTGAGGTTTTTAACTTGTAG 10 138 0 CAAAATTAAAATTTTCTAATAGTGT 12 0 1 ACCAAAAAAAGAGAGATATTTTCAAGAGGA 13 5 1 CTTACAGCAAAAAAATCAAAATTTTCAACAACAAT 13 70 1 AGAGTATGACAAAAAGTTAGAAATTACTCCAAAGC 13 215 1 ***** ** * ** MAP Score: 22.302 Motif 4 TTATAACAATTTTAATTTAACCAAAATACCCCTCG 0 177 1 TGAAGTAATTAATCTCTTTAAAATCTTTCAAGAAC 1 21 0 AGGCTTTCGCTTTCTTTTTACCATCAAATATTAA 2 9 0 TAATTCGCGTAATATTTTAACTATCCAGATTGTTT 2 49 1 AACTATCCAGATTGTTTTAACAATCTTTAGTATGA 2 67 1 GATAACATTGTCTTTTTTTAAAAGAACTGATTTTT 2 203 1 TTAGTCAGAGACAAATTTAAAAATCAGTTCTTTTA 2 221 0 GATGTTCTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTA 3 24 0 AACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAACATTTTG 4 20 1 ACGTAAAAGTTCTCTTTTAACAAAATGTTTTCTTG 4 40 0 AAGTTGGTTGTCTAATTTTACAAGACGTAAAAGTT 4 64 0 AGCTTTGAGGTGTTTTTTATCTAGCTTTAAACCAA 4 151 0 AACCTTAAGGTGTTTTTCAACTACAGCTTTGAGGT 4 175 0 TAATTAGGTGTCTTTCTTTACTAAAAAT 7 57 1 ATCCGTAGTCAATTTATTAACTAACTAGTGAACTA 9 57 1 GCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAAAACAGA 10 56 1 AGCTTATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAGAGCT 10 96 0 GTTAAAAACCTCAGTTTTAAATACCCAAAACACCA 10 144 1 TATTTAGTCTAGTTTTTTCACAAGCCAATTAATTT 11 40 0 AAACAGATTAAATCTTTTCTAAAGAGAATTCGAAT 11 90 0 CAAGAGGAACAAAATTTTCAATATCATAATAATGG 13 32 1 CAAAAAAATCAAAATTTTCAACAACAATTCACACA 13 77 1 CCCAATTTCGAGAATTTTAACTATCATTCTTGACA 13 259 1 * * **** ** * * MAP Score: 22.1415 Motif 5 ATTTTGAATTTTTCTAAATAAGCTAACAAATTAAAC 7 11 0 ATTATAACAATTTTAATTTAACCAAAATACCCCTCG 0 176 1 AAATCAGTTCTTTTAAAAAAAGACAATGTTATCTAC 2 200 0 TTTAGTCTAGTTTTTTCACAAGCCAATTAATTTAAA 11 37 0 ATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAGAGCTAAAAAT 10 90 0 ACCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCTGAAAA 3 175 1 ATTTGCAATTAATAAAAATGCATTTCA 11 1 1 TTACACTGTTTTTTTATTTAATTGAGAAAATATTGG 8 63 1 ATTTAGAAAAATTCAAAATAAGCAAATTATAATTAG 7 28 1 AGAGAGATATTTTCAAGAGGAACAAAATTTTCAATA 13 19 1 ATTTTTAGTAAAGAAAGACACCTAATT 7 58 0 TTTAACAGTTTTTATAATCAAAACAGCTAATTTT 0 215 1 CAGGTGTACACTTCTATACAAGTCAAAGAGTATGAC 13 189 1 TTTGAGTGTTTTTGGTTTAAAGCTAGATAAAAAACA 4 140 1 CAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAACATTTTGTTA 4 22 1 CAAGAAAACATTTTGTTAAAAGAGAACTTTTACGTC 4 40 1 ATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAACAT 3 22 1 TAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGATTAT 3 78 1 CAGCTTGAAGTAAAATTAATCCTA 5 3 1 TCAGGGTATTTTTTTAGATGACTTAATGATTGTTT 12 37 1 TCGAATTCTCTTTAGAAAAGATTTAATCTGTTTAAA 11 92 1 ATAAAAATGCATTTCATTTAAATTAATTGGCTTGTG 11 21 1 TATAGAACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCACAA 10 18 1 CCAACTTGAAATTGATCTTAATCAAAATCTCAAGGG 4 92 1 TAGTTATTAACTTAATTTAGAATTAACTAATGACAG 8 20 1 *** * * ** * ** MAP Score: 21.7106 Motif 6 GTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAACATCAG 3 19 1 AGTTATTAACTTAATTTAGAATTAACTAATGACAGTGTACAC 8 21 1 ATAAATAAGCTTAGTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTT 10 120 1 TTATTTAGTCTAGTTTTTTCACAAGCCAATTAATTTAAATGA 11 34 0 AAGTAATTAATCTCTTTAAAATCTTTCAAGAACTTGGTTTTA 1 12 0 CAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAAAACAGATTTTT 10 54 1 AGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTTG 10 96 1 TTCTCAGGGTATTTTTTTAGATGACTTAATGATTGTTT 12 34 1 CCCAATATTTTCTCAATTAAATAAAAAAACAGTGTAA 8 63 0 TCTAAACTTTTTGCAACTAATTAATTAGTTAACTAAT 6 5 1 TTGAGTGTTTTTGGTTTAAAGCTAGATAAAAAACACCTCAAA 4 141 1 GTTAAAAACCTCAGTTTTAAATACCCAAAACACCAAAACAAT 10 144 1 CAAGAGGAACAAAATTTTCAATATCATAATAATGGTTTCTTA 13 32 1 GCTTTCGCTTTCTTTTTACCATCAAATATTAA 2 0 0 CTTATTTTGAATTTTTCTAAATAAGCTAACAAATTAAACC 7 8 0 ATAACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAACATTTTGTTAAA 4 18 1 ATAATCCAACTTCATTTGAAACCAAACATAAATTTAGTGATA 3 72 0 ATACAGGTGTACACTTCTATACAAGTCAAAGAGTATGACAAA 13 186 1 ATCTTTAATCTTGTTTTTGAGTTTGCAAAGTAATTTAGCTAC 2 121 1 TAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAACCAGTACCATTTC 3 147 1 TCATTGCAGTAAGCTTTGCATCATTACAACTAACCTTAAGGT 4 199 0 * *** ** * ** * MAP Score: 21.6977 Motif 7 TATAATAATTAGTTAAATACCCTTAGGATT 0 152 0 ATTTTGGTTAAATTAAAATTGTTATAATAA 0 174 0 CAATCTGGATAGTTAAAATATTACGCGAAT 2 51 0 CTACAGCTTTAGTTGAAAACAGAAATAAAG 2 159 1 TACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTT 3 212 0 TGCAACTAATAACAAGACTTTGT 4 3 1 AAAAACACTCAAATAATAACCCCTGCCCTT 4 123 0 GTTTAAAGCTAGATAAAAAACACCTCAAAG 4 154 1 TCAAAGCTGTAGTTGAAAAACACCTTAAGG 4 178 1 TTCTAAATTAAGTTAATAACTATCTTTTTT 8 12 0 TTTCTCAATTAAATAAAAAAACAGTGTAAG 8 62 0 TTGGTGTATCAACTAAAAACTAAAGCGTTA 9 26 0 TTCACTAGTTAGTTAATAAATTGACTACGG 9 59 0 AACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCACA 10 23 1 GTTTTTTGGTAGATAAAAAACAAAAAAGCA 10 58 0 AATAAGTCAGAGCTAAAAATCTGTTTTTTG 10 80 0 GTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTTA 10 133 1 ATTTGCAATTAATAAAAATGCATTTC 11 6 1 AAACTAGACTAAATAATAACCTGAGTGTCA 11 60 1 CAAAATTAAAATTTTCTAATAGT 12 3 1 TATGACAAAAAGTTAGAAATTACTCCAAAG 13 219 1 ACTCCAAAGCAGTTAATATCCCAATTTCGA 13 240 1 CAAGAATGATAGTTAAAATTCTCGAAATTG 13 261 0 ********** MAP Score: 20.58 Motif 8 TTGCAAACTCAAAAACAAGATTAAAGATAGCA 2 117 0 AGTTCTTTTAAAAAAAGACAATGTTATCTACA 2 199 0 TCTTTTTTTAAAAGAACTGATTTTTAAATTTG 2 213 1 ATTATTTTATAAAAAAATGATACTAATAACGA 3 17 0 TACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCTGAAAAA 3 180 1 GAGAACCTGAAAAAAACAGGTTCTTTTTTTAT 3 198 1 TGCAACTAATAACAAGACTTTGTTTATTA 4 7 1 CTAAAAAAGATAGTTATTAACTTA 8 2 1 CAATTAAATAAAAAAACAGTGTAAGTGTACAC 8 