AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons002_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238047
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG001	300	DNA polymerase III, subunit beta (dnaN)
#1	MG003	84	DNA gyrase subunit B (gyrB)
#2	MG203	127	topoisomerase IV subunit B (parE)
#3	MG332	300	conserved hypothetical protein
#4	MG388	142	conserved hypothetical protein
#5	MG466	25	ribosomal protein L34 (rpL34)
#6	MG468.1	62	ABC transporter, ATP-binding protein
#7	MG469	300	chromosomal replication initiator protein (dnaA)

Motif 1
ACTATTATATATAACAGAAATTAATGATATTTTACAT	0	42	0
AATACTCTCTAAAATAGATACTATTATATATAACAGA	0	61	0
TAAGCTTTTTATGAACAAAATTATAGACATTTTAGTT	0	133	1
TTTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTAAAGAAAA	0	163	1
GATATTAAAGAAAATAAAAAAATAGAAATAAATATCA	0	186	1
ATACTTAATCAAAAATGAAAATATTAATTAATAAAAG	0	247	1
AATTTATGGCATAACAAATAATTATAACACATTAAAA	1	22	0
GTTTGAATTTAAAATTGAAATTAGCTTTGCTGCCGAA	2	95	0
ATTCTTTACAAAGATAAAAACAAGCAAGAGGTAGTTG	3	223	1
        GTAAGATTAAAAATTATTAGCAACTTGGT	3	281	0
         CAAAATTAAAATTTTCTAATAGTGTTCT	6	1	1
  ACCAAAAAAAGAGAGATATTTTCAAGAGGAACAAA	7	8	1
TATTTTCAAGAGGAACAAAATTTTCAATATCATAATA	7	26	1
TTACAGCAAAAAAATCAAAATTTTCAACAACAATTCA	7	71	1
CTGTTGAACGCCAAGAAAAACTAGATACAGGTGTACA	7	162	1
GTCAAAGAGTATGACAAAAAGTTAGAAATTACTCCAA	7	210	1
TAACATTGTCAAGAATGATAGTTAAAATTCTCGAAAT	7	263	0
          * **  **** **   *
MAP Score: 19.752

Motif 2
TAACAGAAATTAATGATATTTTACATATGTA	0	37	0
TTTTAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTA	0	84	1
TTAATTATTACTATAATTAAGCATTTATGCT	0	96	1
CATAAAAAGCTTATAATTAAGCATAAATGCT	0	115	0
ACTAAAATGTCTATAATTTTGTTCATAAAAA	0	138	0
ATTTTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATT	0	161	1
TTATCAAGGGTTATGATATTTATTTCTATTT	0	205	0
ATATTTTCATTTTTGATTAAGTATTAATTTC	0	240	0
AATTCACTTTTATTAATTAATATTTTCATTT	0	259	0
TTTTAATGTGTTATAATTATTTGTTATGCCA	1	22	1
TTTGAGAGTGTTTTAATTGATGACACTAAAA	3	193	1
ACCAAGTTGCTAATAATTTTTAATCTTAC  	3	281	1
TTTAAACTGCTTTTAATAATTTGGAAACAAA	4	72	0
GAATTTGCGCTTTTAATTGTTTCCTGTTCAA	4	119	1
TATTAGAAAATTTTAATTTTG          	6	0	0
TTAGATGACTTAATGATTGTTT         	6	50	1
GAAACCATTATTATGATATTGAAAATTTTGT	7	40	0
TTGTTGAAAATTTTGATTTTTTTGCTGTAAG	7	70	0
          ******** **
MAP Score: 18.2522

Motif 3
     AGCAGTAATAATTACATATGTACAT	0	5	1
TGTAAAATATCATTAATTTCTGTTATATAT	0	43	1
CTGTTATATATAATAGTATCTATTTTAGAG	0	62	1
TAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTAAG	0	87	1
CTAAAATGTCTATAATTTTGTTCATAAAAA	0	138	0
AGGGTTATGATATTTATTTCTATTTTTTTA	0	200	0
TTTGATTAAGTATTAATTTCTGGGTTATCA	0	230	0
TTTTATTAATTAATATTTTCATTTTTGATT	0	253	0
GTGAATTGAATAAAATTTTGGGAAAAA   	0	283	1
TAATGTGTTATAATTATTTGTTATGCCATA	1	25	1
TGCCACAAACTAAATTTATGGCATAACAAA	1	41	0
TCCTGCTTGGTAATTTTTACCAAAAAAGCG	4	35	0
AAACTGCTTTTAATAATTTGGAAACAAAGT	4	70	0
TTTGCGCTTTTAATTGTTTCCTGTTCAAAA	4	122	1
ATCACCTGATTAATTGTTTC          	5	15	1
    CAAAATTAAAATTTTCTAATAGTGTT	6	6	1
TCAAGAGGAACAAAATTTTCAATATCATAA	7	31	1
AATATCATAATAATGGTTTCTTACAGCAAA	7	51	1
GCAAAAAAATCAAAATTTTCAACAACAATT	7	76	1
          **********
MAP Score: 13.9694

Motif 4
TTTTTATGAACAAAATTATAGACATTTTAGTTCTT	0	138	1
TTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTAAAGAAA	0	164	1
TTAAAGAAAATAAAAAAATAGAAATAAATATCATA	0	190	1
AATACTTAATCAAAAATGAAAATATTAATTAATAA	0	246	1
        ACCAAAAAAAGAGAGATATTTTCAAGA	7	2	1
TCAAGAGGAACAAAATTTTCAATATCATAATAATG	7	31	1
TTTCTTACAGCAAAAAAATCAAAATTTTCAACAAC	7	67	1
TGTTGAACGCCAAGAAAAACTAGATACAGGTGTAC	7	163	1
AAGAGTATGACAAAAAGTTAGAAATTACTCCAAAG	7	214	1
GAATGATAGTTAAAATTCTCGAAATTGGGATATTA	7	253	0
          ******   * * **
MAP Score: 11.5534

Motif 5
TGTTAGTAATTTAAAGGGCTTGTTTGGTTTTGC	3	147	1
AAGCCGCCTTTTTAAGCGCTTTTTTGGTAAAAA	4	19	1
AACGATAGGTTTAAACTGCTTTTAATAATTTGG	4	79	0
AATATGTTACTAAAGGTGCTTCTAAGGGATTAC	3	44	1
AATTTTGTTCATAAAAAGCTTATAATTAAGCAT	0	122	0
AAATAAACAGTACAGAAGCTTTTGCCACAAACT	1	60	0
AAATTGGGATATTAACTGCTTTGGAGTAATTTC	7	234	0
GAAACAATTAATCAGGTGATTATAA        	5	2	0
          ** *** **** *
MAP Score: 1.22872