AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons007_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238234
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG069	300	PTS system, glucose-specific IIABC component (ptsG)
#1	MG070	110	ribosomal protein S2 (rpS2)
#2	MG309	53	lipoprotein, putative
#3	MG377	46	conserved hypothetical protein
#4	MG378	28	arginyl-tRNA synthetase (argS)
#5	MG382	300	uridine kinase (udk)
#6	MG422	37	conserved hypothetical protein
#7	MG424_MG425	188	MG424: ribosomal protein S15 (rps15), MG425: ATP-dependent RNA helicase (deaD)
#8	MG470	43	soj protein (soj)

Motif 1
ATTTAAATTAATTTTTATTGCATGAATACA	5	12	0
TAAAATTTATATTTTTATTATTACCAC   	2	7	0
TATAGTTTTTATTTTTATTAATAAATTCTC	7	69	0
TTAAAAGTTGATTTTTAATAAATTAATTAA	5	222	1
AAAACTACTAAATTTTATTAACCAAACAGC	0	277	0
TTGTTTTTGGAATTTTATTAGTTCTAATTG	0	42	1
GTTATTATCGAGTTTTATTGA         	1	1	0
TTGGACTAGGATTTTTATTTTGAGCTTTAA	0	69	1
AAACTTATTAAATTTTAATTCCTATATGCG	3	18	0
GTACCTTTCAAATTTTAATTGCTAATCTTT	6	17	0
ACAACAAATTAGTTTTATTTTTGCTTGCAA	0	201	1
TTTAAGTGAAATTTTTAAAGCTCAAAATAA	0	83	0
ATTCTTAACTATTTTTAAAAAAATAGTCAA	5	101	1
AATAAAAACTATATTTATTATAAGTAATAA	7	86	1
ACTTTAAATTATATTTAATGATGCAAA   	4	7	0
AAATTTCAATAATTTTAAAATTTATATTTT	2	22	0
TAAATAAAAGAAATTTATTAAAAAATCCTT	5	37	1
ATATTATTGCAGTTTTACTGCATAATGTAA	1	79	1
ATTGCAACTTAAATTTATTTTTAACTAAGG	5	149	0
AATAAAAATTAATTTAAATAAAAGAAATTT	5	23	1
TTTAAAAGAAAGTTTAAATAATATGTTCAA	5	183	0
          ATATTTAAATGATTATAATA	8	33	0
GATATTTTCGATATTTAAATCTATACATCT	7	37	0
TAAAACACTTAATTTAAAAGAAAGTTTAAA	5	195	0
   GCTGTGTAATTTTACATTATGCAGTAA	1	93	0
          **********
MAP Score: 32.5058

Motif 2
AATCTATACATCTAAACAAATTAACAAAGCCA	7	18	0
TTTAAGGATTTTTTAATAAATTTCTTTTATTT	5	38	0
AAAAGTTGATTTTTAATAAATTAATTAACAAA	5	224	1
TTTTTATTTTTATTAATAAATTCTCTCGATAT	7	62	0
AAACCTTAGTTAAAAATAAATTTAAGTTGCAA	5	146	1
ACACGTTGAATTATAACAAAATTAGAAAACGG	7	156	0
AAAGCACAAATATCAATAATTTCCTTTTCTAT	5	67	1
CAGTCAAAAATTTCAATAATTTTAAAATTTAT	2	27	0
TAAAAGAAAGTTTAAATAATATGTTCAATCCA	5	179	0
TTTAGCTTGTTTATAACAATATTATTGCAGTT	1	61	1
ATTTCTTTTATTTAAATTAATTTTTATTGCAT	5	19	0
TTCTATTGATTCTTAACTATTTTTAAAAAAAT	5	93	1
ATTATTGAGTTTTTAACTATTTATCTTATTTT	5	253	0
GGTTTTTGTGACTAAATAAATTGACTATTTTT	5	119	0
TTAATAAATTAATTAACAAAATAAGATAAATA	5	236	1
       TACTTTAAATTATATTTAATGATGC	4	13	0
TACTTATTACTTATAATAAATATAGTTTTTAT	7	87	0
GATGAAAAAGAAACAACAAATTAGTTTTATTT	0	189	1
      GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTT	2	4	1
TTTTTAAAGCTCAAAATAAAAATCCTAGTCCA	0	70	0
CCTAGTCCAATTAGAACTAATAAAATTCCAAA	0	47	0
TAAGCTGTTTGGTTAATAAAATTTAGTAGTTT	0	274	1
TAAAACTCGATAATAACTAAAAGCCATAAAAC	1	14	1
ATAGTTAAAAACTCAATAATAAACGCTTTAAA	5	265	1
          * * ********
MAP Score: 29.9871

