AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons003_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238084
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG217	300	proline-rich P65 protein
#1	MG256	166	conserved hypothetical protein
#2	MG257	45	ribosomal protein L31 (rpL31)
#3	MG298	202	P115 protein
#4	MG332	300	conserved hypothetical protein
#5	MG446	300	ribosomal protein S16 (rps16)

Motif 1
GAGGGGTTGCGGGTTTGATTCCCGTTGGAA	0	49	1
CCCCTTTTTAGGGCTTTTTTAAAAACTTTT	0	165	0
CCCTAAAAAGGGGCTTTTTTAGTGTTACCA	0	182	1
          GCGCTTTAATATGAATTAAA	0	290	0
CAATTTAACTAAGTTTTTATCATAAATTGG	1	44	0
TTAAATTGCTAGGTTTTTATCTAGTTTTAG	1	66	1
CTGTCTGTGTGGGTTCGATTCCTTCCACCC	1	133	1
AAAAGCTTCTATGTTTTAATAGTAACTAGT	3	69	0
TAAAACATAGAAGCTTTTTTAAATGAAGCG	3	81	1
TTGTTCTAAAAAGCTTTAATTTGGATGTTG	3	182	0
TTGTCTTGAAAGGTTTTATTAGCTACAAAG	4	15	0
GTAATTTAAAGGGCTTGTTTGGTTTTGCAG	4	152	1
CATTTTGAGAGTGTTTTAATTGATGACACT	4	190	1
ATATCTAACAAAGTCTTAATTATTTTCTGT	5	71	0
TTAGATAAATAAGTTCTTATCTTTATATCT	5	95	0
AATGAAAATCGGGCCTTATTGGATGATTAA	5	155	1
TAACTTTTTAAAGTTCTATTTTATCTATGC	5	232	0
          **********
MAP Score: 13.2044

Motif 2
CGAGACCACCATTAAAAGTTTTTAAAAAAGCCCTA	0	152	1
ACTGCTTGCTATAAAAATATTTTAATTGGTGGTAA	0	206	0
CCAATTTATGATAAAAACTTAGTTAAATTGCTAGG	1	44	1
AAGTGAATATATTAATATTTATTGGTCTTTGTCAA	2	12	1
TAAAAATTACATTAATTGCTTTTAGAAAAGCAATA	3	24	0
CTATTAAAACATAGAAGCTTTTTTAAATGAAGCGT	3	77	1
GCTTTTTTAAATGAAGCGTTATTAGCTTATTTTTT	3	93	1
CAACATCCAAATTAAAGCTTTTTAGAACAA     	3	182	1
     GTAAGATTAAAAATTATTAGCAACTTGGTC	4	280	0
ACAGAAAATAATTAAGACTTTGTTAGATATAAAGA	5	71	1
AGATATAAAGATAAGAACTTATTTATCTAAAAAAA	5	95	1
CAAAATGAAAATCGGGCCTTATTGGATGATTAAAT	5	152	1
GAATAACTTAATCAGCTATTTTTTATTCGTCTAGT	5	193	0
AAAGCGGCTAATTATAACTTTTTAAAGTTCTATTT	5	241	0
          ** **   ***** *
MAP Score: 12.9933

