AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons009_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238266
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG294	117	conserved hypothetical protein
#1	MG386	286	protein P200
#2	MG406	140	conserved hypothetical protein

Motif 1
     GAAAAAATAGTTTTTCTAGTAAACATTATTTT	0	5	1
TTTTCTAGTAAACATTATTTTTCTTTTTAAAAGTAAG	0	21	1
TTATTATTAGATGTATATTTAATTTATCCCACTTTAT	0	85	1
AAAGCTAAAAATTATTTGTTCTGTTGTTAATAAAATG	1	17	1
TTTAGCTGTCAAATTTTTTTGAAATTAAAGTGATTAA	1	60	1
AATTAAAGTGATTAATTTTTGATTTTATAACTATTTT	1	82	1
TTTTGATTTTATAACTATTTTTCTTTTGCAAAAAGAA	1	98	1
ATAGATTTTAATTACTATTTATATTAATTTATTTAAT	1	157	0
ATAGTAATTAAAATCTATTTATTTTTTAGCATATATA	1	176	1
ATATATAGCTAACTTTTGTTATCTTGATATTAAAAAT	1	206	1
          AAGTTTTGTTCAATTGAAACAATAGAA	2	0	1
GAAAGGTTGCAAAAATTATTACCTTAATTATTTTTGT	2	34	1
TAATTTTAATAGCAGTTGTTGTTTTAACAAAAGGCAA	2	88	1
AATAATTTGGACATTTTATTTGGTTGA          	2	123	1
          *  * *****   ** *
MAP Score: 21.8051

Motif 2
TTATTACCTTAATTATTTTTGTAGCTTGGT	2	49	1
CAACAGAACAAATAATTTTTAGCTTTTAAA	1	13	0
TAATTAAGGTAATAATTTTTGCAACCTTTC	2	34	0
ATTAAAATCTATTTATTTTTTAGCATATAT	1	182	1
CACTAGTGCTAAGTATTTTTATTA      	1	272	1
TTACTAGAAAAACTATTTTTTC        	0	2	0
TTGATTTTATAACTATTTTTCTTTTGCAAA	1	100	1
AATTAAAGTGATTAATTTTTGATTTTATAA	1	82	1
TAAAAAGAAAAATAATGTTTACTAGAAAAA	0	20	0
TACTATTTATATTAATTTATTTAATGTAGA	1	152	0
TTATTATTAGATGTATATTTAATTTATCCC	0	85	1
AATAGATTTTAATTACTATTTATATTAATT	1	165	0
AAAGTAAGTGAAGAACGTTTCACTTCCATC	0	50	1
AACGTTCTTCACTTACTTTTAAAAAGAAAA	0	39	0
ATGTAGATTTAATAGTGTTTCAGCTTCTTT	1	129	0
          **********
MAP Score: 21.783

Motif 3
GAAAAAATAGTTTTTCTAGTAAACATTATTTTTCTTTT	0	10	1
GTAAACATTATTTTTCTTTTTAAAAGTAAGTGAAGAAC	0	28	1
       ATTTTTAAAAGCTAAAAATTATTTGTTCTGT	1	3	1
CTAAAAATTATTTGTTCTGTTGTTAATAAAATGTAAAG	1	21	1
CTGTCAAATTTTTTTGAAATTAAAGTGATTAATTTTTG	1	65	1
AAGTGATTAATTTTTGATTTTATAACTATTTTTCTTTT	1	87	1
TATAACTATTTTTCTTTTGCAAAAAGAAGCTGAAACAC	1	107	1
TAAATCTACATTAAATAAATTAATATAAATAGTAATTA	1	148	1
AAAAGTTAGCTATATATGCTAAAAAATAAATAGATTTT	1	185	0
ATAGCTAACTTTTGTTATCTTGATATTAAAAATTACAA	1	210	1
      AAGTTTTGTTCAATTGAAACAATAGAAAGGTT	2	4	1
TTGGTTATTTGTACTAATTTTAATAGCAGTTGTTGTTT	2	74	1
TTTAATAGCAGTTGTTGTTTTAACAAAAGGCAATAATT	2	92	1
          *** *    **** *  *
MAP Score: 14.0025

Motif 4
         GAAAAAATAGTTTTTCTAGTAAACATTATTTT	0	1	1
TTTTTCTAGTAAACATTATTTTTCTTTTTAAAAGTAAGTGA	0	20	1
CATCCACTTTTATTATTAGATGTATATTTAATTTATCCCAC	0	76	1
    ATTTTTAAAAGCTAAAAATTATTTGTTCTGTTGTTAA	1	6	1
TTGACAGCTAAAGCTTTACATTTTATTAACAACAGAACAAA	1	31	0
TGTAAAGCTTTAGCTGTCAAATTTTTTTGAAATTAAAGTGA	1	52	1
TAAAATCAAAAATTAATCACTTTAATTTCAAAAAAATTTGA	1	68	0
TTAATTTTTGATTTTATAACTATTTTTCTTTTGCAAAAAGA	1	93	1
TTTTAATTACTATTTATATTAATTTATTTAATGTAGATTTA	1	148	0
TATGCTAAAAAATAAATAGATTTTAATTACTATTTATATTA	1	168	0
TTTTAGCATATATAGCTAACTTTTGTTATCTTGATATTAAA	1	199	1
CTGACTCACTAAATTGTAATTTTTAATATCAAGATAACAAA	1	220	0
CTTTAGTCACTAGTGCTAAGTATTTTTATTA          	1	265	1
ACAAAAATAATTAAGGTAATAATTTTTGCAACCTTTCTATT	2	30	0
TTTGTACTAATTTTAATAGCAGTTGTTGTTTTAACAAAAGG	2	81	1
AAAATGTCCAAATTATTGCCTTTTGTTAAAACAACAACTGC	2	99	0
          **    **  * ** **   *
MAP Score: 10.7168

