AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MG/MG_operons001_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238034 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG035 28 histidyl-tRNA synthetase #1 MG077 233 oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB) #2 MG081 55 ribosomal protein L11 (rpl11) #3 MG087 28 ribosomal protein S12 (rpS12) #4 MG109 59 serine/threonine protein kinase, putative #5 MG136 48 lysyl-tRNA synthetase (lysS) #6 MG140 300 conserved hypothetical protein #7 MG142 258 translation initiation factor 2 (infB) #8 MG144 24 conserved hypothetical protein #9 MG148 38 conserved hypothetical protein #10 MG149 75 lipoprotein, putative #11 MG149.1 90 conserved hypothetical protein #12 MG150 89 ribosomal protein S10 (rpS10) #13 MG304 176 ABC transporter, ATP binding protein #14 MG305 87 heat shock protein 70 (dnaK) #15 MG309 53 lipoprotein, putative #16 MG311 22 ribosomal protein S4 #17 MG312 59 cytadherence accessory protein (hmw1) #18 MG313 44 conserved hypothetical protein #19 MG314 23 conserved hypothetical protein #20 MG316 40 conserved hypothetical protein #21 MG319 103 conserved hypothetical protein #22 MG320 43 conserved hypothetical protein #23 MG321 300 lipoprotein, putative #24 MG328 38 conserved hypothetical protein #25 MG332 300 conserved hypothetical protein #26 MG341 89 DNA-directed RNA polymerase, subunit beta (rpoB) #27 MG342 78 conserved hypothetical protein #28 MG345 43 isoleucyl-tRNA synthetase (ileS) #29 MG355 153 ATP-dependent Clp protease, ATPase subunit (clpB) #30 MG357 300 acetate kinase (ackA) #31 MG361 119 ribosomal protein L10 (rpl10) #32 MG362 22 ribosomal protein L7/L12 (rpl7) #33 MG451 52 elongation factor Tu (tuf) Motif 1 GGTTTAAAGCTAGATAAAAAACACCTCAAA 7 153 1 TGTTTTTTGGTAGATAAAAAACAAAAAAGC 13 59 0 CGCCATTGAATAGTTAAAAACCTGATTTAT 6 156 1 AATTTACCCTTAGTTAAAAACTAAAAGTAG 23 215 0 CCTATAAGTGAAGATAAAAAGTAAAAAAGA 30 120 1 ATTCTTTACAAAGATAAAAACAAGCAAGAG 25 223 1 TTGTATTAGTCAAAAATAAAACTACT 21 87 0 AGTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTT 13 132 1 AACTTTATTAAAGTTAAAAACTCGTTATTT 31 54 0 TTTTCTCAATTAAATAAAAAAACAGTGTAA 11 63 0 ACTTAAATTTTAAATAAAAAGTATTTAAAA 27 50 0 GATTGCTGATTAGTAAAAAAGAGTTAAAAA 23 250 0 AAATTAGAGATAAACAAAAAACCTAGTTTT 29 63 1 