AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MG/MG_operons004_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238163 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG014 239 ABC transporter, ATP-binding protein #1 MG015 46 ABC transporter, ATP-binding protein #2 MG017 65 ATP-dependent RNA helicase, putative #3 MG018 188 ATP-dependent RNA helicase, putative #4 MG019 41 heat shock protein (dnaJ) #5 MG022 29 DNA-directed RNA polymerase, subunit delta (rpoE) #6 MG077 233 oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB) #7 MG081 55 ribosomal protein L11 (rpl11) #8 MG227 300 thymidylate synthase (thyA) #9 MG232 92 ribosomal protein L21 (rpL21) #10 MG267 33 conserved hypothetical protein #11 MG268 150 conserved hypothetical protein #12 MG269 300 conserved hypothetical protein #13 MG335.1 58 M. genitalium predicted coding region MG335.1 #14 MG345 43 isoleucyl-tRNA synthetase (ileS) #15 MG384.1 170 conserved hypothetical protein #16 MG386 286 protein P200 #17 MG388 142 conserved hypothetical protein #18 MG390 107 ABC transporter, ATP-binding protein #19 MG393 125 heat shock protein (groES) #20 MG395 300 putative lipoprotein Motif 1 CCCCTCGAATTTTAACAGTTTTTATAATCAAAAC 0 205 1 CTAGTTTTGTTTTAGCAATCTTTAGTTTTGTTAG 12 196 1 TCAGAGTAATTTTATTAATATTTATCTAACTTAC 14 15 0 CACTGATAAATTTAATTATTTTTATTCTGCTTAG 20 179 0 AGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA 6 215 1 TTTATAAGACTTTTAAAATGTTTAATTATTAATA 13 27 1 TCACTAAATATTAATTAATGTTTAGCGCTAATAT 19 35 1 ACCCAACATATTAAAAAGTGTTTAT 11 135 1 GTTAGTGATCTTAACAACTATTTACTAGATCCTA 12 62 1 TAAATAGATTTTAATTACTATTTATATTAATTTA 16 163 0 CAATTAGGGGTTTTAGTTTTTTTATTTGACTTGA 15 25 0 TTTTTAATTATTAAAATATTTTTATT 19 109 1 AATTGCGCTTTTTAAAACTGTTTTTGATGATTAC 3 143 1 AATTTTTGATTTTATAACTATTTTTCTTTTGCAA 16 95 1 ATAAATTTAATAGTGTTGAAAGACAAACA 2 5 1 GTGAAATCAATTTACTAGGCTTTAATTTTTTAAT 15 124 1 TATTTTCATTTTTAACTTTTTTGATGGTTGCATT 20 95 1 TAATTAAAGGTTTTGAAATATTTTTGTATTAAA 20 277 1 TTTTGAATTATTTTTTCAAGTCAA 15 0 1 AATCTTTAGTTTTGTTAGTGTTTATGTTAGACAC 12 212 1 TTAAGATAACTTTTACTTTCTTTTAAATTAGTTT 19 78 1 TAAAACCGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAAC 8 244 0 TAATAGGAAGTTTTAGTTTCTTTTTAGTTTTTAT 15 61 1 TATAGCTAACTTTTGTTATCTTGATATTAAAAAT 16 209 1 ATATGTTGGGTTAAGGTTTATTTTTAATAAAAAA 11 112 0 TTTTTTCCTCTTTACTAGTTTTGTTTTAGCAATC 12 182 1 ACGGGATTAATTTTTTTGGTTTTAATTTAGTTAG 20 38 1 GTTCTAAATTCTAACAATTATTTAAATC 11 4 0 ATTAATTTATTTAATGTAGATTTAATAGTGTTTC 16 138 0 