Motif 5
TACTAGAAAAACTATTTTTTC         	0	1	0
TTTTTCTAGTAAACATTATTTTTCTTTTTA	0	20	1
TTATTAGATGTATATTTAATTTATCCCACT	0	88	1
TTTAAAAGCTAAAAATTATTTGTTCTGTTG	1	13	1
TTTAGCTGTCAAATTTTTTTGAAATTAAAG	1	60	1
CAAAAATTAATCACTTTAATTTCAAAAAAA	1	73	0
TTTTTGATTTTATAACTATTTTTCTTTTGC	1	97	1
AAAGAAGCTGAAACACTATTAAATCTACAT	1	129	1
TTTATATTAATTTATTTAATGTAGATTTAA	1	147	0
AATAGTAATTAAAATCTATTTATTTTTTAG	1	175	1
CATATATAGCTAACTTTTGTTATCTTGATA	1	205	1
ACTAAATTGTAATTTTTAATATCAAGATAA	1	224	0
ATTAAAAATTACAATTTAGTGAGTCAGATA	1	234	1
GTGAGTCAGATAACTTTAGTCACTAGTGCT	1	252	1
TAATTAAGGTAATAATTTTTGCAACCTTTC	2	34	0
TTATTACCTTAATTATTTTTGTAGCTTGGT	2	49	1
CAACTGCTATTAAAATTAGTACAAATAACC	2	76	0
AATAATTTGGACATTTTATTTGGTTGA   	2	123	1
          **********
MAP Score: 5.55239

Motif 6
AAAAATAATGTTTACTAGAAAAACTATTTTTTC     	0	5	0
TTCACTTACTTTTAAAAAGAAAAATAATGTTTACTAGA	0	24	0
ATAAATTAAATATACATCTAATAATAAAAGTGGATGGA	0	74	0
       ATTTTTAAAAGCTAAAAATTATTTGTTCTGT	1	3	1
AATTAATCACTTTAATTTCAAAAAAATTTGACAGCTAA	1	61	0
GAAAAATAGTTATAAAATCAAAAATTAATCACTTTAAT	1	83	0
TGTTTCAGCTTCTTTTTGCAAAAGAAAAATAGTTATAA	1	106	0
TATTAATTTATTTAATGTAGATTTAATAGTGTTTCAGC	1	135	0
AATAAATTAATATAAATAGTAATTAAAATCTATTTATT	1	161	1
AAGTTAGCTATATATGCTAAAAAATAAATAGATTTTAA	1	183	0
AGCTAACTTTTGTTATCTTGATATTAAAAATTACAATT	1	212	1
    AAGTTTTGTTCAATTGAAACAATAGAAAGGTTGC	2	6	1
TAGCAGTTGTTGTTTTAACAAAAGGCAATAATTTGGAC	2	97	1
          * **     ****  ***
MAP Score: 3.88431

Motif 7
   GAAAAAATAGTTTTTCTAGTAAACATTATTTTTCTTTTTAAAA	0	7	1
CATCCACTTTTATTATTAGATGTATATTTAATTTATCCCACTTTAT	0	76	1
          ATTTTTAAAAGCTAAAAATTATTTGTTCTGTTGTTA	1	0	1
AAATTATTTGTTCTGTTGTTAATAAAATGTAAAGCTTTAGCTGTCA	1	25	1
GCTTTAGCTGTCAAATTTTTTTGAAATTAAAGTGATTAATTTTTGA	1	58	1
TTAAATAAATTAATATAAATAGTAATTAAAATCTATTTATTTTTTA	1	158	1
AATCTATTTATTTTTTAGCATATATAGCTAACTTTTGTTATCTTGA	1	187	1
CTAACTTTTGTTATCTTGATATTAAAAATTACAATTTAGTGAGTCA	1	214	1
TAATAGCAGTTGTTGTTTTAACAAAAGGCAATAATTTGGACATTTT	2	94	1
          *  * **     ****    *    *
MAP Score: 3.06418

Motif 8
AAAAAATAGTTTTTCTAGTAAACATTATTTTTCTTTTTAA	0	11	1
TTCCATCCACTTTTATTATTAGATGTATATTTAATTTATC	0	73	1
      ATTTTTAAAAGCTAAAAATTATTTGTTCTGTTGT	1	4	1
AATGTAAAGCTTTAGCTGTCAAATTTTTTTGAAATTAAAG	1	50	1
AGTGATTAATTTTTGATTTTATAACTATTTTTCTTTTGCA	1	88	1
TAAAAAATAAATAGATTTTAATTACTATTTATATTAATTT	1	164	0
TTTTTTAGCATATATAGCTAACTTTTGTTATCTTGATATT	1	197	1
GTTGCAAAAATTATTACCTTAATTATTTTTGTAGCTTGGT	2	39	1
TTTGTACTAATTTTAATAGCAGTTGTTGTTTTAACAAAAG	2	81	1
AAGGCAATAATTTGGACATTTTATTTGGTTGA        	2	118	1
          ***     * *  * * ***
MAP Score: 1.27081