TCAGTAATTATAAACAAAAATTAGCACTCA 14 39 0 ATTCGAGTGCTAATTAAAAACTAGGTTTTT 29 79 0 AAATAAAAAGTATTTAAAAACAATTTAATA 27 39 0 GTTGGAATATTAGATAAATAAGTATATTAT 24 11 0 AGATGTAAGTTAGATAAATATTAATAAAAT 28 11 1 TTAATTTGTCAATATAAAAAAA 22 2 0 GTTATTGATCTAAAAAAAAAGT 14 75 1 AAGTGAGCAATTGATAAAAACATTAGTTTT 23 146 1 ATTCTTTATCTATTCAAAAAAA 30 2 0 TTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAAT 1 22 0 TAAACAATGAAAATTAAAAAATGCTATATT 30 179 0 TAATGTTGCTAATACAAAAAATACAGTTGC 30 59 1 TCTAATTATTTTGACAAAAATATCAACTCT 29 25 1 TTTGTTAAAAAGTTCAAAATA 20 1 1 GCTTAAAATTAAGATAAATAATTTTCCAAT 5 18 1 TTACCTTATTTATTAAAAAATAATACTAAA 30 265 0 ATTAAATAAATAGAAAAATATT 32 10 1 TTAGATTGCAAAATCAAAAACTAATGTTTT 23 162 0 ACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTTT 1 211 0 CAACATTGAAAAAAATAGCTATACG 27 5 1 AAAACCTTTCAAGACAAATATGTTACTAAA 25 28 1 AACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCACA 13 23 1 CTTCCCTTTATAATCAAATATCGCC 6 285 1 GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTT 15 6 1 TAACTGTTTCTATAAAAATAAATCAGGTTT 6 173 0 ********** MAP Score: 43.1137 Motif 2 TTTTCTTTTTTACTTTTTATCTTCACTTATAGGGATAAC 30 114 0 TAAGATTTAATAATATTTCTTTTTAGTTAAAACATTTAA 30 207 1 AGAATAAAACTACTTTTAGTTTTTAACTAAGGGTAAATT 23 206 1 ATCAGAGTAATTTTATTAATATTTATCTAACTTACATCT 28 11 0 TGCTTTATTGTAATCATGCTTTAGATTTAGAAGCTGGTT 1 120 1 GTTTGAGTGCTAATTTTTGTTTATAATTACTGAGTAATT 14 36 1 TATATTAATTTAGTATTATTTTTTAATAAATAAGGTAAA 30 257 1 GTTTAAATTATGTTGTTAATTTTAAATAAGTTTAAGATA 33 21 0 ATTCACAGAGTAGTTTTATTTTTGACTAATACAA 21 79 1 TTAAATTGTTTTTAAATACTTTTTATTTAAAATTTAAGT 27 41 1 CAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA 1 214 1 ATTATTTGAGTGTTTTTGGTTTAAAGCTAGATAAAAAAC 7 136 1 CTTTTCAATTTGATACTTATTTTCAACAATATCACCTAT 4 12 0 ACAACTAACCTTAAGGTGTTTTTCAACTACAGCTTTGAG 7 177 0 GGAAAATTATTTATCTTAATTTTAAGCAATAAGTA 5 6 0 GTGTTTTCGATTTTAAATTATC 16 2 0 ACTCTGTGAATTTTAACTTTATTTAGTTAAGCAAATGGT 21 51 0 AAGATAGTTATTAACTTAATTTAGAATTAACTAATGACA 11 16 1 GTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAACAT 1 19 1 GAAGATTCACTACTAATAATTTAAATTAAGCACTCATAC 6 207 1 AAAGAGAACTTTTACGTCTTGTAAAATTAGACAACCAAC 7 58 1 ATTGCTGTTTTTTAACTCTTTTTTACTAATCAGCAATCA 23 242 1 ACAACCAACTTGAAATTGATCTTAATCAAAATCTCAAGG 7 88 1 ATTTATCAAGTTATGTTATTATTTACTTGCAATAAAACC 31 10 1 GCAGCTGTTGTGCTGCTCTTTTTTATTTGGAATATGTTC 13 22 