AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MG/MG_operons002_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238062 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG001 300 DNA polymerase III, subunit beta (dnaN) #1 MG003 84 DNA gyrase subunit B (gyrB) #2 MG200 251 dnaJ-like protein #3 MG203 127 topoisomerase IV subunit B (parE) #4 MG332 300 conserved hypothetical protein #5 MG388 142 conserved hypothetical protein #6 MG390 107 ABC transporter, ATP-binding protein #7 MG393 125 heat shock protein (groES) #8 MG395 300 putative lipoprotein #9 MG466 25 ribosomal protein L34 (rpL34) #10 MG468.1 62 ABC transporter, ATP-binding protein #11 MG469 300 chromosomal replication initiator protein (dnaA) Motif 1 TTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATTTT 7 100 1 GAATTTGCGCTTTTAATTGTTTCCTGTTCAA 5 119 1 TTTGAGAGTGTTTTAATTGATGACACTAAAA 4 193 1 CATTTTTCACTTTTCATTGCTATTAATAAGA 6 73 1 TTAATTAATATTTTCATTTTTGATTAAGTAT 0 247 0 AGTAGTTCTATTTTCATTTTTAACTTTTTTG 8 87 1 ATTTCAAAACCTTTAATTAATGAAGTTAAGA 8 265 0 TTTTAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTA 0 84 1 TCTCACTAAATATTAATTAATGTTTAGCGCT 7 33 1 AAAATGAAAATATTAATTAATAAAAGTGAAT 0 258 1 TTTGATTAAGTATTAATTTCTGGGTTATCAA 0 229 0 GTAACTTTATTTTTAACTAATAAAACAGTTT 6 13 1 GTTGCATTTGCTTTCATTAGTTTTTTCATTA 8 121 1 AAAACCTTTCATTTTTAATGTGTTAT 1 5 1 TATTAGAAAATTTTAATTTTG 10 0 0 ATTTTTTTGGTTTTAATTTAGTTAGTTTACC 8 47 1 AAACAAGCCCTTTAAATTACTAACATGATCA 4 141 0 TTTACTTTCTTTTAAATTAGTTTTTAATTAT 7 89 1 TGTAAAATATCATTAATTTCTGTTATATATA 0 43 1 GTTAGTGCTGTTTTAATTGAAAAAAAACAGC 2 103 0 AGCTTCTTCTTTTTAATTGCATCTAAAACTA 8 151 1 ACCAGCTGATTTTTATTTAATTGGCAGTGAT 2 170 0 TGAGTTCATCTTTTCACTGATAAATTTAATT 8 196 0 TTGTTGAAAATTTTGATTTTTTTGCTGTAAG 11 70 0 AGTGAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA 7 9 0 ATTTCTATTTTTTTATTTTCTTTAATATCTA 0 184 0 TCACTGATAAATTTAATTATTTTTATTCTGC 8 183 0 GAAATTGGGATATTAACTGCTTTGGAGTAAT 11 237 0 TTTTAATGTGTTATAATTATTTGTTATGCCA 1 22 1 TAAAAGTTATCTTAAATTTATCTGATATTAG 7 62 0 CTTTAATATCTATTATTTATTATAAGAACTA 0 165 0 AAACGATAGGTTTAAACTGCTTTTAATAATT 5 82 0 ********* * MAP Score: 28.9153 Motif 2 AGTTCTTATAATAAATAATAGATATTAAAGAAAATAAAA 0 166 1 ATTTATTATAAGAACTAAAATGTCTATAATTTTGTTCAT 0 143 0 TTTAATACAAAAATATTTCAAAACCTTTAATT 8 278 0 AATAAAAATATTTTAATAATTAAAAACTA 7 106 0 GTTTTAATTGAAAAAAAACAGCTTATTAATCTTGGAAAA 2 86 0 AAAACCTTTCAAGACAAATATGTTACTAAAGGTGCTTCT 4 28 1 TGGAAAATTTACAAGTAACTGATTCAAAAAAACTCAGTG 2 54 0 AAACAATCATTAAGTCATCTAAAAAAATACCCTG 10 38 0 TTTCATTGCTATTAATAAGACAAAACAAAGGCG 6 84 1 TTGTTTCCAAATTATTAAAAGCAGTTTAAACCTATCGTT 5 73 1 CAAAATTAAAATTTTCTAATAGTGTTCTCA 10 1 1 AAAATAAAAAAATAGAAATAAATATCATAACCCTTGATA 0 196 1 AGCAGTAATAATTACATATGTACATAGTA 0 0 1 CATAACAAATAATTATAACACATTAAAAATGAAAGGTTT 1 11 0 