Motif 3
AAAAGTTTTTAAAAAAGCCCTAAAAAGGGGCTTTTTTAGTGT	0	165	1
TAACTTATATTAAAAATATGCAACTGCTTGCTATAAAAATAT	0	221	0
CCAATTTATGATAAAAACTTAGTTAAATTGCTAGGTTTTTAT	1	44	1
AATAAACTAGTTACTATTAAAACATAGAAGCTTTTTTAAATG	3	64	1
ATTAGGTTACTAAAAAATAAGCTAATAACGCTTCATTTAAAA	3	97	0
GAAGTAAACTAAACTAGGCTAATTATTAGGTTACTAAAAAAT	3	121	0
TATAATCTAATAACAACATCCAAATTAAAGCTTTTTAGAACA	3	169	1
TGTTTTAGCGTCACAAGGTGCACCATTAGGATGATACCCTTG	4	96	1
TTTACAAAGATAAAAACAAGCAAGAGGTAGTTGATCTGTTTG	4	227	1
ATCTGTTTGCACACAAAGTTGACCAAGTTGCTAATAATTTTT	4	260	1
GCTAAACAACAGAAAATAATTAAGACTTTGTTAGATATAAAG	5	63	1
TATTTATCTAAAAAAATAATGAGTTTGCAGATGACATGCAAA	5	114	1
ACATGCAAAATGAAAATCGGGCCTTATTGGATGATTAAATTT	5	147	1
AACTAGACGAATAAAAAATAGCTGATTAAGTTATTCTTAAGC	5	192	1
AATAGAACTTTAAAAAGTTATAATTAGCCGCTTTATTAAGAA	5	242	1
          * ****     *  *    ***
MAP Score: 9.73201

Motif 4
ATTAAAAGTTTTTAAAAAAGCCCTAAAAAGGGGCT	0	162	1
GGTGGTAACACTAAAAAAGCCCCTTTTTAGGGCTT	0	179	0
TGATAAAAACTTAGTTAAATTGCTAGGTTTTTATC	1	52	1
   AAACTTTTAAATGATATTGCTTTTCTAAAAGC	3	7	1
AATTTAAAAATTACATTAATTGCTTTTAGAAAAGC	3	28	0
ATTTTTAAATTAAATAAACTAGTTACTATTAAAAC	3	52	1
AATAACGCTTCATTTAAAAAAGCTTCTATGTTTTA	3	81	0
TATTAGGTTACTAAAAAATAAGCTAATAACGCTTC	3	105	0
TTTTAGTAACCTAATAATTAGCCTAGTTTAGTTTA	3	124	1
GACAAATATGTTACTAAAGGTGCTTCTAAGGGATT	4	40	1
CTTGTGACGCTAAAACAACTACCTTAAGATTAGTA	4	78	0
ATCATGTTAGTAATTTAAAGGGCTTGTTTGGTTTT	4	143	1
TTTAACGCCTTAAAATAATATGCTAAACAACAGAA	5	42	1
TGCTTAAGAATAACTTAATCAGCTATTTTTTATTC	5	200	0
GATTTTTTTCTTAATAAAGCGGCTAATTATAACTT	5	256	0
          *** * **   ****
MAP Score: 9.19155

Motif 5
CCACCATTAAAAGTTTTTAAAAAAGCCCTA	0	157	1
CCTAAAAAGGGGCTTTTTTAGTGTTACCAC	0	183	1
CAATAATTCTAACTTATATTAAAAATATGC	0	242	0
TAGTGTCTTCAGCTGTTTAATTCATATTAA	0	275	1
CAATTTAACTAAGTTTTTATCATAAATTGG	1	44	0
TTAAATTGCTAGGTTTTTATCTAGTTTTAG	1	66	1
         AAACTTTTAAATGATATTGCT	3	1	1
AATAGTAACTAGTTTATTTAATTTAAAAAT	3	52	0
AAAACATAGAAGCTTTTTTAAATGAAGCGT	3	82	1
AAGCGTTATTAGCTTATTTTTTAGTAACCT	3	106	1
TCCAAATTAAAGCTTTTTAGAACAA     	3	187	1
CACCTTTAGTAACATATTTGTCTTGAAAGG	4	32	0
ATCTTAAGGTAGTTGTTTTAGCGTCACAAG	4	83	1
AACTACCTCTTGCTTGTTTTTATCTTTGTA	4	229	0
TAAAGATAAGAACTTATTTATCTAAAAAAA	5	100	1
TGGATGATTAAATTTATTAACTAGACGAAT	5	174	1
AATAAAAAATAGCTGATTAAGTTATTCTTA	5	201	1
GGCTAATTATAACTTTTTAAAGTTCTATTT	5	241	0
          **********
MAP Score: 2.09585