ATATTAGGGATTAAGATAGTTTTAAAACAAGTAA 9 38 0 AAGACAAACATTATTAATTTTTGATCAGCTAAAT 2 29 1 TTGCTTTGTTTTATTTAGCTGATCAAA 2 48 0 TAGTTTTTATTTATTATCTTTTGATTTGAATTCT 15 85 1 TAATTAAAATCTATTTATTTTTTAGCATATATAG 16 180 1 TCGACTCCTGCTTGGTAATTTTTACCAAAAAAGC 17 36 0 TAACTTTTCATTAGCAATTTTTTTAAAACTAACT 12 112 0 **** * * **** MAP Score: 41.5169 Motif 2 GCTTGTTCATAAAAAAGTAAACGGTTGAAGT 3 31 0 AAGTCAAATAAAAAAACTAAAACCCCTAATT 15 27 1 TGCTGCAATTAAAAAATTAAAGCCTAGTAAA 15 134 0 GAAGCTAATGAAAAAACTAATGAAAGCAAAT 20 126 0 CTCAAAAAACTAATACATCAAACT 3 3 1 ATTAAAACCAAAAAAATTAATCCCGTTAGAA 20 33 0 AGATAATAAATAAAAACTAAAAAGAAACTAA 15 73 0 CTATATATGCTAAAAAATAAATAGATTTTAA 16 183 0 TTTTAATAATTAAAAACTAATTTAAAAGAAA 19 94 0 AAAAACTAAAAAGAAACTAAAACTTCCTATT 15 62 0 ACTAATTTAAAAGAAAGTAAAAGTTATCTTA 19 79 0 GCAACCATCAAAAAAGTTAAAAATGAAAATA 20 95 0 TAAAAGTCTTATAAAATTAAATAATCGAATT 13 11 0 ACTAAGCAGAATAAAAATAATTAAATTTATC 20 178 1 ATAAACACTAACAAAACTAAAGATTGCTAAA 12 206 0 TTTAGCTGATCAAAAATTAATAATGTTTGTC 2 31 0 GTTATAAAATCAAAAATTAATCACTTTAATT 16 82 0 TTTGAACAGGAAACAATTAAAAGCGCAAATT 17 120 0 ATTTTTAAAAGCTAAAAATTATTTGT 16 5 1 GATAGTTTTAAAACAAGTAATTCTAACAAAT 9 27 0 TGGTTTTTTATTAAAAATAAACCTTAACCCA 11 109 1 GTTTTATTAGTTAAAAATAAAGTTACTTA 18 8 0 TTTGTATTTAAAAATTAACAATATCTCAC 19 8 1 GGCTTTAGCTTCAAAAATAATTGAGTTCATC 20 217 0 AATTAAAAAGAAGAAGCTAATGAAAAAACTA 20 138 0 TAATTCTCTAAAGAAGCTAATGATAGCATCA 12 272 0 GAATTCAAATCAAAAGATAATAAATAAAAAC 15 87 0 AATGTTTATTAAAAAAACAAAATAAAAAGCG 8 241 1 ATTATTTTATAAAAAAATGATACTAATAACG 6 18 0 GTTACCTGAAACAAAAGTAACCAGCTTCTAA 6 146 0 TTTATAATCAAAACAGCTAATTTT 0 225 1 TCAAATTTTTTTGAAATTAAAGTGATTAATT 16 68 1 TTGGAATGGGTTGAAAGTAAAGTTAGTGATC 12 41 1 ATCTACATTAAATAAATTAATATAAATAGTA 16 151 1 AGCAATTTTTTTAAAACTAACTACATCACTA 12 103 0 TTAGTTTTAGATGCAATTAAAAAGAAGAAGC 20 152 0 ****** **** MAP Score: 37.1513 Motif 3 AAAATTAGCTGTTTTGATTATAAAAACTGTTAA 0 216 0 TTAGCAATCTTTAGTTTTGTTAGTGTTTATGTTAGACAC 12 207 1 CTAAAAATTATTTGTTCTGTTGTTAATAAAATGTAAAGC 16 21 1 ATAGCTAACTTTTGTTATCTTGATATTAAAAATTACAAT 16 210 1 AGCCACCACCTTGAGTGACTTTATTATCAGAAGAATTGG 8 134 0 TGCATTTGCTTTCATTAGTTTTTTCATTAGCTTCTTCTT 20 123 1 AATTTGCGCTTTTAATTGTTTCCTGTTCAAAA 17 120 1 TTACTTTCTTTTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATT 19 90 1 TCTAACGGGATTAATTTTTTTGGTTTTAATTTAGTTAGT 20 34 1 TAATGAAAAGTTAGATTTGTTTGTTAAAAACCATGGCAA 12 133 1 CGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAACATTTTAACAGT 8 233 0 TGTCAGTGAGTGTGATGGTTTTTTATTAAAAATAAACCT 11 94 1 ATTGCGCTTTTTAAAACTGTTTTTGATGATTACAAAACC 3 144 