AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MG/MG_operons003_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238113 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG217 300 proline-rich P65 protein #1 MG255 175 conserved hypothetical protein #2 MG255.1 196 conserved hypothetical protein #3 MG256 166 conserved hypothetical protein #4 MG257 45 ribosomal protein L31 (rpL31) #5 MG298 202 P115 protein #6 MG301 30 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (gap) #7 MG304 176 ABC transporter, ATP binding protein #8 MG305 87 heat shock protein 70 (dnaK) #9 MG309 53 lipoprotein, putative #10 MG332 300 conserved hypothetical protein #11 MG446 300 ribosomal protein S16 (rps16) Motif 1 CAGTTGCATATTTTTAATATAAGTTAGAATTA 0 237 1 TGTCTTCAGCTGTTTAATTCATATTAAAGCGC 0 278 1 GTTATGAGCATTAGTAATTGGTACTGATTTTG 2 70 1 TACAAAGTGGTTATTAAATGATCACAACACGT 2 111 0 TAATAACCACTTTGTAATTGATAACAGTTTTA 2 127 1 ATTAATGTAATTTTTAAATTAAATAAACTAGT 5 43 1 CATAGAAGCTTTTTTAAATGAAGCGTTATTAG 5 86 1 AAATGAAGCGTTATTAGCTTATTTTTTAGTAA 5 101 1 TTGGATGTTGTTATTAGATTATACTAGTTGAA 5 160 0 AAATTAAAGCTTTTTAGAACAA 5 190 1 TAAAATCTAATTATTAAATTAAAGT 6 15 1 AAAACTGAGGTTTTTAACTTGTAGCAAACTAA 7 130 0 ACTTTTTTTTTAGATCAATAACAATTAC 8 69 0 CATGTCTTTGTAGCTAATAAAACCTTTC 10 6 1 AGAAGCACCTTTAGTAACATATTTGTCTTGAA 10 35 0 TACCTTAAGATTAGTAAGTAATCCCTTAGAAG 10 62 0 GCTGATCATGTTAGTAATTTAAAGGGCTTGTT 10 139 1 TATTTTCTGTTGTTTAGCATATTATTTTAAGG 11 49 0 ACTCATTATTTTTTTAGATAAATAAGTTCTTA 11 106 0 ATGATTAAATTTATTAACTAGACGAATAAAAA 11 177 1 AAAAAATAGCTGATTAAGTTATTCTTAAGCAT 11 204 1 ATTAGCCGCTTTATTAAGAAAAAAATCATTGG 11 264 1 ******* * ** MAP Score: 23.9118 Motif 2 CTAAGCTTATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAGA 7 99 0 TTAAATAAACTAGTTACTATTAAAACATAGAAGCT 5 61 1 GTAACTAGTTTATTTAATTTAAAAATTACATTAAT 5 43 0 TGAGTAATTGTTATTGATCTAAAAAAAAAGT 8 66 1 AGATAAGAACTTATTTATCTAAAAAAATAATGAGT 11 103 1 AATATGCAACTGCTTGCTATAAAAATATTTTAATT 0 214 0 AAGCTTAGTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTT 7 126 1 TCCCGTTATCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTA 1 58 0 ATATAGAACATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCAC 7 17 1 TTTTAATTGGTGGTAACACTAAAAAAGCCCCTTTT 0 187 0 TCACAACACGTTATTAAACTCAAAATCAGTACCAA 2 87 0 GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTT 9 1 1 CCAATAATTCTAACTTATATTAAAAATATGCAACT 0 238 0 TAATATTTATTGGTCTTTGTCAAAAAATAAG 4 24 1 GTCAAAAATTTCAATAATTTTAAAATTTATATTTT 9 22 0 TTACTAATGCTCATAACGCTAAAAAATCAAATAAT 2 52 0 TTCAGCTGTTTAATTCATATTAAAGCGC 0 282 1 AGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAACGCA 1 147 0 AAGCTAATAACGCTTCATTTAAAAAAGCTTCTATG 5 86 0 ATTAAGACTTTGTTAGATATAAAGATAAGAACTTA 11 81 1 GGGTTTGTCATATTCCTGTTTAAAACTGTTATCAA 2 144 0 AGAATTTTAGTGTCATCAATTAAAACACTCTCAAA 10 193 0 TTTAGAAAAGCAATATCATTTAAAAGTTT 5 4 0 AAAATTACATTAATTGCTTTTAGAAAAGCAATATC 5 22 0 