AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons004_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238152
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG018	188	ATP-dependent RNA helicase, putative
#1	MG019	41	heat shock protein (dnaJ)
#2	MG022	29	DNA-directed RNA polymerase, subunit delta (rpoE)
#3	MG077	233	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB)
#4	MG081	55	ribosomal protein L11 (rpl11)
#5	MG227	300	thymidylate synthase (thyA)
#6	MG232	92	ribosomal protein L21 (rpL21)
#7	MG267	33	conserved hypothetical protein
#8	MG268	150	conserved hypothetical protein
#9	MG335.1	58	M. genitalium predicted coding region MG335.1
#10	MG345	43	isoleucyl-tRNA synthetase (ileS)
#11	MG384.1	170	conserved hypothetical protein
#12	MG393	125	heat shock protein (groES)

Motif 1
CAAATTGCGCTTTTTAAAACTGTTTTTGATGATTA	0	141	1
TATTTTGTTTTTTTAATAAACATTTTAACAGTCAC	5	230	0
TTTTACTTTCTTTTAAATTAGTTTTTAATTATTAA	12	88	1
ACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA     	3	213	1
          TTTTGAATTATTTTTTCAAGTCAAA	11	0	1
AATCAGAGTAATTTTATTAATATTTATCTAACTTA	10	16	0
CGATTATTTAATTTTATAAGACTTTTAAAATGTTT	9	15	1
AGCTCCCACATTTTTGGAAAATTTTAAA       	4	3	0
TTATCTTTTGATTTGAATTCTTTTTGGTGAAATCA	11	98	1
TTTTAGTTTTTATTTATTATCTTTTGATTTGAATT	11	82	1
TCTCACTAAATATTAATTAATGTTTAGCGCTAATA	12	33	1
TAATAGGAAGTTTTAGTTTCTTTTTAGTTTTTATT	11	61	1
TATCAGATAAATTTAAGATAACTTTTACTTTCTTT	12	66	1
TAACCCAACATATTAAAAAGTGTTTAT        	8	133	1
CTAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAA	3	10	1
GGTTTTAGTTTTTTTATTTGACTTGAAAAAATAAT	11	16	0
TAGTTTTTAATTATTAAAATATTTTTATT      	12	106	1
CAAATAGATTATTTAAGAAGATTTGAAAACATTCC	0	90	1
TGGTGAAATCAATTTACTAGGCTTTAATTTTTTAA	11	122	1
     TGTAGTTTTCAGTAAGTTATTTCAATTATA	7	13	0
AGTGACTTTATTATCAGAAGAATTGGGATTAAACG	5	125	0
ATTTAGTGAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA 	12	9	0
  GATTTAAATAATTGTTAGAATTTAGAACCATCA	8	8	1
TTCTTATCTTTAATGGGAATGTTTTCAAATCTTCT	0	105	0
CTTAGAGTGTTAATTATAATTCTTGCT        	1	2	0
          **** * **   ***
MAP Score: 26.9743

Motif 2
GTTGAAGTTTGATGTATTAGTTTTTTGAG     	0	5	0
AACTTCAACCGTTTACTTTTTTATGAACAAGCAC	0	30	1
CTGCTAAATCAATGGTTTTGTAATCATCAAAAAC	0	162	0
TCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCA	3	17	1
CTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGAT	3	77	1
TTCAAATGAAGTTGGATTATAAATCCTGCTTTAT	3	94	1
AAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGT	3	207	1
CGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAACATTTTA	5	238	0
TCTCAAAACCGTTGCCTTTCTAATTTATATATTA	6	66	0
CAGTGAGTGTGATGGTTTTTTATTAAAAATAAAC	8	97	1
    TAATTCGATTATTTAATTTTATAAGACTTT	9	6	1
CTTTTAAAATGTTTAATTATTAATATATAGCT  	9	36	1
AATCAGAGTAATTTTATTAATATTTATCTAACTT	10	17	0
         TTTTGAATTATTTTTTCAAGTCAAA	11	1	1
AATTAGGGGTTTTAGTTTTTTTATTTGACTTGAA	11	24	0
TAATAGGAAGTTTTAGTTTCTTTTTAGTTTTTAT	11	61	1
TTCTTTTTAGTTTTTATTTATTATCTTTTGATTT	11	78	1
ATTTATTATCTTTTGATTTGAATTCTTTTTGGTG	11	93	1
TTTACTAGGCTTTAATTTTTTAATTGCAGCACAA	11	134	1
GTGAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA     	12	5	0
GAAAGTAAAAGTTATCTTAAATTTATCTGATATT	12	64	0
TTAAGATAACTTTTACTTTCTTTTAAATTAGTTT	12	78	1
CTTTCTTTTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATA	12	93	1
          ***   *** ****
MAP Score: 26.5489