0 GATAATATACTTATTTATCTAATATTCCAAC 24 2 1 AATATTTTTCTATTTATTTAAT 32 2 0 TAGAATTAACTAATGACAGTGTACACTTACACTGTTTTT 11 37 1 AGCTTTCTAAAGCTCTATAGTTAATTTAATTAA 21 4 1 CCAAAATCCGTAGTCAATTTATTAACTAACTAGTGAACT 12 52 1 ACCCTTGAGCTGATCATGTTAGTAATTTAAAGGGCTTGT 25 131 1 ATCAACTACCTCTTGCTTGTTTTTATCTTTGTAAAGAAT 25 223 0 TCTATAAAAATAAATCAGGTTTTTAACTATTCAATGGCG 6 156 0 AGATAAACAAAAAACCTAGTTTTTAATTAGCACTCGAAT 29 70 1 ATGCCTTGAGTGCTAATTTTATATAATTTTTGCATTAAA 29 107 1 ATAATTACTGAGTAATTGTTATTGATCTAAAAAAAAAGT 14 58 1 * * * * ** * *** MAP Score: 40.5047 Motif 3 AATTAACCGATTTATTTATGAAAGAACACA 23 280 1 ATAACAAGACTTTGTTTATTAACAAGAAAAC 7 18 1 AGTGCTAATTTTTGTTTATAATTACTGAGTA 14 41 1 ATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAG 1 22 1 GGCGATATTTGATTATAAAGGGAAGTTT 6 282 0 GAATATTTACCTTATTTATTAAAAAATAATA 30 270 0 GCAAACTAAGCTTATTTATAAATTTTAAAAA 13 108 0 ACAGAGTAGTTTTATTTTTGACTAATACAA 21 83 1 CAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAA 13 54 1 AAATTTATATTTTTATTATTACCAC 15 4 0 TTAAATACTTTTTATTTAAAATTTAAGTGTT 27 52 1 TTTAGTCAAGCTTGATTATAAAACTTATCGC 17 16 0 TATAGCATTTTTTAATTTTCATTGTTTAAGA 30 181 1 TAAAACTACTTTTAGTTTTTAACTAAGGGTA 23 210 1 ATCATAACGCTTTAGTTTTTAGTTGATACAC 12 22 1 TTAGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAA 13 94 1 AAACCTAGTTTTTAATTAGCACTCGAATGCC 29 81 1 AACAAACTTTAATTAGCACTTTTAGTGT 14 7 1 CCCTTGAGATTTTGATTAAGATCAATTTCAA 7 97 0 AATTTGTTAGCTTATTTAGAAAAATTCAAAA 10 15 1 AATATTTCTTTTTAGTTAAAACATTTAATTA 30 218 1 TTATCTTAAACTTATTTAAAATTAACAACAT 33 20 1 TAAGCATTTTCTTGTTTAAAAAGTGAGCAAT 23 126 1 AACTAGGTTTTTTGTTTATCTCTAATTTATC 29 60 0 TATTAATAGATTTATTTTGAACTTTTTAACA 20 12 0 AATTTTCCAATTTTGTTTTCA 5 37 1 ACTTTTTTTTTAGATCAATAAC 14 75 0 AATTATTTATCTTAATTTTAAGCAATAAGTA 5 10 0 GCTGTTTTATTAATAGATTTATTTT 20 25 0 ATCAGAGTAATTTTATTAATATTTATCTAAC 28 19 0 ATTTTGTTAGAATACTTCAGTT 3 1 1 CAAGAAAACATTTTGTTAAAAGAGAACTTTT 7 40 1 TTTTTTTATATTGACAAATTA 22 0 1 AAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTA 1 211 1 ACTTACACTGTTTTTTTATTTAATTGAGAAA 11 61 1 GATAATATACTTATTTATCTAATATTCCAA 24 9 1 TTATAATTTGCTTATTTTGAATTTTTCTAAA 10 29 0 TTTGAGTGTTTTTGGTTTAAAGCTAGATAAA 7 140 1 AAAAACCTGATTTATTTTTATAGAAACAGTT 6 171 1 TGCTGCTCTTTTTTATTTGGAATATGTTCTA 13 20 0 GAATTTTAACTTTATTTAGTTAAGCAAATGG 21 52 0 TAGTTATTAACTTAATTTAGAATTAACTAAT 11 20 1 