AGACCACCATTAAAAGTTTTTAAAAAAGCCCTAAA 0 154 1 AACCTAACCTTGATCAATTTCAAGAAAATCAAAAG 2 15 1 CATGTCTTTGTAGCTAATAAAACCTTTCAAGA 10 7 1 AAGCGGCTAATTATAACTTTTTAAAGTTCTATTTT 11 240 0 TTGCTTGTTTTTATCTTTGTAAAGAATTTTAGTGT 10 215 0 TACTATAAATAAGAAAAATCCTGAC 1 0 1 * * ** ****** MAP Score: 20.158 Motif 3 TGTTACCACCAATTAAAATATTTTTATAGCAAGCAG 0 204 1 AACTTAGTTAAATTGCTAGGTTTTTATCTAGTTTTA 3 59 1 TCTAAAAGCAATTAATGTAATTTTTAAATTAAATAA 5 33 1 ATGAAGCGTTATTAGCTTATTTTTTAGTAACCTAAT 5 103 1 TTACTTTAATATTTAGTATATTTTAACTTGC 1 154 1 TAAAGCGGCTAATTATAACTTTTTAAAGTTCTATTT 11 241 0 AAAAAGCTTTAATTTGGATGTTGTTATTAGATTATA 5 169 0 AACAGAAAATAATTAAGACTTTGTTAGATATAAAGA 11 70 1 TCATCTGCAAACTCATTATTTTTTTAGATAAATAAG 11 112 0 TATAGCAAGCAGTTGCATATTTTTAATATAAGTTAG 0 228 1 ACAGTCAAAAATTTCAATAATTTTAAAATTTATATT 9 24 0 ACTTTAATTTAATAATTAGATTTTAATACT 6 4 0 AGAATAACTTAATCAGCTATTTTTTATTCGTCTAGT 11 193 0 TAGATAAATAAGTTCTTATCTTTATATCTAACAAAG 11 88 0 GCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTA 7 97 1 CTAAGTCAGGATTTTTCTTATTTATAGTA 1 3 0 ATCAAAAGAAATTATTTGATTTTTTAGCGTTATGAG 2 42 1 TAATTTTAAAATTTATATTTTTATTATTACCAC 9 7 0 TTTATCTACCAAAAAACAGATTTTTAGCTCTGACTT 7 71 1 TTGGGTATTTAAAACTGAGGTTTTTAACTTGTAGCA 7 136 0 GTGATCATTTAATAACCACTTTGTAATTGATAACAG 2 118 1 CACAACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAA 7 49 1 AGTAAACTAAACTAGGCTAATTATTAGGTTACTAAA 5 125 0 GTAAGATTAAAAATTATTAGCAACTTGGT 10 281 0 AAAAGCCCTAAAAAGGGGCTTTTTTAGTGTTACCAC 0 177 1 * ** * ****** MAP Score: 19.6425 Motif 4 TTAAAAGTTTTTAAAAAAGCCCTAAAAAGG 0 163 1 GGTGGTAACACTAAAAAAGCCCCTTTTTAG 0 184 0 AACTTATATTAAAAATATGCAACTGCTTGC 0 232 0 TACTATAAATAAGAAAAATCCTGA 1 4 1 TTTAAATTAAATAAACTAGTTACTATTAAA 5 55 1 AACGCTTCATTTAAAAAAGCTTCTATGTTT 5 83 0 TAGGTTACTAAAAAATAAGCTAATAACGCT 5 107 0 CATATTCCAAATAAAAAAGAGCAGCACAAC 7 25 1 TAGATAAAAAACAAAAAAGCAGCTGTTGTG 7 49 0 TATAAATTTTAAAAATAAGTCAGAGCTAAA 7 93 0 TTTAAAATTTATAAATAAGCTTAGTTTGCT 7 110 1 AATTATAAACAAAAATTAGCACTCAAACAC 8 34 0 TATTGATCTAAAAAAAAAGT 8 77 1 ACCTGCAAAACCAAACAAGCCCTTTAAATT 10 154 0 TTACAAAGATAAAAACAAGCAAGAGGTAGT 10 228 1 ATTTTTTTAGATAAATAAGTTCTTATCTTT 11 101 0 CTAGACGAATAAAAAATAGCTGATTAAGTT 11 194 1 TTAAGCATAGATAAAATAGAACTTTAAAAA 11 228 1 AATCATTGGTCAAAATAAGATTG 11 287 1 ********** MAP Score: 19.0112 Motif 5 GGCTTTTTTAAAAACTTTTAATGGTGGTCTCG 0 152 0 CTTGCTATAAAAATATTTTAATTGGTGGTAAC 0 205 0 CAAGCAGTTGCATATTTTTAATATAAGTTAGA 0 233 1 GATTTTACAAAGAAGTTTTAATTTGGAGCAGA 1 53 1 TTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAACGC 1 148 0 TGTAATTGATAACAGTTTTAAACAGGAATATG 2 139 1 ACAAAGACCAATAAATATTAATATATTCACTT 4 12 0 AGCAATTAATGTAATTTTTAAATTAAATAAAC 5 39 1 AAAAAAGCTTCTATGTTTTAATAGTAACTAGT 5 69 0 TTGTTCTAAAAAGCTTTAATTTGGATGTTG 5 182 0 GTATTAAAATCTAATTATTAAATTAAAGT 6 11 1 AAGCTTATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAG 7 100 0 AGTTAAAAACCTCAGTTTTAAATACCCAAAAC 7 143 1 AACAAACTTTAATTAGCACTTTT 