Motif 3
GTGAGTGTGATGGTTTTTTATTAAAAATAAACC	8	99	1
TAGGAAGTTTTAGTTTCTTTTTAGTTTTTATTT	11	64	1
ACTTTTAAAATGTTTAATTATTAATATATAGCT	9	35	1
TTTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATTTTT	12	99	1
TTCTTTTTAGTTTTTATTTATTATCTTTTGATT	11	78	1
TAGTGAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA  	12	8	0
  TAATTCGATTATTTAATTTTATAAGACTTTT	9	8	1
TTCAACCGTTTACTTTTTTATGAACAAGCACTA	0	33	1
GGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA      	3	216	1
CAGAGTAATTTTATTAATATTTATCTAACTTAC	10	15	0
CGCTAAACATTAATTAATATTTAGTGAGATATT	12	29	0
GGGGTTTTAGTTTTTTTATTTGACTTGAAAAAA	11	20	0
TTATTTATTATCTTTTGATTTGAATTCTTTTTG	11	91	1
AACTTTTACTTTCTTTTAAATTAGTTTTTAATT	12	85	1
CTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAACATTTTAA	5	237	0
GTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAA	3	19	1
ATTTAAATAATTGTTAGAATTTAGAACCATCAC	8	11	1
AATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGATTA	3	80	1
ATTTAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAAC	3	144	1
          *  *** ******
MAP Score: 21.1038

Motif 4
CTTCAACCGTTTACTTTTTTATGAACAAGCACTACAA	0	32	1
TTATTTCAAATAGATTATTTAAGAAGATTTGAAAACA	0	84	1
GCTTTTTAAAACTGTTTTTGATGATTACAAAACCATT	0	149	1
CGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAA	3	18	1
TATCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGG	3	72	1
AAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA  	3	208	1
CCACCTTGAGTGACTTTATTATCAGAAGAATTGGGAT	5	131	0
CTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAACATTTTAACAGT	5	233	0
TTGTTAGAATTACTTGTTTTAAAACTATCTTAATCCC	6	29	1
TCAAAACCGTTGCCTTTCTAATTTATATATTAGGGAT	6	61	0
ATAATTGAAATAACTTACTGAAAACTACA        	7	14	1
AGTGAGTGTGATGGTTTTTTATTAAAAATAAACCTTA	8	98	1
      TAATTCGATTATTTAATTTTATAAGACTTTT	9	4	1
TAAGACTTTTAAAATGTTTAATTATTAATATATAGCT	9	31	1
AAATCAGAGTAATTTTATTAATATTTATCTAACTTAC	10	15	0
   TTTTGAATTATTTTTTCAAGTCAAATAAAAAAAC	11	7	1
GAAGTTTTAGTTTCTTTTTAGTTTTTATTTATTATCT	11	67	1
TTTTTATTTATTATCTTTTGATTTGAATTCTTTTTGG	11	88	1
TTACTAGGCTTTAATTTTTTAATTGCAGCACAAAACA	11	135	1
TGAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA         	12	1	0
TTCTTTTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATTTTT	12	95	1
          *   ***** ** *  *
MAP Score: 18.011