AGTATGAGTGCTTAATTTAAATTATTAGTAG 6 216 0 CGTTATTTTCTTTGGTTTTATTGCAAGTAAA 31 31 0 CTACCTCTTGCTTGTTTTTATCTTTGTAAAG 25 226 0 CTATAGTTAATTTAATTAATTACATAAACCA 21 24 1 TCTTGAAAGGTTTTATTAGCTACAAAGACAT 25 11 0 GGTACAAACGCTTAATTAGCTCCCACATTTT 2 24 0 GGTTTAATTTGTTAGCTTATTTA 10 2 1 TATAAATAAGCTTAGTTTGCTACAAGTTAAA 13 119 1 ********* * MAP Score: 36.7877 Motif 4 TCTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAATAACGATTACT 1 12 0 AAAAACTGAGAACCTGAAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTC 1 191 1 TACGCCATTGAATAGTTAAAAACCTGATTTATTTTTATAGAA 6 154 1 GGCGATATTTGATTATAAAGGGAAGTTTTAAAGAGTTAA 6 271 0 ACTTTTTGCAACTAATTAATTAGTTAACTAATA 9 15 1 TTATTTAGAAAAATTCAAAATAAGCAAATTATAATTAGGTGT 10 26 1 ATTTTGGTGTATCAACTAAAAACTAAAGCGTTATGATTGTAG 12 17 0 TTTGGTAGATAAAAAACAAAAAAGCAGCTGTTGTGCTGCTCT 13 42 0 TTTGTTTTTTATCTACCAAAAAACAGATTTTTAGCTCTGACT 13 64 1 TTAGTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTTAAATACCCAA 13 130 1 GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTG 15 4 1 TTTGTTAAAAAGTTCAAAATAAATCTATTAATAAAACAGC 20 10 1 TTGTATTAGTCAAAAATAAAACTACTCTGTGAATTTTAA 21 74 0 AAAAGTGAGCAATTGATAAAAACATTAGTTTTTGATTTTGCA 23 144 1 ATGTGATTGCAAACTAGAATAAAACTACTTTTAGTTTTTAAC 23 191 1 TTAGTAAAAAAGAGTTAAAAAACAGCAATTTACCCTTAGTTA 23 229 0 TTTACTAATCAGCAATCAATTAACCGATTTATTTATGAAAGA 23 263 1 TAAGTTAGATAAATATTAATAAAATTACTCTGATTTA 28 16 1 TAAATTAGAGATAAACAAAAAACCTAGTTTTTAATTAGCACT 29 62 1 AAGTGAAGATAAAAAGTAAAAAAGAAAACCAATAAAAGCTGA 30 125 1 AAACCAATAAAAGCTGAAATAACAGCGATAATATAGCATTTT 30 150 1 TTCATTGTTTAAGATTTAATAATATTTCTTTTTAGTTAAAAC 30 198 1 ATTTACCTTATTTATTAAAAAATAATACTAAATTAATATAGT 30 255 0 TTGCAATAAAACCAAAGAAAATAACGAGTTTTTAACTTTAAT 31 36 1 ATTAAATAAATAGAAAAATATT 32 0 1 * ***** * * ** MAP Score: 6.92822 Motif 5 GTGTCATTAATTATAATTTCGAAATTA 0 11 0 TCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAG 1 17 1 GATCATGTGCTGATGTTCTTGATTATTTTATAAAAA 1 34 0 CATCAGCACATGATCTTTATCACTAAATTTATGTTT 1 55 1 TCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGA 1 74 1 TTTCAGGTTCTCAGTTTTTTGGAAATGGTACTGGTT 1 174 0 TTTAAAATTTTCCAAAAATGTGGGAGCT 2 2 1 AGATAGGTGATATTGTTGAAAATAAGTATCAAA 4 7 1 CAAGTAGCGATCAATTCCTTGATCAACGCTACGCCA 6 125 1 TAAAAATAAATCAGGTTTTTAACTATTCAATGGCGT 6 155 0 TAACAAAATGTTTTCTTGTTAATAAACAAAGTCTTG 7 22 0 AACTTGAAATTGATCTTAATCAAAATCTCAAGGGCA 