AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons009_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238277
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG294	117	conserved hypothetical protein
#1	MG296	119	conserved hypothetical protein
#2	MG298	202	P115 protein
#3	MG301	30	glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (gap)
#4	MG304	176	ABC transporter, ATP binding protein
#5	MG305	87	heat shock protein 70 (dnaK)
#6	MG309	53	lipoprotein, putative
#7	MG386	286	protein P200
#8	MG388	142	conserved hypothetical protein
#9	MG390	107	ABC transporter, ATP-binding protein
#10	MG393	125	heat shock protein (groES)
#11	MG395	300	putative lipoprotein
#12	MG406	140	conserved hypothetical protein
#13	MG407	66	enolase (eno)

Motif 1
TTAAAAACTAATTTAAAAGAAAGTAAAAGTTA	10	84	0
CTTCACTTACTTTTAAAAAGAAAAATAATGTT	0	31	0
TATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAGAGCTA	4	95	0
TTTTAATTGCATCTAAAACTAAGCAGAATAAA	11	161	1
ATTGTTATTGATCTAAAAAAAAAGT       	5	72	1
AAACTAACTAAATTAAAACCAAAAAAATTAAT	11	43	0
TTTTAGATGCAATTAAAAAGAAGAAGCTAATG	11	147	0
GATATTGCTTTTCTAAAAGCAATTAATGTAAT	2	22	1
     TTTGTATTTAAAAATTAACAATATCTC	10	5	1
AGTTTATTTAATTTAAAAATTACATTAATTGC	2	40	0
ATTTCAATAATTTTAAAATTTATATTTTTATT	6	18	0
        ATTTTTAAAAGCTAAAAATTATTT	7	2	1
ATATTTTAATAATTAAAAACTAATTTAAAAGA	10	96	0
TATAAATAGTAATTAAAATCTATTTATTTTTT	7	171	1
AAATTGTAATTTTTAATATCAAGATAACAAAA	7	219	0
AGCTTCTATGTTTTAATAGTAACTAGTTTATT	2	64	0
        AGTATTAAAATCTAATTATTAAAT	3	2	1
TTAAATATACATCTAATAATAAAAGTGGATGG	0	75	0
AACTAGTATAATCTAATAACAACATCCAAATT	2	163	1
  ATTACTTGAATTAATAGAAATCTTAAAACA	13	8	1
ACATTAAATAAATTAATATAAATAGTAATTAA	7	155	1
ATTATTAGGTTACTAAAAAATAAGCTAATAAC	2	110	0
CTGTTTTATTAGTTAAAAATAAAGTTACTTA 	9	9	0
TGTTTTGTCTTATTAATAGCAATGAAAAGTGA	9	79	0
CATAGAAGCTTTTTTAAATGAAGCGTTATTAG	2	86	1
          TTTTTAAATTAAACCTTTTACA	1	0	1
GCTAAACATTAATTAATATTTAGTGAGATATT	10	29	0
TGTTTTGGGTATTTAAAACTGAGGTTTTTAAC	4	144	0
AGTAAAAGTTATCTTAAATTTATCTGATATTA	10	63	0
TAGCTATATATGCTAAAAAATAAATAGATTTT	7	185	0
ATTTCAGTATTACTTAAATAAACTACTAACCA	1	38	0
TAGTTATAAAATCAAAAATTAATCACTTTAAT	7	83	0
CCATCAAAAAAGTTAAAAATGAAAATAGAACT	11	90	0
TATTAAAAGCAGTTTAAACCTATCGTTTGACC	8	85	1
          ********  **
MAP Score: 47.0175

Motif 2
   GAAAAAATAGTTTTTCTAGTAAACATTATT	0	7	1
CTAGTAAACATTATTTTTCTTTTTAAAAGTAAG	0	25	1
GCAATTAATGTAATTTTTAAATTAAATAAACTA	2	40	1
TATTAAAATCTAATTATTAAATTAAAGT     	3	12	1
AGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAAAAAC	4	55	1
TAGCTCTGACTTATTTTTAAAATTTATAAATAA	4	95	1
GTTAAAAACCTCAGTTTTAAATACCCAAAACAC	4	144	1
GTTTGAGTGCTAATTTTTGTTTATAATTACTGA	5	36	1
TACTGAGTAATTGTTATTGATCTAAAAAAAAAG	5	63	1
TTTAAAATTTATATTTTTATTATTACCAC    	6	6	0
ATAAATTTTAAAATTATTGAAATTTTTGACTGT	6	27	1
ACAGAACAAATAATTTTTAGCTTTTAAAAAT  	7	8	0
TTAAAGTGATTAATTTTTGATTTTATAACTATT	7	84	1
TTTGATTTTATAACTATTTTTCTTTTGCAAAAA	7	99	1
TAAAATCTATTTATTTTTTAGCATATATAGCTA	7	184	1
CATATATAGCTAACTTTTGTTATCTTGATATTA	7	205	1
CACTAAATTGTAATTTTTAATATCAAGATAACA	7	222	0
TCACTAGTGCTAAGTATTTTTATTA        	7	271	1
 TAAGTAACTTTATTTTTAACTAATAAAACAGT	9	9	1
TACAAATTTGTCATTTTTCACTTTTCATTGCTA	9	62	1
GAGATATTGTTAATTTTTAAATACAAA      	10	4	0
AATTAGTTTTTAATTATTAAAATATTTTTATT 	10	103	1
CTAACGGGATTAATTTTTTTGGTTTTAATTTAG	11	35	1
AGTTCTATTTTCATTTTTAACTTTTTTGATGGT	11	90	1
TTTGCTTTCATTAGTTTTTTCATTAGCTTCTTC	11	127	1
ATAAATTTAATTATTTTTATTCTGCTTAGTTTT	11	175	0
AGGTTTTGAAATATTTTTGTATTAAA       	11	284	1
ATTATTACCTTAATTATTTTTGTAGCTTGGTTA	12	48	1
          ******** *  *
MAP Score: 31.3482

