AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_fusions002_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237984
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG001	300	DNA polymerase III, subunit beta (dnaN)
#1	MG003	84	DNA gyrase subunit B (gyrB)
#2	MG200	251	dnaJ-like protein
#3	MG203	127	topoisomerase IV subunit B (parE)

Motif 1
GCATTTATGCTTAATTATAAGCTTTTTATG	0	116	1
TTAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTAA	0	86	1
TTCACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTT	0	258	0
AACTATCTAGTTAATTAATAAAATTATACT	2	213	1
TCACTGCCAATTAAATAAAAATCAGCTGGT	2	171	1
TCATTTTTGATTAAGTATTAATTTCTGGGT	0	235	0
ATGTACATATGTAATTATTACTGCT     	0	5	0
TTAATATCTATTATTTATTATAAGAACTAA	0	164	0
GCATAAATGCTTAATTATAGTAATAATTAA	0	96	0
TTAATTTCTGTTATATATAATAGTATCTAT	0	55	1
ATCAATCAGAGTAAGTATAATTTTATTAAT	2	226	0
GGCATAACAAATAATTATAACACATTAAAA	1	22	0
TAGTGCTGTTTTAATTGAAAAAAAACAGCT	2	102	0
          TTATATAAAACTTTAAGTGG	3	0	1
TAAAAGTGAATTGAATAAAATTTTGGGAAA	0	278	1
TACATAGTACATATGTAAAATATCATTAAT	0	30	1
          **********
MAP Score: 17.4494

Motif 2
ACATATGTAAAATATCATTAATTTCTGTTATA	0	38	1
TATATATAATAGTATCTATTTTAGAGAGTATT	0	66	1
TATTTTAGAGAGTATTAATTATTACTATAATT	0	82	1
TTAAGCATAAATGCTTAATTATAGTAATAATT	0	98	0
TTAAGCATTTATGCTTAATTATAAGCTTTTTA	0	112	1
TAAGAACTAAAATGTCTATAATTTTGTTCATA	0	142	0
TTTAATATCTATTATTTATTATAAGAACTAAA	0	163	0
CTATTTTTTTATTTTCTTTAATATCTATTATT	0	179	0
TTATGATATTTATTTCTATTTTTTTATTTTCT	0	194	0
TTTTTGATTAAGTATTAATTTCTGGGTTATCA	0	230	0
ATTAATTAATATTTTCATTTTTGATTAAGTAT	0	247	0
TATTCAATTCACTTTTATTAATTAATATTTTC	0	263	0
ATGTGTTATAATTATTTGTTATGCCATAAATT	1	27	1
AAGCTTCTGTACTGTTTATTTA          	1	72	1
TAAGCTGTTTTTTTTCAATTAAAACAGCACTA	2	100	1
AAACCAGCTGATTTTTATTTAATTGGCAGTGA	2	171	0
GAGTAAGTATAATTTTATTAATTAACTAGATA	2	216	0
CAGCAAAGCTAATTTCAATTTTAAATTCAAAC	3	100	1
          * * ********
MAP Score: 13.6417

Motif 3
ATATAACAGAAATTAATGATATTTTACATAT	0	40	0
TACTCTCTAAAATAGATACTATTATATATAA	0	65	0
TAATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAA	0	84	0
AAAAGCTTATAATTAAGCATAAATGCTTAAT	0	111	0
TAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTAAAG	0	165	1
AATAATAGATATTAAAGAAAATAAAAAAATA	0	179	1
AAAATAAAAAAATAGAAATAAATATCATAAC	0	196	1
CTTAATCAAAAATGAAAATATTAATTAATAA	0	250	1
TGAAAATATTAATTAATAAAAGTGAATTGAA	0	262	1
ATAAAAGTGAATTGAATAAAATTTTGGGAAA	0	277	1
TGGCATAACAAATAATTATAACACATTAAAA	1	22	0
CAAGTAACTGATTCAAAAAAACTCAGTGATC	2	51	0
TGCTGTTTTAATTGAAAAAAAACAGCTTATT	2	98	0
ATCACTGCCAATTAAATAAAAATCAGCTGGT	2	170	1
CTATCTAGTTAATTAATAAAATTATACTTAC	2	215	1
TTGAATTTAAAATTGAAATTAGCTTTGCTGC	3	99	0
          *** *******
MAP Score: 11.4468

