AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_fusions002_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237976
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG001	300	DNA polymerase III, subunit beta (dnaN)
#1	MG003	84	DNA gyrase subunit B (gyrB)
#2	MG203	127	topoisomerase IV subunit B (parE)

Motif 1
      AGCAGTAATAATTACATATGTACA	0	4	1
ATTAATTTCTGTTATATATAATAGTATCTA	0	54	1
ATTTTAGAGAGTATTAATTATTACTATAAT	0	83	1
ATTAATTATTACTATAATTAAGCATTTATG	0	95	1
TCATAAAAAGCTTATAATTAAGCATAAATG	0	117	0
TTTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTA	0	163	1
TAAAAAAATAGAAATAAATATCATAACCCT	0	200	1
TTTTGATTAAGTATTAATTTCTGGGTTATC	0	231	0
AAAAATGAAAATATTAATTAATAAAAGTGA	0	257	1
TTTTTAATGTGTTATAATTATTTGTTATGC	1	21	1
ACCACTTAAAGTTTTATATAA         	2	1	0
GCTAATTTCAATTTTAAATTCAAACTTTAG	2	107	1
          **********
MAP Score: 12.6496

Motif 2
TATGTAAAATATCATTAATTTCTGTTATATATAATAGT	0	41	1
ATTCGGCAGCAAAGCTAATTTCAATTTTAAATTCAAAC	2	94	1
ACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTTTGATTAAGTAT	0	247	0
       AGCAGTAATAATTACATATGTACATAGTACA	0	3	1
TATTTTAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTAAGCAT	0	82	1
TATGATATTTATTTCTATTTTTTTATTTTCTTTAATAT	0	187	0
TTTTTGATTAAGTATTAATTTCTGGGTTATCAAGGGTT	0	224	0
       AAAACCTTTCATTTTTAATGTGTTATAATTA	1	3	1
TTAAGCATTTATGCTTAATTATAAGCTTTTTATGAACA	0	112	1
ATTTTCTTTAATATCTATTATTTATTATAAGAACTAAA	0	163	0
GAACTAAAATGTCTATAATTTTGTTCATAAAAAGCTTA	0	133	0
          *    *******   * *
MAP Score: 10.4914