AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_operons010_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238283
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG001	300	DNA polymerase III, subunit beta (dnaN)
#1	MG018	188	ATP-dependent RNA helicase, putative
#2	MG019	41	heat shock protein (dnaJ)
#3	MG200	251	dnaJ-like protein
#4	MG205	35	transcription repressor (hrcA)
#5	MG305	87	heat shock protein 70 (dnaK)
#6	MG309	53	lipoprotein, putative

Motif 1
CATATGTACATAGTACATATGTAAAATATCATTAA	0	24	1
TGCTTAATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAA	0	84	0
CATAAAAAGCTTATAATTAAGCATAAATGCTTAAT	0	111	0
AATTATAAGCTTTTTATGAACAAAATTATAGACAT	0	128	1
GACATTTTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTA	0	158	1
TAATAAATAATAGATATTAAAGAAAATAAAAAAAT	0	174	1
ACCCAGAAATTAATACTTAATCAAAAATGAAAATA	0	235	1
AAAATGAAAATATTAATTAATAAAAGTGAATTGAA	0	258	1
TAGTGCTTGTTCATAAAAAAGTAAACGGTTGAAGT	1	31	0
ATCAATGGTTTTGTAATCATCAAAAACAGTTTTAA	1	154	0
AAAAACAGCTTATTAATCTTGGAAAATTTACAAGT	3	77	0
TTAGTGCTGTTTTAATTGAAAAAAAACAGCTTATT	3	98	0
GATTCATCACTGCCAATTAAATAAAAATCAGCTGG	3	165	1
AGTATAATTTTATTAATTAACTAGATAGTTGCAAC	3	208	0
        GCTGGTTATTGTTAAAAGATAAAATTA	4	2	1
AATTACTCAGTAATTATAAACAAAAATTAGCACTC	5	40	0
ACTGAGTAATTGTTATTGATCTAAAAAAAAAGT  	5	64	1
         GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTT	6	1	1
AATATAAATTTTAAAATTATTGAAATTTTTGACTG	6	24	1
          *  **** **  ***
MAP Score: 22.1224

Motif 2
AAAATGAAAATATTAATTAATAAAAGTGAATT	0	258	1
  AGCAAGAATTATAATTAACACTCTAAGGAT	2	8	1
TTAATTATAGTAATAATTAATACTCTCTAAAA	0	84	0
ATTTTAGTTCTTATAATAAATAATAGATATTA	0	161	1
      GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTT	6	4	1
TTGTAGTGCTTGTTCATAAAAAAGTAAACGGT	1	37	0
TCTATAATTTTGTTCATAAAAAGCTTATAATT	0	128	0
GCAACTATCTAGTTAATTAATAAAATTATACT	3	211	1
CATAAAAAGCTTATAATTAAGCATAAATGCTT	0	114	0
GGTTTTGTAATCATCAAAAACAGTTTTAAAAA	1	151	0
GTTAGTGCTGTTTTAATTGAAAAAAAACAGCT	3	102	0
CATCACTGCCAATTAAATAAAAATCAGCTGGT	3	169	1
TTGAAATAATTCTTCATAAAACCTTTGTAGTG	1	61	0
TACTCAGTAATTATAAACAAAAATTAGCACTC	5	40	0
TTTCAAATCTTCTTAAATAATCTATTTGAAAT	1	86	0
AGAAATTAATACTTAATCAAAAATGAAAATAT	0	239	1
CTTTTTTTTTAGATCAATAACAATTACTCAGT	5	64	0
 GCTGGTTATTGTTAAAAGATAAAATTAGATA	4	9	1
TATTTTTTTATTTTCTTTAATATCTATTATTT	0	178	0
TTAATTTCTGTTATATATAATAGTATCTATTT	0	55	1
          * ******** *
MAP Score: 21.157

Motif 3
       AGCAGTAATAATTACATATGTACA	0	3	1
GCTTAATTATAGTAATAATTAATACTCTCTA	0	87	0
AAACACTAAAAGTGCTAATTAAAGTTTGTT 	5	9	0
GCATCCTTAGAGTGTTAATTATAATTCTTGC	2	11	0
TAACCCAGAAATTAATACTTAATCAAAAATG	0	233	1
TAATTTTAAAATTTATATTTTTATTATTACC	6	12	0
TTAGTGTTTGAGTGCTAATTTTTGTTTATAA	5	31	1
AAACCAGCTGATTTTTATTTAATTGGCAGTG	3	172	0
ACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTTTGAT	0	254	0
ATAATTAAGCATTTATGCTTAATTATAAGCT	0	108	1
TAATTAATAAAATTATACTTACTCTGATTGA	3	224	1
TATGATATTTATTTCTATTTTTTTATTTTCT	0	194	0
ATAATTACTGAGTAATTGTTATTGATCTAAA	5	58	1
ACTTACTCTGATTGATTCTTA          	3	240	1
ATCTGGCAAGGGTGATAGTTTTGGTGGGATT	3	137	0
GCTAATTTTTGTTTATAATTACTGAGTAATT	5	44	1
AACAGAAATTAATGATATTTTACATATGTAC	0	36	0
GATTTGTGTTAGTGCTGTTTTAATTGAAAAA	3	110	0
       GCTGGTTATTGTTAAAAGATAAAA	4	3	1
TTTAATATCTATTATTTATTATAAGAACTAA	0	164	0
          ******* ***
MAP Score: 20.087

Motif 4
AGTACATATGTAAAATATCATTAATTTCTGTTATATATAATAGTA	0	35	1
AGTATCTATTTTAGAGAGTATTAATTATTACTATAATTAAGCATT	0	76	1
GTTATGATATTTATTTCTATTTTTTTATTTTCTTTAATATCTATT	0	182	0
TTTTCATTTTTGATTAAGTATTAATTTCTGGGTTATCAAGGGTTA	0	223	0
AAAATTTTATTCAATTCACTTTTATTAATTAATATTTTCATTTTT	0	257	0
ATAATCTATTTGAAATAATTCTTCATAAAACCTTTGTAGTGCTTG	1	57	0
GACAGTGTGATCACTGAGTTTTTTTGAATCAGTTACTTGTAAATT	3	43	1
TTTTCCAAGATTAATAAGCTGTTTTTTTTCAATTAAAACAGCACT	3	86	1
GCCAATTAAATAAAAATCAGCTGGTTTGTAATGTTGCAACTATCT	3	176	1
TCTAGTTAATTAATAAAATTATACTTACTCTGATTGATTCTTA  	3	218	1
GCACTTTTAGTGTTTGAGTGCTAATTTTTGTTTATAATTACTGAG	5	25	1
TTGTTTATAATTACTGAGTAATTGTTATTGATCTAAAAAAAAAGT	5	52	1
   GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTGAAATTT	6	7	1
          * *   *    *  *** *    **
MAP Score: 2.67784