Motif 4
CATATGTAAAATATCATTAATTTCTGTTATATATAATAGTA	0	39	1
TCTATTTTAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTAAGCATT	0	80	1
TTTTCTTTAATATCTATTATTTATTATAAGAACTAAAATGT	0	159	0
ATTTATTTCTATTTTTTTATTTTCTTTAATATCTATTATTT	0	178	0
GATAACCCAGAAATTAATACTTAATCAAAAATGAAAATATT	0	231	1
ATCAAAAATGAAAATATTAATTAATAAAAGTGAATTGAATA	0	254	1
TTGTTATGCCATAAATTTAGTTTGTGGCAAAAGCTTCTGTA	1	42	1
AGTAAGTATAATTTTATTAATTAACTAGATAGTTGCAACAT	2	206	0
          *    **** **  *   * *
MAP Score: 5.19119

Motif 5
TACATATGTACTATGTACATATGTAATTATTACTGCT    	0	6	0
ATAGTACATATGTAAAATATCATTAATTTCTGTTATATATA	0	33	1
TTAATTTCTGTTATATATAATAGTATCTATTTTAGAGAGTA	0	55	1
GCATAAATGCTTAATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAA	0	85	0
AATTAAGCATTTATGCTTAATTATAAGCTTTTTATGAACAA	0	110	1
TATCTATTATTTATTATAAGAACTAAAATGTCTATAATTTT	0	149	0
TTCTATTTTTTTATTTTCTTTAATATCTATTATTTATTATA	0	172	0
TATTTTCATTTTTGATTAAGTATTAATTTCTGGGTTATCAA	0	229	0
        TTTTTCCCAAAATTTTATTCAATTCACTTTTAT	0	277	0
AACCTTTCATTTTTAATGTGTTATAATTATTTGTTATGCCA	1	12	1
ATCACTGAGTTTTTTTGAATCAGTTACTTGTAAATTTTCCA	2	52	1
ACTTGTAAATTTTCCAAGATTAATAAGCTGTTTTTTTTCAA	2	77	1
TAAGTATAATTTTATTAATTAACTAGATAGTTGCAACATTA	2	204	0
          TTATATAAAACTTTAAGTGGTGCCGAATAAC	3	0	1
AAAGTTTGAATTTAAAATTGAAATTAGCTTTGCTGCCGAAT	3	94	0
          ***     *  * *** *  *
MAP Score: 4.70872

Motif 6
AGTACATATGTAAAATATCATTAATTTCTGTTATATATA	0	35	1
AGTATCTATTTTAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTA	0	76	1
AAGCTTATAATTAAGCATAAATGCTTAATTATAGTAATA	0	101	0
TTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTAAAGAAAATAA	0	164	1
TTAAAGAAAATAAAAAAATAGAAATAAATATCATAACCC	0	190	1
TCATAACCCTTGATAACCCAGAAATTAATACTTAATCAA	0	220	1
AATGAAAATATTAATTAATAAAAGTGAATTGAATAAAAT	0	260	1
CAAATAATTATAACACATTAAAAATGAAAGGTTTT    	1	6	0
AAACTAAATTTATGGCATAACAAATAATTATAACACATT	1	26	0
TACAAGTAACTGATTCAAAAAAACTCAGTGATCACACTG	2	45	0
CTGTTTTAATTGAAAAAAAACAGCTTATTAATCTTGGAA	2	88	0
TCTAGTTAATTAATAAAATTATACTTACTCTGATTGATT	2	218	1
CCTAAACCAATTCGGCAGCAAAGCTAATTTCAATTTTAA	3	85	1
          * * * *  * ** * * *
MAP Score: 4.24679

Motif 7
ATGTACTATGTACATATGTAATTATTACTGCT          	0	0	0
AGTATCTATTTTAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTAAGC	0	76	1
AAGCTTATAATTAAGCATAAATGCTTAATTATAGTAATAATT	0	98	0
TTATAGACATTTTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTAAA	0	153	1
TTTATTTCTATTTTTTTATTTTCTTTAATATCTATTATTTAT	0	176	0
CTGGGTTATCAAGGGTTATGATATTTATTTCTATTTTTTTAT	0	199	0
ATATTTTCATTTTTGATTAAGTATTAATTTCTGGGTTATCAA	0	229	0
TTTTATTCAATTCACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTTTG	0	256	0
CCTTTCATTTTTAATGTGTTATAATTATTTGTTATGCCATAA	1	14	1
GATCACTGAGTTTTTTTGAATCAGTTACTTGTAAATTTTCCA	2	51	1
TTTTAATTGAAAAAAAACAGCTTATTAATCTTGGAAAATTTA	2	82	0
TCAATCAGAGTAAGTATAATTTTATTAATTAACTAGATAGTT	2	213	0
          **    * *  *  *** *  *
MAP Score: 3.80088