AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons005_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238200
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG077	233	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB)
#1	MG081	55	ribosomal protein L11 (rpl11)
#2	MG087	28	ribosomal protein S12 (rpS12)
#3	MG090	51	ribosomal protein S6 (rpS6)
#4	MG094	49	replicative DNA helicase (dnaB)
#5	MG096	182	conserved hypothetical protein
#6	MG097	56	uracil DNA glycosylase (ung)
#7	MG098	99	Glu-tRNA amidotransferase subunit gatC-related protein
#8	MG104	257	virulence-associated protein homolog (vacB)

Motif 1
 CTAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAA	0	9	1
GCACATGATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTTT	0	60	1
TTTGTTTCAGGTAACCAGTACCATTTCCAAAAAACT	0	162	1
AACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA     	0	212	1
AAATATAACTTTACTCAATGAGTTTTTCCAAAAAGT	3	21	1
     CAATTTTAGCCATTCAGTTTTGAAAAGAAAA	5	5	1
AATGGTAAAATTATTCATTAAACTTTCCTTGTTAGT	5	50	1
GTTAGTTGTAGTTTTCAATACTGTTTGTATTTCGAA	5	80	1
TTAAAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCA	5	148	1
TAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTTTACCTAGATAA	6	15	1
TAATAATCACTTAGTTAAATAATTTTACAAGGTTGT	7	57	0
TAAGTGATTATTACTTAATTGCACTTTAG       	7	80	1
TGTTATCTGTTTAATTATTGGACTTTTGCTTTCTAA	8	66	1
          *** *** *    ***
MAP Score: 15.4231

Motif 2
GAAAGTTTAATGAATAATTTTACCATTAATTTAAACTTTTCT	5	35	0
ATCTTTAAAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCATA	5	144	1
TGTTATCTGTTTAATTATTGGACTTTTGCTTTCTAACCATGG	8	66	1
TTCAATACTGTTTGTATTTCGAAGTTCATTTTAAAAAATTCG	5	93	1
         ATACTTAATAAAAATATAACTTTACTCAATGAG	3	1	1
GATTATCATGTTTATCTTAGTAGTTTTATTTTTAATTCTTGG	8	195	1
   CTAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAAT	0	7	1
CTTTACTCAATGAGTTTTTCCAAAAAGTTTTT          	3	29	1
TTATAAATCCTGCTTTATTGTAATCATGCTTTAGATTTAGAA	0	110	1
TACTTTTACCTAGATAAATTTAAAGTTTATTT          	6	34	1
ATGATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGT	0	64	1
TTTTAGCCATTCAGTTTTGAAAAGAAAAGTTTAAATTAATGG	5	13	1
  TCTATTAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTTTACCTAGATA	6	8	1
          *   * ***  *   *   ***
MAP Score: 13.2224

Motif 3
TCTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAATA	0	21	0
TTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGATTATAA	0	83	1
ACCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCTGA	0	175	1
  TTTAAAATTTTCCAAAAATGTGGGAGCTAAT	1	8	1
      ATACTTAATAAAAATATAACTTTACTC	3	4	1
   AAAAACTTTTTGGAAAAACTCATTGAGTAA	3	31	0
GCCATTCAGTTTTGAAAAGAAAAGTTTAAATTA	5	18	1
CTACGAATTTTTTAAAATGAACTTCGAAATACA	5	105	0
TAAATAACATATTTTAAAGATCTAGAACTACGA	5	132	0
ATTTATGAAATTAAAAAAGACAATTAAATAACA	5	156	0
TTGTTTATTGATTAGAAAAACAACAACCTTGTA	7	35	1
ATCTTTGGTTTTACGAAAGATCTCCAAGTCCTG	8	139	0
AGATAGGGGTTTTGTAAAGATCTTACAGATTAT	8	168	1
          ***  ***** **
MAP Score: 11.3982

Motif 4
TAAAATGAACTTCGAAATACAAACAGTATTGA	5	94	0
TGTTTATTGATTAGAAAAACAACAACCTTGTA	7	36	1
AGAACCATGGTTAGAAAGCAAAAGTCCAATAA	8	80	0
TCCAACTTCATTTGAAACCAAACATAAATTTA	0	78	0
GCCATTCAGTTTTGAAAAGAAAAGTTTAAATT	5	18	1
AACCCAAGAATTAAAAATAAAACTACTAAGAT	8	208	0
TCTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAAT	0	22	0
TTGGAGATCTTTCGTAAAACCAAAGATAGGGG	8	145	1
   TTACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTG	0	214	0
TAAAGCAGGATTTATAATCCAACTTCATTTGA	0	95	0
ATTTATGAAATTAAAAAAGACAATTAAATAAC	5	157	0
          TTAAAAACAAAGCTGTAGTTGA	7	0	1
ACAAACAGTATTGAAAACTACAACTAACAAGG	5	76	0
          ** **** ****
MAP Score: 10.9371

Motif 5
TGTGCTGATGTTCTTGATTATTTTATAAAAAAA	0	32	0
TATCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAG	0	72	1
TTAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAACCA	0	146	1
AGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA     	0	215	1
AATGAATAATTTTACCATTAATTTAAACTTTTC	5	36	0
AAATTATTCATTAAACTTTCCTTGTTAGTTGTA	5	57	1
AACTTTCCTTGTTAGTTGTAGTTTTCAATACTG	5	70	1
AAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCA	5	151	1
TTTTTGATCAGTTACTTTTACCTAGATAAATTT	6	22	1
  AAATAAACTTTAAATTTATCTAGGTAAAAGT	6	35	0
AAAGCTGTAGTTGACACTTGTTTATTGATTAGA	7	18	1
ACAACAACCTTGTAAAATTATTTAACTAAGTGA	7	54	1
ATTTAACTAAGTGATTATTACTTAATTGCACTT	7	73	1
          TTTAAAATTAGTTCACAAGCAAT	8	0	1
GTTTAATTATTGGACTTTTGCTTTCTAACCATG	8	74	1
ATGGTTCTACTGGAGGATTAGCTTCTCTATCAG	8	104	1
TCTTAGTAGTTTTATTTTTAATTCTTGGGTTGA	8	209	1
AATTCTTGGGTTGATATTTAGTTTTGCACCAAG	8	228	1
          ****  **** **
MAP Score: 9.44772

Motif 6
ATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAAC	0	22	1
GTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA        	0	217	1
   TTTAAAATTTTCCAAAAATGTGGGAGCTAAT	1	7	1
AGTAAAGTTATATTTTTATTAAGTAT        	3	2	0
ACTCAATGAGTTTTTCCAAAAAGTTTTT      	3	33	1
ATTTCGAAGTTCATTTTAAAAAATTCGTAGTTCT	5	108	1
TAGTTCTAGATCTTTAAAATATGTTATTTAATTG	5	135	1
TTTAATTGTCTTTTTTAATTTCATAAATTGT   	5	161	1
CCTTGTAAAATTATTTAACTAAGTGATTATTACT	7	61	1
TTAGTAGTTTTATTTTTAATTCTTGGGTTGATAT	8	211	1
          * **** * ** **
MAP Score: 0.410127

Motif 7
GGTACTGGTTACCTGAAACAAAAGTAACCA	0	154	0
AAAACTGAGAACCTGAAAAAAACAGGTTCT	0	192	1
ACATTGAACGTGCTGAAAGACGTTTG    	4	33	1
CCAAGTCCTGACCTGATAGAGAAGCTAATC	8	119	0
AAACATGATAATCTGTAAGATCTTTACAAA	8	178	0
          **********
MAP Score: 0.387993