AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons001_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238001
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG035	28	histidyl-tRNA synthetase
#1	MG077	233	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB)
#2	MG081	55	ribosomal protein L11 (rpl11)
#3	MG087	28	ribosomal protein S12 (rpS12)
#4	MG109	59	serine/threonine protein kinase, putative
#5	MG136	48	lysyl-tRNA synthetase (lysS)
#6	MG140	300	conserved hypothetical protein
#7	MG142	258	translation initiation factor 2 (infB)
#8	MG144	24	conserved hypothetical protein
#9	MG148	38	conserved hypothetical protein
#10	MG149	75	lipoprotein, putative
#11	MG149.1	90	conserved hypothetical protein
#12	MG150	89	ribosomal protein S10 (rpS10)
#13	MG304	176	ABC transporter, ATP binding protein
#14	MG311	22	ribosomal protein S4
#15	MG312	59	cytadherence accessory protein (hmw1)
#16	MG313	44	conserved hypothetical protein
#17	MG314	23	conserved hypothetical protein
#18	MG316	40	conserved hypothetical protein
#19	MG319	103	conserved hypothetical protein
#20	MG328	38	conserved hypothetical protein
#21	MG332	300	conserved hypothetical protein
#22	MG341	89	DNA-directed RNA polymerase, subunit beta (rpoB)
#23	MG342	78	conserved hypothetical protein
#24	MG345	43	isoleucyl-tRNA synthetase (ileS)
#25	MG355	153	ATP-dependent Clp protease, ATPase subunit (clpB)
#26	MG361	119	ribosomal protein L10 (rpl10)
#27	MG362	22	ribosomal protein L7/L12 (rpl7)
#28	MG451	52	elongation factor Tu (tuf)

Motif 1
GCTGATGTTCTTGATTATTTTATAAAAAAATGAT	1	28	0
AACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA   	1	212	1
GTACAAACGCTTAATTAGCTCCCACATTTTTGGA	2	20	0
AATTGGAAAATTATTTATCTTAATTTTAAGCAAT	5	15	0
ATTAGTATGAGTGCTTAATTTAAATTATTAGTAG	6	216	0
TCCCTTTAGATTGCTTAACTCTTTAAAACTTCCC	6	257	1
AAGGGCAGGGGTTATTATTTGAGTGTTTTTGGTT	7	123	1
CTTTGAGGTGTTTTTTATCTAGCTTTAAACCAAA	7	150	0
AGTTAACTAATTAATTAGTTGCAAAAAGTTTAGA	9	10	0
AACTAATTAATTAGTTAACTAATA          	9	24	1
   GGTTTAATTTGTTAGCTTATTTAGAAAAATT	10	7	1
TAATTATAATTTGCTTATTTTGAATTTTTCTAAA	10	29	0
AAAAAAGATAGTTATTAACTTAATTTAGAATTAA	11	12	1
TACACTGTCATTAGTTAATTCTAAATTAAGTTAA	11	26	0
CTTACACTGTTTTTTTATTTAATTGAGAAAATAT	11	62	1
TAACGCTTTAGTTTTTAGTTGATACACCAAAATC	12	26	1
CCGTAGTCAATTTATTAACTAACTAGTGAACTAG	12	59	1
TGTGCTGCTCTTTTTTATTTGGAATATGTTCTAT	13	19	0
TGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAAAACAGAT	13	58	1
TAAAACTGAGGTTTTTAACTTGTAGCAAACTAAG	13	129	0
TATAGTTAATTTAATTAATTACATAAACCATTTG	19	25	1
CATAAACCATTTGCTTAACTAAATAAAGTTAAAA	19	46	1
GATAATATACTTATTTATCTAATATTCCAACATA	20	10	1
CTTGAAAGGTTTTATTAGCTACAAAGACATG   	21	7	0
CCTCTTGCTTGTTTTTATCTTTGTAAAGAATTTT	21	220	0
ACTAGGTTTTTTGTTTATCTCTAATTTATCTAAT	25	56	0
AAAAAACCTAGTTTTTAATTAGCACTCGAATGCC	25	78	1
ATCAAGTTATGTTATTATTTACTTGCAATAAAAC	26	14	1
AAAATAACGAGTTTTTAACTTTAATAAAGTTATC	26	53	1
TTTAAATTATGTTGTTAATTTTAAATAAGTTTAA	28	25	0
          *** ******   *
MAP Score: 41.1207

