AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons008_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238259
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG272	249	dihydrolipoamide acetyltransferase (pdhC)
#1	MG274	27	pyruvate dehydrogenase component E1, subunit alpha (pdhA)
#2	MG275	82	NADH oxidase (nox)
#3	MG277_MG278	42	MG277: conserved hypothetical protein, MG278: guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'- pyrophosphohydrolase (spoT)

Motif 1
    CACTTTTTTAAAATATAGTTACCTAGCT	0	6	1
GGTACCTAGCTCTAAAAAATAAAGCTAGGTAA	0	28	0
GGTACCTCATTTCATAAATTAAAGTGATGGAA	0	54	1
CAACAGCTGCTGTAAAAAGTAAGACAAAATTT	0	130	1
AAAATTTTTGTCTAACAACTAAAAAGCCAGTA	0	155	1
AGTAGTGATCTATAACAAATAAAAAAAGCCAG	0	193	0
AGATCACTACTATTAAATTTAAACTTTAAGTA	0	214	1
TTCTATGCTAATTTAAAACTAAG         	1	1	0
TGATTCGATCTTTTAAAATTAAGCTTTTG   	2	7	0
TTAATATTTATATAAAATTTAAGTTATTAAAA	3	13	1
AAATTTAAGTTATTAAAAATAGTTA       	3	27	1
          * ****** ***
MAP Score: 22.6324

Motif 2
AAGCTAGGTAACTATATTTTAAAAAAGTG  	0	8	0
TAGTTACCTAGCTTTATTTTTTAGAGCTAGG	0	25	1
GTCTTCCATCACTTTAATTTATGAAATGAGG	0	58	0
TAGTTGTTAGACAAAAATTTTGTCTTACTTT	0	145	0
AACTAAACTGGCTTTTTTTATTTGTTATAGA	0	186	1
TAAAGTTTAAATTTAATAGTAGTGATCTATA	0	211	0
TATTGATAGTACTTAAAGTTTAAATTTAATA	0	224	0
      CTTAGTTTTAAATTAGCATAGAAAT	1	4	1
     CAAAAGCTTAATTTTAAAAGATCGAA	2	5	1
TATCTTAGCTGCAGTAATTTTTTAAGCTATT	2	60	0
         TACTTAATATTTATATAAAATT	3	1	1
ATTTTTAATAACTTAAATTTTATATAAATAT	3	16	0
          ******* ***
MAP Score: 6.96153

Motif 3
AAAGCTAGGTAACTATATTTTAAAAAAGTG  	0	8	0
ATAGTTACCTAGCTTTATTTTTTAGAGCTAGG	0	24	1
GTCTTCCATCACTTTAATTTATGAAATGAGGT	0	57	0
GTTAGACAAAAATTTTGTCTTACTTTTTACAG	0	139	0
TTAAAGTTTAAATTTAATAGTAGTGATCTATA	0	211	0
TATTGATAGTACTTAAAGTTTAAATTTAATAG	0	223	0
TTCTATGCTAATTTAAAACTAAG         	1	1	0
      CAAAAGCTTAATTTTAAAAGATCGAA	2	4	1
ACTACTGCACAAATTATCCTTAAATAGCTTAA	2	38	1
         TACTTAATATTTATATAAAATTT	3	1	1
ATTTTTAATAACTTAAATTTTATATAAATATT	3	15	0
         TAACTATTTTTAATAACTTAAAT	3	29	0
          * ***** ****
MAP Score: 2.50148