AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons005_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238185
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG077	233	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB)
#1	MG081	55	ribosomal protein L11 (rpl11)
#2	MG087	28	ribosomal protein S12 (rpS12)
#3	MG090	51	ribosomal protein S6 (rpS6)
#4	MG094	49	replicative DNA helicase (dnaB)
#5	MG096	182	conserved hypothetical protein
#6	MG097	56	uracil DNA glycosylase (ung)
#7	MG104	257	virulence-associated protein homolog (vacB)

Motif 1
 CTAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAA	0	9	1
GCACATGATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTTT	0	60	1
GATTTAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAACCA	0	143	1
TTTGTTTCAGGTAACCAGTACCATTTCCAAAAAACT	0	162	1
AACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA     	0	212	1
AAATATAACTTTACTCAATGAGTTTTTCCAAAAAGT	3	21	1
     CAATTTTAGCCATTCAGTTTTGAAAAGAAAA	5	5	1
AATGGTAAAATTATTCATTAAACTTTCCTTGTTAGT	5	50	1
GTTAGTTGTAGTTTTCAATACTGTTTGTATTTCGAA	5	80	1
TTAAAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCA	5	148	1
TAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTTTACCTAGATAA	6	15	1
TGTTATCTGTTTAATTATTGGACTTTTGCTTTCTAA	7	66	1
TAATTCTTGGGTTGATATTTAGTTTTGCACCAAGAT	7	227	1
          *** *** *    ***
MAP Score: 15.0319

Motif 2
ATAGTAATGTTCATTATGGCTGTTATCTGTTTAATTATTGGACT	7	46	1
ATTATCATGTTTATCTTAGTAGTTTTATTTTTAATTCTTGGGTT	7	196	1
ATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCATAAATTGT     	5	153	1
       AAATAAACTTTAAATTTATCTAGGTAAAAGTAACTGA	6	29	0
CAATACTGTTTGTATTTCGAAGTTCATTTTAAAAAATTCGTAGT	5	95	1
GCACGTTCAATGTTGCTATCATTTGCATATTTAAAA        	4	2	0
AATTTTACCATTAATTTAAACTTTTCTTTTCAAAACTGAATGGC	5	18	0
TAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAA	0	11	1
GATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGA	0	66	1
CCTGTTTTTTTCAGGTTCTCAGTTTTTTGGAAATGGTACTGGTT	0	174	0
ACTCATTGAGTAAAGTTATATTTTTATTAAGTAT          	3	0	0
AAACTACAACTAACAAGGAAAGTTTAATGAATAATTTTACCATT	5	50	0
AAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA          	0	209	1
          * *   *    ***   *   ***
MAP Score: 12.4407

Motif 3
TTTTTTTATAAAATAATCAAGAACATCAGCACATGA	0	32	1
ACTTCATTTGAAACCAAACATAAATTTAGTGATAAA	0	70	0
TACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCTGAAAAAAACA	0	180	1
ACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTTTTTTTCA	0	205	0
    ATACTTAATAAAAATATAACTTTACTCAATGA	3	6	1
ATGCAAATGATAGCAACATTGAACGTGCTGAAAGAC	4	18	1
CAGTTTTGAAAAGAAAAGTTTAAATTAATGGTAAAA	5	24	1
TGAAAACTACAACTAACAAGGAAAGTTTAATGAATA	5	61	0
AATTTTTTAAAATGAACTTCGAAATACAAACAGTAT	5	97	0
CAATTTATGAAATTAAAAAAGACAATTAAATAACAT	5	155	0
          AAATAAACTTTAAATTTATCTAGGTA	6	40	0
TCAACCCAAGAATTAAAAATAAAACTACTAAGATAA	7	206	0
          **  ***   **** *
MAP Score: 11.7593

Motif 4
GTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAA	0	13	1
GAAGTTGGATTATAAATCCTGCTTTATTGTAATCA	0	101	1
TCCTGCTTTATTGTAATCATGCTTTAGATTTAGAA	0	117	1
  ATACTTAATAAAAATATAACTTTACTCAATGAG	3	8	1
TCAATGAGTTTTTCCAAAAAGTTTTT         	3	35	1
    CAATTTTAGCCATTCAGTTTTGAAAAGAAAA	5	6	1
TACCATTAATTTAAACTTTTCTTTTCAAAACTGAA	5	22	0
ATGGTAAAATTATTCATTAAACTTTCCTTGTTAGT	5	51	1
AAAAAATTCGTAGTTCTAGATCTTTAAAATATGTT	5	125	1
AAAAGACAATTAAATAACATATTTTAAAGATCTAG	5	140	0
TAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTTTACCTAGATA	6	15	1
GATGCATTGCTTGTGAACTAATTTTAAA       	7	3	0
TGTTTAATTATTGGACTTTTGCTTTCTAACCATGG	7	73	1
ATGTTTATCTTAGTAGTTTTATTTTTAATTCTTGG	7	202	1
AATTCTTGGGTTGATATTTAGTTTTGCACCAAGAT	7	228	1
          ***  **  * ****
MAP Score: 10.0487