Motif 2
AGTTCACTAGTTAGTTAATAAATTGACTACGGATTT	12	55	0
TTCTAAGGGATTACTTACTAATCTTAAGGTAGTTGT	21	63	1
 CTAAAAAAGATAGTTATTAACTTAATTTAGAATTA	11	9	1
GACACTAAAATTCTTTACAAAGATAAAAACAAGCAA	21	214	1
CAAACTAAGCTTATTTATAAATTTTAAAAATAAGTC	13	102	0
TTAGTCAAGCTTGATTATAAAACTTATCGCTTCGCT	15	10	0
          TTTGTTAAAAAGTTCAAAATAAATCT	18	0	1
TTGCAACTAATTAATTAGTTAACTAATA        	9	20	1
CTTACACTGTTTTTTTATTTAATTGAGAAAATATTG	11	62	1
TATAGTTAATTTAATTAATTACATAAACCATTTGCT	19	25	1
TTTTGTCAAAATAATTAGAAACCTAAAATAACTA  	25	8	0
ACGCCATTGAATAGTTAAAAACCTGATTTATTTTTA	6	155	1
     GCTGTTTTATTAATAGATTTATTTTGAACTT	18	19	0
    GATAATATACTTATTTATCTAATATTCCAACA	20	6	1
ACAAGCCCTTTAAATTACTAACATGATCAGCTCAAG	21	134	0
    CTAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATA	1	6	1
ATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAACAT	1	22	1
AAGTTAGATAAATATTAATAAAATTACTCTGATTTA	24	17	1
AATCCTCGATAACTTTATTAAAGTTAAAAACTCGTT	26	58	0
TAACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAACATTTTG	7	19	1
CAAGTTGCTAATAATTTTTAATCTTAC         	21	283	1
ATTTTGAATTTTTCTAAATAAGCTAACAAATTAAAC	10	11	0
         TTTGATAAGTAATTTTAGAGAGG    	17	6	0
TGCCCTTGAGATTTTGATTAAGATCAATTTCAAGTT	7	94	0
          ATTTTTAGTAAAGAAAGACACCTAAT	10	59	0
TTAAATACTTTTTATTTAAAATTTAAGTGTTAATTT	23	52	1
AAACATAAATTTAGTGATAAAGATCATGTGCTGATG	1	55	0
TATGTTGTTAATTTTAAATAAGTTTAAGATAAGCTG	28	16	0
ACAAAATTGGAAAATTATTTATCTTAATTTTAAGCA	5	17	0
TGTGAATTTTAACTTTATTTAGTTAAGCAAATGGTT	19	50	0
ATAGAAACAGTTACTTTGAAGATTCACTACTAATAA	6	190	1
          **  *** ***  * *
MAP Score: 38.269

Motif 3
GTGTACACTGTCATTAGTTAATTCTAAATTAAGTTAATAAC	11	22	0
GCACAACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAAAACA	13	48	1
TATTAAATTGTTTTTAAATACTTTTTATTTAAAATTTAAGT	23	39	1
ACCTCTTGCTTGTTTTTATCTTTGTAAAGAATTTTAGTGTC	21	214	0
ATATCAACTCTGATTAGATAAATTAGAGATAAACAAAAAAC	25	44	1
AAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA      	1	208	1
  GGTTTAATTTGTTAGCTTATTTAGAAAAATTCAAAATAA	10	8	1
TGTGCTGATGTTCTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTA	1	24	0
GCTCTATAGTTAATTTAATTAATTACATAAACCATTTGCTT	19	21	1
TTGTTGTTCCTTATTCAATGAATCATACAAATACGGGAACT	6	36	1
ATTTTGAGAGTGTTTTAATTGATGACACTAAAATTCTTTAC	21	191	1
       TACTTATTGCTTAAAATTAAGATAAATAATTTTC	5	3	1
TCAAGTTATGTTATTATTTACTTGCAATAAAACCAAAGAAA	26	15	1
TTTAACAAAATGTTTTCTTGTTAATAAACAAAGTCTTGTTA	7	19	0
AAATAACGAGTTTTTAACTTTAATAAAGTTATCGAGGATTT	26	54	1
GAAATGGTACTGGTTACCTGAAACAAAAGTAACCAGCTTCT	1	148	0
ACTTACACTGTTTTTTTATTTAATTGAGAAAATATTGGG  	11	61	1
TAAATAAGCTTAGTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTT	13	121	1
TATTTGAGTGTTTTTGGTTTAAAGCTAGATAAAAAACACCT	7	138	1
ATTTGATACTTATTTTCAACAATATCACCTATCT       	4	3	0
AGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTT	13	96	1
         ATAATTTCGAAATTATAATTAATGACAC    	0	1	1
TTAATAGATTTATTTTGAACTTTTTAACAAA          	18	0	0
TATCTTAAACTTATTTAAAATTAACAACATAATTTAAACAA	28	21	1
AGGTTTCTAATTATTTTGACAAAAATATCAACTCTGATTAG	25	20	1
          *  **   *  ** * *  **
MAP Score: 24.0977

Motif 4
CTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAATA	1	21	0
CACATGATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGG	1	61	1
TAAAGCATGATTACAATAAAGCAGGATTTATA	1	111	0
ACCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCTG	1	175	1
   TTACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTG	1	214	0
GGTGATATTGTTGAAAATAAGTATCAAATTGA	4	15	1
TACTTATTGCTTAAAATTAAGATAAATAATTT	5	10	1
AACTGTTTCTATAAAAATAAATCAGGTTTTTA	6	170	0
CTACTAATAATTTAAATTAAGCACTCATACTA	6	216	1
AAATGTTTTCTTGTTAATAAACAAAGTCTTGT	7	21	0
TTGAAATTGATCTTAATCAAAATCTCAAGGGC	7	97	1
TTTTGAATTTTTCTAAATAAGCTAACAAATTA	10	14	0
TTTAGAAAAATTCAAAATAAGCAAATTATAAT	10	29	1
ATTAGTTAATTCTAAATTAAGTTAATAACTAT	11	19	0
CCCAATATTTTCTCAATTAAATAAAAAAACAG	11	68	0
ATAGAACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCA	13	19	1
TTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAGAGCTAAA	13	93	0
TTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTTGCT	13	108	1
TGTTAAAAAGTTCAAAATAAATCTATTAATAA	18	12	1
ACACTTAAATTTTAAATAAAAAGTATTTAAAA	23	50	0
ATTAGATAAATTAGAGATAAACAAAAAACCTA	25	56	1
TTATATAATTTTTGCATTAAAAGGAGTGAGCA	25	125	1
TATTATTTACTTGCAATAAAACCAAAGAAAAT	26	26	1
GATAACTTTATTAAAGTTAAAAACTCGTTATT	26	55	0
TTTAAATAAGTTTAAGATAAGCTGGAGATA  	28	8	0
CTTAAACTTATTTAAAATTAACAACATAATTT	28	24	1
          **  ********
MAP Score: 6.99342