8 1 1 TAATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTGAAA 9 17 1 TGCACAGTCAAAAATTTCAATAATTTTAAAA 9 32 0 CAAGTTGCTAATAATTTTTAATCTTAC 10 283 1 TTATATCTAACAAAGTCTTAATTATTTTCTGT 11 71 0 TAGAACTTTAAAAAGTTATAATTAGCCGCTTT 11 244 1 * ** ******* MAP Score: 17.1578 Motif 6 TAAAATAGAACTTTAAAAAGTTATAATTAGCCGCTT 11 239 1 TATTAGGTTACTAAAAAATAAGCTAATAACGCTTCA 5 104 0 GCTCATAACGCTAAAAAATCAAATAATTTCTTTTGA 2 43 0 GATATTGCTTTTCTAAAAGCAATTAATGTAATTTTT 5 22 1 TTGTTCTAAAAAGCTTTAATTTGGATGTT 5 183 0 TTTAGGGCTTTTTTAAAAACTTTTAATGGTGGTCTC 0 153 0 ATTAATGTAATTTTTAAATTAAATAAACTAGTTACT 5 43 1 CTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAAGCTTAG 7 98 1 GATTTTTTTCTTAATAAAGCGGCTAATTATAACTTT 11 255 0 TTTATCTATGCTTAAGAATAACTTAATCAGCTATTT 11 207 0 AATTAAAACACTCTCAAAATGTGTAACACCTGCAAA 10 175 0 GTCTTTGTAGCTAATAAAACCTTTCAAGACAAATAT 10 13 1 AGAACGATTAAAGAAAGCAGTAATGTTGGGTTT 2 173 0 ATCATTAATTCTGAAAACAAGTTTAACGCCTTAAAA 11 21 1 AAAATATAAATTTTAAAATTATTGAAATTTTTGACT 9 22 1 AAACTAGTTACTATTAAAACATAGAAGCTTTTTTAA 5 67 1 ATTCGTCTAGTTAATAAATTTAATCATCCAATAAGG 11 168 0 CAACTGCTTGCTATAAAAATATTTTAATTGGTGGTA 0 207 0 GCGCTTTAATATGAATTAAACAGCTGAAG 0 281 0 CACTTTGTAATTGATAACAGTTTTAAACAGGAATAT 2 134 1 TCTTTTGATTTTCTTGAAATTGATCAAGGTTAGGTT 2 15 0 AAACTACACCCCCTAAAACTAGATAAAAACCTAGCA 3 72 0 ** ***** *** MAP Score: 15.636 Motif 7 AGGGAAGGCCAATTTATGATAAAAACTTAGTTAAATTGCTAGG 3 36 1 ACTTTGTTAGATATAAAGATAAGAACTTATTTATCTAAAAAAA 11 87 1 GCTAAACAACAGAAAATAATTAAGACTTTGTTAGATATAAAGA 11 63 1 TATTAACTAGACGAATAAAAAATAGCTGATTAAGTTATTCTTA 11 188 1 ACGTGTTGTGATCATTTAATAACCACTTTGTAATTGATAACAG 2 111 1 TTCTTAATAAAGCGGCTAATTATAACTTTTTAAAGTTCTATTT 11 241 0 GTTATGTTCTACCATTGAACTATATCTGCGTTGTTACTTTAAT 1 121 1 TTGTGTGCAAACAGATCAACTACCTCTTGCTTGTTTTTATCTT 10 233 0 CAAATAAAAAAGAGCAGCACAACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTA 7 32 1 GTTACTAAAAAATAAGCTAATAACGCTTCATTTAAAAAAGCTT 5 91 0 GAATATGACAAACCCAACATTACTGCTTTCTTTAATCGTTCT 2 164 1 TACTATAAATAAGAAAAATCCTGACTTAGTTGATACCA 1 5 1 TCTAATAACAACATCCAAATTAAAGCTTTTTAGAACAA 5 174 1 TTTTTAAAAAAGCCCTAAAAAGGGGCTTTTTTAGTGTTACCAC 0 170 1 AGCTGAAGACACTATACCAATAATTCTAACTTATATTAAAAAT 0 246 0 GAGTGCTAATTTTTGTTTATAATTACTGAGTAATTGTTATTGA 8 40 1 CGTTATCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTAAAATCCTGATT 1 47 0 TTAGTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTTTTAAATACCCAAA 7 130 1 TCTACCAAAAAACAGATTTTTAGCTCTGACTTATTTTTAAAAT 7 75 1 AAAAGCTTCTATGTTTTAATAGTAACTAGTTTATTTAATTTAA 5 56 0 * * ** *** *** MAP Score: 12.8787 Motif 8 CTGCCCGAGACCACCATTAAAAGTTTTTAAAA 0 147 1 TTTAGTGTTACCACCAATTAAAATATTTTTAT 0 199 1 CCGTTATCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGT 1 59 0 AGGTTATGTTCTACCATTGAACTATATCTGCG 1 119 1 GACTGTTGTTCTACCACTAAACTACACCCCCT 3 94 0 TGTTTTTTATCTACCAAAAAACAGATTTTTAG 7 66 1 GCTTAGTTTGCTACAAGTTAAAAACCTCAGTT 7 128 1 ****** * *** MAP Score: 4.66805