AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons007_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238216
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG070	110	ribosomal protein S2 (rpS2)
#1	MG309	53	lipoprotein, putative
#2	MG377	46	conserved hypothetical protein
#3	MG378	28	arginyl-tRNA synthetase (argS)
#4	MG382	300	uridine kinase (udk)
#5	MG422	37	conserved hypothetical protein
#6	MG424_MG425	188	MG424: ribosomal protein S15 (rps15), MG425: ATP-dependent RNA helicase (deaD)
#7	MG470	43	soj protein (soj)

Motif 1
TCCAATTGCAACTTAAATTTATTTTTAACTAAGGTTTTTGTG	4	141	0
ATTTTGTTATAATTCAACGTGTTTATTAATTA          	6	166	1
TGAACATATTATTTAAACTTTCTTTTAAATTAAGTGTTTTAA	4	184	1
AAAGTGAAATATTTTAAAGCGTTTATTATTGAGTTTTTAACT	4	267	0
AATTAAGTGTTTTAAAAGTTGATTTTTAATAAATTAATTAAC	4	211	1
        TCAATAAAACTCGATAATAACTAAAAGCCATAAA	0	2	1
ACAGTCAAAAATTTCAATAATTTTAAAATTTATATTTTTATT	1	18	0
         AAGTTAAATGGCTTTGTTAATTTGTTTAGATGT	6	1	1
TTGACTATTTTTTTAAAAATAGTTAAGAATCAATAGAAAAGG	4	89	0
ATGCAGTAAAACTGCAATAATATTGTTATAAACAAGCTAAAA	0	60	0
AATTAATTTAAATAAAAGAAATTTATTAAAAAATCCTTAAAG	4	29	1
TTTTAGTATTAAAGAAATATTATAATCATTTAAATAT     	7	16	1
ATATCGAAAATATCGAGAGAATTTATTAATAAAAATAAAAAC	6	53	1
TAGGAATTAAAATTTAATAAGTTTCTAAAAAT          	2	24	1
TAAATTAATTAACAAAATAAGATAAATAGTTAAAAACTCAAT	4	240	1
TTATTAATAAAAATAAAAACTATATTTATTATAAGTAATAAG	6	75	1
GGTTAGAAGTAATAAATTCTCCTACTTACTTATTACTTATAA	6	103	0
          * *  **     ** * * * *
MAP Score: 24.2073

Motif 2
ATAATATTGTTATAAACAAGCTAAAAACCACAAAACC	0	49	0
     GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTTAAAATT	1	5	1
TAGAAACTTATTAAATTTTAATTCCTATATGCGTGAA	2	14	0
  TTTGCATCATTAAATATAATTTAAAGTA       	3	8	1
TATTCATGCAATAAAAATTAATTTAAATAAAAGAAAT	4	14	1
TTAATTTAAATAAAAGAAATTTATTAAAAAATCCTTA	4	31	1
GACTATTTTTTTAAAAATAGTTAAGAATCAATAGAAA	4	92	0
GGTTTTTGTGACTAAATAAATTGACTATTTTTTTAAA	4	114	0
ATTTAGTCACAAAAACCTTAGTTAAAAATAAATTTAA	4	134	1
TTAGTTAAAAATAAATTTAAGTTGCAATTGGATTGAA	4	151	1
AACACTTAATTTAAAAGAAAGTTTAAATAATATGTTC	4	185	0
TTAATTTATTAAAAATCAACTTTTAAAACACTTAATT	4	211	0
GTTGATTTTTAATAAATTAATTAACAAAATAAGATAA	4	228	1
TAATTAACAAAATAAGATAAATAGTTAAAAACTCAAT	4	245	1
   GTACCTTTCAAATTTTAATTGCTAATCTTTAAGG	5	13	0
AATCTATACATCTAAACAAATTAACAAAGCCATTTAA	6	13	0
GAGAGAATTTATTAATAAAAATAAAAACTATATTTAT	6	67	1
AAAAACTATATTTATTATAAGTAATAAGTAAGTAGGA	6	89	1
CACGTTGAATTATAACAAAATTAGAAAACGGCTCATT	6	150	0
TTTTTTAGTATTAAAGAAATATTATAATCATTTAAAT	7	14	1
          * ***  *** *   **
MAP Score: 23.972