55 0 CTAGTTAGTTAATAAATTGACTACGGATTTTG 9 53 0 TTTATCTACCAAAAAACAGATTTTTAGCTCTG 10 71 1 GCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTTAAATACC 10 137 1 TGGCTTGTGAAAAAACTAGACTAAATAATAAC 11 48 1 TAGACTAAATAATAACCTGAGTGTCAATTCGA 11 64 1 ACCAAAAAAAGAGAGATATTTTCAAG 13 4 1 TTCTTACAGCAAAAAAATCAAAATTTTCAACA 13 68 1 GAACGCCAAGAAAAACTAGATACAGGTGTACA 13 167 1 ****** *** * MAP Score: 18.0644 Motif 9 AGCTGTTGTGCTGCTCTTTTTTATTTGGAATATGTT 10 23 0 GGAACTATTCCTGGTATTTTTGTTTTAGGTTGGGGA 13 127 0 AGCACAACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAA 10 47 1 TTTAAAAGAACTGATTTTTAAATTTGTCTCTGACTA 2 219 1 TTAGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAAGC 10 94 1 AACCATTATTATGATATTGAAAATTTTGTTCCTCTT 13 33 0 TTATAATTTGCTTATTTTGAATTTTTCTAAATAAGC 7 24 0 TCATGTGCTGATGTTCTTGATTATTTTATAAAAAAA 3 32 0 AAAAAAGAACCTGTTTTTTTCAGGTTCTCAGTTTTT 3 191 0 ATAATAACCCCTGCCCTTGAGATTTTGATTAAGATC 4 105 0 TATCTTTAATCTTGTTTTTGAGTTTGCAAAGTAATT 2 120 1 ATTGTTTTGGTGTTTTGGGTATTTAA 10 160 0 AATCTTTAGTATGATCTTTTTTCTTACTTTGCTATC 2 88 1 TACACTTACACTGTTTTTTTATTTAATTGAGAAAAT 8 58 1 GTTGTGTGAATTGTTGTTGAAAATTTTGATTTTTTT 13 78 0 AGCTAAAAATCTGTTTTTTGGTAGATAAAAAACAAA 10 64 0 AAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAACCAGTACCAT 3 150 1 *** * *** *** MAP Score: 16.744 Motif 10 GAATTGACACTCAGGTTATTATTTAGTCTAGTTTTTT 11 57 0 AGTGTACACTTACACTGTTTTTTTATTTAATTGAGAA 8 54 1 CAAAATCTAGTTCACTAGTTAGTTAATAAATTGACTA 9 62 0 TATTAGTTAACTAATTAATTAGTTGCAAAAAGT 6 15 0 ATCTTTAGTATGATCTTTTTTCTTACTTTGCTATCTT 2 89 1 GATCATGTGCTGATGTTCTTGATTATTTTATAAAAAA 3 33 0 AAATTTGTCTCTGACTAATTTATTAGT 2 238 1 TGTAGCAAACTAAGCTTATTTATAAATTTTAAAAATA 10 106 0 AATTATAATTAGGTGTCTTTCTTTACTAAAAAT 7 52 1 GAGCAGCACAACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTAC 10 43 1 ATCATAACGCTTTAGTTTTTAGTTGATACACCAAAAT 9 22 1 TGTAAGTGTACACTGTCATTAGTTAATTCTAAATTAA 8 31 0 TTAACTGCTTTGGAGTAATTTCTAACTTTTTGTCATA 13 219 0 TTTTTTTAAAAGAACTGATTTTTAAATTTGTCTCTGA 2 215 1 TCTTGAAAATATCTCTCTTTTTTTGGT 13 0 0 GCATAATCCTAAGGGTATTTAACTAATTATTATAACA 0 148 1 ATTTAAATGAAATGCATTTTTATTAATTGCAAAT 11 7 0 TGAAAGATTTTAAAGAGATTAATTACTTCA 1 26 1 CAACTAACCTTAAGGTGTTTTTCAACTACAGCTTTGA 4 178 0 GCAACTAATAACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAA 4 11 1 * *** ** *** * MAP Score: 11.9138 Motif 11 TTTTATAATCAAAACAGCTAATTTT 0 224 1 ACAAATTTAAAAATCAGTTCTTTTAAAAAAAGAC 2 212 0 GAACCTGAAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCT 3 200 1 TATTAACAAGAAAACATTTTGTTAAAAGAGAACT 4 34 1 GAGCAGCACAACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATC 10 43 1 TATCTACCAAAAAACAGATTTTTAGCTCTGACTT 10 73 1 AAATTACTCCAAAGCAGTTAATATCCCAATTTCG 13 235 1 *** *** * *** MAP Score: 2.53943