Motif 3
AGAAAAATAATGTTTACTAGAAAAACTATTTT	0	13	0
GTAAACATTATTTTTCTTTTTAAAAGTAAGTG	0	28	1
CTTCCATCCACTTTTATTATTAGATGTATATT	0	72	1
          TTTTTAAATTAAACCTTTTACA	1	0	1
TTTTACAGTATTTTGGTTAGTAGTTTATTTAA	1	25	1
      AAACTTTTAAATGATATTGCTTTTCT	2	4	1
ATTAATGTAATTTTTAAATTAAATAAACTAGT	2	43	1
AGCTTCTATGTTTTAATAGTAACTAGTTTATT	2	64	0
CATAGAAGCTTTTTTAAATGAAGCGTTATTAG	2	86	1
TGGATGTTGTTATTAGATTATACTAGTTGAAG	2	159	0
AAATTAAAGCTTTTTAGAACAA          	2	190	1
AACAGCTGCTTTTTTGTTTTTTATCTACCAAA	4	52	1
TATTTATAAATTTTAAAAATAAGTCAGAGCTA	4	95	0
AAACTGAGGTTTTTAACTTGTAGCAAACTAAG	4	129	0
TGAGTGCTAATTTTTGTTTATAATTACTGAGT	5	39	1
    ACTTTTTTTTTAGATCAATAACAATTAC	5	69	0
AAAATTTATATTTTTATTATTACCAC      	6	4	0
ATTTCAATAATTTTAAAATTTATATTTTTATT	6	18	0
        ATTTTTAAAAGCTAAAAATTATTT	7	2	1
CTGTCAAATTTTTTTGAAATTAAAGTGATTAA	7	65	1
AAGTGATTAATTTTTGATTTTATAACTATTTT	7	87	1
AACTATTTTTCTTTTGCAAAAAGAAGCTGAAA	7	110	1
AATAAATAGATTTTAATTACTATTTATATTAA	7	167	0
AATTAAAATCTATTTATTTTTTAGCATATATA	7	181	1
AAATTGTAATTTTTAATATCAAGATAACAAAA	7	219	0
TTTAAGCGCTTTTTTGGTAAAAATTACCAAGC	8	29	1
GTTTAAACTGCTTTTAATAATTTGGAAACAAA	8	72	0
GAATTTGCGCTTTTAATTGTTTCCTGTTCAAA	8	119	1
GTAACTTTATTTTTAACTAATAAAACAGTTTG	9	13	1
CATTTTTCACTTTTCATTGCTATTAATAAGAC	9	73	1
TATTGTTAATTTTTAAATACAAA         	10	1	0
TTTAAATTAGTTTTTAATTATTAAAATATTTT	10	99	1
GGGATTAATTTTTTTGGTTTTAATTTAGTTAG	11	40	1
AGTAGTTCTATTTTCATTTTTAACTTTTTTGA	11	87	1
ATTTTTAACTTTTTTGATGGTTGCATTTGCTT	11	102	1
TTCTGCTTAGTTTTAGATGCAATTAAAAAGAA	11	157	0
TGAGTTCATCTTTTCACTGATAAATTTAATTA	11	195	0
AACTCAATTATTTTTGAAGCTAAAGCCTAAGT	11	221	1
TTTTGAAATATTTTTGTATTAAA         	11	287	1
AAGGTAATAATTTTTGCAACCTTTCTATTGTT	12	27	0
AAATTATTGCCTTTTGTTAAAACAACAACTGC	12	99	0
ATTAACAATATTTTTCTATTTAAT        	13	52	1
          ****** ** **
MAP Score: 24.7531