CACTCTCAAAATGTGTAACACCTGCAAAACCAAACAAGC 4 164 0 TTTAGATGCAATTAAAAAGAAGAAGCTAATGAAAAAACT 8 139 0 TACATAGTACATATGTAAAATATCATTAATTTCTGTTAT 0 30 1 GTCAAAGAGTATGACAAAAAGTTAGAAATTACTCCAAAG 11 210 1 TATTTTAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTAAGCATT 0 82 1 TATCTAGTTAATTAATAAAATTATACTTACTCTGATTGA 2 216 1 CTACCTTAAGATTAGTAAGTAATCCCTTAGAAGCACCTT 4 56 0 TTTTTGATTAAGTATTAATTTCTGGGTTATCAAGGGTTA 0 223 0 TTAATAATTAAAAACTAATTTAAAAGAAAGTAAAAGTTA 7 84 0 CCCAACCTAAAACAAAAATACCAGGAATAGTTCCTGTTG 11 129 1 TGTTACAAACACTACAAACTGTTTTATTAGTTAAAAATA 6 20 0 AACTAAGCAGAATAAAAATAATTAAATTTATCAGTGAAA 8 177 1 ACTTAATCAAAAATGAAAATATTAATTAATAAAAGTGAA 0 249 1 AATATCAGATAAATTTAAGATAACTTTTACTTTCTTTTA 7 64 1 GGTTTCTTACAGCAAAAAAATCAAAATTTTCAACAACAA 11 65 1 * * *** * * *** MAP Score: 22.9817 Motif 3 ATATGTAAAATATCATTAATTTCTGTTATATATAATAG 0 40 1 ATAATAGTATCTATTTTAGAGAGTATTAATTATTACTA 0 71 1 ATTTTTTTATTTTCTTTAATATCTATTATTTATTATAA 0 171 0 GGTTATGATATTTATTTCTATTTTTTTATTTTCTTTAA 0 190 0 CAAAATTTTATTCAATTCACTTTTATTAATTAATATTT 0 265 0 AAAACCTTTCATTTTTAATGTGTTATAATTATTTG 1 7 1 CAGTTACTTGTAAATTTTCCAAGATTAATAAGCTGTTT 2 72 1 GATTAATAAGCTGTTTTTTTTCAATTAAAACAGCACTA 2 94 1 TCAGAGTAAGTATAATTTTATTAATTAACTAGATAGTT 2 213 0 AGTAACATATTTGTCTTGAAAGGTTTTATTAGCTACAA 4 17 0 AAGGGCTTGTTTGGTTTTGCAGGTGTTACACATTTTGA 4 160 1 GTAAGATTAAAAATTATTAGCAACTTGGT 4 281 0 TTTTTAAGCGCTTTTTTGGTAAAAATTACCAAGCAGGA 5 27 1 GGAGTCGAACTTTGTTTCCAAATTATTAAAAGCAGTTT 5 62 1 TAAGTAACTTTATTTTTAACTAATAAAACAGTTTGT 6 8 1 TGAAAAATGACAAATTTGTAAGCTGTTACAAACACTAC 6 44 0 TGTCATTTTTCACTTTTCATTGCTATTAATAAGACAAA 6 70 1 AAAGTTATCTTAAATTTATCTGATATTAGCGCTAAACA 7 53 0 AAGATAACTTTTACTTTCTTTTAAATTAGTTTTTAATT 7 80 1 TCTAACGGGATTAATTTTTTTGGTTTTAATTTAGTTAG 8 34 1 TCAATAGTAGTTCTATTTTCATTTTTAACTTTTTTGAT 8 82 1 TTATTCTGCTTAGTTTTAGATGCAATTAAAAAGAAGAA 8 154 0 TTTTCACTGATAAATTTAATTATTTTTATTCTGCTTAG 8 179 0 ACCCTGAGAACACTATTAGAAAATTTTAATTTTG 10 6 0 GTTGAAAATTTTGATTTTTTTGCTGTAAGAAACCATTA 11 61 0 ** *** * * *** MAP Score: 21.3392 Motif 4 TGTACATATGTAATTATTACTGCT 0 4 0 TATATAACAGAAATTAATGATATTTTACAT 0 42 0 ATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAAT 0 83 0 TTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTAA 0 164 1 GATAACCCAGAAATTAATACTTAATCAAAA 0 231 1 ATCAAAAATGAAAATATTAATTAATAAAAG 0 254 1 ATTTATGGCATAACAAATAATTATAACACA 1 28 0 ACTATCTAGTTAATTAATAAAATTATACTT 2 214 1 CAAGCCCTTTAAATTACTAACATGATCAGC 4 139 0 CTTTGTTTCCAAATTATTAAAAGCAGTTTA 5 71 1 TTTGAACAGGAAACAATTAAAAGCGCAAAT 5 121 0 ACTTTATTTTTAACTAATAAAACAGTTTGT 6 16 1 TTTGTATTTAAAAATTAACAATATCTCA 7 8 1 AATATCTCACTAAATATTAATTAATGTTTA 7 29 1 AAAAATATTTTAATAATTAAAAACTAATTT 7 102 0 ATTAAAACCAAAAAAATTAATCCCGTTAGA 8 34 0 GCTAATGAAAAAACTAATGAAAGCAAATGC 8 124 0 AGCAGAATAAAAATAATTAAATTTATCAGT 8 182 1 TTAGCTTCAAAAATAATTGAGTTCATCTTT 