Motif 5
TAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAA	0	24	1
AACCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACC	0	174	1
AAAACTGAGAACCTGAAAAAAACAGGTTCTT	0	192	1
    TTTAAAATTTTCCAAAAATGTGGGAGC	1	6	1
AACTGAAGTATTCTAACAAAAT         	2	1	0
        ATACTTAATAAAAATATAACTTT	3	2	1
ACTCAATGAGTTTTTCCAAAAAGTTTTT   	3	33	1
TTTAAACTTTTCTTTTCAAAACTGAATGGCT	5	17	0
TTCGAAGTTCATTTTAAAAAATTCGTAGTTC	5	110	1
TAGTTCTAGATCTTTAAAATATGTTATTTAA	5	135	1
ATCTGTAAGATCTTTACAAAACCCCTATCTT	7	167	0
          **** ******
MAP Score: 7.7375

Motif 6
AAATAGTAATGTTCATTATGGCTGTTATCTGTTTAATTAT	7	44	1
TTTAAAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCATAA	5	147	1
CTTTCAGCACGTTCAATGTTGCTATCATTTGCATATTTAA	4	12	0
AAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA    	0	207	1
 CTAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAAT	0	9	1
ATCATGTGCTGATGTTCTTGATTATTTTATAAAAAAATGA	0	29	0
ATTGAGTAAAGTTATATTTTTATTAAGTAT          	3	0	0
AAAATTCGTAGTTCTAGATCTTTAAAATATGTTATTTAAT	5	127	1
AGATTATCATGTTTATCTTAGTAGTTTTATTTTTAATTCT	7	194	1
TTCCTTGTTAGTTGTAGTTTTCAATACTGTTTGTATTTCG	5	74	1
CTATTAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTTTACCTAGATAA	6	11	1
TAATTTTACCATTAATTTAAACTTTTCTTTTCAAAACTGA	5	23	0
TTATCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGAT	0	71	1
          *** **  *   * *  * *
MAP Score: 5.2839

Motif 7
AACTCATTGAGTAAAGTTATATTTTTATTAA	3	14	0
TAGGGGTTTTGTAAAGATCTTACAGATTATC	7	171	1
CTAGATAAATTTAAAGTTTATTT        	6	43	1
AATCCAAATAGTAATGTTCATTATGGCTGTT	7	39	1
GTTTTGAAAAGAAAAGTTTAAATTAATGGTA	5	26	1
TAAATTAATGGTAAAATTATTCATTAAACTT	5	44	1
ATAACATATTTTAAAGATCTAGAACTACGAA	5	131	0
AAATTTAGTGATAAAGATCATGTGCTGATGT	0	54	0
GAGTTTTTCCAAAAAGTTTTT          	3	40	1
CAACTAACAAGGAAAGTTTAATGAATAATTT	5	57	0
          ******** **
MAP Score: 2.97324

Motif 8
GCTTTAGATTTAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAACCA	0	137	1
GAGAACCTGAAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAG	0	198	1
TTTTACCATTAATTTAAACTTTTCTTTTCAAAACTGAATGGC	5	18	0
TATTCATTAAACTTTCCTTGTTAGTTGTAGTTTTCAATACTG	5	61	1
ATACTGTTTGTATTTCGAAGTTCATTTTAAAAAATTCGTAGT	5	97	1
AGATCTTTAAAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCA	5	142	1
ATTAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTTTACCTAGATAAATTT	6	13	1
ATCCAATCCAAATAGTAATGTTCATTATGGCTGTTATCTGTT	7	35	1
TCATTATGGCTGTTATCTGTTTAATTATTGGACTTTTGCTTT	7	56	1
ATCATGTTTATCTTAGTAGTTTTATTTTTAATTCTTGGGTTG	7	199	1
          * **     ***  ** *   *
MAP Score: 2.38959