1 GTAGTTAGTTTTAAAAAAATTGCTAATGAAAAGTTAGAT 12 110 1 TATAAGACTTTTAAAATGTTTAATTATTAATATATAGCT 13 29 1 ACTATTTATATTAATTTATTTAATGTAGATTTAATAGTG 16 142 0 AATAATCTATTTGAAATAATTCTTCATAAAACCTTTGTA 3 64 0 TTAAAGGTTTTGAAATATTTTTGTATTAAA 20 280 1 AGTGAAAAGATGAACTCAATTATTTTTGAAGCTAAAGCC 20 209 1 TAATTCGATTATTTAATTTTATAAGACTTTTA 13 3 1 ACGGTTGAAGTTTGATGTATTAGTTTTTTGAG 3 3 0 GTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAA 6 13 1 CTTTATAATTGAAATAACTTACTGAAAACTACA 10 9 1 CCAAGTTAGCTTGGTTATATTGAAATTCACTTTTA 12 6 0 CTTTTTAGTTTTTATTTATTATCTTTTGATTTGAATTCT 15 80 1 TTTTGAATTATTTTTTCAAGTCAAATAAAAA 15 2 1 ** * * ** * ** * MAP Score: 29.0878 Motif 4 TTAACTAATTATTATAACAATTTTAATTTAACCAAAATA 0 166 1 AAAACCAAGTTCTTGAAAGATTTTAAAGAGATTAATTAC 1 13 1 GCTGATCAAAAATTAATAATGTTTGTCTTTCAACACTAT 2 19 0 ATGAACAAGCACTACAAAGGTTTTATGAAGAATTATTTC 3 52 1 TCTTATCTTTAATGGGAATGTTTTCAAATCTTCTTAAAT 3 100 0 GAAAAGTAGTATTAGAATTTTATTGATTT 5 7 1 AATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGA 6 15 1 TATCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGAT 6 72 1 GTGGGTGTTTATACCTAACTTTTCACCTGACATCTGAA 8 9 1 AAAACCGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAACATTTTA 8 238 0 CTTGTCAGTGAGTGTGATGGTTTTTTATTAAAAATAAAC 11 92 1 CTAACTTTTCATTAGCAATTTTTTTAAAACTAACTACAT 12 108 0 ACGGGAGTTTATTGCCATGGTTTTTAACAAACAAATCTA 12 144 0 ATTATTTAATTTTATAAGACTTTTAAAATGTTTAATTAT 13 17 1 TTTTGAATTATTTTTTCAAGTCAAATAAA 15 0 1 TAATAGGAAGTTTTAGTTTCTTTTTAGTTTTTATTTATT 15 61 1 TTTAGTTTTTATTTATTATCTTTTGATTTGAATTCTTTT 15 83 1 CAGAACAAATAATTTTTAGCTTTTAAAAAT 16 1 0 AAGCTTTAGCTGTCAAATTTTTTTGAAATTAAAGTGATT 16 56 1 TTGAAATTAAAGTGATTAATTTTTGATTTTATAACTATT 16 78 1 TTTAATGTAGATTTAATAGTGTTTCAGCTTCTTTTTGCA 16 124 0 TATGCTAAAAAATAAATAGATTTTAATTACTATTTATAT 16 170 0 TTTTAGCATATATAGCTAACTTTTGTTATCTTGATATTA 16 199 1 TAAGTAACTTTATTTTTAACTAATAAAACAG 18 2 1 ACAGCTTACAAATTTGTCATTTTTCACTTTTCATTGCTA 18 56 1 TTTAGTGAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA 19 4 0 TTAAGATAACTTTTACTTTCTTTTAAATTAGTTTTTAAT 19 78 1 AATAAAAATATTTTAATAATTAAAAACTA 19 106 0 AACGGGATTAATTTTTTTGGTTTTAATTTAGTTAGTTTA 20 37 1 CTGAGTCAATAGTAGTTCTATTTTCATTTTTAACTTTTT 20 77 1 TCACTGATAAATTTAATTATTTTTATTCTGCTTAGTTTT 20 175 0 AATTAAAGGTTTTGAAATATTTTTGTATTAAA 20 278 1 * * * * **** * * MAP Score: 27.4939 Motif 5 AATTGTTATAATAATTAGTTAAATACCCTTAGGA 0 154 0 GTGTTGAAAGACAAACATTATTAATTTTTGATCA 2 22 1 TTTTTTATGAACAAGCACTACAAAGGTTTTATGA 3 46 1 GGTTTTATGAAGAATTATTTCAAATAGATTATTT 3 70 1 TGTAATCATCAAAAACAGTTTTAAAAAGCGCAAT 