8 214 0 TCAAAACCTTTAATTAATGAAGTTAAGAAG 8 263 0 GAAACAATTAATCAGGTGATT 9 14 0 TAAGTCATCTAAAAAAATACCCTGAGAACA 10 32 0 ********** MAP Score: 18.4376 Motif 5 ATTATTACTATAATTAAGCATTTATGCTTAATTATAAGCTT 0 99 1 TTATGCTTAATTATAAGCTTTTTATGAACAAAATTATAGAC 0 120 1 TTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTAAAGAAAATAAAA 0 164 1 TTTGATTAAGTATTAATTTCTGGGTTATCAAGGGTTATGAT 0 219 0 TAACAAATAATTATAACACATTAAAAATGAAAGGTTTT 1 7 0 ACTGAGTTTTTTTGAATCAGTTACTTGTAAATTTTCCAAGA 2 55 1 TTTCCAAGATTAATAAGCTGTTTTTTTTCAATTAAAACAGC 2 87 1 GAAGCACCTTTAGTAACATATTTGTCTTGAAAGGTTTTATT 4 25 0 CTAAAGGTGCTTCTAAGGGATTACTTACTAATCTTAAGGTA 4 53 1 TTTGAGAGTGTTTTAATTGATGACACTAAAATTCTTTACAA 4 193 1 CAAGCCGCCTTTTTAAGCGCTTTTTTGGTAAAAATTACCAA 5 18 1 TTTAAACTGCTTTTAATAATTTGGAAACAAAGTTCGACTCC 5 62 0 GAATTTGCGCTTTTAATTGTTTCCTGTTCAAAA 5 119 1 TAGTGAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA 7 0 0 AATAAAAATATTTTAATAATTAAAAACTAATTT 7 102 0 ATTAAAGGTTTTGAAATATTTTTGTATTAAA 8 279 1 TTCAATATCATAATAATGGTTTCTTACAGCAAAAAAATCAA 11 48 1 ** *** ** * ** MAP Score: 15.8328 Motif 6 TAAAAAGCTTATAATTAAGCATAAATGCTTAATTAT 0 108 0 TTTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTAAAGAAA 0 163 1 ATTAAAGAAAATAAAAAAATAGAAATAAATATCATA 0 189 1 ATTATAACACATTAAAAATGAAAGGTTTT 1 3 0 TTATGGCATAACAAATAATTATAACACATTAAAAAT 1 20 0 TTCATCACTGCCAATTAAATAAAAATCAGCTGGTTT 2 167 1 TAAGAATCAATCAGAGTAAGTATAATTT 2 233 0 TACAAAGATAAAAACAAGCAAGAGGTAGTTGATCTG 4 229 1 TTTGTATTTAAAAATTAACAATATCTCACTAAATAT 7 10 1 AAACTAATTTAAAAGAAAGTAAAAGTTATCTTAAAT 7 76 0 TAACTAAATTAAAACCAAAAAAATTAATCCCGTTAG 8 35 0 ATGCAACCATCAAAAAAGTTAAAAATGAAAATAGAA 8 92 0 AGCTAATGAAAAAACTAATGAAAGCAAATGCAACCA 8 119 0 TAAGCAGAATAAAAATAATTAAATTTATCAGTGAAA 8 180 1 ACCAAAAAAAGAGAGATATTTTCAAGA 11 1 1 TTTCTTACAGCAAAAAAATCAAAATTTTCAACAACA 11 67 1 CTAAAACAAAAATACCAGGAATAGTTCCTGTTGAAC 11 135 1 AACGCCAAGAAAAACTAGATACAGGTGTACACTTCT 11 168 1 AAAGAGTATGACAAAAAGTTAGAAATTACTCCAAAG 11 213 1 * ** *** * ** * MAP Score: 11.6152 Motif 7 CTAAAATGTCTATAATTTTGTTCATAAAAAGCTTATAA 0 130 0 TTTATTTCTATTTTTTTATTTTCTTTAATATCTATTAT 0 180 0 TTTTATTCAATTCACTTTTATTAATTAATATTTTCATT 0 260 0 ATTAATAAGCTGTTTTTTTTCAATTAAAACAGCACTAA 2 95 1 TCAGAGTAAGTATAATTTTATTAATTAACTAGATAGTT 2 213 0 CTAAAGTTTGAATTTAAAATTGAAATTAGCTTTGC 3 102 0 TACCTCTTGCTTGTTTTTATCTTTGTAAAGAATTTTAG 4 218 0 CTCCTGCTTGGTAATTTTTACCAAAAAAGCGCTTAAAA 5 28 0 TAAGTAACTTTATTTTTAACTAATAAAACAGTTTGT 6 8 1 TGAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA 7 0 0 TTCTTTTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATTTTTA 7 95 1 CTAACGGGATTAATTTTTTTGGTTTTAATTTAGTTAGT 8 35 1 TCAATAGTAGTTCTATTTTCATTTTTAACTTTTTTGAT 8 82 1 ATAAAAATAATTAAATTTATCAGTGAAAAGATGAACTC 8 188 1 GTTGAAAATTTTGATTTTTTTGCTGTAAGAAACCATTA 11 61 0 ** **** * *** MAP Score: 8.91607