Motif 3
 CAAAGTGAAATATTTTAAAGCGTTTATTA	4	281	0
ATCATTAAATATAATTTAAAGTA       	3	15	1
AAATATTATAATCATTTAAATAT       	7	30	1
ATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTGAAA	1	19	1
TGCTTTAAGGATTTTTTAATAAATTTCTTT	4	43	0
GATTGAACATATTATTTAAACTTTCTTTTA	4	181	1
ATTCTTAACTATTTTTAAAAAAATAGTCAA	4	101	1
ATTAAAAATCAACTTTTAAAACACTTAATT	4	211	0
GATATTTTCGATATTTAAATCTATACATCT	6	37	0
TATTTAAACTTTCTTTTAAATTAAGTGTTT	4	193	1
 GTACCTTTCAAATTTTAATTGCTAATCTT	5	18	0
GAAACTTATTAAATTTTAATTCCTATATGC	2	19	0
AATAAGATAAATAGTTAAAAACTCAATAAT	4	255	1
TTGTTAATTAATTTATTAAAAATCAACTTT	4	225	0
GCAATAAAAATTAATTTAAATAAAAGAAAT	4	21	1
     TTTGCATCATTAAATATAATTTAAA	3	5	1
TATCGAGAGAATTTATTAATAAAAATAAAA	6	63	1
TTTAAAATTTATATTTTTATTATTACCAC 	1	9	0
          **********
MAP Score: 20.3044

Motif 4
      GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTTAAAATT	1	4	1
ATTAATTTATTAAAAATCAACTTTTAAAACACTTAATT	4	211	0
CCTTAAAGATTAGCAATTAAAATTTGAAAGGTAC    	5	13	1
TTCACGCATATAGGAATTAAAATTTAATAAGTTTCTAA	2	14	1
CTAATTTTGTTATAATTCAACGTGTTTATTAATTA   	6	163	1
GGATTGAACATATTATTTAAACTTTCTTTTAAATTAAG	4	180	1
ATTCATGCAATAAAAATTAATTTAAATAAAAGAAATTT	4	15	1
CGAGAGAATTTATTAATAAAAATAAAAACTATATTTAT	6	66	1
AAACCTTAGTTAAAAATAAATTTAAGTTGCAATTGGAT	4	146	1
TAAATTTTAAAATTATTGAAATTTTTGACTGTGCA   	1	28	1
 GTATTTTTTTAGTATTAAAGAAATATTATAATCATTT	7	9	1
ATTTTTAAAAAAATAGTCAATTTATTTAGTCACAAAAA	4	111	1
ATTTTTAATAAATTAATTAACAAAATAAGATAAATAGT	4	232	1
AAAATAAGATAAATAGTTAAAAACTCAATAATAAACGC	4	253	1
TTTATAACAATATTATTGCAGTTTTACTGCATAATGTA	0	70	1
          **  *** **  * *  *
MAP Score: 18.5541

Motif 5
          TCAATAAAACTCGATAATAACTAAAAGCCATAAAAC	0	0	1
TAAAACTGCAATAATATTGTTATAAACAAGCTAAAAACCACAAAAC	0	50	0
TGCACAGTCAAAAATTTCAATAATTTTAAAATTTATATTTTTATTA	1	17	0
    ATTTTTAGAAACTTATTAAATTTTAATTCCTATATGCGTGAA	2	14	0
     ATTGTATTCATGCAATAAAAATTAATTTAAATAAAAGAAAT	4	5	1
GAAATTTATTAAAAAATCCTTAAAGCACAAATATCAATAATTTCCT	4	46	1
GACTATTTTTTTAAAAATAGTTAAGAATCAATAGAAAAGGAAATTA	4	83	0
TTTAGTCACAAAAACCTTAGTTAAAAATAAATTTAAGTTGCAATTG	4	135	1
CAACTTTTAAAACACTTAATTTAAAAGAAAGTTTAAATAATATGTT	4	186	0
TATTTTGTTAATTAATTTATTAAAAATCAACTTTTAAAACACTTAA	4	213	0
AATTAACAAAATAAGATAAATAGTTAAAAACTCAATAATAAACGCT	4	246	1
TCGATATTTAAATCTATACATCTAAACAAATTAACAAAGCCATTTA	6	14	0
AGATTTAAATATCGAAAATATCGAGAGAATTTATTAATAAAAATAA	6	45	1
TAATAAAAATAAAAACTATATTTATTATAAGTAATAAGTAAGTAGG	6	79	1
TAATTAATAAACACGTTGAATTATAACAAAATTAGAAAACGGCTCA	6	152	0
AAATGATTATAATATTTCTTTAATACTAAAAAAATAC         	7	1	0
          *  *  *   *  * *  ** *   *
MAP Score: 4.21821