3 144 0 TATTTTATAAAAAAATGATACTAATAACGATTAC 6 13 0 TGTTTTTTTAATAAACATTTTAACAGTCACTGGT 8 226 0 TGTTTATTAAAAAAACAAAATAAAAAGCGGTTTT 8 243 1 TAGTTTTAAAACAAGTAATTCTAACAAATTCTAA 9 22 0 CTAAATTCTAACAATTATTTAAATC 11 1 0 ATGGTTTTTAACAAACAAATCTAACTTTTCATTA 12 133 0 ATATTAATAATTAAACATTTTAAAAGTCTTATAA 13 28 0 TGTAAGTTAGATAAATATTAATAAAATTACTCTG 14 14 1 TTTGACTTGAAAAAATAATTCAAAA 15 1 0 TGATTTCACCAAAAAGAATTCAAATCAAAAGATA 15 99 0 AAATCAAAAATTAATCACTTTAATTTCAAAAAAA 16 73 0 TTTGCAAAAGAAAAATAGTTATAAAATCAAAAAT 16 96 0 AAAAAGAAGCTGAAACACTATTAAATCTACATTA 16 127 1 CTACATTAAATAAATTAATATAAATAGTAATTAA 16 153 1 TTTTTACCAAAAAAGCGCTTAAAAAGGCGGCTTG 17 18 0 CCAAATTATTAAAAGCAGTTTAAACCTATCGTTT 17 79 1 TTTTGAACAGGAAACAATTAAAAGCGCAAATTC 17 119 0 GTAAGCTGTTACAAACACTACAAACTGTTTTATT 18 31 0 TTAATAATTAAAAACTAATTTAAAAGAAAGTAAA 19 89 0 AATAAAAATATTTTAATAATTAAAAAC 19 108 0 TAACTAAATTAAAACCAAAAAAATTAATCCCGTT 20 37 0 TAAGCAGAATAAAAATAATTAAATTTATCAGTGA 20 180 1 AATGAAGTTAAGAAGCACTTGTTAAACTTAGGCT 20 244 0 TTTAATACAAAAATATTTCAAAACCTTTAATT 20 278 0 * ** ** ** *** MAP Score: 26.5709 Motif 6 TAAGGTTTATTTTTAATAAAAAACCATCACACTCAC 11 99 0 AAATTGTAATTTTTAATATCAAGATAACAAAAGTTA 16 215 0 TTTAAACTGCTTTTAATAATTTGGAAACAAAGTTCG 17 67 0 AATAAAAATATTTTAATAATTAAAAACTAATTTAAA 19 99 0 AGCTATATATTAATAATTAAACATTTTAAAAGT 13 35 0 AGAGTAATTTTATTAATATTTATCTAACTTACATCT 14 11 0 TGTTTTGTCTTATTAATAGCAATGAAAAGTGAAAAA 18 75 0 GGCTTTAATTTTTTAATTGCAGCACAAAACAGAACA 15 141 1 ATTTTTAAAAGCTAAAAATTATTTGTTC 16 2 1 ATTATAACAATTTTAATTTAACCAAAATACCCCTCG 0 176 1 AATAAATAGATTTTAATTACTATTTATATTAATTTA 16 163 0 GAATTACTTGTTTTAAAACTATCTTAATCCCTAATA 9 35 1 AGCTTCTTCTTTTTAATTGCATCTAAAACTAAGCAG 20 151 1 TTAAAATGTTTATTAAAAAAACAAAATAAAAAGCGG 8 237 1 TAACCCAACATATTAAAAAGTGTTTAT 11 133 1 TCTCACTAAATATTAATTAATGTTTAGCGCTAATAT 19 33 1 AGACAAACATTATTAATTTTTGATCAGCTAAATAAA 2 30 1 GCTGAAACACTATTAAATCTACATTAAATAAATTAA 16 135 1 TTTGTTCTGTTGTTAATAAAATGTAAAGCTTTAGCT 16 31 1 ATTAAAATTGTTATAATAATTAGTTAAATACCCTTA 0 157 0 AGTGAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA 19 4 0 CTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAATAACGA 6 17 0 TTTAAAAGTCTTATAAAATTAAATAATCGAATTA 13 8 0 GCTGTTTTGATTATAAAAACTGTTAAAATTCGAGGG 0 206 0 ACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA 6 213 1 ATTAGCAATTTTTTTAAAACTAACTACATCACTAAA 12 101 0 GGTTTTAGTTTTTTTATTTGACTTGAAAAAATAATT 15 15 0 AATTAAAATCTATTTATTTTTTAGCATATATAGCTA 16 181 1 AATCAAAAGATAATAAATAAAAACTAAAAAGAAACT 15 75 0 ******** * * MAP Score: 26.3413