Motif 3
GTTAATAAAATTTAGTAGTTTTAAA         	0	285	1
AGTCAAAAATTTCAATAATTTTAAAATTTATATT	2	24	0
CTATTGATTCTTAACTATTTTTAAAAAAATAGTC	5	95	1
AAAACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTAT	1	41	1
TTCTTTTATTTAAATTAATTTTTATTGCATGAAT	5	15	0
AATTGCAACTTAAATTTATTTTTAACTAAGGTTT	5	146	0
      ATATTTAAATGATTATAATATTTCTTTA	8	25	0
TATTTGTGCTTTAAGGATTTTTTAATAAATTTCT	5	45	0
AAATAAAAACTATATTTATTATAAGTAATAAGTA	7	85	1
AAAGCGTTTATTATTGAGTTTTTAACTATTTATC	5	260	0
AAATATAGTTTTTATTTTTATTAATAAATTCTCT	7	68	0
AGTAGGAGAATTTATTACTTCTAACCTTGGCAAT	7	119	1
TTTTTGGAATTTTATTAGTTCTAATTGGACTAGG	0	45	1
AGCCGTTTTCTAATTTTGTTATAATTCAACGTGT	7	154	1
AAAACTGCAATAATATTGTTATAAACAAGCTAAA	1	61	0
      GTATTTTTTTAGTATTAAAGAAATATTA	8	4	1
ATTTTAAAATTTATATTTTTATTATTACCAC   	2	7	0
TTTTGCTTGCAATAGTTTTTTTAATGCTAGGAAT	0	219	1
CATATGCTCTTTTAGTTGTTTTTGGAATTTTATT	0	27	1
AAACCAAGGTTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGA	1	20	0
      TACTTTAAATTATATTTAATGATGCAAA	4	10	0
AACTAATTTGTTGTTTCTTTTTCATCAACTCCCT	0	181	0
TTTCTTTTAAATTAAGTGTTTTAAAAGTTGATTT	5	202	1
GATTTTTTAATAAATTTCTTTTATTTAAATTAAT	5	30	0
AACAACAAATTAGTTTTATTTTTGCTTGCAATAG	0	200	1
GTTTTAAAAGTTGATTTTTAATAAATTAATTAAC	5	219	1
TTTTAGAAACTTATTAAATTTTAATTCCTATATG	3	20	0
CTTTTAGTTATTATCGAGTTTTATTGA       	1	3	0
          ** * *  ******
MAP Score: 29.9454

Motif 4
TAAAAATCCTAGTCCAATTAGAACTAATAAAATTCCAAAA	0	46	0
TGGACTAGGATTTTTATTTTGAGCTTTAAAAATTTCACTT	0	70	1
AGCTTTAAAAATTTCACTTAAAGAACAAAAGAAAGGTCAA	0	91	1
TAAAACTCGATAATAACTAAAAGCCATAAAACCTTGGTTT	1	14	1
TAACAATATTATTGCAGTTTTACTGCATAATGTAAAATTA	1	74	1
 GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTGAAA	2	9	1
TAGGAATTAAAATTTAATAAGTTTCTAAAAAT        	3	24	1
ATTCATGCAATAAAAATTAATTTAAATAAAAGAAATTTAT	5	15	1
TAAATTGACTATTTTTTTAAAAATAGTTAAGAATCAATAG	5	95	0
AAAAATAGTCAATTTATTTAGTCACAAAAACCTTAGTTAA	5	119	1
TAAACTTTCTTTTAAATTAAGTGTTTTAAAAGTTGATTTT	5	197	1
AGTTGATTTTTAATAAATTAATTAACAAAATAAGATAAAT	5	227	1
     GTACCTTTCAAATTTTAATTGCTAATCTTTAAGGT	6	12	0
TGTTTAGATGTATAGATTTAAATATCGAAAATATCGAGAG	7	32	1
GAAAATATCGAGAGAATTTATTAATAAAAATAAAAACTAT	7	58	1
AAAAATAAAAACTATATTTATTATAAGTAATAAGTAAGTA	7	83	1
TGATTATAATATTTCTTTAATACTAAAAAAATAC      	8	4	0
          * *  * *** *     ***
MAP Score: 7.22711