7 94 1 GTTTAATTTGTTAGCTTATTTAGAAAAATTCAAAAT 10 11 1 CTAATTATAATTTGCTTATTTTGAATTTTTCTAAAT 10 28 0 TATAATTAGGTGTCTTTCTTTACTAAAAAT 10 55 1 TAGTTAATTCTAAATTAAGTTAATAACTATCTTTTT 11 13 0 AAATCCGTAGTCAATTTATTAACTAACTAGTGAACT 12 55 1 CAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAAAACAG 13 54 1 GACTTATTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTTG 13 102 1 ACTGAGTAATTGTTATTGATCTAAAAAAAAAGT 14 64 1 TCAATAATTTTAAAATTTATATTTTTATTATTACCA 15 11 0 AGCGAAGCGATAAGTTTTATAATCAAGCTTGACTAA 17 10 1 AGATTTATTTTGAACTTTTTAACAAA 20 0 0 AGCTCTATAGTTAATTTAATTAATTACATAAACCAT 21 20 1 CTGTGAATTTTAACTTTATTTAGTTAAGCAAATGGT 21 51 0 CACAGAGTAGTTTTATTTTTGACTAATACAA 21 82 1 TTGTTAAATTTTAATTTGTCAATATAAAAAAA 22 6 0 GTATTAAGCATTTTCTTGTTTAAAAAGTGAGCAATT 23 122 1 AATCAAAAACTAATGTTTTTATCAATTGCTCACTTT 23 145 0 TAAAACTACTTTTAGTTTTTAACTAAGGGTAAATTG 23 210 1 ACAACTACCTTAAGATTAGTAAGTAATCCCTTAGAA 25 63 0 CTTGAGCTGATCATGTTAGTAATTTAAAGGGCTTGT 25 134 1 TTGATGACACTAAAATTCTTTACAAAGATAAAAACA 25 209 1 TACGCTTCTATTAAATTGTTTTTAAATACTTTTTAT 27 31 1 ATCAGAGTAATTTTATTAATATTTATCTAACTTACA 28 14 0 TCAGAGTTGATATTTTTGTCAAAATAATTAGAAACC 29 21 0 AAACTAGGTTTTTTGTTTATCTCTAATTTATCTAAT 29 56 0 TAATTTTATATAATTTTTGCATTAAAAGGAGTGAGC 29 120 1 CTTTTATTGGTTTTCTTTTTTACTTTTTATCTTCAC 30 127 0 TAGCATTTTTTAATTTTCATTGTTTAAGATTTAATA 30 183 1 TATTCCACACTATATTAATTTAGTATTATTTTTTAA 30 247 1 CGAAGAATATTTACCTTATTTATTAAAAAATAATAC 30 269 0 ATTAAATAAATAGAAAAATATT 32 1 1 CAGCTTATCTTAAACTTATTTAAAATTAACAACATA 33 16 1 * * ** ** * *** MAP Score: 5.78037 Motif 6 GTGTCATTAATTATAATTTCGAAAT 0 13 0 CAAACGCTTAATTAGCTCCCACATTTTTGG 2 21 0 CCTTACAACAATTAGCACAAG 7 247 1 CAACTAATTAATTAGTTAACTAATA 9 23 1 ACAAACTTTAATTAGCACTTTTAGTGTTTG 14 11 1 ATAAACAAAAATTAGCACTCAAACACTAAA 14 30 0 AATTAATTAAATTAACTATAGAGCTTTAGA 21 15 0 TTGATTGCTGATTAGTAAAAAAGAGTTAAA 23 252 0 GAAAGGTTTTATTAGCTACAAAGACATG 25 8 0 AGTGTCATCAATTAAAACACTCTCAAAATG 25 190 0 ATTAAAAATTATTAGCAACTTGGTCAACTT 25 275 0 TGTCAAAATAATTAGAAACCTAAAATAACT 29 11 0 ATCAACTCTGATTAGATAAATTAGAGATAA 29 46 1 CTAGTTTTTAATTAGCACTCGAATGCCTTG 29 85 1 ATTATATAAAATTAGCACTCAAGGCATTCG 29 104 0 AGACAATAGCATTAACAACTATTAATGTTG 30 37 1 TATTTTTTGTATTAGCAACATTAATAGTTG 30 52 0 ATGCAAAAACAGTAGCAACTGTATTTTTTG 30 73 0 CTTATTTAAAATTAACAACATAATTTAAAC 33 30 1 ********** MAP Score: 2.32062